National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G I K L M N P Q R S T V W Y
-   339                                      
?                                          
A   30 2                               1    
C   9                                      
D   18           1                          
E   9                                      
F   12         1                            
G   27                                      
I   6             1                        
K   21                                      
L   45         1       2           1        
M   6             1                        
N   21                     4                
P   18                 2                    
Q   12                         1            
R   18                                      
S   15                             1        
T   36 1           3       1         1      
V   18                                      
W   3                                      
Y   15                                     1

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Luxembourg 12686 A 2323 2323
1 Luxembourg 12687 A 2324 2324
2 Luxembourg 12688 T C 2324 2323 Asn4141Asn
3 Luxembourg 12689 A 2324 2324
4 Luxembourg 12690 A 2324 2324
5 Luxembourg 12691 T 2324 2324
6 Luxembourg 12692 G 2324 2324
7 Luxembourg 12693 A 2324 2324
8 Luxembourg 12694 G 2324 2324
9 Luxembourg 12695 C 2324 2324
10 Luxembourg 12696 T 2324 2324
11 Luxembourg 12697 T 2324 2324
12 Luxembourg 12698 A 2324 2324
13 Luxembourg 12699 G 2324 2324
14 Luxembourg 12700 T 2324 2324
15 Luxembourg 12701 C 2324 2324
16 Luxembourg 12702 C 2324 2324
17 Luxembourg 12703 T 2324 2324
18 Luxembourg 12704 G 2324 2324
19 Luxembourg 12705 T 2324 2324
20 Luxembourg 12706 T 2324 2324
21 Luxembourg 12707 G 2324 2324
22 Luxembourg 12708 C 2324 2324
23 Luxembourg 12709 A 2324 2324
24 Luxembourg 12710 C 2324 2324
25 Luxembourg 12711 T 2324 2324
26 Luxembourg 12712 A 2324 2324
27 Luxembourg 12713 C 2324 2324
28 Luxembourg 12714 G 2324 2324
29 Luxembourg 12715 A 2324 2324
30 Luxembourg 12716 C 2324 2324
31 Luxembourg 12717 A 2324 2324
32 Luxembourg 12718 G 2324 2324
33 Luxembourg 12719 A 2324 2324
34 Luxembourg 12720 T 2324 2324
35 Luxembourg 12721 G 2325 2325
36 Luxembourg 12722 T 2325 2325
37 Luxembourg 12723 C 2325 2325
38 Luxembourg 12724 T 2325 2325
39 Luxembourg 12725 T 2325 2325
40 Luxembourg 12726 G 2325 2325
41 Luxembourg 12727 T 2325 2325
42 Luxembourg 12728 G 2325 2325
43 Luxembourg 12729 C 2325 2325
44 Luxembourg 12730 T 2325 2325
45 Luxembourg 12731 G 2325 2325
46 Luxembourg 12732 C 2325 2325
47 Luxembourg 12733 C 2325 2325
48 Luxembourg 12734 G 2325 2325
49 Luxembourg 12735 G 2325 2325
50 Luxembourg 12736 T 2325 2325
51 Luxembourg 12737 A 2325 2325
52 Luxembourg 12738 C 2325 2325
53 Luxembourg 12739 T A 2325 2323 Thr4158Thr
54 Luxembourg 12740 A 2325 2325
55 Luxembourg 12741 C 2325 2325
56 Luxembourg 12742 A 2325 2325
57 Luxembourg 12743 C 2325 2325
58 Luxembourg 12744 A 2325 2325
59 Luxembourg 12745 A 2325 2325
60 Luxembourg 12746 A 2322 2322
61 Luxembourg 12747 C A 2322 2312 Thr4161Asn
62 Luxembourg 12748 T 2322 2322
63 Luxembourg 12749 G 2322 2322
64 Luxembourg 12750 C T 2322 2321 Ala4162Val
65 Luxembourg 12751 T 2322 2322
66 Luxembourg 12752 T 2322 2322
67 Luxembourg 12753 G 2322 2322
68 Luxembourg 12754 C 2322 2322
69 Luxembourg 12755 A G 2322 2313 Thr4164Ala
70 Luxembourg 12756 C T 2322 2319 Thr4164Ile
71 Luxembourg 12757 T 2322 2322
72 Luxembourg 12758 G 2322 2322
73 Luxembourg 12759 A G 2322 2317 Asp4165Gly
74 Luxembourg 12760 T 2322 2322
75 Luxembourg 12761 G 2322 2322
76 Luxembourg 12762 A 2322 2322
77 Luxembourg 12763 C 2322 2322
78 Luxembourg 12764 A 2322 2322
79 Luxembourg 12765 A 2322 2322
80 Luxembourg 12766 T C 2322 2318 Asn4167Asn
81 Luxembourg 12767 G 2322 2322
82 Luxembourg 12768 C 2322 2322
83 Luxembourg 12769 G 2322 2322
84 Luxembourg 12770 T 2322 2322
85 Luxembourg 12771 T 2322 2322
86 Luxembourg 12772 A 2322 2322
87 Luxembourg 12773 G 2322 2322
88 Luxembourg 12774 C 2322 2322
89 Luxembourg 12775 T 2322 2322
90 Luxembourg 12776 T 2322 2322
91 Luxembourg 12777 A 2322 2322
92 Luxembourg 12778 C 2322 2322
93 Luxembourg 12779 T 2322 2322
94 Luxembourg 12780 A 2322 2322
95 Luxembourg 12781 C T 2322 2321 Tyr4172Tyr
96 Luxembourg 12782 A 2322 2322
97 Luxembourg 12783 A 2322 2322
98 Luxembourg 12784 C 2322 2322
99 Luxembourg 12785 A 2322 2322
100 Luxembourg 12786 C T 2322 2321 Thr4174Ile
101 Luxembourg 12787 A 2322 2322
102 Luxembourg 12788 A 2322 2322
103 Luxembourg 12789 C T 2322 2313 Thr4175Ile
104 Luxembourg 12790 A 2322 2322
105 Luxembourg 12791 A 2322 2322
106 Luxembourg 12792 A 2322 2322
107 Luxembourg 12793 G 2322 2322
108 Luxembourg 12794 G 2322 2322
109 Luxembourg 12795 G 2322 2322
110 Luxembourg 12796 A 2322 2322
111 Luxembourg 12797 G 2322 2322
112 Luxembourg 12798 G 2322 2322
113 Luxembourg 12799 T 2322 2322
114 Luxembourg 12800 A 2322 2322
115 Luxembourg 12801 G 2322 2322
116 Luxembourg 12802 G 2322 2322
117 Luxembourg 12803 T 2322 2322
118 Luxembourg 12804 T 2322 2322
119 Luxembourg 12805 T 2322 2322
120 Luxembourg 12806 G 2325 2325
121 Luxembourg 12807 T 2325 2325
122 Luxembourg 12808 A 2325 2325
123 Luxembourg 12809 C T 2325 2324 Leu4182Phe
124 Luxembourg 12810 T 2325 2325
125 Luxembourg 12811 T 2325 2325
126 Luxembourg 12812 G 2325 2325
127 Luxembourg 12813 C 2325 2325
128 Luxembourg 12814 A 2325 2325
129 Luxembourg 12815 C 2325 2325
130 Luxembourg 12816 T 2325 2325
131 Luxembourg 12817 G T 2325 2324 Leu4184Leu
132 Luxembourg 12818 T 2325 2325
133 Luxembourg 12819 T 2325 2325
134 Luxembourg 12820 A 2325 2325
135 Luxembourg 12821 T 2325 2325
136 Luxembourg 12822 C 2325 2325
137 Luxembourg 12823 C T 2325 2323 Ser4186Ser
138 Luxembourg 12824 G 2325 2325
139 Luxembourg 12825 A 2325 2325
140 Luxembourg 12826 T 2325 2325
141 Luxembourg 12827 T 2325 2325
142 Luxembourg 12828 T C 2325 2324 Leu4188Ser
143 Luxembourg 12829 A 2325 2325
144 Luxembourg 12830 C 2325 2325
145 Luxembourg 12831 A 2325 2325
146 Luxembourg 12832 G A 2325 2324 Gln4189Gln
147 Luxembourg 12833 G 2325 2325
148 Luxembourg 12834 A 2325 2325
149 Luxembourg 12835 T 2325 2325
150 Luxembourg 12836 T 2325 2325
151 Luxembourg 12837 T 2325 2325
152 Luxembourg 12838 G 2325 2325
153 Luxembourg 12839 A 2325 2325
154 Luxembourg 12840 A 2325 2325
155 Luxembourg 12841 A 2325 2325
156 Luxembourg 12842 T 2325 2325
157 Luxembourg 12843 G 2325 2325
158 Luxembourg 12844 G 2325 2325
159 Luxembourg 12845 G 2325 2325
160 Luxembourg 12846 C 2325 2325
161 Luxembourg 12847 T C 2325 2324 Ala4194Ala
162 Luxembourg 12848 A 2325 2325
163 Luxembourg 12849 G 2325 2325
164 Luxembourg 12850 A 2325 2325
165 Luxembourg 12851 T 2325 2325
166 Luxembourg 12852 T 2325 2325
167 Luxembourg 12853 C T 2325 2324 Phe4196Phe
168 Luxembourg 12854 C 2325 2325
169 Luxembourg 12855 C 2325 2325
170 Luxembourg 12856 T 2325 2325
171 Luxembourg 12857 A 2325 2325
172 Luxembourg 12858 A 2325 2325
173 Luxembourg 12859 G 2325 2325
174 Luxembourg 12860 A 2325 2325
175 Luxembourg 12861 G 2325 2325
176 Luxembourg 12862 T 2325 2325
177 Luxembourg 12863 G 2325 2325
178 Luxembourg 12864 A 2325 2325
179 Luxembourg 12865 T 2325 2325
180 Luxembourg 12866 G 2325 2325
181 Luxembourg 12867 G 2325 2325
182 Luxembourg 12868 A 2325 2325
183 Luxembourg 12869 A 2325 2325
184 Luxembourg 12870 C 2325 2325
185 Luxembourg 12871 T 2325 2325
186 Luxembourg 12872 G 2325 2325
187 Luxembourg 12873 G 2325 2325
188 Luxembourg 12874 T 2325 2325
189 Luxembourg 12875 A 2325 2325
190 Luxembourg 12876 C 2325 2325
191 Luxembourg 12877 T 2325 2325
192 Luxembourg 12878 A 2325 2325
193 Luxembourg 12879 T 2325 2325
194 Luxembourg 12880 C T 2325 2320 Ile4205Ile
195 Luxembourg 12881 T 2325 2325
196 Luxembourg 12882 A 2325 2325
197 Luxembourg 12883 T 2325 2325
198 Luxembourg 12884 A 2325 2325
199 Luxembourg 12885 C 2325 2325
200 Luxembourg 12886 A 2325 2325
201 Luxembourg 12887 G 2325 2325
202 Luxembourg 12888 A 2325 2325
203 Luxembourg 12889 A 2325 2325
204 Luxembourg 12890 C 2325 2325
205 Luxembourg 12891 T 2325 2325
206 Luxembourg 12892 G 2325 2325
207 Luxembourg 12893 G 2325 2325
208 Luxembourg 12894 A 2325 2325
209 Luxembourg 12895 A 2325 2325
210 Luxembourg 12896 C 2325 2325
211 Luxembourg 12897 C 2325 2325
212 Luxembourg 12898 A 2325 2325
213 Luxembourg 12899 C 2325 2325
214 Luxembourg 12900 C 2325 2325
215 Luxembourg 12901 T 2325 2325
216 Luxembourg 12902 T 2325 2325
217 Luxembourg 12903 G 2325 2325
218 Luxembourg 12904 T 2325 2325
219 Luxembourg 12905 A 2325 2325
220 Luxembourg 12906 G 2325 2325
221 Luxembourg 12907 G 2325 2325
222 Luxembourg 12908 T 2325 2325
223 Luxembourg 12909 T 2325 2325
224 Luxembourg 12910 T 2325 2325
225 Luxembourg 12911 G 2325 2325
226 Luxembourg 12912 T 2325 2325
227 Luxembourg 12913 T 2325 2325
228 Luxembourg 12914 A 2325 2325
229 Luxembourg 12915 C 2325 2325
230 Luxembourg 12916 A 2325 2325
231 Luxembourg 12917 G 2325 2325
232 Luxembourg 12918 A 2325 2325
233 Luxembourg 12919 C 2325 2325
234 Luxembourg 12920 A 2325 2325
235 Luxembourg 12921 C 2325 2325
236 Luxembourg 12922 A 2325 2325
237 Luxembourg 12923 C 2325 2325
238 Luxembourg 12924 C T 2325 2323 Pro4220Leu
239 Luxembourg 12925 T 2325 2325
240 Luxembourg 12926 A 2325 2325
241 Luxembourg 12927 A 2325 2325
242 Luxembourg 12928 A 2325 2325
243 Luxembourg 12929 G 2325 2325
244 Luxembourg 12930 G 2325 2325
245 Luxembourg 12931 T 2325 2325
246 Luxembourg 12932 C 2325 2325
247 Luxembourg 12933 C T 2325 2324 Pro4223Leu
248 Luxembourg 12934 T 2325 2325
249 Luxembourg 12935 A 2325 2325
250 Luxembourg 12936 A 2325 2325
251 Luxembourg 12937 A 2325 2325
252 Luxembourg 12938 G 2325 2325
253 Luxembourg 12939 T 2325 2325
254 Luxembourg 12940 G 2325 2325
255 Luxembourg 12941 A 2325 2325
256 Luxembourg 12942 A 2325 2325
257 Luxembourg 12943 G 2325 2325
258 Luxembourg 12944 T 2325 2325
259 Luxembourg 12945 A 2325 2325
260 Luxembourg 12946 T 2325 2325
261 Luxembourg 12947 T 2325 2325
262 Luxembourg 12948 T 2325 2325
263 Luxembourg 12949 A 2325 2325
264 Luxembourg 12950 T 2325 2325
265 Luxembourg 12951 A 2325 2325
266 Luxembourg 12952 C 2325 2325
267 Luxembourg 12953 T 2325 2325
268 Luxembourg 12954 T 2325 2325
269 Luxembourg 12955 T 2325 2325
270 Luxembourg 12956 A 2325 2325
271 Luxembourg 12957 T 2325 2325
272 Luxembourg 12958 T 2325 2325
273 Luxembourg 12959 A 2325 2325
274 Luxembourg 12960 A 2325 2325
275 Luxembourg 12961 A 2325 2325
276 Luxembourg 12962 G 2325 2325
277 Luxembourg 12963 G 2325 2325
278 Luxembourg 12964 A 2325 2325
279 Luxembourg 12965 T 2325 2325
280 Luxembourg 12966 T 2325 2325
281 Luxembourg 12967 A 2325 2325
282 Luxembourg 12968 A 2325 2325
283 Luxembourg 12969 A 2325 2325
284 Luxembourg 12970 C T 2325 2324 Asn4235Asn
285 Luxembourg 12971 A 2325 2325
286 Luxembourg 12972 A 2325 2325
287 Luxembourg 12973 C T 2325 2324 Asn4236Asn
288 Luxembourg 12974 C 2325 2325
289 Luxembourg 12975 T 2325 2325
290 Luxembourg 12976 A 2325 2325
291 Luxembourg 12977 A 2325 2325
292 Luxembourg 12978 A 2325 2325
293 Luxembourg 12979 T 2325 2325
294 Luxembourg 12980 A 2325 2325
295 Luxembourg 12981 G 2325 2325
296 Luxembourg 12982 A 2325 2325
297 Luxembourg 12983 G 2325 2325
298 Luxembourg 12984 G 2325 2325
299 Luxembourg 12985 T 2325 2325
300 Luxembourg 12986 A 2325 2325
301 Luxembourg 12987 T 2325 2325
302 Luxembourg 12988 G T 2325 2296 Met4241Ile
303 Luxembourg 12989 G 2325 2325
304 Luxembourg 12990 T 2325 2325
305 Luxembourg 12991 A 2325 2325
306 Luxembourg 12992 C 2325 2325
307 Luxembourg 12993 T 2325 2325
308 Luxembourg 12994 T 2325 2325
309 Luxembourg 12995 G 2325 2325
310 Luxembourg 12996 G 2325 2325
311 Luxembourg 12997 T 2325 2325
312 Luxembourg 12998 A 2325 2325
313 Luxembourg 12999 G 2325 2325
314 Luxembourg 13000 T 2325 2325
315 Luxembourg 13001 T 2325 2325
316 Luxembourg 13002 T 2325 2325
317 Luxembourg 13003 A 2325 2325
318 Luxembourg 13004 G 2325 2325
319 Luxembourg 13005 C 2325 2325
320 Luxembourg 13006 T C 2325 2323 Ala4247Ala
321 Luxembourg 13007 G 2325 2325
322 Luxembourg 13008 C 2325 2325
323 Luxembourg 13009 C 2325 2325
324 Luxembourg 13010 A 2325 2325
325 Luxembourg 13011 C 2325 2325
326 Luxembourg 13012 A 2325 2325
327 Luxembourg 13013 G 2325 2325
328 Luxembourg 13014 T 2325 2325
329 Luxembourg 13015 A 2325 2325
330 Luxembourg 13016 C 2325 2325
331 Luxembourg 13017 G 2325 2325
332 Luxembourg 13018 T 2325 2325
333 Luxembourg 13019 C T 2325 2324 Leu4252Leu
334 Luxembourg 13020 T 2325 2325
335 Luxembourg 13021 A 2325 2325
336 Luxembourg 13022 C 2325 2325
337 Luxembourg 13023 A 2325 2325
338 Luxembourg 13024 A 2325 2325