National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G I K L M N P Q R S T V W Y
-   339                                      
?                                          
A   30                               1      
C   9                                      
D   18                                      
E   9                                      
F   12                                      
G   27                                      
I   6                                      
K   21                                      
L   45                 1                    
M   6                                      
N   21                                      
P   18                                      
Q   12                                      
R   18                                      
S   15                                      
T   36                                      
V   18                                      
W   3                                      
Y   15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Palestine 12686 A 79 79
1 Palestine 12687 A 79 79
2 Palestine 12688 T 79 79
3 Palestine 12689 A 79 79
4 Palestine 12690 A 79 79
5 Palestine 12691 T 79 79
6 Palestine 12692 G 79 79
7 Palestine 12693 A 79 79
8 Palestine 12694 G 79 79
9 Palestine 12695 C 79 79
10 Palestine 12696 T 79 79
11 Palestine 12697 T 79 79
12 Palestine 12698 A 79 79
13 Palestine 12699 G 79 79
14 Palestine 12700 T 79 79
15 Palestine 12701 C 79 79
16 Palestine 12702 C 79 79
17 Palestine 12703 T 79 79
18 Palestine 12704 G 79 79
19 Palestine 12705 T 79 79
20 Palestine 12706 T 79 79
21 Palestine 12707 G 79 79
22 Palestine 12708 C 79 79
23 Palestine 12709 A 79 79
24 Palestine 12710 C 79 79
25 Palestine 12711 T 79 79
26 Palestine 12712 A 79 79
27 Palestine 12713 C 79 79
28 Palestine 12714 G 79 79
29 Palestine 12715 A 79 79
30 Palestine 12716 C 79 79
31 Palestine 12717 A 79 79
32 Palestine 12718 G 79 79
33 Palestine 12719 A 79 79
34 Palestine 12720 T 79 79
35 Palestine 12721 G 79 79
36 Palestine 12722 T 79 79
37 Palestine 12723 C 79 79
38 Palestine 12724 T 79 79
39 Palestine 12725 T 79 79
40 Palestine 12726 G 79 79
41 Palestine 12727 T 79 79
42 Palestine 12728 G 79 79
43 Palestine 12729 C 79 79
44 Palestine 12730 T 79 79
45 Palestine 12731 G 79 79
46 Palestine 12732 C 79 79
47 Palestine 12733 C 79 79
48 Palestine 12734 G 79 79
49 Palestine 12735 G 79 79
50 Palestine 12736 T 79 79
51 Palestine 12737 A 79 79
52 Palestine 12738 C 79 79
53 Palestine 12739 T 79 79
54 Palestine 12740 A 79 79
55 Palestine 12741 C 79 79
56 Palestine 12742 A 79 79
57 Palestine 12743 C 79 79
58 Palestine 12744 A 79 79
59 Palestine 12745 A 79 79
60 Palestine 12746 A 79 79
61 Palestine 12747 C 79 79
62 Palestine 12748 T 79 79
63 Palestine 12749 G 79 79
64 Palestine 12750 C 79 79
65 Palestine 12751 T 79 79
66 Palestine 12752 T 79 79
67 Palestine 12753 G 79 79
68 Palestine 12754 C 79 79
69 Palestine 12755 A 79 79
70 Palestine 12756 C 79 79
71 Palestine 12757 T 79 79
72 Palestine 12758 G 79 79
73 Palestine 12759 A 79 79
74 Palestine 12760 T 79 79
75 Palestine 12761 G 79 79
76 Palestine 12762 A 79 79
77 Palestine 12763 C 79 79
78 Palestine 12764 A 79 79
79 Palestine 12765 A 79 79
80 Palestine 12766 T 79 79
81 Palestine 12767 G 79 79
82 Palestine 12768 C 79 79
83 Palestine 12769 G 79 79
84 Palestine 12770 T 79 79
85 Palestine 12771 T 79 79
86 Palestine 12772 A 79 79
87 Palestine 12773 G 79 79
88 Palestine 12774 C 79 79
89 Palestine 12775 T 79 79
90 Palestine 12776 T 79 79
91 Palestine 12777 A 79 79
92 Palestine 12778 C 79 79
93 Palestine 12779 T 79 79
94 Palestine 12780 A 79 79
95 Palestine 12781 C 79 79
96 Palestine 12782 A 79 79
97 Palestine 12783 A 79 79
98 Palestine 12784 C 79 79
99 Palestine 12785 A 79 79
100 Palestine 12786 C 79 79
101 Palestine 12787 A 79 79
102 Palestine 12788 A 79 79
103 Palestine 12789 C 79 79
104 Palestine 12790 A 79 79
105 Palestine 12791 A 79 79
106 Palestine 12792 A 79 79
107 Palestine 12793 G 79 79
108 Palestine 12794 G 79 79
109 Palestine 12795 G 79 79
110 Palestine 12796 A 79 79
111 Palestine 12797 G 79 79
112 Palestine 12798 G 79 79
113 Palestine 12799 T 79 79
114 Palestine 12800 A 79 79
115 Palestine 12801 G 79 79
116 Palestine 12802 G 79 79
117 Palestine 12803 T 79 79
118 Palestine 12804 T 79 79
119 Palestine 12805 T 79 79
120 Palestine 12806 G 79 79
121 Palestine 12807 T 79 79
122 Palestine 12808 A 79 79
123 Palestine 12809 C 79 79
124 Palestine 12810 T 79 79
125 Palestine 12811 T 79 79
126 Palestine 12812 G 79 79
127 Palestine 12813 C 79 79
128 Palestine 12814 A 79 79
129 Palestine 12815 C 79 79
130 Palestine 12816 T 79 79
131 Palestine 12817 G 79 79
132 Palestine 12818 T 79 79
133 Palestine 12819 T 79 79
134 Palestine 12820 A 79 79
135 Palestine 12821 T 79 79
136 Palestine 12822 C 79 79
137 Palestine 12823 C 79 79
138 Palestine 12824 G 79 79
139 Palestine 12825 A 79 79
140 Palestine 12826 T 79 79
141 Palestine 12827 T 79 79
142 Palestine 12828 T 79 79
143 Palestine 12829 A 79 79
144 Palestine 12830 C 79 79
145 Palestine 12831 A 79 79
146 Palestine 12832 G 79 79
147 Palestine 12833 G 79 79
148 Palestine 12834 A 79 79
149 Palestine 12835 T 79 79
150 Palestine 12836 T 79 79
151 Palestine 12837 T 79 79
152 Palestine 12838 G 79 79
153 Palestine 12839 A 79 79
154 Palestine 12840 A 79 79
155 Palestine 12841 A 79 79
156 Palestine 12842 T 79 79
157 Palestine 12843 G 79 79
158 Palestine 12844 G 79 79
159 Palestine 12845 G A 79 78 Ala4194Thr
160 Palestine 12846 C 79 79
161 Palestine 12847 T 79 79
162 Palestine 12848 A 79 79
163 Palestine 12849 G 79 79
164 Palestine 12850 A 79 79
165 Palestine 12851 T 79 79
166 Palestine 12852 T 79 79
167 Palestine 12853 C 79 79
168 Palestine 12854 C 79 79
169 Palestine 12855 C 79 79
170 Palestine 12856 T 79 79
171 Palestine 12857 A 79 79
172 Palestine 12858 A 79 79
173 Palestine 12859 G 79 79
174 Palestine 12860 A 79 79
175 Palestine 12861 G 79 79
176 Palestine 12862 T 79 79
177 Palestine 12863 G 79 79
178 Palestine 12864 A 79 79
179 Palestine 12865 T 79 79
180 Palestine 12866 G 79 79
181 Palestine 12867 G 79 79
182 Palestine 12868 A 79 79
183 Palestine 12869 A 79 79
184 Palestine 12870 C 79 79
185 Palestine 12871 T 79 79
186 Palestine 12872 G 79 79
187 Palestine 12873 G 79 79
188 Palestine 12874 T 79 79
189 Palestine 12875 A 79 79
190 Palestine 12876 C 79 79
191 Palestine 12877 T 79 79
192 Palestine 12878 A 79 79
193 Palestine 12879 T 79 79
194 Palestine 12880 C 79 79
195 Palestine 12881 T 79 79
196 Palestine 12882 A 79 79
197 Palestine 12883 T 79 79
198 Palestine 12884 A 79 79
199 Palestine 12885 C 79 79
200 Palestine 12886 A 79 79
201 Palestine 12887 G 79 79
202 Palestine 12888 A 79 79
203 Palestine 12889 A 78 78
204 Palestine 12890 C 78 77
205 Palestine 12891 T 78 77
206 Palestine 12892 G 78 77
207 Palestine 12893 G 78 77
208 Palestine 12894 A 78 77
209 Palestine 12895 A 78 77
210 Palestine 12896 C 78 77
211 Palestine 12897 C 78 77
212 Palestine 12898 A 78 78
213 Palestine 12899 C 78 78
214 Palestine 12900 C 78 78
215 Palestine 12901 T 78 77
216 Palestine 12902 T 78 77
217 Palestine 12903 G 78 77
218 Palestine 12904 T 78 77
219 Palestine 12905 A 78 77
220 Palestine 12906 G 78 77
221 Palestine 12907 G 78 77
222 Palestine 12908 T 78 77
223 Palestine 12909 T 78 77
224 Palestine 12910 T 78 77
225 Palestine 12911 G 78 77
226 Palestine 12912 T 78 77
227 Palestine 12913 T 78 77
228 Palestine 12914 A 78 77
229 Palestine 12915 C 78 77
230 Palestine 12916 A 78 77
231 Palestine 12917 G 78 77
232 Palestine 12918 A 78 77
233 Palestine 12919 C 78 77
234 Palestine 12920 A 78 77
235 Palestine 12921 C 78 77
236 Palestine 12922 A 78 77
237 Palestine 12923 C 78 78
238 Palestine 12924 C 78 78
239 Palestine 12925 T 78 78
240 Palestine 12926 A 78 78
241 Palestine 12927 A 78 78
242 Palestine 12928 A 78 78
243 Palestine 12929 G 78 78
244 Palestine 12930 G 78 78
245 Palestine 12931 T 78 78
246 Palestine 12932 C 78 77
247 Palestine 12933 C 78 77
248 Palestine 12934 T 78 77
249 Palestine 12935 A 78 77
250 Palestine 12936 A 78 77
251 Palestine 12937 A 78 77
252 Palestine 12938 G 78 77
253 Palestine 12939 T 78 77
254 Palestine 12940 G 78 77
255 Palestine 12941 A 78 77
256 Palestine 12942 A 78 77
257 Palestine 12943 G 78 78
258 Palestine 12944 T 78 78
259 Palestine 12945 A 78 78
260 Palestine 12946 T 78 78
261 Palestine 12947 T 78 78
262 Palestine 12948 T 78 78
263 Palestine 12949 A 78 78
264 Palestine 12950 T 78 78
265 Palestine 12951 A 78 78
266 Palestine 12952 C 78 78
267 Palestine 12953 T 78 78
268 Palestine 12954 T 78 78
269 Palestine 12955 T 78 78
270 Palestine 12956 A 78 78
271 Palestine 12957 T 78 78
272 Palestine 12958 T 78 78
273 Palestine 12959 A 78 78
274 Palestine 12960 A 78 78
275 Palestine 12961 A 78 78
276 Palestine 12962 G 78 78
277 Palestine 12963 G 78 78
278 Palestine 12964 A 78 78
279 Palestine 12965 T 78 78
280 Palestine 12966 T 78 78
281 Palestine 12967 A 78 78
282 Palestine 12968 A 78 78
283 Palestine 12969 A 78 78
284 Palestine 12970 C 78 78
285 Palestine 12971 A 78 78
286 Palestine 12972 A 78 78
287 Palestine 12973 C 78 78
288 Palestine 12974 C 78 78
289 Palestine 12975 T 78 78
290 Palestine 12976 A 78 78
291 Palestine 12977 A 78 78
292 Palestine 12978 A 78 78
293 Palestine 12979 T 78 78
294 Palestine 12980 A 78 78
295 Palestine 12981 G 78 78
296 Palestine 12982 A 78 78
297 Palestine 12983 G 78 78
298 Palestine 12984 G 78 78
299 Palestine 12985 T 78 78
300 Palestine 12986 A 78 78
301 Palestine 12987 T 78 78
302 Palestine 12988 G 78 78
303 Palestine 12989 G 78 78
304 Palestine 12990 T 78 78
305 Palestine 12991 A 78 78
306 Palestine 12992 C 78 78
307 Palestine 12993 T 78 78
308 Palestine 12994 T 78 78
309 Palestine 12995 G 78 78
310 Palestine 12996 G 78 78
311 Palestine 12997 T 78 78
312 Palestine 12998 A 78 78
313 Palestine 12999 G 78 78
314 Palestine 13000 T 78 78
315 Palestine 13001 T 78 78
316 Palestine 13002 T 78 78
317 Palestine 13003 A G 78 77 Leu4246Leu
318 Palestine 13004 G 78 78
319 Palestine 13005 C 78 78
320 Palestine 13006 T 78 78
321 Palestine 13007 G 78 78
322 Palestine 13008 C 78 78
323 Palestine 13009 C 78 78
324 Palestine 13010 A 78 78
325 Palestine 13011 C 78 78
326 Palestine 13012 A 78 78
327 Palestine 13013 G 78 78
328 Palestine 13014 T 78 78
329 Palestine 13015 A 78 78
330 Palestine 13016 C 78 78
331 Palestine 13017 G 78 78
332 Palestine 13018 T 78 78
333 Palestine 13019 C 78 78
334 Palestine 13020 T 78 78
335 Palestine 13021 A 78 78
336 Palestine 13022 C 78 78
337 Palestine 13023 A 78 78
338 Palestine 13024 A 78 78