National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G I K L M N P Q R S T V W Y
-   339                                      
?                                          
A   30                                      
C   9                                      
D   18                                      
E   9                                      
F   12                                      
G   27                                      
I   6                                      
K   21                                      
L   45                                      
M   6                                      
N   21                                      
P   18                                      
Q   12                                      
R   18                                      
S   15                                      
T   36                                      
V   18                                      
W   3                                      
Y   15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Estonia 12686 A 20 20
1 Estonia 12687 A 20 20
2 Estonia 12688 T 20 20
3 Estonia 12689 A 20 20
4 Estonia 12690 A 20 20
5 Estonia 12691 T 20 20
6 Estonia 12692 G 20 20
7 Estonia 12693 A 20 20
8 Estonia 12694 G 20 20
9 Estonia 12695 C 20 20
10 Estonia 12696 T 20 20
11 Estonia 12697 T 20 20
12 Estonia 12698 A 20 20
13 Estonia 12699 G 20 20
14 Estonia 12700 T 20 20
15 Estonia 12701 C 20 20
16 Estonia 12702 C 20 20
17 Estonia 12703 T 20 20
18 Estonia 12704 G 20 20
19 Estonia 12705 T 20 20
20 Estonia 12706 T 20 20
21 Estonia 12707 G 20 20
22 Estonia 12708 C 20 20
23 Estonia 12709 A 20 20
24 Estonia 12710 C 20 20
25 Estonia 12711 T 20 20
26 Estonia 12712 A 20 20
27 Estonia 12713 C 20 20
28 Estonia 12714 G 20 20
29 Estonia 12715 A 20 20
30 Estonia 12716 C 20 20
31 Estonia 12717 A 20 20
32 Estonia 12718 G 20 20
33 Estonia 12719 A 20 20
34 Estonia 12720 T 20 20
35 Estonia 12721 G 20 20
36 Estonia 12722 T 20 20
37 Estonia 12723 C 20 20
38 Estonia 12724 T 20 20
39 Estonia 12725 T 20 20
40 Estonia 12726 G 20 20
41 Estonia 12727 T 20 20
42 Estonia 12728 G 20 20
43 Estonia 12729 C 20 20
44 Estonia 12730 T 20 20
45 Estonia 12731 G 20 20
46 Estonia 12732 C 20 20
47 Estonia 12733 C 20 20
48 Estonia 12734 G 20 20
49 Estonia 12735 G 20 20
50 Estonia 12736 T 20 20
51 Estonia 12737 A 20 20
52 Estonia 12738 C 20 20
53 Estonia 12739 T 20 20
54 Estonia 12740 A 20 20
55 Estonia 12741 C 20 20
56 Estonia 12742 A 20 20
57 Estonia 12743 C 20 20
58 Estonia 12744 A 20 20
59 Estonia 12745 A 20 20
60 Estonia 12746 A 20 20
61 Estonia 12747 C 20 20
62 Estonia 12748 T 20 20
63 Estonia 12749 G 20 20
64 Estonia 12750 C 20 20
65 Estonia 12751 T 20 20
66 Estonia 12752 T 20 20
67 Estonia 12753 G 20 20
68 Estonia 12754 C 20 20
69 Estonia 12755 A 20 20
70 Estonia 12756 C 20 20
71 Estonia 12757 T 20 20
72 Estonia 12758 G 20 20
73 Estonia 12759 A 20 20
74 Estonia 12760 T 20 20
75 Estonia 12761 G 20 20
76 Estonia 12762 A 20 20
77 Estonia 12763 C 20 20
78 Estonia 12764 A 20 20
79 Estonia 12765 A 20 20
80 Estonia 12766 T 20 20
81 Estonia 12767 G 20 20
82 Estonia 12768 C 20 20
83 Estonia 12769 G 20 20
84 Estonia 12770 T 20 20
85 Estonia 12771 T 20 20
86 Estonia 12772 A 20 20
87 Estonia 12773 G 20 20
88 Estonia 12774 C 20 20
89 Estonia 12775 T 20 20
90 Estonia 12776 T 20 20
91 Estonia 12777 A 20 20
92 Estonia 12778 C 20 20
93 Estonia 12779 T 20 20
94 Estonia 12780 A 20 20
95 Estonia 12781 C 20 20
96 Estonia 12782 A 20 20
97 Estonia 12783 A 20 20
98 Estonia 12784 C 20 20
99 Estonia 12785 A 20 20
100 Estonia 12786 C 20 20
101 Estonia 12787 A 20 20
102 Estonia 12788 A 20 20
103 Estonia 12789 C 20 20
104 Estonia 12790 A 20 20
105 Estonia 12791 A 20 20
106 Estonia 12792 A 20 20
107 Estonia 12793 G 20 20
108 Estonia 12794 G 20 20
109 Estonia 12795 G 20 20
110 Estonia 12796 A 20 20
111 Estonia 12797 G 20 20
112 Estonia 12798 G 20 20
113 Estonia 12799 T 20 20
114 Estonia 12800 A 20 20
115 Estonia 12801 G 20 20
116 Estonia 12802 G 20 20
117 Estonia 12803 T 20 20
118 Estonia 12804 T 20 20
119 Estonia 12805 T 20 20
120 Estonia 12806 G 20 20
121 Estonia 12807 T 20 20
122 Estonia 12808 A 20 20
123 Estonia 12809 C 20 20
124 Estonia 12810 T 20 20
125 Estonia 12811 T 20 20
126 Estonia 12812 G 20 20
127 Estonia 12813 C 20 20
128 Estonia 12814 A 20 20
129 Estonia 12815 C 20 20
130 Estonia 12816 T 20 20
131 Estonia 12817 G 20 20
132 Estonia 12818 T 20 20
133 Estonia 12819 T 20 20
134 Estonia 12820 A 20 20
135 Estonia 12821 T 20 20
136 Estonia 12822 C 20 20
137 Estonia 12823 C 20 20
138 Estonia 12824 G 20 20
139 Estonia 12825 A 20 20
140 Estonia 12826 T 20 20
141 Estonia 12827 T 20 20
142 Estonia 12828 T 20 20
143 Estonia 12829 A 20 20
144 Estonia 12830 C 20 20
145 Estonia 12831 A 20 20
146 Estonia 12832 G 20 20
147 Estonia 12833 G 20 20
148 Estonia 12834 A 20 20
149 Estonia 12835 T 20 20
150 Estonia 12836 T 20 20
151 Estonia 12837 T 20 20
152 Estonia 12838 G 20 20
153 Estonia 12839 A 20 20
154 Estonia 12840 A 20 20
155 Estonia 12841 A 20 20
156 Estonia 12842 T 20 20
157 Estonia 12843 G 20 20
158 Estonia 12844 G 20 20
159 Estonia 12845 G 20 20
160 Estonia 12846 C 20 20
161 Estonia 12847 T 20 20
162 Estonia 12848 A 20 20
163 Estonia 12849 G 20 20
164 Estonia 12850 A 20 20
165 Estonia 12851 T 20 20
166 Estonia 12852 T 20 20
167 Estonia 12853 C 20 20
168 Estonia 12854 C 20 20
169 Estonia 12855 C 20 20
170 Estonia 12856 T 20 20
171 Estonia 12857 A 20 20
172 Estonia 12858 A 20 20
173 Estonia 12859 G 20 20
174 Estonia 12860 A 20 20
175 Estonia 12861 G 20 20
176 Estonia 12862 T 20 20
177 Estonia 12863 G 20 20
178 Estonia 12864 A 20 20
179 Estonia 12865 T 20 20
180 Estonia 12866 G 20 20
181 Estonia 12867 G 20 20
182 Estonia 12868 A 20 20
183 Estonia 12869 A 20 20
184 Estonia 12870 C 20 20
185 Estonia 12871 T 20 20
186 Estonia 12872 G 20 20
187 Estonia 12873 G 20 20
188 Estonia 12874 T 20 20
189 Estonia 12875 A 20 20
190 Estonia 12876 C 20 20
191 Estonia 12877 T 20 20
192 Estonia 12878 A 20 20
193 Estonia 12879 T 20 20
194 Estonia 12880 C 20 20
195 Estonia 12881 T 20 20
196 Estonia 12882 A 20 20
197 Estonia 12883 T 20 20
198 Estonia 12884 A 20 20
199 Estonia 12885 C 20 20
200 Estonia 12886 A 20 20
201 Estonia 12887 G 20 20
202 Estonia 12888 A 20 20
203 Estonia 12889 A 20 20
204 Estonia 12890 C 20 20
205 Estonia 12891 T 20 20
206 Estonia 12892 G 20 20
207 Estonia 12893 G 20 20
208 Estonia 12894 A 20 20
209 Estonia 12895 A 20 20
210 Estonia 12896 C 20 20
211 Estonia 12897 C 20 20
212 Estonia 12898 A 20 20
213 Estonia 12899 C 20 20
214 Estonia 12900 C 20 20
215 Estonia 12901 T 20 20
216 Estonia 12902 T 20 20
217 Estonia 12903 G 20 20
218 Estonia 12904 T 20 20
219 Estonia 12905 A 20 20
220 Estonia 12906 G 20 20
221 Estonia 12907 G 20 20
222 Estonia 12908 T 20 20
223 Estonia 12909 T 20 20
224 Estonia 12910 T 20 20
225 Estonia 12911 G 20 20
226 Estonia 12912 T 20 20
227 Estonia 12913 T 20 20
228 Estonia 12914 A 20 20
229 Estonia 12915 C 20 20
230 Estonia 12916 A 20 20
231 Estonia 12917 G 20 20
232 Estonia 12918 A 20 20
233 Estonia 12919 C 20 20
234 Estonia 12920 A 20 20
235 Estonia 12921 C 20 20
236 Estonia 12922 A 20 20
237 Estonia 12923 C 20 20
238 Estonia 12924 C 20 20
239 Estonia 12925 T 20 20
240 Estonia 12926 A 20 20
241 Estonia 12927 A 20 20
242 Estonia 12928 A 20 20
243 Estonia 12929 G 20 20
244 Estonia 12930 G 20 20
245 Estonia 12931 T 20 20
246 Estonia 12932 C 20 20
247 Estonia 12933 C 20 20
248 Estonia 12934 T 20 20
249 Estonia 12935 A 20 20
250 Estonia 12936 A 20 20
251 Estonia 12937 A 20 20
252 Estonia 12938 G 20 20
253 Estonia 12939 T 20 20
254 Estonia 12940 G 20 20
255 Estonia 12941 A 20 20
256 Estonia 12942 A 20 20
257 Estonia 12943 G 20 20
258 Estonia 12944 T 20 20
259 Estonia 12945 A 20 20
260 Estonia 12946 T 20 20
261 Estonia 12947 T 20 20
262 Estonia 12948 T 20 20
263 Estonia 12949 A 20 20
264 Estonia 12950 T 20 20
265 Estonia 12951 A 20 20
266 Estonia 12952 C 20 20
267 Estonia 12953 T 20 20
268 Estonia 12954 T 20 20
269 Estonia 12955 T 20 20
270 Estonia 12956 A 20 20
271 Estonia 12957 T 20 20
272 Estonia 12958 T 20 20
273 Estonia 12959 A 20 20
274 Estonia 12960 A 20 20
275 Estonia 12961 A 20 20
276 Estonia 12962 G 20 20
277 Estonia 12963 G 20 20
278 Estonia 12964 A 20 20
279 Estonia 12965 T 20 20
280 Estonia 12966 T 20 20
281 Estonia 12967 A 20 20
282 Estonia 12968 A 20 20
283 Estonia 12969 A 20 20
284 Estonia 12970 C 20 20
285 Estonia 12971 A 20 20
286 Estonia 12972 A 20 20
287 Estonia 12973 C 20 20
288 Estonia 12974 C 20 20
289 Estonia 12975 T 20 20
290 Estonia 12976 A 20 20
291 Estonia 12977 A 20 20
292 Estonia 12978 A 20 20
293 Estonia 12979 T 20 20
294 Estonia 12980 A 20 20
295 Estonia 12981 G 20 20
296 Estonia 12982 A 20 20
297 Estonia 12983 G 20 20
298 Estonia 12984 G 20 20
299 Estonia 12985 T 20 20
300 Estonia 12986 A 20 20
301 Estonia 12987 T 20 20
302 Estonia 12988 G 20 20
303 Estonia 12989 G 20 20
304 Estonia 12990 T 20 20
305 Estonia 12991 A 20 20
306 Estonia 12992 C 20 20
307 Estonia 12993 T 20 20
308 Estonia 12994 T 20 20
309 Estonia 12995 G 20 20
310 Estonia 12996 G 20 20
311 Estonia 12997 T 20 20
312 Estonia 12998 A 20 20
313 Estonia 12999 G 20 20
314 Estonia 13000 T 20 20
315 Estonia 13001 T 20 20
316 Estonia 13002 T 20 20
317 Estonia 13003 A 20 20
318 Estonia 13004 G 20 20
319 Estonia 13005 C 20 20
320 Estonia 13006 T 20 20
321 Estonia 13007 G 20 20
322 Estonia 13008 C 20 20
323 Estonia 13009 C 20 20
324 Estonia 13010 A 20 20
325 Estonia 13011 C 20 20
326 Estonia 13012 A 20 20
327 Estonia 13013 G 20 20
328 Estonia 13014 T 20 20
329 Estonia 13015 A 20 20
330 Estonia 13016 C 20 20
331 Estonia 13017 G 20 20
332 Estonia 13018 T 20 20
333 Estonia 13019 C 20 20
334 Estonia 13020 T 20 20
335 Estonia 13021 A 20 20
336 Estonia 13022 C 20 20
337 Estonia 13023 A 20 20
338 Estonia 13024 A 20 20