National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G I K L M N P Q R S T V W Y
-   594                                      
?                                          
A   84                                 2    
C   6                                      
D   39                                      
E   27                                      
F   15                                      
G   9                                      
I   30                                 2    
K   45                                      
L   54                                      
M   27             1                        
N   39             1               1        
P   18                                      
Q   33                                      
R   21               1                      
S   45         1                            
T   39                                      
V   39                                      
W   6                                      
Y   18                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Panama 12092 G 309 309
1 Panama 12093 C 309 309
2 Panama 12094 T 309 309
3 Panama 12095 A 309 309
4 Panama 12096 T 309 309
5 Panama 12097 A 309 309
6 Panama 12098 G 309 309
7 Panama 12099 C 309 309
8 Panama 12100 C 309 309
9 Panama 12101 T 309 309
10 Panama 12102 C 309 309
11 Panama 12103 A 309 309
12 Panama 12104 G 309 309
13 Panama 12105 A 309 309
14 Panama 12106 G 309 309
15 Panama 12107 T 309 309
16 Panama 12108 T 309 309
17 Panama 12109 T 309 309
18 Panama 12110 A 309 309
19 Panama 12111 G 309 309
20 Panama 12112 T 309 309
21 Panama 12113 T 309 309
22 Panama 12114 C 309 309
23 Panama 12115 C 309 309
24 Panama 12116 C 309 309
25 Panama 12117 T 309 309
26 Panama 12118 T 309 309
27 Panama 12119 C 309 309
28 Panama 12120 C 309 309
29 Panama 12121 A 309 309
30 Panama 12122 T 309 309
31 Panama 12123 C 309 309
32 Panama 12124 A 309 309
33 Panama 12125 T 309 309
34 Panama 12126 A 309 309
35 Panama 12127 T 309 309
36 Panama 12128 G 309 309
37 Panama 12129 C 309 309
38 Panama 12130 A 309 309
39 Panama 12131 G 309 309
40 Panama 12132 C 309 309
41 Panama 12133 T 309 309
42 Panama 12134 T 309 309
43 Panama 12135 T 309 309
44 Panama 12136 T 309 309
45 Panama 12137 G 309 309
46 Panama 12138 C 309 309
47 Panama 12139 T 309 309
48 Panama 12140 A 309 309
49 Panama 12141 C 309 309
50 Panama 12142 T 309 309
51 Panama 12143 G 309 309
52 Panama 12144 C 309 309
53 Panama 12145 T 309 309
54 Panama 12146 C 309 309
55 Panama 12147 A 309 309
56 Panama 12148 A 309 309
57 Panama 12149 G 309 309
58 Panama 12150 A 309 309
59 Panama 12151 A 309 309
60 Panama 12152 G 309 309
61 Panama 12153 C 309 309
62 Panama 12154 T 309 309
63 Panama 12155 T 309 309
64 Panama 12156 A 309 309
65 Panama 12157 T 309 309
66 Panama 12158 G 309 309
67 Panama 12159 A 309 309
68 Panama 12160 G 309 309
69 Panama 12161 C 309 309
70 Panama 12162 A 309 309
71 Panama 12163 G 309 309
72 Panama 12164 G 309 309
73 Panama 12165 C 309 309
74 Panama 12166 T 309 309
75 Panama 12167 G 309 309
76 Panama 12168 T 309 309
77 Panama 12169 T 309 309
78 Panama 12170 G 309 309
79 Panama 12171 C 309 309
80 Panama 12172 T 309 309
81 Panama 12173 A 309 309
82 Panama 12174 A 309 309
83 Panama 12175 T 309 309
84 Panama 12176 G 309 309
85 Panama 12177 G 309 309
86 Panama 12178 T 309 309
87 Panama 12179 G 309 309
88 Panama 12180 A 309 309
89 Panama 12181 T 309 309
90 Panama 12182 T 309 309
91 Panama 12183 C 309 309
92 Panama 12184 T 309 309
93 Panama 12185 G 309 309
94 Panama 12186 A 309 309
95 Panama 12187 A 309 309
96 Panama 12188 G 309 309
97 Panama 12189 T 309 309
98 Panama 12190 T 309 309
99 Panama 12191 G 309 309
100 Panama 12192 T 309 309
101 Panama 12193 T 309 309
102 Panama 12194 C 309 309
103 Panama 12195 T 309 309
104 Panama 12196 T 309 309
105 Panama 12197 A 309 309
106 Panama 12198 A 309 309
107 Panama 12199 A 309 309
108 Panama 12200 A 309 309
109 Panama 12201 A 309 309
110 Panama 12202 G 309 309
111 Panama 12203 T 309 309
112 Panama 12204 T 309 309
113 Panama 12205 G 309 309
114 Panama 12206 A 309 309
115 Panama 12207 A 309 309
116 Panama 12208 G 309 309
117 Panama 12209 A 309 309
118 Panama 12210 A 309 309
119 Panama 12211 G 309 309
120 Panama 12212 T 309 309
121 Panama 12213 C 309 309
122 Panama 12214 T 309 309
123 Panama 12215 T 309 309
124 Panama 12216 T 309 309
125 Panama 12217 G 309 309
126 Panama 12218 A 309 309
127 Panama 12219 A 309 309
128 Panama 12220 T 309 309
129 Panama 12221 G 309 309
130 Panama 12222 T 309 309
131 Panama 12223 G 309 309
132 Panama 12224 G 309 309
133 Panama 12225 C 309 309
134 Panama 12226 T 309 309
135 Panama 12227 A 309 309
136 Panama 12228 A 309 309
137 Panama 12229 A 309 309
138 Panama 12230 T 309 309
139 Panama 12231 C 309 309
140 Panama 12232 T 309 309
141 Panama 12233 G 309 309
142 Panama 12234 A 309 309
143 Panama 12235 A 309 309
144 Panama 12236 T 309 309
145 Panama 12237 T 309 309
146 Panama 12238 T 309 309
147 Panama 12239 G 309 309
148 Panama 12240 A 309 309
149 Panama 12241 C 309 309
150 Panama 12242 C 309 309
151 Panama 12243 G 309 309
152 Panama 12244 T 309 309
153 Panama 12245 G 309 309
154 Panama 12246 A 309 309
155 Panama 12247 T 309 309
156 Panama 12248 G 309 309
157 Panama 12249 C 309 309
158 Panama 12250 A 309 309
159 Panama 12251 G 309 309
160 Panama 12252 C 309 309
161 Panama 12253 C 309 309
162 Panama 12254 A 309 309
163 Panama 12255 T 309 309
164 Panama 12256 G 309 309
165 Panama 12257 C 309 308
166 Panama 12258 A 309 309
167 Panama 12259 A 309 309
168 Panama 12260 C 309 309
169 Panama 12261 G 309 309
170 Panama 12262 T 309 308
171 Panama 12263 A 309 309
172 Panama 12264 A 309 308
173 Panama 12265 G 309 309
174 Panama 12266 T 309 309
175 Panama 12267 T 309 309
176 Panama 12268 G 309 309
177 Panama 12269 G 309 309
178 Panama 12270 A 309 309
179 Panama 12271 A 309 309
180 Panama 12272 A 309 309
181 Panama 12273 A 309 309
182 Panama 12274 G 309 309
183 Panama 12275 A 309 309
184 Panama 12276 T 309 309
185 Panama 12277 G 309 309
186 Panama 12278 G 309 309
187 Panama 12279 C 309 309
188 Panama 12280 T 309 309
189 Panama 12281 G 309 309
190 Panama 12282 A 309 309
191 Panama 12283 T 309 309
192 Panama 12284 C 309 309
193 Panama 12285 A 309 309
194 Panama 12286 A 309 309
195 Panama 12287 G 309 309
196 Panama 12288 C 309 309
197 Panama 12289 T 309 309
198 Panama 12290 A 309 309
199 Panama 12291 T 309 309
200 Panama 12292 G 309 309
201 Panama 12293 A 309 309
202 Panama 12294 C 309 309
203 Panama 12295 C 309 309
204 Panama 12296 C 309 309
205 Panama 12297 A 309 309
206 Panama 12298 A 309 309
207 Panama 12299 A 309 309
208 Panama 12300 T 310 310
209 Panama 12301 G 310 310
210 Panama 12302 T 310 310
211 Panama 12303 A 310 310
212 Panama 12304 T 310 310
213 Panama 12305 A 310 310
214 Panama 12306 A 310 310
215 Panama 12307 A 310 310
216 Panama 12308 C 310 310
217 Panama 12309 A 310 310
218 Panama 12310 G 310 310
219 Panama 12311 G 310 310
220 Panama 12312 C 310 310
221 Panama 12313 T 310 309
222 Panama 12314 A 310 309
223 Panama 12315 G A 310 309 Arg4017Lys
224 Panama 12316 A 310 310
225 Panama 12317 T 310 310
226 Panama 12318 C 310 310
227 Panama 12319 T 310 310
228 Panama 12320 G 310 310
229 Panama 12321 A 310 310
230 Panama 12322 G 310 310
231 Panama 12323 G 310 310
232 Panama 12324 A 310 310
233 Panama 12325 C 310 310
234 Panama 12326 A 310 310
235 Panama 12327 A 310 310
236 Panama 12328 G 310 310
237 Panama 12329 A 310 310
238 Panama 12330 G 310 310
239 Panama 12331 G 310 310
240 Panama 12332 G 310 309
241 Panama 12333 C 310 310
242 Panama 12334 A 310 310
243 Panama 12335 A 310 310
244 Panama 12336 A 310 310
245 Panama 12337 A 310 310
246 Panama 12338 G 310 310
247 Panama 12339 T 310 310
248 Panama 12340 T 310 310
249 Panama 12341 A 310 310
250 Panama 12342 C 310 310
251 Panama 12343 T 310 310
252 Panama 12344 A 310 310
253 Panama 12345 G 310 310
254 Panama 12346 T 310 308
255 Panama 12347 G 310 310
256 Panama 12348 C 310 310
257 Panama 12349 T 310 310
258 Panama 12350 A 310 310
259 Panama 12351 T 310 310
260 Panama 12352 G 310 310
261 Panama 12353 C 310 310
262 Panama 12354 A 310 309
263 Panama 12355 G 310 310
264 Panama 12356 A 310 310
265 Panama 12357 C 310 310
266 Panama 12358 A 309 309
267 Panama 12359 A 309 309
268 Panama 12360 T 309 309
269 Panama 12361 G 309 308
270 Panama 12362 C 309 309
271 Panama 12363 T 309 309
272 Panama 12364 T 309 309
273 Panama 12365 T 309 309
274 Panama 12366 T 309 309
275 Panama 12367 C 309 309
276 Panama 12368 A 309 309
277 Panama 12369 C 309 309
278 Panama 12370 T 308 308
279 Panama 12371 A 308 308
280 Panama 12372 T 308 308
281 Panama 12373 G 308 308
282 Panama 12374 C 308 308
283 Panama 12375 T 308 308
284 Panama 12376 T 308 308
285 Panama 12377 A 308 308
286 Panama 12378 G 308 308
287 Panama 12379 A 308 308
288 Panama 12380 A 308 308
289 Panama 12381 A 308 308
290 Panama 12382 G 308 308
291 Panama 12383 T 308 308
292 Panama 12384 T 308 308
293 Panama 12385 G 308 308
294 Panama 12386 G 308 308
295 Panama 12387 A 308 308
296 Panama 12388 T 308 308
297 Panama 12389 A 308 308
298 Panama 12390 A 308 308
299 Panama 12391 T 308 308
300 Panama 12392 G 308 308
301 Panama 12393 A 308 308
302 Panama 12394 T 308 308
303 Panama 12395 G 308 308
304 Panama 12396 C 308 308
305 Panama 12397 A 308 308
306 Panama 12398 C 308 308
307 Panama 12399 T 308 308
308 Panama 12400 C 308 308
309 Panama 12401 A 308 308
310 Panama 12402 A 308 308
311 Panama 12403 C 308 308
312 Panama 12404 A 308 308
313 Panama 12405 A 309 309
314 Panama 12406 C 309 309
315 Panama 12407 A 309 308
316 Panama 12408 T 309 309
317 Panama 12409 T 309 307
318 Panama 12410 A G 309 305 Ile4049Val
319 Panama 12411 T 309 308
320 Panama 12412 C 309 308
321 Panama 12413 A 309 308
322 Panama 12414 A T 309 302 Asn4050Ile
323 Panama 12415 C 309 307
324 Panama 12416 A 309 307
325 Panama 12417 A G 309 304 Asn4051Ser
326 Panama 12418 T 309 307
327 Panama 12419 G 309 307
328 Panama 12420 C 309 307
329 Panama 12421 A 309 307
330 Panama 12422 A 309 306
331 Panama 12423 G 311 310
332 Panama 12424 A 311 311
333 Panama 12425 G 311 311
334 Panama 12426 A 311 310
335 Panama 12427 T 311 310
336 Panama 12428 G 311 310
337 Panama 12429 G 312 311
338 Panama 12430 T 312 311
339 Panama 12431 T 312 311
340 Panama 12432 G 312 310
341 Panama 12433 T 312 311
342 Panama 12434 G 312 311
343 Panama 12435 T 312 311
344 Panama 12436 T 312 311
345 Panama 12437 C 312 312
346 Panama 12438 C 312 312
347 Panama 12439 C 312 312
348 Panama 12440 T 312 312
349 Panama 12441 T 312 312
350 Panama 12442 G 312 312
351 Panama 12443 A 312 312
352 Panama 12444 A 312 312
353 Panama 12445 C 312 312
354 Panama 12446 A 311 311
355 Panama 12447 T 311 311
356 Panama 12448 A 311 311
357 Panama 12449 A 311 311
358 Panama 12450 T 311 311
359 Panama 12451 A 311 311
360 Panama 12452 C 311 311
361 Panama 12453 C 311 311
362 Panama 12454 T 311 311
363 Panama 12455 C 311 311
364 Panama 12456 T 311 311
365 Panama 12457 T 311 311
366 Panama 12458 A 311 310
367 Panama 12459 C 311 310
368 Panama 12460 A 311 311
369 Panama 12461 A 311 311
370 Panama 12462 C 311 311
371 Panama 12463 A 311 311
372 Panama 12464 G 310 310
373 Panama 12465 C 310 310
374 Panama 12466 A 310 310
375 Panama 12467 G 310 310
376 Panama 12468 C T 310 309 Ala4068Val
377 Panama 12469 C 310 310
378 Panama 12470 A 310 310
379 Panama 12471 A 310 310
380 Panama 12472 A 310 310
381 Panama 12473 C 310 310
382 Panama 12474 T 310 310
383 Panama 12475 A 309 309
384 Panama 12476 A 309 309
385 Panama 12477 T 309 309
386 Panama 12478 G A 309 293 Met4071Ile
387 Panama 12479 G 309 309
388 Panama 12480 T 309 309
389 Panama 12481 T 309 309
390 Panama 12482 G 309 309
391 Panama 12483 T 309 309
392 Panama 12484 C 309 309
393 Panama 12485 A 309 308
394 Panama 12486 T 309 307
395 Panama 12487 A 309 309
396 Panama 12488 C 309 309
397 Panama 12489 C 309 309
398 Panama 12490 A 309 309
399 Panama 12491 G 309 309
400 Panama 12492 A 309 309
401 Panama 12493 C 309 309
402 Panama 12494 T 309 309
403 Panama 12495 A 309 309
404 Panama 12496 T 309 309
405 Panama 12497 A 309 309
406 Panama 12498 A 309 309
407 Panama 12499 C 309 309
408 Panama 12500 A 309 309
409 Panama 12501 C 309 309
410 Panama 12502 A 308 308
411 Panama 12503 T 308 308
412 Panama 12504 A 308 308
413 Panama 12505 T 308 308
414 Panama 12506 A 308 308
415 Panama 12507 A 308 308
416 Panama 12508 A 308 308
417 Panama 12509 A 308 308
418 Panama 12510 A 308 308
419 Panama 12511 T 308 308
420 Panama 12512 A 308 308
421 Panama 12513 C 308 307
422 Panama 12514 G 308 308
423 Panama 12515 T 308 308
424 Panama 12516 G 307 307
425 Panama 12517 T 307 307
426 Panama 12518 G 307 307
427 Panama 12519 A 307 307
428 Panama 12520 T 307 307
429 Panama 12521 G 307 307
430 Panama 12522 G 307 307
431 Panama 12523 T 307 307
432 Panama 12524 A 307 307
433 Panama 12525 C 307 307
434 Panama 12526 A 307 307
435 Panama 12527 A 307 307
436 Panama 12528 C 307 307
437 Panama 12529 A 307 307
438 Panama 12530 T 307 307
439 Panama 12531 T 307 307
440 Panama 12532 T 307 307
441 Panama 12533 A 307 307
442 Panama 12534 C 307 307
443 Panama 12535 T 307 307
444 Panama 12536 T 307 307
445 Panama 12537 A 307 307
446 Panama 12538 T 307 307
447 Panama 12539 G 307 307
448 Panama 12540 C 307 307
449 Panama 12541 A 307 307
450 Panama 12542 T 307 307
451 Panama 12543 C 307 307
452 Panama 12544 A 307 307
453 Panama 12545 G 307 307
454 Panama 12546 C 307 307
455 Panama 12547 A 307 307
456 Panama 12548 T 307 307
457 Panama 12549 T 307 307
458 Panama 12550 G 307 307
459 Panama 12551 T 307 307
460 Panama 12552 G 307 307
461 Panama 12553 G 307 307
462 Panama 12554 G 307 307
463 Panama 12555 A 307 307
464 Panama 12556 A 307 307
465 Panama 12557 A G 307 306 Ile4098Val
466 Panama 12558 T 307 307
467 Panama 12559 C 307 307
468 Panama 12560 C 307 307
469 Panama 12561 A 307 307
470 Panama 12562 A 307 307
471 Panama 12563 C 307 307
472 Panama 12564 A 307 307
473 Panama 12565 G 307 307
474 Panama 12566 G 307 307
475 Panama 12567 T 307 307
476 Panama 12568 T 307 307
477 Panama 12569 G 307 307
478 Panama 12570 T 307 307
479 Panama 12571 A 307 307
480 Panama 12572 G 307 307
481 Panama 12573 A 307 307
482 Panama 12574 T 307 307
483 Panama 12575 G 307 307
484 Panama 12576 C 307 307
485 Panama 12577 A 307 307
486 Panama 12578 G 307 307
487 Panama 12579 A 307 307
488 Panama 12580 T 307 307
489 Panama 12581 A 307 307
490 Panama 12582 G 307 307
491 Panama 12583 T 307 307
492 Panama 12584 A 307 307
493 Panama 12585 A 307 307
494 Panama 12586 A 307 307
495 Panama 12587 A 307 307
496 Panama 12588 T 307 307
497 Panama 12589 T 307 307
498 Panama 12590 G 307 307
499 Panama 12591 T 307 307
500 Panama 12592 T 307 307
501 Panama 12593 C 307 307
502 Panama 12594 A 307 307
503 Panama 12595 A 307 307
504 Panama 12596 C 307 307
505 Panama 12597 T 306 306
506 Panama 12598 T 306 306
507 Panama 12599 A 306 306
508 Panama 12600 G 306 306
509 Panama 12601 T 306 306
510 Panama 12602 G 306 306
511 Panama 12603 A 306 306
512 Panama 12604 A 306 306
513 Panama 12605 A 306 306
514 Panama 12606 T 306 306
515 Panama 12607 T 306 306
516 Panama 12608 A 306 306
517 Panama 12609 G 306 306
518 Panama 12610 T 306 306
519 Panama 12611 A 306 306
520 Panama 12612 T 306 306
521 Panama 12613 G 306 306
522 Panama 12614 G 306 306
523 Panama 12615 A 306 306
524 Panama 12616 C 306 305
525 Panama 12617 A 306 306
526 Panama 12618 A 306 306
527 Panama 12619 T 306 306
528 Panama 12620 T 306 306
529 Panama 12621 C 306 306
530 Panama 12622 A 306 306
531 Panama 12623 C 306 306
532 Panama 12624 C 306 306
533 Panama 12625 T 306 306
534 Panama 12626 A 306 306
535 Panama 12627 A 306 306
536 Panama 12628 T 306 306
537 Panama 12629 T 306 306
538 Panama 12630 T 306 306
539 Panama 12631 A 306 306
540 Panama 12632 G 306 306
541 Panama 12633 C 306 306
542 Panama 12634 A 306 306
543 Panama 12635 T 306 306
544 Panama 12636 G 306 306
545 Panama 12637 G 306 306
546 Panama 12638 C 306 306
547 Panama 12639 C 306 306
548 Panama 12640 T 306 306
549 Panama 12641 C 306 306
550 Panama 12642 T 306 306
551 Panama 12643 T 306 306
552 Panama 12644 A 306 306
553 Panama 12645 T 306 305
554 Panama 12646 T 306 306
555 Panama 12647 G 306 306
556 Panama 12648 T 306 306
557 Panama 12649 A 306 305
558 Panama 12650 A 306 306
559 Panama 12651 C 306 306
560 Panama 12652 A 306 306
561 Panama 12653 G 306 306
562 Panama 12654 C 306 306
563 Panama 12655 T 306 306
564 Panama 12656 T 306 306
565 Panama 12657 T 306 306
566 Panama 12658 A 306 305
567 Panama 12659 A 306 306
568 Panama 12660 G 306 306
569 Panama 12661 G 306 305
570 Panama 12662 G 306 306
571 Panama 12663 C 306 306
572 Panama 12664 C 306 306
573 Panama 12665 A 306 306
574 Panama 12666 A 306 306
575 Panama 12667 T 306 306
576 Panama 12668 T 306 306
577 Panama 12669 C T 306 305 Ser4135Phe
578 Panama 12670 T 306 306
579 Panama 12671 G 306 306
580 Panama 12672 C T 306 305 Ala4136Val
581 Panama 12673 T 306 306
582 Panama 12674 G 306 306
583 Panama 12675 T 306 306
584 Panama 12676 C 306 306
585 Panama 12677 A 306 306
586 Panama 12678 A 306 306
587 Panama 12679 A 306 306
588 Panama 12680 T 306 306
589 Panama 12681 T 306 306
590 Panama 12682 A 306 305
591 Panama 12683 C 306 306
592 Panama 12684 A 306 306
593 Panama 12685 G 306 306