National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G I K L M N P Q R S T V W Y
-   594                                      
?                                          
A   84                                      
C   6                                      
D   39                                      
E   27                                      
F   15                                      
G   9                                      
I   30                                      
K   45                                      
L   54                                      
M   27                                      
N   39                                      
P   18                       1              
Q   33                                      
R   21                                      
S   45                                      
T   39                                      
V   39                                      
W   6                                      
Y   18                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Sri_Lanka 12092 G 58 58
1 Sri_Lanka 12093 C 58 58
2 Sri_Lanka 12094 T 58 58
3 Sri_Lanka 12095 A 58 58
4 Sri_Lanka 12096 T 58 58
5 Sri_Lanka 12097 A 58 58
6 Sri_Lanka 12098 G 58 58
7 Sri_Lanka 12099 C 58 58
8 Sri_Lanka 12100 C 58 58
9 Sri_Lanka 12101 T 58 58
10 Sri_Lanka 12102 C 58 58
11 Sri_Lanka 12103 A 58 58
12 Sri_Lanka 12104 G 58 58
13 Sri_Lanka 12105 A 58 58
14 Sri_Lanka 12106 G 58 58
15 Sri_Lanka 12107 T 58 58
16 Sri_Lanka 12108 T 58 58
17 Sri_Lanka 12109 T 58 58
18 Sri_Lanka 12110 A 58 58
19 Sri_Lanka 12111 G 58 58
20 Sri_Lanka 12112 T 59 59
21 Sri_Lanka 12113 T 59 59
22 Sri_Lanka 12114 C 59 59
23 Sri_Lanka 12115 C 59 59
24 Sri_Lanka 12116 C 59 59
25 Sri_Lanka 12117 T 59 59
26 Sri_Lanka 12118 T 59 59
27 Sri_Lanka 12119 C 59 59
28 Sri_Lanka 12120 C 59 59
29 Sri_Lanka 12121 A 59 59
30 Sri_Lanka 12122 T 59 59
31 Sri_Lanka 12123 C 59 59
32 Sri_Lanka 12124 A 60 60
33 Sri_Lanka 12125 T 60 60
34 Sri_Lanka 12126 A 60 60
35 Sri_Lanka 12127 T 60 60
36 Sri_Lanka 12128 G 60 60
37 Sri_Lanka 12129 C 60 60
38 Sri_Lanka 12130 A 60 60
39 Sri_Lanka 12131 G 60 60
40 Sri_Lanka 12132 C 60 60
41 Sri_Lanka 12133 T 60 60
42 Sri_Lanka 12134 T 60 60
43 Sri_Lanka 12135 T 60 60
44 Sri_Lanka 12136 T 60 60
45 Sri_Lanka 12137 G 60 60
46 Sri_Lanka 12138 C 60 60
47 Sri_Lanka 12139 T 60 60
48 Sri_Lanka 12140 A 60 60
49 Sri_Lanka 12141 C 60 60
50 Sri_Lanka 12142 T 60 60
51 Sri_Lanka 12143 G 60 60
52 Sri_Lanka 12144 C 60 60
53 Sri_Lanka 12145 T 60 60
54 Sri_Lanka 12146 C 60 60
55 Sri_Lanka 12147 A 60 60
56 Sri_Lanka 12148 A 60 60
57 Sri_Lanka 12149 G 60 60
58 Sri_Lanka 12150 A 60 60
59 Sri_Lanka 12151 A 60 60
60 Sri_Lanka 12152 G 60 60
61 Sri_Lanka 12153 C 60 60
62 Sri_Lanka 12154 T 60 60
63 Sri_Lanka 12155 T 60 60
64 Sri_Lanka 12156 A 60 60
65 Sri_Lanka 12157 T 60 60
66 Sri_Lanka 12158 G 60 60
67 Sri_Lanka 12159 A 60 60
68 Sri_Lanka 12160 G 60 60
69 Sri_Lanka 12161 C 60 60
70 Sri_Lanka 12162 A 60 60
71 Sri_Lanka 12163 G 60 60
72 Sri_Lanka 12164 G 60 60
73 Sri_Lanka 12165 C 60 60
74 Sri_Lanka 12166 T 60 60
75 Sri_Lanka 12167 G 60 60
76 Sri_Lanka 12168 T 60 60
77 Sri_Lanka 12169 T 60 60
78 Sri_Lanka 12170 G 60 60
79 Sri_Lanka 12171 C 60 60
80 Sri_Lanka 12172 T 60 60
81 Sri_Lanka 12173 A 60 57
82 Sri_Lanka 12174 A 60 54
83 Sri_Lanka 12175 T 60 54
84 Sri_Lanka 12176 G 60 54
85 Sri_Lanka 12177 G 60 54
86 Sri_Lanka 12178 T 60 54
87 Sri_Lanka 12179 G 60 54
88 Sri_Lanka 12180 A 60 54
89 Sri_Lanka 12181 T 60 54
90 Sri_Lanka 12182 T 60 54
91 Sri_Lanka 12183 C 60 54
92 Sri_Lanka 12184 T 60 54
93 Sri_Lanka 12185 G 60 54
94 Sri_Lanka 12186 A 60 46
95 Sri_Lanka 12187 A 60 46
96 Sri_Lanka 12188 G 60 46
97 Sri_Lanka 12189 T 60 46
98 Sri_Lanka 12190 T 60 46
99 Sri_Lanka 12191 G 60 47
100 Sri_Lanka 12192 T 60 47
101 Sri_Lanka 12193 T 60 48
102 Sri_Lanka 12194 C 60 48
103 Sri_Lanka 12195 T 60 48
104 Sri_Lanka 12196 T 60 49
105 Sri_Lanka 12197 A 60 35
106 Sri_Lanka 12198 A 60 35
107 Sri_Lanka 12199 A 60 36
108 Sri_Lanka 12200 A 60 36
109 Sri_Lanka 12201 A 60 36
110 Sri_Lanka 12202 G 60 36
111 Sri_Lanka 12203 T 60 36
112 Sri_Lanka 12204 T 60 36
113 Sri_Lanka 12205 G 60 36
114 Sri_Lanka 12206 A 60 37
115 Sri_Lanka 12207 A 60 37
116 Sri_Lanka 12208 G 60 36
117 Sri_Lanka 12209 A 60 37
118 Sri_Lanka 12210 A 60 37
119 Sri_Lanka 12211 G 60 38
120 Sri_Lanka 12212 T 60 38
121 Sri_Lanka 12213 C 60 58
122 Sri_Lanka 12214 T 60 58
123 Sri_Lanka 12215 T 60 58
124 Sri_Lanka 12216 T 60 58
125 Sri_Lanka 12217 G 60 58
126 Sri_Lanka 12218 A 60 58
127 Sri_Lanka 12219 A 60 58
128 Sri_Lanka 12220 T 60 58
129 Sri_Lanka 12221 G 60 58
130 Sri_Lanka 12222 T 60 58
131 Sri_Lanka 12223 G 60 58
132 Sri_Lanka 12224 G 60 58
133 Sri_Lanka 12225 C 60 58
134 Sri_Lanka 12226 T 60 59
135 Sri_Lanka 12227 A 60 60
136 Sri_Lanka 12228 A 60 60
137 Sri_Lanka 12229 A 60 60
138 Sri_Lanka 12230 T 60 60
139 Sri_Lanka 12231 C 60 60
140 Sri_Lanka 12232 T 60 60
141 Sri_Lanka 12233 G 60 60
142 Sri_Lanka 12234 A 60 60
143 Sri_Lanka 12235 A 60 60
144 Sri_Lanka 12236 T 60 60
145 Sri_Lanka 12237 T 60 60
146 Sri_Lanka 12238 T 60 60
147 Sri_Lanka 12239 G 60 60
148 Sri_Lanka 12240 A 60 60
149 Sri_Lanka 12241 C 60 60
150 Sri_Lanka 12242 C 60 60
151 Sri_Lanka 12243 G 60 60
152 Sri_Lanka 12244 T 60 60
153 Sri_Lanka 12245 G 60 60
154 Sri_Lanka 12246 A 60 60
155 Sri_Lanka 12247 T 60 60
156 Sri_Lanka 12248 G 60 60
157 Sri_Lanka 12249 C 60 60
158 Sri_Lanka 12250 A 60 60
159 Sri_Lanka 12251 G 60 60
160 Sri_Lanka 12252 C 60 60
161 Sri_Lanka 12253 C 60 60
162 Sri_Lanka 12254 A 60 60
163 Sri_Lanka 12255 T 60 60
164 Sri_Lanka 12256 G 60 60
165 Sri_Lanka 12257 C 60 60
166 Sri_Lanka 12258 A 60 60
167 Sri_Lanka 12259 A 60 60
168 Sri_Lanka 12260 C 60 60
169 Sri_Lanka 12261 G 60 60
170 Sri_Lanka 12262 T 60 60
171 Sri_Lanka 12263 A 60 59
172 Sri_Lanka 12264 A 60 59
173 Sri_Lanka 12265 G 60 59
174 Sri_Lanka 12266 T 60 58
175 Sri_Lanka 12267 T 60 58
176 Sri_Lanka 12268 G 60 58
177 Sri_Lanka 12269 G 60 58
178 Sri_Lanka 12270 A 60 58
179 Sri_Lanka 12271 A 60 58
180 Sri_Lanka 12272 A 60 58
181 Sri_Lanka 12273 A 60 58
182 Sri_Lanka 12274 G 60 58
183 Sri_Lanka 12275 A 60 52
184 Sri_Lanka 12276 T 60 52
185 Sri_Lanka 12277 G 60 52
186 Sri_Lanka 12278 G 60 52
187 Sri_Lanka 12279 C 60 52
188 Sri_Lanka 12280 T 60 52
189 Sri_Lanka 12281 G 60 52
190 Sri_Lanka 12282 A 60 52
191 Sri_Lanka 12283 T 60 52
192 Sri_Lanka 12284 C 60 53
193 Sri_Lanka 12285 A 60 53
194 Sri_Lanka 12286 A 60 53
195 Sri_Lanka 12287 G 60 53
196 Sri_Lanka 12288 C 60 53
197 Sri_Lanka 12289 T 60 53
198 Sri_Lanka 12290 A 60 53
199 Sri_Lanka 12291 T 60 55
200 Sri_Lanka 12292 G 60 60
201 Sri_Lanka 12293 A 60 60
202 Sri_Lanka 12294 C 60 60
203 Sri_Lanka 12295 C 60 60
204 Sri_Lanka 12296 C 60 60
205 Sri_Lanka 12297 A 60 60
206 Sri_Lanka 12298 A 60 60
207 Sri_Lanka 12299 A 60 60
208 Sri_Lanka 12300 T 60 60
209 Sri_Lanka 12301 G 60 60
210 Sri_Lanka 12302 T 60 60
211 Sri_Lanka 12303 A 60 60
212 Sri_Lanka 12304 T 60 60
213 Sri_Lanka 12305 A 60 60
214 Sri_Lanka 12306 A 60 60
215 Sri_Lanka 12307 A 60 60
216 Sri_Lanka 12308 C 60 60
217 Sri_Lanka 12309 A 60 60
218 Sri_Lanka 12310 G 60 60
219 Sri_Lanka 12311 G 60 60
220 Sri_Lanka 12312 C 60 60
221 Sri_Lanka 12313 T 60 60
222 Sri_Lanka 12314 A 60 60
223 Sri_Lanka 12315 G 60 60
224 Sri_Lanka 12316 A 60 60
225 Sri_Lanka 12317 T 60 60
226 Sri_Lanka 12318 C 60 60
227 Sri_Lanka 12319 T 60 60
228 Sri_Lanka 12320 G 60 60
229 Sri_Lanka 12321 A 60 60
230 Sri_Lanka 12322 G 60 60
231 Sri_Lanka 12323 G 60 60
232 Sri_Lanka 12324 A 60 60
233 Sri_Lanka 12325 C 60 60
234 Sri_Lanka 12326 A 60 60
235 Sri_Lanka 12327 A 60 60
236 Sri_Lanka 12328 G 60 60
237 Sri_Lanka 12329 A 60 60
238 Sri_Lanka 12330 G 60 60
239 Sri_Lanka 12331 G 60 60
240 Sri_Lanka 12332 G 60 60
241 Sri_Lanka 12333 C 60 60
242 Sri_Lanka 12334 A 60 60
243 Sri_Lanka 12335 A 60 60
244 Sri_Lanka 12336 A 60 60
245 Sri_Lanka 12337 A 60 60
246 Sri_Lanka 12338 G 60 60
247 Sri_Lanka 12339 T 60 60
248 Sri_Lanka 12340 T 60 60
249 Sri_Lanka 12341 A 60 60
250 Sri_Lanka 12342 C 60 60
251 Sri_Lanka 12343 T 60 60
252 Sri_Lanka 12344 A 60 60
253 Sri_Lanka 12345 G 60 60
254 Sri_Lanka 12346 T 60 60
255 Sri_Lanka 12347 G 60 60
256 Sri_Lanka 12348 C 60 60
257 Sri_Lanka 12349 T 60 60
258 Sri_Lanka 12350 A 60 60
259 Sri_Lanka 12351 T 60 60
260 Sri_Lanka 12352 G 60 60
261 Sri_Lanka 12353 C 60 60
262 Sri_Lanka 12354 A 60 60
263 Sri_Lanka 12355 G 60 60
264 Sri_Lanka 12356 A 60 60
265 Sri_Lanka 12357 C 60 60
266 Sri_Lanka 12358 A 60 60
267 Sri_Lanka 12359 A 60 60
268 Sri_Lanka 12360 T 60 60
269 Sri_Lanka 12361 G 60 60
270 Sri_Lanka 12362 C 60 60
271 Sri_Lanka 12363 T 60 60
272 Sri_Lanka 12364 T 60 60
273 Sri_Lanka 12365 T 60 60
274 Sri_Lanka 12366 T 60 60
275 Sri_Lanka 12367 C 60 60
276 Sri_Lanka 12368 A 60 60
277 Sri_Lanka 12369 C 60 60
278 Sri_Lanka 12370 T 60 60
279 Sri_Lanka 12371 A 60 60
280 Sri_Lanka 12372 T 60 60
281 Sri_Lanka 12373 G 60 60
282 Sri_Lanka 12374 C 60 60
283 Sri_Lanka 12375 T 60 60
284 Sri_Lanka 12376 T 60 60
285 Sri_Lanka 12377 A 60 60
286 Sri_Lanka 12378 G 60 60
287 Sri_Lanka 12379 A 60 60
288 Sri_Lanka 12380 A 60 60
289 Sri_Lanka 12381 A 60 60
290 Sri_Lanka 12382 G 60 60
291 Sri_Lanka 12383 T 60 60
292 Sri_Lanka 12384 T 60 60
293 Sri_Lanka 12385 G 60 60
294 Sri_Lanka 12386 G 60 60
295 Sri_Lanka 12387 A 60 60
296 Sri_Lanka 12388 T 60 60
297 Sri_Lanka 12389 A 60 60
298 Sri_Lanka 12390 A 60 60
299 Sri_Lanka 12391 T 60 60
300 Sri_Lanka 12392 G 60 60
301 Sri_Lanka 12393 A 60 60
302 Sri_Lanka 12394 T 60 60
303 Sri_Lanka 12395 G 60 60
304 Sri_Lanka 12396 C 60 60
305 Sri_Lanka 12397 A 60 60
306 Sri_Lanka 12398 C 60 60
307 Sri_Lanka 12399 T 60 60
308 Sri_Lanka 12400 C 60 60
309 Sri_Lanka 12401 A 60 60
310 Sri_Lanka 12402 A 60 60
311 Sri_Lanka 12403 C 60 60
312 Sri_Lanka 12404 A 60 60
313 Sri_Lanka 12405 A 60 60
314 Sri_Lanka 12406 C 60 60
315 Sri_Lanka 12407 A 60 60
316 Sri_Lanka 12408 T 60 60
317 Sri_Lanka 12409 T 60 60
318 Sri_Lanka 12410 A 60 60
319 Sri_Lanka 12411 T 60 60
320 Sri_Lanka 12412 C 60 60
321 Sri_Lanka 12413 A 60 60
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