National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G I K L M N P Q R S T V W Y
-   339                                      
?                                          
A   30                                      
C   9   1                                  
D   18                                      
E   9                                      
F   12                                      
G   27           1                          
I   6                                      
K   21                                      
L   45                 2                    
M   6                                      
N   21                     1                
P   18                                      
Q   12                                      
R   18                                      
S   15                                      
T   36             1                        
V   18                                      
W   3                                      
Y   15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Nigeria 12686 A 243 243
1 Nigeria 12687 A 243 243
2 Nigeria 12688 T 243 243
3 Nigeria 12689 A 243 243
4 Nigeria 12690 A 243 243
5 Nigeria 12691 T 243 243
6 Nigeria 12692 G 243 243
7 Nigeria 12693 A 243 243
8 Nigeria 12694 G 243 243
9 Nigeria 12695 C 243 243
10 Nigeria 12696 T 243 243
11 Nigeria 12697 T 243 243
12 Nigeria 12698 A 243 243
13 Nigeria 12699 G 243 243
14 Nigeria 12700 T 243 243
15 Nigeria 12701 C 243 243
16 Nigeria 12702 C 244 244
17 Nigeria 12703 T 244 244
18 Nigeria 12704 G 244 244
19 Nigeria 12705 T 244 244
20 Nigeria 12706 T 244 244
21 Nigeria 12707 G 244 244
22 Nigeria 12708 C 244 244
23 Nigeria 12709 A 244 243
24 Nigeria 12710 C 244 243
25 Nigeria 12711 T 244 243
26 Nigeria 12712 A 244 243
27 Nigeria 12713 C 244 244
28 Nigeria 12714 G 244 244
29 Nigeria 12715 A 244 244
30 Nigeria 12716 C 244 244
31 Nigeria 12717 A 244 244
32 Nigeria 12718 G 244 244
33 Nigeria 12719 A 244 244
34 Nigeria 12720 T 244 244
35 Nigeria 12721 G 244 244
36 Nigeria 12722 T 244 244
37 Nigeria 12723 C 244 244
38 Nigeria 12724 T 244 244
39 Nigeria 12725 T 244 244
40 Nigeria 12726 G 244 244
41 Nigeria 12727 T 244 244
42 Nigeria 12728 G 244 244
43 Nigeria 12729 C 244 244
44 Nigeria 12730 T 244 244
45 Nigeria 12731 G 244 244
46 Nigeria 12732 C 244 244
47 Nigeria 12733 C 245 245
48 Nigeria 12734 G 245 245
49 Nigeria 12735 G 245 245
50 Nigeria 12736 T 245 245
51 Nigeria 12737 A 245 245
52 Nigeria 12738 C 245 245
53 Nigeria 12739 T 245 244
54 Nigeria 12740 A 245 244
55 Nigeria 12741 C 245 244
56 Nigeria 12742 A 245 244
57 Nigeria 12743 C 245 244
58 Nigeria 12744 A 245 243
59 Nigeria 12745 A 245 243
60 Nigeria 12746 A 245 243
61 Nigeria 12747 C 245 243
62 Nigeria 12748 T 245 244
63 Nigeria 12749 G 245 244
64 Nigeria 12750 C 245 243
65 Nigeria 12751 T 245 243
66 Nigeria 12752 T 245 243
67 Nigeria 12753 G 245 243
68 Nigeria 12754 C T 245 242 Cys4163Cys
69 Nigeria 12755 A 245 243
70 Nigeria 12756 C 245 243
71 Nigeria 12757 T 245 242
72 Nigeria 12758 G 245 242
73 Nigeria 12759 A 245 242
74 Nigeria 12760 T 245 242
75 Nigeria 12761 G 245 242
76 Nigeria 12762 A 245 242
77 Nigeria 12763 C 245 242
78 Nigeria 12764 A 245 241
79 Nigeria 12765 A 245 241
80 Nigeria 12766 T 245 241
81 Nigeria 12767 G 245 241
82 Nigeria 12768 C 245 241
83 Nigeria 12769 G 245 241
84 Nigeria 12770 T 245 241
85 Nigeria 12771 T 245 241
86 Nigeria 12772 A 245 240
87 Nigeria 12773 G 245 241
88 Nigeria 12774 C 245 241
89 Nigeria 12775 T 245 240
90 Nigeria 12776 T 245 242
91 Nigeria 12777 A 245 243
92 Nigeria 12778 C 245 243
93 Nigeria 12779 T 245 243
94 Nigeria 12780 A 245 244
95 Nigeria 12781 C 245 244
96 Nigeria 12782 A 245 243
97 Nigeria 12783 A 245 243
98 Nigeria 12784 C T 245 242 Asn4173Asn
99 Nigeria 12785 A 245 243
100 Nigeria 12786 C 246 244
101 Nigeria 12787 A 247 245
102 Nigeria 12788 A 247 245
103 Nigeria 12789 C T 248 245 Thr4175Ile
104 Nigeria 12790 A 248 246
105 Nigeria 12791 A 248 246
106 Nigeria 12792 A 248 246
107 Nigeria 12793 G 248 246
108 Nigeria 12794 G 248 246
109 Nigeria 12795 G 248 246
110 Nigeria 12796 A 248 245
111 Nigeria 12797 G 248 245
112 Nigeria 12798 G 248 245
113 Nigeria 12799 T 248 245
114 Nigeria 12800 A 248 245
115 Nigeria 12801 G 248 245
116 Nigeria 12802 G 249 248
117 Nigeria 12803 T 249 247
118 Nigeria 12804 T 249 246
119 Nigeria 12805 T 249 246
120 Nigeria 12806 G 249 246
121 Nigeria 12807 T 249 247
122 Nigeria 12808 A 249 247
123 Nigeria 12809 C 249 247
124 Nigeria 12810 T 249 246
125 Nigeria 12811 T 249 247
126 Nigeria 12812 G 249 247
127 Nigeria 12813 C 249 247
128 Nigeria 12814 A 249 247
129 Nigeria 12815 C 249 248
130 Nigeria 12816 T 249 248
131 Nigeria 12817 G 249 248
132 Nigeria 12818 T 249 248
133 Nigeria 12819 T 249 247
134 Nigeria 12820 A 249 247
135 Nigeria 12821 T 249 247
136 Nigeria 12822 C 249 247
137 Nigeria 12823 C 249 247
138 Nigeria 12824 G 249 247
139 Nigeria 12825 A 249 247
140 Nigeria 12826 T 248 246
141 Nigeria 12827 T 248 246
142 Nigeria 12828 T 248 246
143 Nigeria 12829 A 248 246
144 Nigeria 12830 C 248 246
145 Nigeria 12831 A 248 246
146 Nigeria 12832 G 248 247
147 Nigeria 12833 G 249 248
148 Nigeria 12834 A 249 248
149 Nigeria 12835 T 249 248
150 Nigeria 12836 T 248 247
151 Nigeria 12837 T 248 247
152 Nigeria 12838 G 248 247
153 Nigeria 12839 A 248 247
154 Nigeria 12840 A 248 247
155 Nigeria 12841 A 248 247
156 Nigeria 12842 T 248 246
157 Nigeria 12843 G 248 246
158 Nigeria 12844 G 248 246
159 Nigeria 12845 G 248 246
160 Nigeria 12846 C 248 246
161 Nigeria 12847 T 248 246
162 Nigeria 12848 A 248 246
163 Nigeria 12849 G 248 246
164 Nigeria 12850 A 248 246
165 Nigeria 12851 T 248 246
166 Nigeria 12852 T 249 247
167 Nigeria 12853 C 249 248
168 Nigeria 12854 C 248 246
169 Nigeria 12855 C 248 247
170 Nigeria 12856 T 248 247
171 Nigeria 12857 A 248 247
172 Nigeria 12858 A 248 247
173 Nigeria 12859 G 248 247
174 Nigeria 12860 A 248 247
175 Nigeria 12861 G 248 247
176 Nigeria 12862 T 248 248
177 Nigeria 12863 G 248 248
178 Nigeria 12864 A 248 247
179 Nigeria 12865 T 248 247
180 Nigeria 12866 G 248 247
181 Nigeria 12867 G 248 247
182 Nigeria 12868 A 248 247
183 Nigeria 12869 A 248 247
184 Nigeria 12870 C 248 247
185 Nigeria 12871 T 248 247
186 Nigeria 12872 G 249 248
187 Nigeria 12873 G 249 248
188 Nigeria 12874 T 249 248
189 Nigeria 12875 A 249 248
190 Nigeria 12876 C 249 248
191 Nigeria 12877 T 249 248
192 Nigeria 12878 A 249 249
193 Nigeria 12879 T 249 249
194 Nigeria 12880 C 249 249
195 Nigeria 12881 T 249 249
196 Nigeria 12882 A 249 249
197 Nigeria 12883 T 249 249
198 Nigeria 12884 A 249 249
199 Nigeria 12885 C 249 249
200 Nigeria 12886 A 249 248
201 Nigeria 12887 G 251 250
202 Nigeria 12888 A 251 250
203 Nigeria 12889 A 251 250
204 Nigeria 12890 C 251 250
205 Nigeria 12891 T 251 250
206 Nigeria 12892 G T 251 249 Leu4209Leu
207 Nigeria 12893 G 251 250
208 Nigeria 12894 A 251 250
209 Nigeria 12895 A 251 250
210 Nigeria 12896 C 249 248
211 Nigeria 12897 C 249 248
212 Nigeria 12898 A 250 249
213 Nigeria 12899 C 250 249
214 Nigeria 12900 C 250 249
215 Nigeria 12901 T 250 249
216 Nigeria 12902 T 250 249
217 Nigeria 12903 G 250 249
218 Nigeria 12904 T 250 249
219 Nigeria 12905 A 250 249
220 Nigeria 12906 G 250 249
221 Nigeria 12907 G 250 249
222 Nigeria 12908 T 250 249
223 Nigeria 12909 T 250 249
224 Nigeria 12910 T 250 249
225 Nigeria 12911 G 250 249
226 Nigeria 12912 T 250 249
227 Nigeria 12913 T 250 249
228 Nigeria 12914 A 250 249
229 Nigeria 12915 C 250 249
230 Nigeria 12916 A 250 249
231 Nigeria 12917 G 250 249
232 Nigeria 12918 A 250 249
233 Nigeria 12919 C 250 249
234 Nigeria 12920 A 249 248
235 Nigeria 12921 C 249 248
236 Nigeria 12922 A 249 248
237 Nigeria 12923 C 249 248
238 Nigeria 12924 C 249 248
239 Nigeria 12925 T 249 248
240 Nigeria 12926 A 249 248
241 Nigeria 12927 A 249 249
242 Nigeria 12928 A 249 249
243 Nigeria 12929 G 249 249
244 Nigeria 12930 G 248 248
245 Nigeria 12931 T 248 248
246 Nigeria 12932 C 248 248
247 Nigeria 12933 C 247 246
248 Nigeria 12934 T 247 246
249 Nigeria 12935 A 247 246
250 Nigeria 12936 A 247 246
251 Nigeria 12937 A 247 246
252 Nigeria 12938 G 247 246
253 Nigeria 12939 T 246 245
254 Nigeria 12940 G 246 245
255 Nigeria 12941 A 246 245
256 Nigeria 12942 A 246 245
257 Nigeria 12943 G 246 246
258 Nigeria 12944 T 246 246
259 Nigeria 12945 A 246 246
260 Nigeria 12946 T 246 246
261 Nigeria 12947 T 246 246
262 Nigeria 12948 T 246 246
263 Nigeria 12949 A 246 246
264 Nigeria 12950 T 246 246
265 Nigeria 12951 A 246 246
266 Nigeria 12952 C 246 246
267 Nigeria 12953 T 246 245
268 Nigeria 12954 T 246 244
269 Nigeria 12955 T 246 244
270 Nigeria 12956 A 246 245
271 Nigeria 12957 T 246 245
272 Nigeria 12958 T 246 245
273 Nigeria 12959 A 246 245
274 Nigeria 12960 A 246 245
275 Nigeria 12961 A 246 245
276 Nigeria 12962 G 246 245
277 Nigeria 12963 G 245 244
278 Nigeria 12964 A G 245 243 Gly4233Gly
279 Nigeria 12965 T 245 244
280 Nigeria 12966 T 245 244
281 Nigeria 12967 A 245 244
282 Nigeria 12968 A 245 244
283 Nigeria 12969 A 245 245
284 Nigeria 12970 C 246 246
285 Nigeria 12971 A 246 246
286 Nigeria 12972 A 246 246
287 Nigeria 12973 C 246 246
288 Nigeria 12974 C 246 246
289 Nigeria 12975 T 246 246
290 Nigeria 12976 A 246 246
291 Nigeria 12977 A 246 246
292 Nigeria 12978 A 246 246
293 Nigeria 12979 T 246 246
294 Nigeria 12980 A 246 246
295 Nigeria 12981 G 246 246
296 Nigeria 12982 A 244 244
297 Nigeria 12983 G 244 244
298 Nigeria 12984 G 244 244
299 Nigeria 12985 T 244 244
300 Nigeria 12986 A 244 244
301 Nigeria 12987 T 244 244
302 Nigeria 12988 G 244 243
303 Nigeria 12989 G 244 244
304 Nigeria 12990 T 244 244
305 Nigeria 12991 A 244 244
306 Nigeria 12992 C 244 244
307 Nigeria 12993 T 243 243
308 Nigeria 12994 T 243 243
309 Nigeria 12995 G 243 243
310 Nigeria 12996 G 243 242
311 Nigeria 12997 T 243 242
312 Nigeria 12998 A 243 243
313 Nigeria 12999 G 243 243
314 Nigeria 13000 T 243 243
315 Nigeria 13001 T 243 243
316 Nigeria 13002 T 243 243
317 Nigeria 13003 A 243 243
318 Nigeria 13004 G 243 243
319 Nigeria 13005 C 243 243
320 Nigeria 13006 T 243 243
321 Nigeria 13007 G 243 243
322 Nigeria 13008 C 243 243
323 Nigeria 13009 C 243 243
324 Nigeria 13010 A 243 243
325 Nigeria 13011 C 243 243
326 Nigeria 13012 A 243 243
327 Nigeria 13013 G 243 243
328 Nigeria 13014 T 243 243
329 Nigeria 13015 A 243 243
330 Nigeria 13016 C 243 243
331 Nigeria 13017 G 243 243
332 Nigeria 13018 T 243 243
333 Nigeria 13019 C T 243 242 Leu4252Leu
334 Nigeria 13020 T 243 243
335 Nigeria 13021 A 243 243
336 Nigeria 13022 C 243 243
337 Nigeria 13023 A 243 243
338 Nigeria 13024 A 243 243