National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G I K L M N P Q R S T V W Y
-   339                                      
?                                          
A   30                                      
C   9                                      
D   18     1                                
E   9                                      
F   12                                      
G   27           1                          
I   6             1                        
K   21                   1                  
L   45                                      
M   6             1                        
N   21                                      
P   18                 2                    
Q   12                                      
R   18                                      
S   15                             1        
T   36 1                                    
V   18                                      
W   3                                      
Y   15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Argentina 12686 A 662 662
1 Argentina 12687 A 662 662
2 Argentina 12688 T 662 662
3 Argentina 12689 A 662 662
4 Argentina 12690 A 662 662
5 Argentina 12691 T 662 662
6 Argentina 12692 G 662 662
7 Argentina 12693 A 662 662
8 Argentina 12694 G 662 662
9 Argentina 12695 C 662 662
10 Argentina 12696 T 662 662
11 Argentina 12697 T 662 662
12 Argentina 12698 A 662 662
13 Argentina 12699 G 662 662
14 Argentina 12700 T 662 662
15 Argentina 12701 C 662 662
16 Argentina 12702 C 662 662
17 Argentina 12703 T 662 662
18 Argentina 12704 G 662 662
19 Argentina 12705 T 662 662
20 Argentina 12706 T 662 662
21 Argentina 12707 G 662 662
22 Argentina 12708 C 662 662
23 Argentina 12709 A 662 662
24 Argentina 12710 C 662 662
25 Argentina 12711 T 662 662
26 Argentina 12712 A 662 662
27 Argentina 12713 C 662 662
28 Argentina 12714 G 662 662
29 Argentina 12715 A 662 662
30 Argentina 12716 C 662 662
31 Argentina 12717 A 662 662
32 Argentina 12718 G 662 662
33 Argentina 12719 A 662 662
34 Argentina 12720 T 662 662
35 Argentina 12721 G 662 662
36 Argentina 12722 T 662 662
37 Argentina 12723 C 662 662
38 Argentina 12724 T 662 662
39 Argentina 12725 T 662 662
40 Argentina 12726 G 662 662
41 Argentina 12727 T 662 662
42 Argentina 12728 G 662 662
43 Argentina 12729 C 662 662
44 Argentina 12730 T 661 661
45 Argentina 12731 G 661 661
46 Argentina 12732 C 661 661
47 Argentina 12733 C 661 661
48 Argentina 12734 G 661 661
49 Argentina 12735 G 661 661
50 Argentina 12736 T 661 661
51 Argentina 12737 A 661 661
52 Argentina 12738 C 661 661
53 Argentina 12739 T 661 661
54 Argentina 12740 A 661 661
55 Argentina 12741 C 661 661
56 Argentina 12742 A 661 661
57 Argentina 12743 C 661 661
58 Argentina 12744 A 661 661
59 Argentina 12745 A 661 661
60 Argentina 12746 A 661 661
61 Argentina 12747 C 661 661
62 Argentina 12748 T 661 661
63 Argentina 12749 G 661 661
64 Argentina 12750 C 661 661
65 Argentina 12751 T 661 661
66 Argentina 12752 T 661 661
67 Argentina 12753 G 661 661
68 Argentina 12754 C 661 661
69 Argentina 12755 A 661 661
70 Argentina 12756 C 661 661
71 Argentina 12757 T 661 661
72 Argentina 12758 G 661 661
73 Argentina 12759 A 661 661
74 Argentina 12760 T 661 661
75 Argentina 12761 G 661 661
76 Argentina 12762 A 661 661
77 Argentina 12763 C 661 661
78 Argentina 12764 A 661 661
79 Argentina 12765 A 661 661
80 Argentina 12766 T 661 661
81 Argentina 12767 G 661 661
82 Argentina 12768 C 661 661
83 Argentina 12769 G 661 661
84 Argentina 12770 T 661 661
85 Argentina 12771 T 661 661
86 Argentina 12772 A 661 661
87 Argentina 12773 G 661 661
88 Argentina 12774 C 661 661
89 Argentina 12775 T 661 661
90 Argentina 12776 T 661 661
91 Argentina 12777 A 661 661
92 Argentina 12778 C 661 661
93 Argentina 12779 T 661 661
94 Argentina 12780 A 661 661
95 Argentina 12781 C 661 661
96 Argentina 12782 A 661 661
97 Argentina 12783 A 661 661
98 Argentina 12784 C 661 661
99 Argentina 12785 A 661 661
100 Argentina 12786 C 661 661
101 Argentina 12787 A 661 661
102 Argentina 12788 A G 661 659 Thr4175Ala
103 Argentina 12789 C 661 661
104 Argentina 12790 A 661 660
105 Argentina 12791 A 661 661
106 Argentina 12792 A 661 661
107 Argentina 12793 G 661 661
108 Argentina 12794 G 661 661
109 Argentina 12795 G 661 661
110 Argentina 12796 A 661 661
111 Argentina 12797 G 661 661
112 Argentina 12798 G 661 661
113 Argentina 12799 T 661 661
114 Argentina 12800 A 661 661
115 Argentina 12801 G 661 661
116 Argentina 12802 G 661 661
117 Argentina 12803 T 661 661
118 Argentina 12804 T 661 660
119 Argentina 12805 T 661 660
120 Argentina 12806 G 661 660
121 Argentina 12807 T 661 660
122 Argentina 12808 A 661 660
123 Argentina 12809 C 661 660
124 Argentina 12810 T 661 660
125 Argentina 12811 T 661 660
126 Argentina 12812 G 661 660
127 Argentina 12813 C 661 660
128 Argentina 12814 A 661 660
129 Argentina 12815 C 661 660
130 Argentina 12816 T 661 660
131 Argentina 12817 G 661 660
132 Argentina 12818 T 661 660
133 Argentina 12819 T 661 660
134 Argentina 12820 A 661 660
135 Argentina 12821 T 661 660
136 Argentina 12822 C 661 660
137 Argentina 12823 C T 661 660 Ser4186Ser
138 Argentina 12824 G 661 661
139 Argentina 12825 A 661 661
140 Argentina 12826 T C 661 660 Asp4187Asp
141 Argentina 12827 T 661 661
142 Argentina 12828 T 661 661
143 Argentina 12829 A 661 661
144 Argentina 12830 C 661 661
145 Argentina 12831 A 661 661
146 Argentina 12832 G 661 661
147 Argentina 12833 G 661 661
148 Argentina 12834 A 661 661
149 Argentina 12835 T 661 661
150 Argentina 12836 T 661 661
151 Argentina 12837 T 661 661
152 Argentina 12838 G 661 661
153 Argentina 12839 A 661 661
154 Argentina 12840 A 661 661
155 Argentina 12841 A 661 661
156 Argentina 12842 T 661 661
157 Argentina 12843 G 661 661
158 Argentina 12844 G 661 661
159 Argentina 12845 G 661 661
160 Argentina 12846 C 661 661
161 Argentina 12847 T 661 661
162 Argentina 12848 A 661 661
163 Argentina 12849 G 661 661
164 Argentina 12850 A 661 661
165 Argentina 12851 T 661 661
166 Argentina 12852 T 661 661
167 Argentina 12853 C 661 661
168 Argentina 12854 C 661 661
169 Argentina 12855 C T 661 659 Pro4197Leu
170 Argentina 12856 T 661 661
171 Argentina 12857 A 661 661
172 Argentina 12858 A 661 661
173 Argentina 12859 G 661 661
174 Argentina 12860 A 661 661
175 Argentina 12861 G 661 661
176 Argentina 12862 T 661 661
177 Argentina 12863 G 661 661
178 Argentina 12864 A 661 661
179 Argentina 12865 T 661 661
180 Argentina 12866 G 661 661
181 Argentina 12867 G 661 661
182 Argentina 12868 A 661 661
183 Argentina 12869 A 661 661
184 Argentina 12870 C 661 661
185 Argentina 12871 T 661 661
186 Argentina 12872 G 661 661
187 Argentina 12873 G 661 661
188 Argentina 12874 T 661 661
189 Argentina 12875 A 661 661
190 Argentina 12876 C 661 661
191 Argentina 12877 T 661 661
192 Argentina 12878 A 661 661
193 Argentina 12879 T 661 661
194 Argentina 12880 C T 661 660 Ile4205Ile
195 Argentina 12881 T 661 661
196 Argentina 12882 A 661 661
197 Argentina 12883 T 661 661
198 Argentina 12884 A 661 661
199 Argentina 12885 C 661 661
200 Argentina 12886 A 661 661
201 Argentina 12887 G 661 661
202 Argentina 12888 A 661 661
203 Argentina 12889 A 661 661
204 Argentina 12890 C 661 661
205 Argentina 12891 T 661 661
206 Argentina 12892 G 661 661
207 Argentina 12893 G 661 661
208 Argentina 12894 A 661 661
209 Argentina 12895 A 661 661
210 Argentina 12896 C 661 661
211 Argentina 12897 C 661 661
212 Argentina 12898 A 661 661
213 Argentina 12899 C 661 661
214 Argentina 12900 C 661 661
215 Argentina 12901 T 661 661
216 Argentina 12902 T 661 661
217 Argentina 12903 G 661 661
218 Argentina 12904 T 661 661
219 Argentina 12905 A 661 661
220 Argentina 12906 G 661 661
221 Argentina 12907 G 661 661
222 Argentina 12908 T 661 661
223 Argentina 12909 T 661 661
224 Argentina 12910 T 661 661
225 Argentina 12911 G 661 661
226 Argentina 12912 T 661 661
227 Argentina 12913 T 661 661
228 Argentina 12914 A 661 661
229 Argentina 12915 C 661 661
230 Argentina 12916 A 661 661
231 Argentina 12917 G 661 661
232 Argentina 12918 A 661 661
233 Argentina 12919 C 661 661
234 Argentina 12920 A 661 661
235 Argentina 12921 C 661 661
236 Argentina 12922 A 661 661
237 Argentina 12923 C 661 661
238 Argentina 12924 C 661 661
239 Argentina 12925 T 661 661
240 Argentina 12926 A 661 661
241 Argentina 12927 A 661 661
242 Argentina 12928 A 661 661
243 Argentina 12929 G 661 661
244 Argentina 12930 G 661 661
245 Argentina 12931 T 661 661
246 Argentina 12932 C 661 661
247 Argentina 12933 C T 661 660 Pro4223Leu
248 Argentina 12934 T 661 661
249 Argentina 12935 A 661 661
250 Argentina 12936 A 661 661
251 Argentina 12937 A 661 661
252 Argentina 12938 G 661 661
253 Argentina 12939 T 661 661
254 Argentina 12940 G 661 661
255 Argentina 12941 A 661 661
256 Argentina 12942 A T 661 660 Lys4226Met
257 Argentina 12943 G 661 661
258 Argentina 12944 T 661 661
259 Argentina 12945 A 661 661
260 Argentina 12946 T 661 661
261 Argentina 12947 T 661 661
262 Argentina 12948 T 661 661
263 Argentina 12949 A 661 661
264 Argentina 12950 T 661 661
265 Argentina 12951 A 661 661
266 Argentina 12952 C 661 661
267 Argentina 12953 T 661 661
268 Argentina 12954 T 661 661
269 Argentina 12955 T 661 661
270 Argentina 12956 A 661 661
271 Argentina 12957 T 661 661
272 Argentina 12958 T 661 661
273 Argentina 12959 A 661 661
274 Argentina 12960 A 661 661
275 Argentina 12961 A 661 661
276 Argentina 12962 G 661 661
277 Argentina 12963 G 661 661
278 Argentina 12964 A G 661 656 Gly4233Gly
279 Argentina 12965 T 661 661
280 Argentina 12966 T 661 661
281 Argentina 12967 A 661 661
282 Argentina 12968 A 661 661
283 Argentina 12969 A 661 661
284 Argentina 12970 C 661 661
285 Argentina 12971 A 661 661
286 Argentina 12972 A 661 661
287 Argentina 12973 C 661 661
288 Argentina 12974 C 661 661
289 Argentina 12975 T 661 661
290 Argentina 12976 A 661 661
291 Argentina 12977 A 661 661
292 Argentina 12978 A 661 661
293 Argentina 12979 T 661 661
294 Argentina 12980 A 661 661
295 Argentina 12981 G 661 661
296 Argentina 12982 A 661 661
297 Argentina 12983 G 661 661
298 Argentina 12984 G 661 661
299 Argentina 12985 T 661 661
300 Argentina 12986 A 661 661
301 Argentina 12987 T 661 661
302 Argentina 12988 G A 661 660 Met4241Ile
303 Argentina 12989 G 661 661
304 Argentina 12990 T 661 661
305 Argentina 12991 A 661 661
306 Argentina 12992 C 661 661
307 Argentina 12993 T 661 661
308 Argentina 12994 T 661 661
309 Argentina 12995 G 661 661
310 Argentina 12996 G 661 661
311 Argentina 12997 T 661 661
312 Argentina 12998 A 661 661
313 Argentina 12999 G 661 661
314 Argentina 13000 T 661 661
315 Argentina 13001 T 661 661
316 Argentina 13002 T 661 661
317 Argentina 13003 A 661 661
318 Argentina 13004 G 661 661
319 Argentina 13005 C 661 661
320 Argentina 13006 T 661 661
321 Argentina 13007 G 661 661
322 Argentina 13008 C 661 661
323 Argentina 13009 C 661 661
324 Argentina 13010 A 661 661
325 Argentina 13011 C 661 661
326 Argentina 13012 A 661 661
327 Argentina 13013 G 661 661
328 Argentina 13014 T 661 661
329 Argentina 13015 A 661 661
330 Argentina 13016 C 661 661
331 Argentina 13017 G 661 661
332 Argentina 13018 T 661 661
333 Argentina 13019 C 661 661
334 Argentina 13020 T 661 661
335 Argentina 13021 A 661 661
336 Argentina 13022 C 661 661
337 Argentina 13023 A 661 661
338 Argentina 13024 A 661 661