National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P Q R S T V W Y
*                                            
-     594                                      
?                                            
A     84 1                                    
C     6                                      
D     39                                      
E     27 1                                    
F     15                                      
G     9                                      
I     30             1                   1    
K     45                                      
L 2   54                 1                    
M     27                                      
N     39                                      
P     18                       1              
Q     33                                      
R     21                                      
S     45         1                   1        
T     39             5                        
V     39                                      
W     6                                      
Y     18                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Oman 12092 G 396 396
1 Oman 12093 C 396 396
2 Oman 12094 T 396 396
3 Oman 12095 A 396 396
4 Oman 12096 T 396 396
5 Oman 12097 A 396 396
6 Oman 12098 G 396 396
7 Oman 12099 C 396 396
8 Oman 12100 C 396 396
9 Oman 12101 T 396 396
10 Oman 12102 C 396 396
11 Oman 12103 A T 396 395 Ser3946Ser
12 Oman 12104 G 396 396
13 Oman 12105 A C 396 395 Glu3947Ala
14 Oman 12106 G 396 396
15 Oman 12107 T 396 396
16 Oman 12108 T 396 396
17 Oman 12109 T 396 396
18 Oman 12110 A 396 396
19 Oman 12111 G 396 396
20 Oman 12112 T 396 396
21 Oman 12113 T 396 396
22 Oman 12114 C 396 396
23 Oman 12115 C 396 396
24 Oman 12116 C 396 396
25 Oman 12117 T 396 396
26 Oman 12118 T 396 396
27 Oman 12119 C 396 396
28 Oman 12120 C 396 396
29 Oman 12121 A 396 396
30 Oman 12122 T 396 396
31 Oman 12123 C 396 396
32 Oman 12124 A 396 396
33 Oman 12125 T 396 396
34 Oman 12126 A 396 396
35 Oman 12127 T 396 396
36 Oman 12128 G 396 396
37 Oman 12129 C 396 396
38 Oman 12130 A 396 396
39 Oman 12131 G 396 396
40 Oman 12132 C 396 396
41 Oman 12133 T 396 396
42 Oman 12134 T 396 396
43 Oman 12135 T 396 396
44 Oman 12136 T 396 396
45 Oman 12137 G 396 396
46 Oman 12138 C 396 396
47 Oman 12139 T 396 396
48 Oman 12140 A 396 396
49 Oman 12141 C 396 396
50 Oman 12142 T 396 396
51 Oman 12143 G 396 396
52 Oman 12144 C 396 396
53 Oman 12145 T 396 396
54 Oman 12146 C 396 396
55 Oman 12147 A 396 396
56 Oman 12148 A 396 396
57 Oman 12149 G 396 396
58 Oman 12150 A 396 396
59 Oman 12151 A 396 396
60 Oman 12152 G 396 396
61 Oman 12153 C 396 396
62 Oman 12154 T 396 396
63 Oman 12155 T 396 396
64 Oman 12156 A 396 396
65 Oman 12157 T 396 396
66 Oman 12158 G 396 396
67 Oman 12159 A 396 396
68 Oman 12160 G 396 396
69 Oman 12161 C 396 396
70 Oman 12162 A 396 396
71 Oman 12163 G 396 396
72 Oman 12164 G 396 396
73 Oman 12165 C 396 396
74 Oman 12166 T 396 396
75 Oman 12167 G 396 396
76 Oman 12168 T 396 396
77 Oman 12169 T 396 396
78 Oman 12170 G 396 396
79 Oman 12171 C 396 396
80 Oman 12172 T 396 396
81 Oman 12173 A 396 396
82 Oman 12174 A 396 396
83 Oman 12175 T 396 396
84 Oman 12176 G 396 396
85 Oman 12177 G 396 396
86 Oman 12178 T 396 396
87 Oman 12179 G 396 396
88 Oman 12180 A 396 396
89 Oman 12181 T 396 396
90 Oman 12182 T 396 396
91 Oman 12183 C 396 396
92 Oman 12184 T 396 396
93 Oman 12185 G 396 396
94 Oman 12186 A 396 396
95 Oman 12187 A 396 396
96 Oman 12188 G 396 396
97 Oman 12189 T 396 396
98 Oman 12190 T 396 396
99 Oman 12191 G 396 396
100 Oman 12192 T 396 396
101 Oman 12193 T 396 396
102 Oman 12194 C 396 396
103 Oman 12195 T 396 396
104 Oman 12196 T 396 396
105 Oman 12197 A 396 396
106 Oman 12198 A 396 396
107 Oman 12199 A 396 396
108 Oman 12200 A 396 396
109 Oman 12201 A 396 396
110 Oman 12202 G 396 396
111 Oman 12203 T 396 396
112 Oman 12204 T A 396 395 Leu3980*
113 Oman 12205 G 396 396
114 Oman 12206 A 396 396
115 Oman 12207 A 396 396
116 Oman 12208 G 396 396
117 Oman 12209 A 396 396
118 Oman 12210 A 396 396
119 Oman 12211 G 396 396
120 Oman 12212 T 396 396
121 Oman 12213 C 396 396
122 Oman 12214 T 396 396
123 Oman 12215 T 396 396
124 Oman 12216 T A 396 395 Leu3984*
125 Oman 12217 G 396 396
126 Oman 12218 A 396 396
127 Oman 12219 A 396 396
128 Oman 12220 T 396 396
129 Oman 12221 G 396 396
130 Oman 12222 T 396 396
131 Oman 12223 G 396 396
132 Oman 12224 G 396 396
133 Oman 12225 C 396 396
134 Oman 12226 T 396 396
135 Oman 12227 A 396 396
136 Oman 12228 A 396 396
137 Oman 12229 A 396 396
138 Oman 12230 T 396 396
139 Oman 12231 C 396 396
140 Oman 12232 T 396 396
141 Oman 12233 G 396 396
142 Oman 12234 A 396 396
143 Oman 12235 A 396 396
144 Oman 12236 T 396 396
145 Oman 12237 T 396 396
146 Oman 12238 T 396 396
147 Oman 12239 G 396 396
148 Oman 12240 A 396 396
149 Oman 12241 C 396 396
150 Oman 12242 C 396 396
151 Oman 12243 G 396 396
152 Oman 12244 T 396 396
153 Oman 12245 G 396 396
154 Oman 12246 A 396 396
155 Oman 12247 T 396 396
156 Oman 12248 G 396 396
157 Oman 12249 C 396 396
158 Oman 12250 A 396 396
159 Oman 12251 G 396 396
160 Oman 12252 C 396 396
161 Oman 12253 C 396 396
162 Oman 12254 A 396 396
163 Oman 12255 T 396 396
164 Oman 12256 G 396 396
165 Oman 12257 C 396 396
166 Oman 12258 A 396 396
167 Oman 12259 A 396 396
168 Oman 12260 C 396 396
169 Oman 12261 G 396 396
170 Oman 12262 T 396 396
171 Oman 12263 A 396 396
172 Oman 12264 A 396 396
173 Oman 12265 G 396 396
174 Oman 12266 T 396 396
175 Oman 12267 T 396 396
176 Oman 12268 G 396 396
177 Oman 12269 G 396 396
178 Oman 12270 A 396 396
179 Oman 12271 A 396 396
180 Oman 12272 A 396 396
181 Oman 12273 A 396 396
182 Oman 12274 G 396 396
183 Oman 12275 A 396 396
184 Oman 12276 T 396 396
185 Oman 12277 G 396 396
186 Oman 12278 G 396 396
187 Oman 12279 C 396 396
188 Oman 12280 T 396 396
189 Oman 12281 G 396 396
190 Oman 12282 A 396 396
191 Oman 12283 T 396 396
192 Oman 12284 C 396 396
193 Oman 12285 A 396 396
194 Oman 12286 A 396 396
195 Oman 12287 G 396 396
196 Oman 12288 C 396 396
197 Oman 12289 T 396 396
198 Oman 12290 A 396 396
199 Oman 12291 T 396 396
200 Oman 12292 G 396 396
201 Oman 12293 A 396 396
202 Oman 12294 C T 396 395 Thr4010Ile
203 Oman 12295 C 396 396
204 Oman 12296 C 396 396
205 Oman 12297 A 396 396
206 Oman 12298 A 396 396
207 Oman 12299 A 396 396
208 Oman 12300 T 396 396
209 Oman 12301 G 396 396
210 Oman 12302 T 396 396
211 Oman 12303 A 396 396
212 Oman 12304 T 396 396
213 Oman 12305 A 396 396
214 Oman 12306 A 396 396
215 Oman 12307 A 396 396
216 Oman 12308 C 396 396
217 Oman 12309 A 396 396
218 Oman 12310 G 396 396
219 Oman 12311 G 396 396
220 Oman 12312 C 396 396
221 Oman 12313 T 396 396
222 Oman 12314 A 396 396
223 Oman 12315 G 396 396
224 Oman 12316 A 396 396
225 Oman 12317 T 396 396
226 Oman 12318 C T 396 394 Ser4018Phe
227 Oman 12319 T 396 396
228 Oman 12320 G 396 396
229 Oman 12321 A 396 396
230 Oman 12322 G 396 396
231 Oman 12323 G 396 396
232 Oman 12324 A 396 396
233 Oman 12325 C 396 396
234 Oman 12326 A 396 396
235 Oman 12327 A 396 396
236 Oman 12328 G 396 396
237 Oman 12329 A 396 396
238 Oman 12330 G 396 396
239 Oman 12331 G 396 396
240 Oman 12332 G 396 396
241 Oman 12333 C 396 396
242 Oman 12334 A 396 396
243 Oman 12335 A 396 396
244 Oman 12336 A 396 396
245 Oman 12337 A 396 396
246 Oman 12338 G 396 396
247 Oman 12339 T 396 396
248 Oman 12340 T 396 396
249 Oman 12341 A 396 396
250 Oman 12342 C 396 396
251 Oman 12343 T 396 396
252 Oman 12344 A 396 396
253 Oman 12345 G 396 396
254 Oman 12346 T 396 396
255 Oman 12347 G 396 396
256 Oman 12348 C 396 396
257 Oman 12349 T 396 396
258 Oman 12350 A 396 396
259 Oman 12351 T 396 396
260 Oman 12352 G 396 396
261 Oman 12353 C 396 396
262 Oman 12354 A 396 396
263 Oman 12355 G 396 396
264 Oman 12356 A 396 396
265 Oman 12357 C T 396 395 Thr4031Ile
266 Oman 12358 A 396 396
267 Oman 12359 A 396 396
268 Oman 12360 T 396 396
269 Oman 12361 G 396 396
270 Oman 12362 C 396 396
271 Oman 12363 T 396 396
272 Oman 12364 T 396 396
273 Oman 12365 T 396 396
274 Oman 12366 T 396 396
275 Oman 12367 C 396 396
276 Oman 12368 A 396 396
277 Oman 12369 C 396 396
278 Oman 12370 T 396 396
279 Oman 12371 A 396 396
280 Oman 12372 T 396 396
281 Oman 12373 G 396 396
282 Oman 12374 C 396 396
283 Oman 12375 T 396 396
284 Oman 12376 T 396 396
285 Oman 12377 A 396 396
286 Oman 12378 G 396 396
287 Oman 12379 A 396 396
288 Oman 12380 A 396 396
289 Oman 12381 A 396 396
290 Oman 12382 G 396 396
291 Oman 12383 T 396 396
292 Oman 12384 T 396 396
293 Oman 12385 G 396 396
294 Oman 12386 G 396 396
295 Oman 12387 A 396 396
296 Oman 12388 T 396 396
297 Oman 12389 A 396 396
298 Oman 12390 A 396 396
299 Oman 12391 T 396 396
300 Oman 12392 G 396 396
301 Oman 12393 A 396 396
302 Oman 12394 T 396 396
303 Oman 12395 G 396 396
304 Oman 12396 C 396 396
305 Oman 12397 A 396 396
306 Oman 12398 C 396 396
307 Oman 12399 T 396 396
308 Oman 12400 C 396 396
309 Oman 12401 A 396 396
310 Oman 12402 A 396 396
311 Oman 12403 C 396 396
312 Oman 12404 A 396 396
313 Oman 12405 A 396 396
314 Oman 12406 C 396 396
315 Oman 12407 A 396 396
316 Oman 12408 T 396 396
317 Oman 12409 T 396 396
318 Oman 12410 A 396 396
319 Oman 12411 T 396 396
320 Oman 12412 C 396 396
321 Oman 12413 A 396 396
322 Oman 12414 A 396 396
323 Oman 12415 C 396 396
324 Oman 12416 A 396 396
325 Oman 12417 A 396 396
326 Oman 12418 T 396 396
327 Oman 12419 G 396 396
328 Oman 12420 C 396 396
329 Oman 12421 A 396 396
330 Oman 12422 A 396 396
331 Oman 12423 G 396 396
332 Oman 12424 A 396 396
333 Oman 12425 G 396 396
334 Oman 12426 A 396 396
335 Oman 12427 T 396 396
336 Oman 12428 G 396 396
337 Oman 12429 G 396 396
338 Oman 12430 T 396 396
339 Oman 12431 T 396 396
340 Oman 12432 G 396 396
341 Oman 12433 T 396 396
342 Oman 12434 G 396 396
343 Oman 12435 T 396 396
344 Oman 12436 T 396 396
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346 Oman 12438 C 396 396
347 Oman 12439 C T 396 393 Pro4058Pro
348 Oman 12440 T 396 396
349 Oman 12441 T 396 396
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353 Oman 12445 C 396 396
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355 Oman 12447 T 396 396
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361 Oman 12453 C 396 396
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417 Oman 12509 A 396 396
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430 Oman 12522 G 396 396
431 Oman 12523 T 396 396
432 Oman 12524 A 396 396
433 Oman 12525 C T 396 395 Thr4087Ile
434 Oman 12526 A 396 396
435 Oman 12527 A 396 396
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439 Oman 12531 T 396 396
440 Oman 12532 T 396 396
441 Oman 12533 A 396 396
442 Oman 12534 C T 396 395 Thr4090Ile
443 Oman 12535 T 396 396
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451 Oman 12543 C 396 396
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453 Oman 12545 G 396 396
454 Oman 12546 C 396 396
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456 Oman 12548 T 396 396
457 Oman 12549 T 396 396
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459 Oman 12551 T 396 396
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461 Oman 12553 G 396 396
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465 Oman 12557 A 396 396
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535 Oman 12627 A 396 396
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