National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P Q R S T V W Y
*                                            
-     594                                      
?                                            
A     84                                      
C     6                                      
D     39                                      
E     27 1                                    
F     15                                      
G     9                                      
I     30             1                   1    
K     45                                      
L 2   54                 1                    
M     27                                      
N     39                                      
P     18                       1              
Q     33                                      
R     21                                      
S     45         1                   1        
T     39             2                        
V     39                                      
W     6                                      
Y     18                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Romania 12092 G 382 382
1 Romania 12093 C 382 382
2 Romania 12094 T 382 382
3 Romania 12095 A 382 382
4 Romania 12096 T 382 382
5 Romania 12097 A 382 382
6 Romania 12098 G 382 382
7 Romania 12099 C 382 382
8 Romania 12100 C 382 382
9 Romania 12101 T 382 382
10 Romania 12102 C 382 382
11 Romania 12103 A T 382 380 Ser3946Ser
12 Romania 12104 G 382 382
13 Romania 12105 A C 382 380 Glu3947Ala
14 Romania 12106 G 382 382
15 Romania 12107 T 382 382
16 Romania 12108 T 382 382
17 Romania 12109 T 382 382
18 Romania 12110 A 382 382
19 Romania 12111 G 382 382
20 Romania 12112 T 382 382
21 Romania 12113 T 382 382
22 Romania 12114 C 382 382
23 Romania 12115 C 382 382
24 Romania 12116 C 382 382
25 Romania 12117 T 382 382
26 Romania 12118 T 382 382
27 Romania 12119 C 382 382
28 Romania 12120 C 382 382
29 Romania 12121 A 382 382
30 Romania 12122 T 382 382
31 Romania 12123 C 382 382
32 Romania 12124 A 382 382
33 Romania 12125 T 382 382
34 Romania 12126 A 382 382
35 Romania 12127 T 382 382
36 Romania 12128 G 382 382
37 Romania 12129 C 382 382
38 Romania 12130 A 382 382
39 Romania 12131 G 382 382
40 Romania 12132 C 382 382
41 Romania 12133 T 382 382
42 Romania 12134 T 382 382
43 Romania 12135 T 382 382
44 Romania 12136 T 382 382
45 Romania 12137 G 382 382
46 Romania 12138 C 382 382
47 Romania 12139 T 382 382
48 Romania 12140 A 382 382
49 Romania 12141 C 382 382
50 Romania 12142 T 382 382
51 Romania 12143 G 382 382
52 Romania 12144 C 382 382
53 Romania 12145 T 382 382
54 Romania 12146 C 382 382
55 Romania 12147 A 382 382
56 Romania 12148 A 382 382
57 Romania 12149 G 382 382
58 Romania 12150 A 382 382
59 Romania 12151 A 382 382
60 Romania 12152 G 382 382
61 Romania 12153 C 382 382
62 Romania 12154 T 382 382
63 Romania 12155 T 382 382
64 Romania 12156 A 382 382
65 Romania 12157 T 382 382
66 Romania 12158 G 382 382
67 Romania 12159 A 382 382
68 Romania 12160 G 382 382
69 Romania 12161 C 382 382
70 Romania 12162 A 382 382
71 Romania 12163 G 382 382
72 Romania 12164 G 382 382
73 Romania 12165 C 382 382
74 Romania 12166 T 382 382
75 Romania 12167 G 382 382
76 Romania 12168 T 382 382
77 Romania 12169 T 382 382
78 Romania 12170 G 382 382
79 Romania 12171 C 382 382
80 Romania 12172 T 382 382
81 Romania 12173 A 382 382
82 Romania 12174 A 382 382
83 Romania 12175 T 382 382
84 Romania 12176 G 382 382
85 Romania 12177 G 382 382
86 Romania 12178 T 382 382
87 Romania 12179 G 382 382
88 Romania 12180 A 382 382
89 Romania 12181 T 382 382
90 Romania 12182 T 382 382
91 Romania 12183 C 382 382
92 Romania 12184 T 382 382
93 Romania 12185 G 382 382
94 Romania 12186 A 382 382
95 Romania 12187 A 382 382
96 Romania 12188 G 382 382
97 Romania 12189 T 382 382
98 Romania 12190 T 382 382
99 Romania 12191 G 382 382
100 Romania 12192 T 382 382
101 Romania 12193 T 382 382
102 Romania 12194 C 382 382
103 Romania 12195 T 382 382
104 Romania 12196 T 382 382
105 Romania 12197 A 382 382
106 Romania 12198 A 382 382
107 Romania 12199 A 382 382
108 Romania 12200 A 382 382
109 Romania 12201 A 382 382
110 Romania 12202 G 382 382
111 Romania 12203 T 382 382
112 Romania 12204 T A 382 380 Leu3980*
113 Romania 12205 G 382 382
114 Romania 12206 A 382 382
115 Romania 12207 A 382 382
116 Romania 12208 G 382 382
117 Romania 12209 A 382 382
118 Romania 12210 A 382 382
119 Romania 12211 G 382 382
120 Romania 12212 T 382 382
121 Romania 12213 C 382 382
122 Romania 12214 T 382 382
123 Romania 12215 T 382 382
124 Romania 12216 T A 382 380 Leu3984*
125 Romania 12217 G 382 382
126 Romania 12218 A 382 382
127 Romania 12219 A 382 382
128 Romania 12220 T 382 382
129 Romania 12221 G 382 382
130 Romania 12222 T 382 382
131 Romania 12223 G 382 382
132 Romania 12224 G 382 382
133 Romania 12225 C 382 382
134 Romania 12226 T 382 382
135 Romania 12227 A 382 382
136 Romania 12228 A 382 382
137 Romania 12229 A 382 382
138 Romania 12230 T 382 382
139 Romania 12231 C 382 382
140 Romania 12232 T 382 382
141 Romania 12233 G 382 382
142 Romania 12234 A 382 382
143 Romania 12235 A 382 382
144 Romania 12236 T 382 382
145 Romania 12237 T 382 382
146 Romania 12238 T 382 382
147 Romania 12239 G 382 382
148 Romania 12240 A 382 382
149 Romania 12241 C 382 382
150 Romania 12242 C 382 382
151 Romania 12243 G 382 382
152 Romania 12244 T 382 382
153 Romania 12245 G 382 382
154 Romania 12246 A 382 382
155 Romania 12247 T 382 382
156 Romania 12248 G 382 382
157 Romania 12249 C 382 382
158 Romania 12250 A 382 382
159 Romania 12251 G 382 382
160 Romania 12252 C 382 382
161 Romania 12253 C 382 382
162 Romania 12254 A 382 382
163 Romania 12255 T 382 382
164 Romania 12256 G 382 382
165 Romania 12257 C 382 382
166 Romania 12258 A 382 382
167 Romania 12259 A 382 382
168 Romania 12260 C 382 382
169 Romania 12261 G 382 382
170 Romania 12262 T 382 382
171 Romania 12263 A 382 382
172 Romania 12264 A 382 382
173 Romania 12265 G 382 382
174 Romania 12266 T 382 382
175 Romania 12267 T 382 382
176 Romania 12268 G 382 382
177 Romania 12269 G 382 382
178 Romania 12270 A 382 382
179 Romania 12271 A 382 382
180 Romania 12272 A 382 382
181 Romania 12273 A 382 382
182 Romania 12274 G 382 382
183 Romania 12275 A 382 382
184 Romania 12276 T 382 382
185 Romania 12277 G 382 382
186 Romania 12278 G 382 382
187 Romania 12279 C 382 382
188 Romania 12280 T 382 382
189 Romania 12281 G 382 382
190 Romania 12282 A 382 382
191 Romania 12283 T 382 382
192 Romania 12284 C 382 382
193 Romania 12285 A 382 382
194 Romania 12286 A 382 382
195 Romania 12287 G 382 382
196 Romania 12288 C 382 382
197 Romania 12289 T 382 382
198 Romania 12290 A 382 382
199 Romania 12291 T 382 382
200 Romania 12292 G 382 382
201 Romania 12293 A 382 382
202 Romania 12294 C T 382 380 Thr4010Ile
203 Romania 12295 C 382 382
204 Romania 12296 C 382 382
205 Romania 12297 A 382 382
206 Romania 12298 A 382 382
207 Romania 12299 A 382 382
208 Romania 12300 T 382 382
209 Romania 12301 G 382 382
210 Romania 12302 T 382 382
211 Romania 12303 A 382 382
212 Romania 12304 T 382 382
213 Romania 12305 A 382 382
214 Romania 12306 A 382 382
215 Romania 12307 A 382 382
216 Romania 12308 C 382 382
217 Romania 12309 A 382 382
218 Romania 12310 G 382 382
219 Romania 12311 G 382 382
220 Romania 12312 C 382 382
221 Romania 12313 T 382 382
222 Romania 12314 A 382 382
223 Romania 12315 G 382 382
224 Romania 12316 A 382 382
225 Romania 12317 T 382 382
226 Romania 12318 C T 382 378 Ser4018Phe
227 Romania 12319 T 382 382
228 Romania 12320 G 382 382
229 Romania 12321 A 382 382
230 Romania 12322 G 382 382
231 Romania 12323 G 382 382
232 Romania 12324 A 382 382
233 Romania 12325 C 382 382
234 Romania 12326 A 382 382
235 Romania 12327 A 382 382
236 Romania 12328 G 382 382
237 Romania 12329 A 382 382
238 Romania 12330 G 382 382
239 Romania 12331 G 382 382
240 Romania 12332 G 382 382
241 Romania 12333 C 382 382
242 Romania 12334 A 382 382
243 Romania 12335 A 382 382
244 Romania 12336 A 382 382
245 Romania 12337 A 382 382
246 Romania 12338 G 382 382
247 Romania 12339 T 382 382
248 Romania 12340 T 382 382
249 Romania 12341 A 382 382
250 Romania 12342 C 382 382
251 Romania 12343 T 382 382
252 Romania 12344 A 382 382
253 Romania 12345 G 382 382
254 Romania 12346 T 382 382
255 Romania 12347 G 382 382
256 Romania 12348 C 382 382
257 Romania 12349 T 382 382
258 Romania 12350 A 382 382
259 Romania 12351 T 382 382
260 Romania 12352 G 382 382
261 Romania 12353 C 382 382
262 Romania 12354 A 382 382
263 Romania 12355 G 382 382
264 Romania 12356 A 382 382
265 Romania 12357 C 382 382
266 Romania 12358 A 382 382
267 Romania 12359 A 382 382
268 Romania 12360 T 382 382
269 Romania 12361 G 382 382
270 Romania 12362 C 382 382
271 Romania 12363 T 382 382
272 Romania 12364 T 382 382
273 Romania 12365 T 382 382
274 Romania 12366 T 382 382
275 Romania 12367 C 382 382
276 Romania 12368 A 382 382
277 Romania 12369 C 382 382
278 Romania 12370 T 382 382
279 Romania 12371 A 382 382
280 Romania 12372 T 382 382
281 Romania 12373 G 382 382
282 Romania 12374 C 382 382
283 Romania 12375 T 382 382
284 Romania 12376 T 382 382
285 Romania 12377 A 382 382
286 Romania 12378 G 382 382
287 Romania 12379 A 382 382
288 Romania 12380 A 382 382
289 Romania 12381 A 382 382
290 Romania 12382 G 382 382
291 Romania 12383 T 382 382
292 Romania 12384 T 382 382
293 Romania 12385 G 382 382
294 Romania 12386 G 382 382
295 Romania 12387 A 382 382
296 Romania 12388 T 382 382
297 Romania 12389 A 382 382
298 Romania 12390 A 382 382
299 Romania 12391 T 382 382
300 Romania 12392 G 382 382
301 Romania 12393 A 382 382
302 Romania 12394 T 382 382
303 Romania 12395 G 382 382
304 Romania 12396 C 382 382
305 Romania 12397 A 382 382
306 Romania 12398 C 382 382
307 Romania 12399 T 382 382
308 Romania 12400 C 382 382
309 Romania 12401 A 382 382
310 Romania 12402 A 382 382
311 Romania 12403 C 382 382
312 Romania 12404 A 382 382
313 Romania 12405 A 382 382
314 Romania 12406 C 382 382
315 Romania 12407 A 382 382
316 Romania 12408 T 382 382
317 Romania 12409 T 382 382
318 Romania 12410 A 382 382
319 Romania 12411 T 382 382
320 Romania 12412 C 382 382
321 Romania 12413 A 382 382
322 Romania 12414 A 382 382
323 Romania 12415 C 382 382
324 Romania 12416 A 382 382
325 Romania 12417 A 382 382
326 Romania 12418 T 382 382
327 Romania 12419 G 382 382
328 Romania 12420 C 382 382
329 Romania 12421 A 382 382
330 Romania 12422 A 382 382
331 Romania 12423 G 382 382
332 Romania 12424 A 382 382
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