National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G I K L M N P Q R S T V W Y
-   339                                      
?                                          
A   30 1                                    
C   9                                      
D   18                                      
E   9                                      
F   12                                      
G   27                                      
I   6             1                        
K   21                                      
L   45                 2                    
M   6                                      
N   21                                      
P   18                                      
Q   12                                      
R   18                                      
S   15                                      
T   36             2                 1      
V   18                                      
W   3                                      
Y   15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Ecuador 12686 A 204 204
1 Ecuador 12687 A 204 204
2 Ecuador 12688 T 204 204
3 Ecuador 12689 A 204 204
4 Ecuador 12690 A 204 204
5 Ecuador 12691 T 204 204
6 Ecuador 12692 G 204 204
7 Ecuador 12693 A 204 204
8 Ecuador 12694 G 204 204
9 Ecuador 12695 C 204 204
10 Ecuador 12696 T 204 204
11 Ecuador 12697 T 204 204
12 Ecuador 12698 A 204 204
13 Ecuador 12699 G 204 204
14 Ecuador 12700 T 204 204
15 Ecuador 12701 C 204 204
16 Ecuador 12702 C 204 204
17 Ecuador 12703 T 204 204
18 Ecuador 12704 G 204 204
19 Ecuador 12705 T 204 204
20 Ecuador 12706 T 204 204
21 Ecuador 12707 G 204 204
22 Ecuador 12708 C 204 204
23 Ecuador 12709 A 205 205
24 Ecuador 12710 C 205 205
25 Ecuador 12711 T 205 205
26 Ecuador 12712 A 205 205
27 Ecuador 12713 C 205 205
28 Ecuador 12714 G 205 205
29 Ecuador 12715 A 205 205
30 Ecuador 12716 C 205 205
31 Ecuador 12717 A 205 205
32 Ecuador 12718 G 205 205
33 Ecuador 12719 A 205 205
34 Ecuador 12720 T 205 205
35 Ecuador 12721 G 205 205
36 Ecuador 12722 T 205 205
37 Ecuador 12723 C 205 205
38 Ecuador 12724 T 205 205
39 Ecuador 12725 T 205 205
40 Ecuador 12726 G 205 205
41 Ecuador 12727 T 205 205
42 Ecuador 12728 G 205 205
43 Ecuador 12729 C 205 205
44 Ecuador 12730 T 205 205
45 Ecuador 12731 G 205 205
46 Ecuador 12732 C 205 205
47 Ecuador 12733 C 207 207
48 Ecuador 12734 G 207 207
49 Ecuador 12735 G 207 207
50 Ecuador 12736 T 207 207
51 Ecuador 12737 A 207 207
52 Ecuador 12738 C 207 207
53 Ecuador 12739 T 207 207
54 Ecuador 12740 A 207 207
55 Ecuador 12741 C 207 207
56 Ecuador 12742 A 207 207
57 Ecuador 12743 C 207 207
58 Ecuador 12744 A 207 207
59 Ecuador 12745 A 207 207
60 Ecuador 12746 A 207 207
61 Ecuador 12747 C 207 207
62 Ecuador 12748 T 207 207
63 Ecuador 12749 G 207 207
64 Ecuador 12750 C 207 207
65 Ecuador 12751 T 207 207
66 Ecuador 12752 T 207 207
67 Ecuador 12753 G 207 207
68 Ecuador 12754 C 207 207
69 Ecuador 12755 A 207 207
70 Ecuador 12756 C 207 207
71 Ecuador 12757 T 207 207
72 Ecuador 12758 G 207 207
73 Ecuador 12759 A 207 207
74 Ecuador 12760 T 207 207
75 Ecuador 12761 G 207 207
76 Ecuador 12762 A 207 207
77 Ecuador 12763 C 207 207
78 Ecuador 12764 A 207 207
79 Ecuador 12765 A 207 207
80 Ecuador 12766 T 207 207
81 Ecuador 12767 G 207 207
82 Ecuador 12768 C 207 207
83 Ecuador 12769 G T 207 200 Ala4168Ala
84 Ecuador 12770 T 207 207
85 Ecuador 12771 T 207 207
86 Ecuador 12772 A 207 207
87 Ecuador 12773 G 207 207
88 Ecuador 12774 C 207 207
89 Ecuador 12775 T 207 207
90 Ecuador 12776 T 207 207
91 Ecuador 12777 A 207 207
92 Ecuador 12778 C 207 207
93 Ecuador 12779 T 207 207
94 Ecuador 12780 A 207 207
95 Ecuador 12781 C 207 207
96 Ecuador 12782 A 207 207
97 Ecuador 12783 A 207 207
98 Ecuador 12784 C 207 207
99 Ecuador 12785 A 207 207
100 Ecuador 12786 C 207 207
101 Ecuador 12787 A 207 207
102 Ecuador 12788 A 207 207
103 Ecuador 12789 C 207 207
104 Ecuador 12790 A 207 207
105 Ecuador 12791 A 207 207
106 Ecuador 12792 A 207 207
107 Ecuador 12793 G 207 207
108 Ecuador 12794 G 207 207
109 Ecuador 12795 G 207 207
110 Ecuador 12796 A 207 207
111 Ecuador 12797 G 207 207
112 Ecuador 12798 G 207 207
113 Ecuador 12799 T 207 207
114 Ecuador 12800 A 207 207
115 Ecuador 12801 G 207 207
116 Ecuador 12802 G 207 207
117 Ecuador 12803 T 207 207
118 Ecuador 12804 T 207 207
119 Ecuador 12805 T 207 207
120 Ecuador 12806 G 207 207
121 Ecuador 12807 T 207 207
122 Ecuador 12808 A 207 207
123 Ecuador 12809 C 207 207
124 Ecuador 12810 T 207 207
125 Ecuador 12811 T 207 207
126 Ecuador 12812 G 207 207
127 Ecuador 12813 C 207 207
128 Ecuador 12814 A 207 207
129 Ecuador 12815 C 207 207
130 Ecuador 12816 T 207 207
131 Ecuador 12817 G 207 207
132 Ecuador 12818 T 207 207
133 Ecuador 12819 T 207 207
134 Ecuador 12820 A G 207 206 Leu4185Leu
135 Ecuador 12821 T 207 207
136 Ecuador 12822 C 207 207
137 Ecuador 12823 C 207 207
138 Ecuador 12824 G 207 207
139 Ecuador 12825 A 207 207
140 Ecuador 12826 T 207 207
141 Ecuador 12827 T 207 207
142 Ecuador 12828 T 207 207
143 Ecuador 12829 A 207 207
144 Ecuador 12830 C 207 207
145 Ecuador 12831 A 207 207
146 Ecuador 12832 G 207 207
147 Ecuador 12833 G 207 207
148 Ecuador 12834 A 207 207
149 Ecuador 12835 T 207 207
150 Ecuador 12836 T 207 207
151 Ecuador 12837 T 207 207
152 Ecuador 12838 G 207 207
153 Ecuador 12839 A 207 207
154 Ecuador 12840 A 207 207
155 Ecuador 12841 A 207 207
156 Ecuador 12842 T 207 207
157 Ecuador 12843 G 207 207
158 Ecuador 12844 G 207 207
159 Ecuador 12845 G 207 207
160 Ecuador 12846 C 207 207
161 Ecuador 12847 T 207 207
162 Ecuador 12848 A 207 207
163 Ecuador 12849 G 207 207
164 Ecuador 12850 A 207 207
165 Ecuador 12851 T 207 207
166 Ecuador 12852 T 207 207
167 Ecuador 12853 C 207 207
168 Ecuador 12854 C 207 207
169 Ecuador 12855 C 207 207
170 Ecuador 12856 T 207 207
171 Ecuador 12857 A 207 207
172 Ecuador 12858 A 207 207
173 Ecuador 12859 G 207 207
174 Ecuador 12860 A 207 207
175 Ecuador 12861 G 207 207
176 Ecuador 12862 T 207 207
177 Ecuador 12863 G 207 207
178 Ecuador 12864 A 207 207
179 Ecuador 12865 T 207 207
180 Ecuador 12866 G 207 207
181 Ecuador 12867 G 207 207
182 Ecuador 12868 A 207 207
183 Ecuador 12869 A 207 207
184 Ecuador 12870 C T 207 206 Thr4202Ile
185 Ecuador 12871 T 207 207
186 Ecuador 12872 G 207 207
187 Ecuador 12873 G 207 207
188 Ecuador 12874 T 207 207
189 Ecuador 12875 A 207 207
190 Ecuador 12876 C 207 207
191 Ecuador 12877 T 207 207
192 Ecuador 12878 A 207 207
193 Ecuador 12879 T 207 207
194 Ecuador 12880 C T 207 205 Ile4205Ile
195 Ecuador 12881 T 207 207
196 Ecuador 12882 A 207 207
197 Ecuador 12883 T 207 207
198 Ecuador 12884 A 207 207
199 Ecuador 12885 C 207 207
200 Ecuador 12886 A C 207 206 Thr4207Thr
201 Ecuador 12887 G 207 207
202 Ecuador 12888 A 207 207
203 Ecuador 12889 A 207 207
204 Ecuador 12890 C T 207 206 Leu4209Leu
205 Ecuador 12891 T 207 207
206 Ecuador 12892 G 208 208
207 Ecuador 12893 G 208 208
208 Ecuador 12894 A 208 208
209 Ecuador 12895 A 208 208
210 Ecuador 12896 C 208 208
211 Ecuador 12897 C 208 208
212 Ecuador 12898 A 208 208
213 Ecuador 12899 C 208 208
214 Ecuador 12900 C 208 208
215 Ecuador 12901 T 208 208
216 Ecuador 12902 T 208 208
217 Ecuador 12903 G 208 208
218 Ecuador 12904 T 208 208
219 Ecuador 12905 A 208 208
220 Ecuador 12906 G 208 208
221 Ecuador 12907 G 208 208
222 Ecuador 12908 T 208 208
223 Ecuador 12909 T 208 208
224 Ecuador 12910 T 208 208
225 Ecuador 12911 G 208 208
226 Ecuador 12912 T 208 208
227 Ecuador 12913 T 208 208
228 Ecuador 12914 A 208 208
229 Ecuador 12915 C T 208 207 Thr4217Ile
230 Ecuador 12916 A 208 208
231 Ecuador 12917 G 208 208
232 Ecuador 12918 A 208 208
233 Ecuador 12919 C 208 208
234 Ecuador 12920 A 208 208
235 Ecuador 12921 C 208 208
236 Ecuador 12922 A 208 208
237 Ecuador 12923 C 208 208
238 Ecuador 12924 C 208 208
239 Ecuador 12925 T 208 208
240 Ecuador 12926 A 208 208
241 Ecuador 12927 A 208 208
242 Ecuador 12928 A 208 208
243 Ecuador 12929 G 208 208
244 Ecuador 12930 G 208 208
245 Ecuador 12931 T 208 208
246 Ecuador 12932 C 208 208
247 Ecuador 12933 C 208 208
248 Ecuador 12934 T 208 208
249 Ecuador 12935 A 208 208
250 Ecuador 12936 A 208 208
251 Ecuador 12937 A 208 208
252 Ecuador 12938 G 208 208
253 Ecuador 12939 T 208 208
254 Ecuador 12940 G 208 208
255 Ecuador 12941 A 208 208
256 Ecuador 12942 A 208 208
257 Ecuador 12943 G 208 208
258 Ecuador 12944 T 208 208
259 Ecuador 12945 A 208 208
260 Ecuador 12946 T 208 208
261 Ecuador 12947 T 208 208
262 Ecuador 12948 T 208 208
263 Ecuador 12949 A 208 208
264 Ecuador 12950 T 208 208
265 Ecuador 12951 A 208 208
266 Ecuador 12952 C 208 208
267 Ecuador 12953 T 208 208
268 Ecuador 12954 T 208 208
269 Ecuador 12955 T 208 208
270 Ecuador 12956 A 208 208
271 Ecuador 12957 T 208 208
272 Ecuador 12958 T 208 208
273 Ecuador 12959 A 208 208
274 Ecuador 12960 A 208 208
275 Ecuador 12961 A 208 208
276 Ecuador 12962 G 208 208
277 Ecuador 12963 G 208 208
278 Ecuador 12964 A 208 208
279 Ecuador 12965 T 208 208
280 Ecuador 12966 T 208 208
281 Ecuador 12967 A 208 208
282 Ecuador 12968 A 208 208
283 Ecuador 12969 A 208 208
284 Ecuador 12970 C 208 208
285 Ecuador 12971 A 208 208
286 Ecuador 12972 A 208 208
287 Ecuador 12973 C 208 208
288 Ecuador 12974 C 208 208
289 Ecuador 12975 T 208 208
290 Ecuador 12976 A 208 208
291 Ecuador 12977 A 208 208
292 Ecuador 12978 A 208 208
293 Ecuador 12979 T 208 208
294 Ecuador 12980 A 208 208
295 Ecuador 12981 G 208 208
296 Ecuador 12982 A 208 208
297 Ecuador 12983 G 208 208
298 Ecuador 12984 G 208 208
299 Ecuador 12985 T 208 208
300 Ecuador 12986 A 207 207
301 Ecuador 12987 T 207 207
302 Ecuador 12988 G 207 207
303 Ecuador 12989 G 207 207
304 Ecuador 12990 T 207 207
305 Ecuador 12991 A 207 207
306 Ecuador 12992 C 207 207
307 Ecuador 12993 T 207 207
308 Ecuador 12994 T 207 207
309 Ecuador 12995 G 207 207
310 Ecuador 12996 G 207 207
311 Ecuador 12997 T 207 207
312 Ecuador 12998 A 207 207
313 Ecuador 12999 G 207 207
314 Ecuador 13000 T 207 207
315 Ecuador 13001 T 207 207
316 Ecuador 13002 T 207 207
317 Ecuador 13003 A 207 207
318 Ecuador 13004 G 207 207
319 Ecuador 13005 C 207 207
320 Ecuador 13006 T 207 207
321 Ecuador 13007 G 207 207
322 Ecuador 13008 C 207 207
323 Ecuador 13009 C 207 207
324 Ecuador 13010 A 207 207
325 Ecuador 13011 C 207 207
326 Ecuador 13012 A 207 207
327 Ecuador 13013 G 207 207
328 Ecuador 13014 T 207 207
329 Ecuador 13015 A 206 206
330 Ecuador 13016 C 206 206
331 Ecuador 13017 G 206 206
332 Ecuador 13018 T 206 206
333 Ecuador 13019 C 206 206
334 Ecuador 13020 T 206 206
335 Ecuador 13021 A 206 206
336 Ecuador 13022 C 206 206
337 Ecuador 13023 A 206 206
338 Ecuador 13024 A 206 206