National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G I K L M N P Q R S T V W Y
-   339                                      
?                                          
A   30 1                               1    
C   9   1                                  
D   18                                      
E   9                                      
F   12                                      
G   27           1                          
I   6                                      
K   21                                      
L   45                 1                    
M   6                                      
N   21                                      
P   18                 1                    
Q   12                                      
R   18                                      
S   15                                      
T   36             1                 1      
V   18                                      
W   3                                      
Y   15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Hong_Kong 12686 A 276 276
1 Hong_Kong 12687 A 276 276
2 Hong_Kong 12688 T 276 276
3 Hong_Kong 12689 A 276 276
4 Hong_Kong 12690 A 276 276
5 Hong_Kong 12691 T 276 276
6 Hong_Kong 12692 G 276 276
7 Hong_Kong 12693 A 276 276
8 Hong_Kong 12694 G 276 276
9 Hong_Kong 12695 C 276 276
10 Hong_Kong 12696 T 276 276
11 Hong_Kong 12697 T 276 276
12 Hong_Kong 12698 A 276 276
13 Hong_Kong 12699 G 276 276
14 Hong_Kong 12700 T 276 276
15 Hong_Kong 12701 C 276 276
16 Hong_Kong 12702 C 276 276
17 Hong_Kong 12703 T 276 276
18 Hong_Kong 12704 G 276 276
19 Hong_Kong 12705 T 276 276
20 Hong_Kong 12706 T 276 276
21 Hong_Kong 12707 G 276 276
22 Hong_Kong 12708 C 276 276
23 Hong_Kong 12709 A 276 276
24 Hong_Kong 12710 C 276 276
25 Hong_Kong 12711 T 276 276
26 Hong_Kong 12712 A 276 276
27 Hong_Kong 12713 C 276 276
28 Hong_Kong 12714 G 276 276
29 Hong_Kong 12715 A 276 276
30 Hong_Kong 12716 C 276 276
31 Hong_Kong 12717 A 276 276
32 Hong_Kong 12718 G 276 276
33 Hong_Kong 12719 A 276 276
34 Hong_Kong 12720 T 276 276
35 Hong_Kong 12721 G 276 276
36 Hong_Kong 12722 T 276 276
37 Hong_Kong 12723 C 276 276
38 Hong_Kong 12724 T 276 276
39 Hong_Kong 12725 T 276 276
40 Hong_Kong 12726 G 276 276
41 Hong_Kong 12727 T 276 276
42 Hong_Kong 12728 G 276 276
43 Hong_Kong 12729 C 276 276
44 Hong_Kong 12730 T 276 276
45 Hong_Kong 12731 G 276 276
46 Hong_Kong 12732 C 276 276
47 Hong_Kong 12733 C A 276 275 Ala4156Ala
48 Hong_Kong 12734 G 276 276
49 Hong_Kong 12735 G 276 276
50 Hong_Kong 12736 T 276 276
51 Hong_Kong 12737 A 276 276
52 Hong_Kong 12738 C 276 276
53 Hong_Kong 12739 T 276 276
54 Hong_Kong 12740 A 276 276
55 Hong_Kong 12741 C 276 276
56 Hong_Kong 12742 A 276 276
57 Hong_Kong 12743 C 276 276
58 Hong_Kong 12744 A 276 276
59 Hong_Kong 12745 A 276 276
60 Hong_Kong 12746 A 276 276
61 Hong_Kong 12747 C 276 276
62 Hong_Kong 12748 T 276 276
63 Hong_Kong 12749 G 276 276
64 Hong_Kong 12750 C 276 276
65 Hong_Kong 12751 T 276 276
66 Hong_Kong 12752 T 276 276
67 Hong_Kong 12753 G 276 276
68 Hong_Kong 12754 C T 276 275 Cys4163Cys
69 Hong_Kong 12755 A 276 276
70 Hong_Kong 12756 C T 276 275 Thr4164Ile
71 Hong_Kong 12757 T 276 276
72 Hong_Kong 12758 G 276 276
73 Hong_Kong 12759 A 276 276
74 Hong_Kong 12760 T 276 276
75 Hong_Kong 12761 G 276 276
76 Hong_Kong 12762 A 276 276
77 Hong_Kong 12763 C 276 276
78 Hong_Kong 12764 A 276 276
79 Hong_Kong 12765 A 276 276
80 Hong_Kong 12766 T 276 276
81 Hong_Kong 12767 G 276 276
82 Hong_Kong 12768 C 276 276
83 Hong_Kong 12769 G 276 276
84 Hong_Kong 12770 T 276 276
85 Hong_Kong 12771 T 276 276
86 Hong_Kong 12772 A 276 276
87 Hong_Kong 12773 G 276 276
88 Hong_Kong 12774 C 276 276
89 Hong_Kong 12775 T 276 276
90 Hong_Kong 12776 T 276 276
91 Hong_Kong 12777 A 276 276
92 Hong_Kong 12778 C 276 276
93 Hong_Kong 12779 T 276 276
94 Hong_Kong 12780 A 276 276
95 Hong_Kong 12781 C 276 276
96 Hong_Kong 12782 A 276 276
97 Hong_Kong 12783 A 276 276
98 Hong_Kong 12784 C 276 276
99 Hong_Kong 12785 A 276 276
100 Hong_Kong 12786 C 276 276
101 Hong_Kong 12787 A 276 276
102 Hong_Kong 12788 A 276 276
103 Hong_Kong 12789 C 276 276
104 Hong_Kong 12790 A 276 276
105 Hong_Kong 12791 A 276 276
106 Hong_Kong 12792 A 276 276
107 Hong_Kong 12793 G 276 276
108 Hong_Kong 12794 G 276 276
109 Hong_Kong 12795 G 276 276
110 Hong_Kong 12796 A 276 276
111 Hong_Kong 12797 G 276 276
112 Hong_Kong 12798 G 276 276
113 Hong_Kong 12799 T 276 276
114 Hong_Kong 12800 A 276 276
115 Hong_Kong 12801 G 276 276
116 Hong_Kong 12802 G 276 276
117 Hong_Kong 12803 T 276 276
118 Hong_Kong 12804 T 276 276
119 Hong_Kong 12805 T 276 276
120 Hong_Kong 12806 G 276 276
121 Hong_Kong 12807 T 276 276
122 Hong_Kong 12808 A 276 276
123 Hong_Kong 12809 C 276 276
124 Hong_Kong 12810 T 276 276
125 Hong_Kong 12811 T 276 276
126 Hong_Kong 12812 G 276 276
127 Hong_Kong 12813 C 276 276
128 Hong_Kong 12814 A 276 276
129 Hong_Kong 12815 C 276 276
130 Hong_Kong 12816 T 276 276
131 Hong_Kong 12817 G 276 276
132 Hong_Kong 12818 T 276 276
133 Hong_Kong 12819 T 276 276
134 Hong_Kong 12820 A G 276 275 Leu4185Leu
135 Hong_Kong 12821 T 276 276
136 Hong_Kong 12822 C 276 276
137 Hong_Kong 12823 C 276 276
138 Hong_Kong 12824 G 276 276
139 Hong_Kong 12825 A 276 276
140 Hong_Kong 12826 T 276 276
141 Hong_Kong 12827 T 276 276
142 Hong_Kong 12828 T 276 276
143 Hong_Kong 12829 A 276 276
144 Hong_Kong 12830 C 276 276
145 Hong_Kong 12831 A 276 276
146 Hong_Kong 12832 G 276 276
147 Hong_Kong 12833 G 276 276
148 Hong_Kong 12834 A 276 276
149 Hong_Kong 12835 T 276 276
150 Hong_Kong 12836 T 276 276
151 Hong_Kong 12837 T 276 276
152 Hong_Kong 12838 G 276 276
153 Hong_Kong 12839 A 276 276
154 Hong_Kong 12840 A 276 276
155 Hong_Kong 12841 A 276 276
156 Hong_Kong 12842 T 276 276
157 Hong_Kong 12843 G 276 276
158 Hong_Kong 12844 G 276 276
159 Hong_Kong 12845 G 276 276
160 Hong_Kong 12846 C 276 276
161 Hong_Kong 12847 T 276 276
162 Hong_Kong 12848 A 276 276
163 Hong_Kong 12849 G 276 276
164 Hong_Kong 12850 A 276 276
165 Hong_Kong 12851 T 276 276
166 Hong_Kong 12852 T 276 276
167 Hong_Kong 12853 C 276 276
168 Hong_Kong 12854 C 276 276
169 Hong_Kong 12855 C 276 276
170 Hong_Kong 12856 T 276 276
171 Hong_Kong 12857 A 276 276
172 Hong_Kong 12858 A 276 276
173 Hong_Kong 12859 G 276 276
174 Hong_Kong 12860 A 276 276
175 Hong_Kong 12861 G 276 276
176 Hong_Kong 12862 T 276 276
177 Hong_Kong 12863 G 276 276
178 Hong_Kong 12864 A 276 276
179 Hong_Kong 12865 T 276 276
180 Hong_Kong 12866 G 276 276
181 Hong_Kong 12867 G 276 276
182 Hong_Kong 12868 A 276 276
183 Hong_Kong 12869 A 276 276
184 Hong_Kong 12870 C 276 276
185 Hong_Kong 12871 T 276 276
186 Hong_Kong 12872 G 276 276
187 Hong_Kong 12873 G 276 276
188 Hong_Kong 12874 T 276 276
189 Hong_Kong 12875 A 276 276
190 Hong_Kong 12876 C 276 276
191 Hong_Kong 12877 T C 276 275 Thr4204Thr
192 Hong_Kong 12878 A 276 276
193 Hong_Kong 12879 T 276 276
194 Hong_Kong 12880 C 276 276
195 Hong_Kong 12881 T 276 276
196 Hong_Kong 12882 A 276 276
197 Hong_Kong 12883 T 276 276
198 Hong_Kong 12884 A 276 276
199 Hong_Kong 12885 C 276 276
200 Hong_Kong 12886 A 276 276
201 Hong_Kong 12887 G 276 276
202 Hong_Kong 12888 A 276 276
203 Hong_Kong 12889 A 276 276
204 Hong_Kong 12890 C 276 276
205 Hong_Kong 12891 T 276 276
206 Hong_Kong 12892 G 276 276
207 Hong_Kong 12893 G 276 276
208 Hong_Kong 12894 A 276 276
209 Hong_Kong 12895 A 276 276
210 Hong_Kong 12896 C 276 276
211 Hong_Kong 12897 C 276 276
212 Hong_Kong 12898 A 276 276
213 Hong_Kong 12899 C 276 276
214 Hong_Kong 12900 C 276 276
215 Hong_Kong 12901 T 276 276
216 Hong_Kong 12902 T 276 276
217 Hong_Kong 12903 G 276 276
218 Hong_Kong 12904 T 276 276
219 Hong_Kong 12905 A 276 276
220 Hong_Kong 12906 G 276 276
221 Hong_Kong 12907 G 276 276
222 Hong_Kong 12908 T 276 276
223 Hong_Kong 12909 T 276 276
224 Hong_Kong 12910 T 276 276
225 Hong_Kong 12911 G 276 276
226 Hong_Kong 12912 T 276 276
227 Hong_Kong 12913 T 276 276
228 Hong_Kong 12914 A 276 276
229 Hong_Kong 12915 C 276 276
230 Hong_Kong 12916 A 276 276
231 Hong_Kong 12917 G 276 276
232 Hong_Kong 12918 A 276 276
233 Hong_Kong 12919 C 276 276
234 Hong_Kong 12920 A 276 276
235 Hong_Kong 12921 C 276 276
236 Hong_Kong 12922 A 276 276
237 Hong_Kong 12923 C 276 276
238 Hong_Kong 12924 C 276 276
239 Hong_Kong 12925 T 276 276
240 Hong_Kong 12926 A 276 276
241 Hong_Kong 12927 A 276 276
242 Hong_Kong 12928 A 276 276
243 Hong_Kong 12929 G 276 276
244 Hong_Kong 12930 G 276 276
245 Hong_Kong 12931 T 276 276
246 Hong_Kong 12932 C 276 276
247 Hong_Kong 12933 C T 276 275 Pro4223Leu
248 Hong_Kong 12934 T 276 276
249 Hong_Kong 12935 A 276 276
250 Hong_Kong 12936 A 276 276
251 Hong_Kong 12937 A 276 276
252 Hong_Kong 12938 G 276 276
253 Hong_Kong 12939 T 276 276
254 Hong_Kong 12940 G 276 276
255 Hong_Kong 12941 A 276 276
256 Hong_Kong 12942 A 276 276
257 Hong_Kong 12943 G 276 276
258 Hong_Kong 12944 T 276 276
259 Hong_Kong 12945 A 276 276
260 Hong_Kong 12946 T 276 276
261 Hong_Kong 12947 T 276 276
262 Hong_Kong 12948 T 276 276
263 Hong_Kong 12949 A 276 276
264 Hong_Kong 12950 T 276 276
265 Hong_Kong 12951 A 276 276
266 Hong_Kong 12952 C 276 276
267 Hong_Kong 12953 T 276 276
268 Hong_Kong 12954 T 276 276
269 Hong_Kong 12955 T 276 276
270 Hong_Kong 12956 A 276 276
271 Hong_Kong 12957 T 276 276
272 Hong_Kong 12958 T 276 276
273 Hong_Kong 12959 A 276 276
274 Hong_Kong 12960 A 276 276
275 Hong_Kong 12961 A 276 276
276 Hong_Kong 12962 G 276 276
277 Hong_Kong 12963 G 276 276
278 Hong_Kong 12964 A G 276 275 Gly4233Gly
279 Hong_Kong 12965 T 276 276
280 Hong_Kong 12966 T 276 276
281 Hong_Kong 12967 A 276 276
282 Hong_Kong 12968 A 276 276
283 Hong_Kong 12969 A 276 276
284 Hong_Kong 12970 C 276 275
285 Hong_Kong 12971 A 276 276
286 Hong_Kong 12972 A 276 276
287 Hong_Kong 12973 C 276 276
288 Hong_Kong 12974 C 276 276
289 Hong_Kong 12975 T 276 276
290 Hong_Kong 12976 A 276 276
291 Hong_Kong 12977 A 276 276
292 Hong_Kong 12978 A 276 276
293 Hong_Kong 12979 T 276 276
294 Hong_Kong 12980 A 276 276
295 Hong_Kong 12981 G 276 276
296 Hong_Kong 12982 A 276 276
297 Hong_Kong 12983 G 276 276
298 Hong_Kong 12984 G 276 276
299 Hong_Kong 12985 T 276 276
300 Hong_Kong 12986 A 276 276
301 Hong_Kong 12987 T 276 276
302 Hong_Kong 12988 G 276 276
303 Hong_Kong 12989 G 276 276
304 Hong_Kong 12990 T 276 276
305 Hong_Kong 12991 A 276 276
306 Hong_Kong 12992 C 276 276
307 Hong_Kong 12993 T 276 276
308 Hong_Kong 12994 T 276 276
309 Hong_Kong 12995 G 276 276
310 Hong_Kong 12996 G 276 276
311 Hong_Kong 12997 T 276 276
312 Hong_Kong 12998 A 276 276
313 Hong_Kong 12999 G 276 276
314 Hong_Kong 13000 T 276 276
315 Hong_Kong 13001 T 276 276
316 Hong_Kong 13002 T 276 276
317 Hong_Kong 13003 A 276 276
318 Hong_Kong 13004 G 276 276
319 Hong_Kong 13005 C T 276 275 Ala4247Val
320 Hong_Kong 13006 T 276 276
321 Hong_Kong 13007 G 276 276
322 Hong_Kong 13008 C 276 276
323 Hong_Kong 13009 C 276 276
324 Hong_Kong 13010 A 276 276
325 Hong_Kong 13011 C 276 276
326 Hong_Kong 13012 A 276 276
327 Hong_Kong 13013 G 276 276
328 Hong_Kong 13014 T 276 276
329 Hong_Kong 13015 A 276 276
330 Hong_Kong 13016 C 276 276
331 Hong_Kong 13017 G 276 276
332 Hong_Kong 13018 T 276 276
333 Hong_Kong 13019 C 276 276
334 Hong_Kong 13020 T 276 276
335 Hong_Kong 13021 A 276 276
336 Hong_Kong 13022 C 276 276
337 Hong_Kong 13023 A 276 276
338 Hong_Kong 13024 A 276 276