National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G I K L M N P Q R S T V W Y
-   339                                      
?                                          
A   30                                      
C   9   1                                  
D   18                                      
E   9                                      
F   12                                      
G   27                                      
I   6                                      
K   21                                      
L   45                                      
M   6                                      
N   21                                      
P   18                                      
Q   12                                      
R   18                                      
S   15                                      
T   36                                      
V   18                                      
W   3                                      
Y   15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Malaysia 12686 A 318 318
1 Malaysia 12687 A 318 318
2 Malaysia 12688 T 318 318
3 Malaysia 12689 A 318 318
4 Malaysia 12690 A 318 318
5 Malaysia 12691 T 318 318
6 Malaysia 12692 G 318 318
7 Malaysia 12693 A 318 318
8 Malaysia 12694 G 318 318
9 Malaysia 12695 C 318 318
10 Malaysia 12696 T 318 318
11 Malaysia 12697 T 318 318
12 Malaysia 12698 A 318 318
13 Malaysia 12699 G 318 318
14 Malaysia 12700 T 318 318
15 Malaysia 12701 C 318 318
16 Malaysia 12702 C 318 318
17 Malaysia 12703 T 318 318
18 Malaysia 12704 G 318 318
19 Malaysia 12705 T 318 318
20 Malaysia 12706 T 318 318
21 Malaysia 12707 G 318 318
22 Malaysia 12708 C 318 318
23 Malaysia 12709 A 318 318
24 Malaysia 12710 C 318 318
25 Malaysia 12711 T 318 318
26 Malaysia 12712 A 318 318
27 Malaysia 12713 C 318 318
28 Malaysia 12714 G 318 318
29 Malaysia 12715 A 318 318
30 Malaysia 12716 C 318 318
31 Malaysia 12717 A 318 318
32 Malaysia 12718 G 318 318
33 Malaysia 12719 A 318 318
34 Malaysia 12720 T 318 318
35 Malaysia 12721 G 318 318
36 Malaysia 12722 T 318 318
37 Malaysia 12723 C 318 318
38 Malaysia 12724 T 318 318
39 Malaysia 12725 T 318 318
40 Malaysia 12726 G 318 318
41 Malaysia 12727 T 318 318
42 Malaysia 12728 G 318 318
43 Malaysia 12729 C 318 318
44 Malaysia 12730 T 318 318
45 Malaysia 12731 G 318 318
46 Malaysia 12732 C 318 318
47 Malaysia 12733 C 318 318
48 Malaysia 12734 G 318 318
49 Malaysia 12735 G 318 318
50 Malaysia 12736 T 318 318
51 Malaysia 12737 A 318 318
52 Malaysia 12738 C 318 318
53 Malaysia 12739 T 318 318
54 Malaysia 12740 A 318 318
55 Malaysia 12741 C 318 318
56 Malaysia 12742 A 318 318
57 Malaysia 12743 C 318 318
58 Malaysia 12744 A 318 318
59 Malaysia 12745 A 318 318
60 Malaysia 12746 A 318 318
61 Malaysia 12747 C 318 318
62 Malaysia 12748 T 318 318
63 Malaysia 12749 G 318 318
64 Malaysia 12750 C 318 318
65 Malaysia 12751 T 318 318
66 Malaysia 12752 T 318 318
67 Malaysia 12753 G 318 318
68 Malaysia 12754 C T 318 316 Cys4163Cys
69 Malaysia 12755 A 318 318
70 Malaysia 12756 C 318 318
71 Malaysia 12757 T 318 318
72 Malaysia 12758 G 318 318
73 Malaysia 12759 A 318 318
74 Malaysia 12760 T 318 318
75 Malaysia 12761 G 318 318
76 Malaysia 12762 A 318 318
77 Malaysia 12763 C 318 318
78 Malaysia 12764 A 318 318
79 Malaysia 12765 A 318 318
80 Malaysia 12766 T 318 318
81 Malaysia 12767 G 318 318
82 Malaysia 12768 C 318 318
83 Malaysia 12769 G 318 318
84 Malaysia 12770 T 318 318
85 Malaysia 12771 T 318 318
86 Malaysia 12772 A 318 318
87 Malaysia 12773 G 318 318
88 Malaysia 12774 C 318 318
89 Malaysia 12775 T 318 318
90 Malaysia 12776 T 318 318
91 Malaysia 12777 A 318 318
92 Malaysia 12778 C 318 318
93 Malaysia 12779 T 318 318
94 Malaysia 12780 A 318 318
95 Malaysia 12781 C 318 318
96 Malaysia 12782 A 318 318
97 Malaysia 12783 A 318 318
98 Malaysia 12784 C 318 318
99 Malaysia 12785 A 318 318
100 Malaysia 12786 C 318 318
101 Malaysia 12787 A 318 318
102 Malaysia 12788 A 318 318
103 Malaysia 12789 C 318 318
104 Malaysia 12790 A 318 318
105 Malaysia 12791 A 318 318
106 Malaysia 12792 A 318 318
107 Malaysia 12793 G 318 318
108 Malaysia 12794 G 318 318
109 Malaysia 12795 G 318 318
110 Malaysia 12796 A 318 318
111 Malaysia 12797 G 318 318
112 Malaysia 12798 G 318 318
113 Malaysia 12799 T 318 318
114 Malaysia 12800 A 318 318
115 Malaysia 12801 G 318 318
116 Malaysia 12802 G 318 318
117 Malaysia 12803 T 318 318
118 Malaysia 12804 T 318 318
119 Malaysia 12805 T 318 318
120 Malaysia 12806 G 318 318
121 Malaysia 12807 T 318 318
122 Malaysia 12808 A 318 318
123 Malaysia 12809 C 318 318
124 Malaysia 12810 T 318 318
125 Malaysia 12811 T 318 318
126 Malaysia 12812 G 318 318
127 Malaysia 12813 C 318 318
128 Malaysia 12814 A 318 318
129 Malaysia 12815 C 318 318
130 Malaysia 12816 T 318 318
131 Malaysia 12817 G 318 318
132 Malaysia 12818 T 318 318
133 Malaysia 12819 T 318 318
134 Malaysia 12820 A 318 318
135 Malaysia 12821 T 318 318
136 Malaysia 12822 C 318 318
137 Malaysia 12823 C 318 318
138 Malaysia 12824 G 318 318
139 Malaysia 12825 A 318 318
140 Malaysia 12826 T 318 318
141 Malaysia 12827 T 318 318
142 Malaysia 12828 T 318 318
143 Malaysia 12829 A 318 318
144 Malaysia 12830 C 318 318
145 Malaysia 12831 A 318 318
146 Malaysia 12832 G 318 318
147 Malaysia 12833 G 318 318
148 Malaysia 12834 A 318 318
149 Malaysia 12835 T 318 318
150 Malaysia 12836 T 318 318
151 Malaysia 12837 T 318 318
152 Malaysia 12838 G 318 318
153 Malaysia 12839 A 318 318
154 Malaysia 12840 A 318 318
155 Malaysia 12841 A 318 318
156 Malaysia 12842 T 318 318
157 Malaysia 12843 G 318 318
158 Malaysia 12844 G 318 318
159 Malaysia 12845 G 318 318
160 Malaysia 12846 C 318 318
161 Malaysia 12847 T 318 318
162 Malaysia 12848 A 318 318
163 Malaysia 12849 G 318 318
164 Malaysia 12850 A 318 318
165 Malaysia 12851 T 318 318
166 Malaysia 12852 T 318 318
167 Malaysia 12853 C 318 318
168 Malaysia 12854 C 318 318
169 Malaysia 12855 C 318 318
170 Malaysia 12856 T 318 318
171 Malaysia 12857 A 318 318
172 Malaysia 12858 A 318 318
173 Malaysia 12859 G 318 318
174 Malaysia 12860 A 318 318
175 Malaysia 12861 G 318 318
176 Malaysia 12862 T 318 318
177 Malaysia 12863 G 318 318
178 Malaysia 12864 A 318 318
179 Malaysia 12865 T 318 318
180 Malaysia 12866 G 318 318
181 Malaysia 12867 G 318 318
182 Malaysia 12868 A 318 318
183 Malaysia 12869 A 318 318
184 Malaysia 12870 C 318 318
185 Malaysia 12871 T 318 318
186 Malaysia 12872 G 318 318
187 Malaysia 12873 G 318 318
188 Malaysia 12874 T 318 318
189 Malaysia 12875 A 318 318
190 Malaysia 12876 C 318 318
191 Malaysia 12877 T 318 318
192 Malaysia 12878 A 318 318
193 Malaysia 12879 T 318 318
194 Malaysia 12880 C 318 318
195 Malaysia 12881 T 318 318
196 Malaysia 12882 A 318 318
197 Malaysia 12883 T 318 318
198 Malaysia 12884 A 318 318
199 Malaysia 12885 C 318 318
200 Malaysia 12886 A 318 318
201 Malaysia 12887 G 318 318
202 Malaysia 12888 A 318 318
203 Malaysia 12889 A 318 318
204 Malaysia 12890 C 318 318
205 Malaysia 12891 T 318 318
206 Malaysia 12892 G 318 318
207 Malaysia 12893 G 318 318
208 Malaysia 12894 A 318 318
209 Malaysia 12895 A 318 318
210 Malaysia 12896 C 318 318
211 Malaysia 12897 C 318 318
212 Malaysia 12898 A 318 318
213 Malaysia 12899 C 318 318
214 Malaysia 12900 C 318 318
215 Malaysia 12901 T 318 318
216 Malaysia 12902 T 318 318
217 Malaysia 12903 G 318 318
218 Malaysia 12904 T 318 318
219 Malaysia 12905 A 318 318
220 Malaysia 12906 G 318 318
221 Malaysia 12907 G 318 318
222 Malaysia 12908 T 318 318
223 Malaysia 12909 T 318 318
224 Malaysia 12910 T 318 318
225 Malaysia 12911 G 318 318
226 Malaysia 12912 T 318 318
227 Malaysia 12913 T 318 318
228 Malaysia 12914 A 318 318
229 Malaysia 12915 C 318 318
230 Malaysia 12916 A 318 318
231 Malaysia 12917 G 318 318
232 Malaysia 12918 A 318 318
233 Malaysia 12919 C 318 318
234 Malaysia 12920 A 318 318
235 Malaysia 12921 C 318 318
236 Malaysia 12922 A 318 318
237 Malaysia 12923 C 318 318
238 Malaysia 12924 C 318 318
239 Malaysia 12925 T 318 318
240 Malaysia 12926 A 318 318
241 Malaysia 12927 A 318 318
242 Malaysia 12928 A 318 318
243 Malaysia 12929 G 318 318
244 Malaysia 12930 G 318 318
245 Malaysia 12931 T 318 318
246 Malaysia 12932 C 318 318
247 Malaysia 12933 C 318 318
248 Malaysia 12934 T 318 318
249 Malaysia 12935 A 318 318
250 Malaysia 12936 A 318 318
251 Malaysia 12937 A 318 318
252 Malaysia 12938 G 318 318
253 Malaysia 12939 T 318 318
254 Malaysia 12940 G 318 318
255 Malaysia 12941 A 318 318
256 Malaysia 12942 A 318 318
257 Malaysia 12943 G 318 318
258 Malaysia 12944 T 318 318
259 Malaysia 12945 A 318 318
260 Malaysia 12946 T 318 318
261 Malaysia 12947 T 318 318
262 Malaysia 12948 T 318 318
263 Malaysia 12949 A 318 318
264 Malaysia 12950 T 318 318
265 Malaysia 12951 A 318 318
266 Malaysia 12952 C 318 318
267 Malaysia 12953 T 318 318
268 Malaysia 12954 T 318 318
269 Malaysia 12955 T 318 318
270 Malaysia 12956 A 318 318
271 Malaysia 12957 T 318 318
272 Malaysia 12958 T 318 318
273 Malaysia 12959 A 318 318
274 Malaysia 12960 A 318 318
275 Malaysia 12961 A 318 318
276 Malaysia 12962 G 318 318
277 Malaysia 12963 G 318 318
278 Malaysia 12964 A 318 318
279 Malaysia 12965 T 318 318
280 Malaysia 12966 T 318 318
281 Malaysia 12967 A 318 318
282 Malaysia 12968 A 318 318
283 Malaysia 12969 A 318 318
284 Malaysia 12970 C 318 318
285 Malaysia 12971 A 318 318
286 Malaysia 12972 A 318 318
287 Malaysia 12973 C 318 318
288 Malaysia 12974 C 318 318
289 Malaysia 12975 T 318 318
290 Malaysia 12976 A 318 318
291 Malaysia 12977 A 318 318
292 Malaysia 12978 A 318 318
293 Malaysia 12979 T 318 318
294 Malaysia 12980 A 318 318
295 Malaysia 12981 G 318 318
296 Malaysia 12982 A 318 318
297 Malaysia 12983 G 318 318
298 Malaysia 12984 G 318 318
299 Malaysia 12985 T 318 318
300 Malaysia 12986 A 318 318
301 Malaysia 12987 T 318 318
302 Malaysia 12988 G 318 318
303 Malaysia 12989 G 318 318
304 Malaysia 12990 T 318 318
305 Malaysia 12991 A 318 318
306 Malaysia 12992 C 318 318
307 Malaysia 12993 T 318 318
308 Malaysia 12994 T 318 318
309 Malaysia 12995 G 318 318
310 Malaysia 12996 G 318 318
311 Malaysia 12997 T 318 318
312 Malaysia 12998 A 318 318
313 Malaysia 12999 G 318 318
314 Malaysia 13000 T 318 318
315 Malaysia 13001 T 318 318
316 Malaysia 13002 T 318 318
317 Malaysia 13003 A 318 318
318 Malaysia 13004 G 318 318
319 Malaysia 13005 C 318 318
320 Malaysia 13006 T 318 318
321 Malaysia 13007 G 318 318
322 Malaysia 13008 C 318 318
323 Malaysia 13009 C 318 318
324 Malaysia 13010 A 318 318
325 Malaysia 13011 C 318 318
326 Malaysia 13012 A 318 318
327 Malaysia 13013 G 318 318
328 Malaysia 13014 T 318 318
329 Malaysia 13015 A 318 318
330 Malaysia 13016 C 318 318
331 Malaysia 13017 G 318 318
332 Malaysia 13018 T 318 318
333 Malaysia 13019 C 318 318
334 Malaysia 13020 T 318 318
335 Malaysia 13021 A 318 318
336 Malaysia 13022 C 318 318
337 Malaysia 13023 A 318 318
338 Malaysia 13024 A 318 318