National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P Q R S T V W Y
*                                            
-     339                                      
?                                            
A     30                                      
C     9                                      
D     18     2                                
E     9                                      
F     12                                      
G 1   27     1     1                          
I     6                                      
K     21               1   1                  
L     45                                      
M     6                                      
N     21                     1                
P     18                             1        
Q     12                                      
R     18                                      
S     15                                      
T     36             1                        
V     18                                      
W     3                                      
Y     15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Costa_Rica 12686 A 181 181
1 Costa_Rica 12687 A 181 181
2 Costa_Rica 12688 T 181 181
3 Costa_Rica 12689 A 181 181
4 Costa_Rica 12690 A 181 180
5 Costa_Rica 12691 T 181 181
6 Costa_Rica 12692 G 181 181
7 Costa_Rica 12693 A 181 181
8 Costa_Rica 12694 G 181 181
9 Costa_Rica 12695 C 181 181
10 Costa_Rica 12696 T 181 181
11 Costa_Rica 12697 T 181 181
12 Costa_Rica 12698 A 181 181
13 Costa_Rica 12699 G 181 181
14 Costa_Rica 12700 T 181 181
15 Costa_Rica 12701 C 181 181
16 Costa_Rica 12702 C 181 181
17 Costa_Rica 12703 T 181 181
18 Costa_Rica 12704 G 181 181
19 Costa_Rica 12705 T 181 181
20 Costa_Rica 12706 T 181 181
21 Costa_Rica 12707 G 181 181
22 Costa_Rica 12708 C 181 181
23 Costa_Rica 12709 A 181 180
24 Costa_Rica 12710 C 181 181
25 Costa_Rica 12711 T 181 181
26 Costa_Rica 12712 A 181 180
27 Costa_Rica 12713 C 181 181
28 Costa_Rica 12714 G 181 181
29 Costa_Rica 12715 A 181 181
30 Costa_Rica 12716 C 181 180
31 Costa_Rica 12717 A 181 181
32 Costa_Rica 12718 G 181 181
33 Costa_Rica 12719 A 181 181
34 Costa_Rica 12720 T 181 181
35 Costa_Rica 12721 G 181 181
36 Costa_Rica 12722 T 181 181
37 Costa_Rica 12723 C 181 180
38 Costa_Rica 12724 T 181 181
39 Costa_Rica 12725 T 181 181
40 Costa_Rica 12726 G 181 181
41 Costa_Rica 12727 T 181 181
42 Costa_Rica 12728 G 181 181
43 Costa_Rica 12729 C 181 181
44 Costa_Rica 12730 T 181 181
45 Costa_Rica 12731 G 181 181
46 Costa_Rica 12732 C 181 181
47 Costa_Rica 12733 C 181 181
48 Costa_Rica 12734 G 181 181
49 Costa_Rica 12735 G 181 181
50 Costa_Rica 12736 T 181 181
51 Costa_Rica 12737 A 181 181
52 Costa_Rica 12738 C 181 181
53 Costa_Rica 12739 T 181 181
54 Costa_Rica 12740 A 181 181
55 Costa_Rica 12741 C 181 181
56 Costa_Rica 12742 A 181 180
57 Costa_Rica 12743 C 181 181
58 Costa_Rica 12744 A 181 181
59 Costa_Rica 12745 A 181 181
60 Costa_Rica 12746 A 181 181
61 Costa_Rica 12747 C 181 181
62 Costa_Rica 12748 T 181 181
63 Costa_Rica 12749 G 181 181
64 Costa_Rica 12750 C 181 181
65 Costa_Rica 12751 T 181 181
66 Costa_Rica 12752 T 181 181
67 Costa_Rica 12753 G 181 181
68 Costa_Rica 12754 C 181 181
69 Costa_Rica 12755 A 181 181
70 Costa_Rica 12756 C 181 181
71 Costa_Rica 12757 T 181 181
72 Costa_Rica 12758 G 181 181
73 Costa_Rica 12759 A 181 181
74 Costa_Rica 12760 T 181 181
75 Costa_Rica 12761 G 181 181
76 Costa_Rica 12762 A 181 181
77 Costa_Rica 12763 C 181 181
78 Costa_Rica 12764 A 181 181
79 Costa_Rica 12765 A 181 181
80 Costa_Rica 12766 T 181 181
81 Costa_Rica 12767 G 181 181
82 Costa_Rica 12768 C 181 181
83 Costa_Rica 12769 G 181 181
84 Costa_Rica 12770 T 181 181
85 Costa_Rica 12771 T 181 181
86 Costa_Rica 12772 A 181 181
87 Costa_Rica 12773 G 181 181
88 Costa_Rica 12774 C 181 181
89 Costa_Rica 12775 T 181 181
90 Costa_Rica 12776 T 181 181
91 Costa_Rica 12777 A 181 181
92 Costa_Rica 12778 C 181 181
93 Costa_Rica 12779 T 181 181
94 Costa_Rica 12780 A 181 181
95 Costa_Rica 12781 C 181 181
96 Costa_Rica 12782 A 181 181
97 Costa_Rica 12783 A 181 181
98 Costa_Rica 12784 C 181 181
99 Costa_Rica 12785 A 181 181
100 Costa_Rica 12786 C 181 181
101 Costa_Rica 12787 A 181 181
102 Costa_Rica 12788 A 181 181
103 Costa_Rica 12789 C 181 181
104 Costa_Rica 12790 A 181 181
105 Costa_Rica 12791 A 181 181
106 Costa_Rica 12792 A T 181 179 Lys4176Met
107 Costa_Rica 12793 G 181 181
108 Costa_Rica 12794 G T 181 180 Gly4177*
109 Costa_Rica 12795 G 181 181
110 Costa_Rica 12796 A T 181 180 Gly4177Gly
111 Costa_Rica 12797 G 181 181
112 Costa_Rica 12798 G A 181 180 Gly4178Asp
113 Costa_Rica 12799 T 181 181
114 Costa_Rica 12800 A 181 181
115 Costa_Rica 12801 G 181 181
116 Costa_Rica 12802 G 181 181
117 Costa_Rica 12803 T 181 181
118 Costa_Rica 12804 T 181 181
119 Costa_Rica 12805 T 181 181
120 Costa_Rica 12806 G 181 181
121 Costa_Rica 12807 T 181 181
122 Costa_Rica 12808 A 181 181
123 Costa_Rica 12809 C 181 181
124 Costa_Rica 12810 T 181 181
125 Costa_Rica 12811 T 181 181
126 Costa_Rica 12812 G 181 181
127 Costa_Rica 12813 C 181 181
128 Costa_Rica 12814 A 181 181
129 Costa_Rica 12815 C 181 181
130 Costa_Rica 12816 T 181 181
131 Costa_Rica 12817 G 181 181
132 Costa_Rica 12818 T 181 181
133 Costa_Rica 12819 T 181 181
134 Costa_Rica 12820 A 181 181
135 Costa_Rica 12821 T 181 181
136 Costa_Rica 12822 C 181 181
137 Costa_Rica 12823 C 181 181
138 Costa_Rica 12824 G 181 181
139 Costa_Rica 12825 A 181 181
140 Costa_Rica 12826 T 181 180
141 Costa_Rica 12827 T 181 181
142 Costa_Rica 12828 T 181 181
143 Costa_Rica 12829 A 181 180
144 Costa_Rica 12830 C 181 180
145 Costa_Rica 12831 A 181 180
146 Costa_Rica 12832 G 181 181
147 Costa_Rica 12833 G 181 181
148 Costa_Rica 12834 A 181 181
149 Costa_Rica 12835 T C 181 180 Asp4190Asp
150 Costa_Rica 12836 T 181 181
151 Costa_Rica 12837 T 181 181
152 Costa_Rica 12838 G 181 181
153 Costa_Rica 12839 A 181 181
154 Costa_Rica 12840 A 181 181
155 Costa_Rica 12841 A G 181 179 Lys4192Lys
156 Costa_Rica 12842 T 181 181
157 Costa_Rica 12843 G 181 181
158 Costa_Rica 12844 G 181 181
159 Costa_Rica 12845 G 181 181
160 Costa_Rica 12846 C 181 181
161 Costa_Rica 12847 T 181 181
162 Costa_Rica 12848 A 181 181
163 Costa_Rica 12849 G 181 181
164 Costa_Rica 12850 A 181 181
165 Costa_Rica 12851 T 181 181
166 Costa_Rica 12852 T 181 181
167 Costa_Rica 12853 C 181 181
168 Costa_Rica 12854 C 181 181
169 Costa_Rica 12855 C 181 181
170 Costa_Rica 12856 T 181 181
171 Costa_Rica 12857 A 181 181
172 Costa_Rica 12858 A 181 181
173 Costa_Rica 12859 G 181 181
174 Costa_Rica 12860 A 181 181
175 Costa_Rica 12861 G 181 181
176 Costa_Rica 12862 T 181 181
177 Costa_Rica 12863 G 181 181
178 Costa_Rica 12864 A 181 181
179 Costa_Rica 12865 T 181 181
180 Costa_Rica 12866 G 181 181
181 Costa_Rica 12867 G 181 181
182 Costa_Rica 12868 A 181 181
183 Costa_Rica 12869 A 181 181
184 Costa_Rica 12870 C 181 181
185 Costa_Rica 12871 T 181 181
186 Costa_Rica 12872 G 181 181
187 Costa_Rica 12873 G 181 181
188 Costa_Rica 12874 T 181 180
189 Costa_Rica 12875 A 181 181
190 Costa_Rica 12876 C 181 181
191 Costa_Rica 12877 T 181 181
192 Costa_Rica 12878 A 181 181
193 Costa_Rica 12879 T 181 181
194 Costa_Rica 12880 C 181 181
195 Costa_Rica 12881 T 181 181
196 Costa_Rica 12882 A 181 181
197 Costa_Rica 12883 T 181 181
198 Costa_Rica 12884 A 181 181
199 Costa_Rica 12885 C 181 181
200 Costa_Rica 12886 A 181 181
201 Costa_Rica 12887 G 181 181
202 Costa_Rica 12888 A 181 181
203 Costa_Rica 12889 A 181 181
204 Costa_Rica 12890 C 181 181
205 Costa_Rica 12891 T 181 181
206 Costa_Rica 12892 G 181 181
207 Costa_Rica 12893 G 181 181
208 Costa_Rica 12894 A 181 181
209 Costa_Rica 12895 A 181 181
210 Costa_Rica 12896 C T 181 180 Pro4211Ser
211 Costa_Rica 12897 C 181 181
212 Costa_Rica 12898 A 181 181
213 Costa_Rica 12899 C 181 181
214 Costa_Rica 12900 C 181 181
215 Costa_Rica 12901 T 181 181
216 Costa_Rica 12902 T 181 181
217 Costa_Rica 12903 G 181 181
218 Costa_Rica 12904 T 181 181
219 Costa_Rica 12905 A 181 181
220 Costa_Rica 12906 G 181 181
221 Costa_Rica 12907 G 181 181
222 Costa_Rica 12908 T 181 181
223 Costa_Rica 12909 T 181 181
224 Costa_Rica 12910 T 181 181
225 Costa_Rica 12911 G 181 181
226 Costa_Rica 12912 T 181 181
227 Costa_Rica 12913 T 181 181
228 Costa_Rica 12914 A 181 181
229 Costa_Rica 12915 C 181 181
230 Costa_Rica 12916 A 181 181
231 Costa_Rica 12917 G 181 181
232 Costa_Rica 12918 A 181 181
233 Costa_Rica 12919 C T 181 180 Asp4218Asp
234 Costa_Rica 12920 A 181 181
235 Costa_Rica 12921 C 181 181
236 Costa_Rica 12922 A 181 181
237 Costa_Rica 12923 C 181 181
238 Costa_Rica 12924 C 181 181
239 Costa_Rica 12925 T 181 181
240 Costa_Rica 12926 A 181 181
241 Costa_Rica 12927 A 181 181
242 Costa_Rica 12928 A 181 181
243 Costa_Rica 12929 G 181 181
244 Costa_Rica 12930 G 181 181
245 Costa_Rica 12931 T 181 181
246 Costa_Rica 12932 C 181 181
247 Costa_Rica 12933 C 181 181
248 Costa_Rica 12934 T 181 181
249 Costa_Rica 12935 A 181 181
250 Costa_Rica 12936 A 181 181
251 Costa_Rica 12937 A 181 181
252 Costa_Rica 12938 G 181 181
253 Costa_Rica 12939 T 181 181
254 Costa_Rica 12940 G 181 181
255 Costa_Rica 12941 A 181 181
256 Costa_Rica 12942 A 181 181
257 Costa_Rica 12943 G 181 181
258 Costa_Rica 12944 T 181 181
259 Costa_Rica 12945 A 181 181
260 Costa_Rica 12946 T 181 181
261 Costa_Rica 12947 T 181 181
262 Costa_Rica 12948 T 181 181
263 Costa_Rica 12949 A 181 181
264 Costa_Rica 12950 T 181 181
265 Costa_Rica 12951 A 181 181
266 Costa_Rica 12952 C 181 181
267 Costa_Rica 12953 T 181 181
268 Costa_Rica 12954 T 181 181
269 Costa_Rica 12955 T 181 181
270 Costa_Rica 12956 A 181 181
271 Costa_Rica 12957 T 181 181
272 Costa_Rica 12958 T 181 181
273 Costa_Rica 12959 A 181 181
274 Costa_Rica 12960 A 181 181
275 Costa_Rica 12961 A 181 181
276 Costa_Rica 12962 G 181 181
277 Costa_Rica 12963 G 181 181
278 Costa_Rica 12964 A 181 181
279 Costa_Rica 12965 T 181 181
280 Costa_Rica 12966 T 181 181
281 Costa_Rica 12967 A 181 181
282 Costa_Rica 12968 A 181 181
283 Costa_Rica 12969 A 181 181
284 Costa_Rica 12970 C T 181 180 Asn4235Asn
285 Costa_Rica 12971 A 181 181
286 Costa_Rica 12972 A 181 181
287 Costa_Rica 12973 C 181 181
288 Costa_Rica 12974 C 181 181
289 Costa_Rica 12975 T 181 181
290 Costa_Rica 12976 A 181 181
291 Costa_Rica 12977 A 181 181
292 Costa_Rica 12978 A 181 181
293 Costa_Rica 12979 T 181 181
294 Costa_Rica 12980 A 181 181
295 Costa_Rica 12981 G 181 181
296 Costa_Rica 12982 A 181 181
297 Costa_Rica 12983 G 181 181
298 Costa_Rica 12984 G 181 181
299 Costa_Rica 12985 T 181 181
300 Costa_Rica 12986 A 181 181
301 Costa_Rica 12987 T 181 181
302 Costa_Rica 12988 G 181 181
303 Costa_Rica 12989 G 181 181
304 Costa_Rica 12990 T 181 181
305 Costa_Rica 12991 A 181 181
306 Costa_Rica 12992 C 181 181
307 Costa_Rica 12993 T 181 181
308 Costa_Rica 12994 T 181 181
309 Costa_Rica 12995 G 181 181
310 Costa_Rica 12996 G 181 181
311 Costa_Rica 12997 T 181 181
312 Costa_Rica 12998 A 181 181
313 Costa_Rica 12999 G 181 181
314 Costa_Rica 13000 T 181 181
315 Costa_Rica 13001 T 181 181
316 Costa_Rica 13002 T 181 181
317 Costa_Rica 13003 A 181 181
318 Costa_Rica 13004 G 181 181
319 Costa_Rica 13005 C 181 181
320 Costa_Rica 13006 T 181 181
321 Costa_Rica 13007 G 181 181
322 Costa_Rica 13008 C 181 181
323 Costa_Rica 13009 C 181 181
324 Costa_Rica 13010 A 181 181
325 Costa_Rica 13011 C T 181 180 Thr4249Ile
326 Costa_Rica 13012 A 181 181
327 Costa_Rica 13013 G 181 181
328 Costa_Rica 13014 T 181 181
329 Costa_Rica 13015 A 181 181
330 Costa_Rica 13016 C 181 181
331 Costa_Rica 13017 G 181 181
332 Costa_Rica 13018 T 181 181
333 Costa_Rica 13019 C 181 181
334 Costa_Rica 13020 T 181 181
335 Costa_Rica 13021 A 181 181
336 Costa_Rica 13022 C 181 181
337 Costa_Rica 13023 A 181 181
338 Costa_Rica 13024 A 181 181