National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G I K L M N P Q R S T V W Y
-   339                                      
?                                          
A   30 1                                    
C   9   1                                  
D   18     1                                
E   9                                      
F   12                                      
G   27                                      
I   6             1                        
K   21                           1          
L   45         1       1                    
M   6                                      
N   21                     1                
P   18                 1                    
Q   12                                      
R   18                                      
S   15                             1        
T   36                                      
V   18                                      
W   3                                      
Y   15                                     1

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Indonesia 12686 A 300 300
1 Indonesia 12687 A 300 300
2 Indonesia 12688 T 300 300
3 Indonesia 12689 A 300 300
4 Indonesia 12690 A 300 300
5 Indonesia 12691 T 300 300
6 Indonesia 12692 G 300 300
7 Indonesia 12693 A 300 300
8 Indonesia 12694 G 300 300
9 Indonesia 12695 C 300 300
10 Indonesia 12696 T 301 301
11 Indonesia 12697 T 301 301
12 Indonesia 12698 A 301 301
13 Indonesia 12699 G 301 301
14 Indonesia 12700 T 301 301
15 Indonesia 12701 C 301 301
16 Indonesia 12702 C 301 301
17 Indonesia 12703 T 301 301
18 Indonesia 12704 G 301 301
19 Indonesia 12705 T 301 301
20 Indonesia 12706 T 301 301
21 Indonesia 12707 G 301 301
22 Indonesia 12708 C 301 301
23 Indonesia 12709 A 301 301
24 Indonesia 12710 C 301 301
25 Indonesia 12711 T 301 301
26 Indonesia 12712 A 301 301
27 Indonesia 12713 C 301 301
28 Indonesia 12714 G 301 301
29 Indonesia 12715 A 301 301
30 Indonesia 12716 C 301 301
31 Indonesia 12717 A 301 301
32 Indonesia 12718 G 301 301
33 Indonesia 12719 A 301 298
34 Indonesia 12720 T 301 298
35 Indonesia 12721 G 301 298
36 Indonesia 12722 T 301 298
37 Indonesia 12723 C 301 298
38 Indonesia 12724 T 301 298
39 Indonesia 12725 T 301 298
40 Indonesia 12726 G 301 298
41 Indonesia 12727 T 301 298
42 Indonesia 12728 G 301 298
43 Indonesia 12729 C 301 298
44 Indonesia 12730 T C 301 297 Ala4155Ala
45 Indonesia 12731 G 301 298
46 Indonesia 12732 C 301 299
47 Indonesia 12733 C 301 300
48 Indonesia 12734 G 301 300
49 Indonesia 12735 G 301 300
50 Indonesia 12736 T 301 300
51 Indonesia 12737 A 301 300
52 Indonesia 12738 C 301 300
53 Indonesia 12739 T 301 301
54 Indonesia 12740 A 301 301
55 Indonesia 12741 C 301 301
56 Indonesia 12742 A 301 301
57 Indonesia 12743 C 301 300
58 Indonesia 12744 A 301 300
59 Indonesia 12745 A 301 300
60 Indonesia 12746 A 301 300
61 Indonesia 12747 C 301 300
62 Indonesia 12748 T 301 300
63 Indonesia 12749 G 301 300
64 Indonesia 12750 C 301 300
65 Indonesia 12751 T 301 300
66 Indonesia 12752 T 301 300
67 Indonesia 12753 G 301 300
68 Indonesia 12754 C T 301 297 Cys4163Cys
69 Indonesia 12755 A 301 300
70 Indonesia 12756 C 301 300
71 Indonesia 12757 T 301 300
72 Indonesia 12758 G 301 300
73 Indonesia 12759 A 301 300
74 Indonesia 12760 T 301 300
75 Indonesia 12761 G 301 300
76 Indonesia 12762 A 301 300
77 Indonesia 12763 C 301 300
78 Indonesia 12764 A 301 300
79 Indonesia 12765 A 301 300
80 Indonesia 12766 T 301 300
81 Indonesia 12767 G 301 300
82 Indonesia 12768 C 301 300
83 Indonesia 12769 G 301 300
84 Indonesia 12770 T 301 300
85 Indonesia 12771 T 301 300
86 Indonesia 12772 A 301 300
87 Indonesia 12773 G 301 300
88 Indonesia 12774 C 301 300
89 Indonesia 12775 T 301 300
90 Indonesia 12776 T 301 300
91 Indonesia 12777 A 301 300
92 Indonesia 12778 C 301 300
93 Indonesia 12779 T 301 300
94 Indonesia 12780 A 301 300
95 Indonesia 12781 C T 301 298 Tyr4172Tyr
96 Indonesia 12782 A 301 300
97 Indonesia 12783 A 301 301
98 Indonesia 12784 C 301 301
99 Indonesia 12785 A 301 301
100 Indonesia 12786 C 301 301
101 Indonesia 12787 A 301 300
102 Indonesia 12788 A 301 301
103 Indonesia 12789 C 301 301
104 Indonesia 12790 A 301 301
105 Indonesia 12791 A 301 301
106 Indonesia 12792 A G 301 300 Lys4176Arg
107 Indonesia 12793 G 301 301
108 Indonesia 12794 G 301 301
109 Indonesia 12795 G 301 301
110 Indonesia 12796 A 301 301
111 Indonesia 12797 G 301 301
112 Indonesia 12798 G 301 301
113 Indonesia 12799 T 301 300
114 Indonesia 12800 A 301 300
115 Indonesia 12801 G 301 300
116 Indonesia 12802 G 301 300
117 Indonesia 12803 T 301 300
118 Indonesia 12804 T 301 300
119 Indonesia 12805 T 301 300
120 Indonesia 12806 G 301 300
121 Indonesia 12807 T 301 301
122 Indonesia 12808 A 301 301
123 Indonesia 12809 C T 301 298 Leu4182Phe
124 Indonesia 12810 T 301 301
125 Indonesia 12811 T 301 301
126 Indonesia 12812 G 301 301
127 Indonesia 12813 C 301 301
128 Indonesia 12814 A 301 301
129 Indonesia 12815 C 301 301
130 Indonesia 12816 T 301 301
131 Indonesia 12817 G 301 301
132 Indonesia 12818 T 301 301
133 Indonesia 12819 T 301 301
134 Indonesia 12820 A 301 301
135 Indonesia 12821 T 301 301
136 Indonesia 12822 C 301 301
137 Indonesia 12823 C T 301 295 Ser4186Ser
138 Indonesia 12824 G 301 301
139 Indonesia 12825 A 301 301
140 Indonesia 12826 T 301 301
141 Indonesia 12827 T 301 301
142 Indonesia 12828 T 301 301
143 Indonesia 12829 A 301 301
144 Indonesia 12830 C 301 301
145 Indonesia 12831 A 301 301
146 Indonesia 12832 G 301 301
147 Indonesia 12833 G 301 301
148 Indonesia 12834 A 301 301
149 Indonesia 12835 T 301 301
150 Indonesia 12836 T 301 301
151 Indonesia 12837 T 301 301
152 Indonesia 12838 G 301 301
153 Indonesia 12839 A 301 301
154 Indonesia 12840 A 301 301
155 Indonesia 12841 A 301 301
156 Indonesia 12842 T 301 301
157 Indonesia 12843 G 301 301
158 Indonesia 12844 G 301 301
159 Indonesia 12845 G 301 301
160 Indonesia 12846 C 301 301
161 Indonesia 12847 T 301 301
162 Indonesia 12848 A 301 301
163 Indonesia 12849 G 301 301
164 Indonesia 12850 A 301 301
165 Indonesia 12851 T 301 301
166 Indonesia 12852 T 301 301
167 Indonesia 12853 C 301 301
168 Indonesia 12854 C 301 301
169 Indonesia 12855 C 301 301
170 Indonesia 12856 T 301 301
171 Indonesia 12857 A 301 301
172 Indonesia 12858 A 301 301
173 Indonesia 12859 G 301 301
174 Indonesia 12860 A 301 301
175 Indonesia 12861 G 301 301
176 Indonesia 12862 T 301 301
177 Indonesia 12863 G 301 301
178 Indonesia 12864 A 301 301
179 Indonesia 12865 T 301 301
180 Indonesia 12866 G 301 301
181 Indonesia 12867 G 301 301
182 Indonesia 12868 A 301 301
183 Indonesia 12869 A 301 301
184 Indonesia 12870 C 301 301
185 Indonesia 12871 T 301 301
186 Indonesia 12872 G 301 301
187 Indonesia 12873 G 301 301
188 Indonesia 12874 T 301 301
189 Indonesia 12875 A 301 301
190 Indonesia 12876 C 301 301
191 Indonesia 12877 T 301 301
192 Indonesia 12878 A 301 301
193 Indonesia 12879 T 301 301
194 Indonesia 12880 C T 301 298 Ile4205Ile
195 Indonesia 12881 T 301 301
196 Indonesia 12882 A 301 301
197 Indonesia 12883 T 301 301
198 Indonesia 12884 A 301 301
199 Indonesia 12885 C 301 301
200 Indonesia 12886 A 301 301
201 Indonesia 12887 G 301 301
202 Indonesia 12888 A 301 301
203 Indonesia 12889 A 301 301
204 Indonesia 12890 C 301 301
205 Indonesia 12891 T 301 301
206 Indonesia 12892 G 301 301
207 Indonesia 12893 G 301 301
208 Indonesia 12894 A 301 301
209 Indonesia 12895 A 301 301
210 Indonesia 12896 C 301 301
211 Indonesia 12897 C 301 301
212 Indonesia 12898 A 301 301
213 Indonesia 12899 C 301 301
214 Indonesia 12900 C 301 301
215 Indonesia 12901 T 301 301
216 Indonesia 12902 T 301 301
217 Indonesia 12903 G 301 301
218 Indonesia 12904 T 301 301
219 Indonesia 12905 A 301 301
220 Indonesia 12906 G 301 301
221 Indonesia 12907 G 301 301
222 Indonesia 12908 T 301 301
223 Indonesia 12909 T 301 301
224 Indonesia 12910 T 301 301
225 Indonesia 12911 G 301 301
226 Indonesia 12912 T 301 301
227 Indonesia 12913 T 301 301
228 Indonesia 12914 A 301 301
229 Indonesia 12915 C 301 301
230 Indonesia 12916 A 301 301
231 Indonesia 12917 G 301 301
232 Indonesia 12918 A 301 301
233 Indonesia 12919 C T 301 300 Asp4218Asp
234 Indonesia 12920 A 301 301
235 Indonesia 12921 C 301 301
236 Indonesia 12922 A 301 301
237 Indonesia 12923 C 301 301
238 Indonesia 12924 C 301 301
239 Indonesia 12925 T 301 301
240 Indonesia 12926 A 301 301
241 Indonesia 12927 A 301 301
242 Indonesia 12928 A 301 301
243 Indonesia 12929 G 301 301
244 Indonesia 12930 G 301 301
245 Indonesia 12931 T 301 301
246 Indonesia 12932 C 301 301
247 Indonesia 12933 C T 301 300 Pro4223Leu
248 Indonesia 12934 T 301 301
249 Indonesia 12935 A 301 301
250 Indonesia 12936 A 301 301
251 Indonesia 12937 A 301 301
252 Indonesia 12938 G 301 301
253 Indonesia 12939 T 301 301
254 Indonesia 12940 G 301 301
255 Indonesia 12941 A 301 301
256 Indonesia 12942 A 301 301
257 Indonesia 12943 G 301 301
258 Indonesia 12944 T 301 301
259 Indonesia 12945 A 301 301
260 Indonesia 12946 T 301 301
261 Indonesia 12947 T 301 301
262 Indonesia 12948 T 301 301
263 Indonesia 12949 A 301 301
264 Indonesia 12950 T 301 301
265 Indonesia 12951 A 301 301
266 Indonesia 12952 C 301 301
267 Indonesia 12953 T 301 300
268 Indonesia 12954 T 301 300
269 Indonesia 12955 T 301 300
270 Indonesia 12956 A 301 300
271 Indonesia 12957 T 301 300
272 Indonesia 12958 T 301 300
273 Indonesia 12959 A 301 300
274 Indonesia 12960 A 301 300
275 Indonesia 12961 A 301 300
276 Indonesia 12962 G 301 300
277 Indonesia 12963 G 301 300
278 Indonesia 12964 A 301 300
279 Indonesia 12965 T 301 300
280 Indonesia 12966 T 301 300
281 Indonesia 12967 A 301 300
282 Indonesia 12968 A 301 300
283 Indonesia 12969 A 301 300
284 Indonesia 12970 C T 301 299 Asn4235Asn
285 Indonesia 12971 A 301 300
286 Indonesia 12972 A 301 300
287 Indonesia 12973 C 301 300
288 Indonesia 12974 C 301 300
289 Indonesia 12975 T 301 300
290 Indonesia 12976 A 301 300
291 Indonesia 12977 A 301 300
292 Indonesia 12978 A 301 300
293 Indonesia 12979 T 301 300
294 Indonesia 12980 A 301 300
295 Indonesia 12981 G 301 300
296 Indonesia 12982 A 301 300
297 Indonesia 12983 G 301 300
298 Indonesia 12984 G 301 300
299 Indonesia 12985 T 301 300
300 Indonesia 12986 A 301 300
301 Indonesia 12987 T 301 300
302 Indonesia 12988 G 301 300
303 Indonesia 12989 G 301 301
304 Indonesia 12990 T 301 301
305 Indonesia 12991 A 301 301
306 Indonesia 12992 C 301 301
307 Indonesia 12993 T 301 301
308 Indonesia 12994 T 301 301
309 Indonesia 12995 G 301 301
310 Indonesia 12996 G 301 301
311 Indonesia 12997 T 301 301
312 Indonesia 12998 A 301 301
313 Indonesia 12999 G 301 301
314 Indonesia 13000 T 301 301
315 Indonesia 13001 T 301 301
316 Indonesia 13002 T 301 301
317 Indonesia 13003 A 300 300
318 Indonesia 13004 G 300 299
319 Indonesia 13005 C 300 299
320 Indonesia 13006 T 300 299
321 Indonesia 13007 G 300 300
322 Indonesia 13008 C 300 300
323 Indonesia 13009 C 300 300
324 Indonesia 13010 A 300 300
325 Indonesia 13011 C 300 300
326 Indonesia 13012 A 297 296
327 Indonesia 13013 G 297 296
328 Indonesia 13014 T 297 296
329 Indonesia 13015 A 297 296
330 Indonesia 13016 C 297 297
331 Indonesia 13017 G 297 297
332 Indonesia 13018 T 297 297
333 Indonesia 13019 C T 297 294 Leu4252Leu
334 Indonesia 13020 T 297 297
335 Indonesia 13021 A 297 297
336 Indonesia 13022 C 297 297
337 Indonesia 13023 A 297 297
338 Indonesia 13024 A 297 297