National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G I K L M N P Q R S T V W Y
-   594                                      
?                                          
A   84                                      
C   6                                      
D   39                                      
E   27                                      
F   15                                      
G   9                                      
I   30                                      
K   45                                      
L   54                                      
M   27                                      
N   39                                      
P   18                                      
Q   33                                      
R   21                                      
S   45                                      
T   39                                      
V   39                                      
W   6                                      
Y   18                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Malta 12092 G 9 9
1 Malta 12093 C 9 9
2 Malta 12094 T 9 9
3 Malta 12095 A 9 9
4 Malta 12096 T 9 9
5 Malta 12097 A 9 9
6 Malta 12098 G 9 9
7 Malta 12099 C 9 9
8 Malta 12100 C 9 9
9 Malta 12101 T 9 9
10 Malta 12102 C 9 9
11 Malta 12103 A 9 9
12 Malta 12104 G 9 9
13 Malta 12105 A 9 9
14 Malta 12106 G 9 9
15 Malta 12107 T 9 9
16 Malta 12108 T 9 9
17 Malta 12109 T 9 9
18 Malta 12110 A 9 9
19 Malta 12111 G 9 9
20 Malta 12112 T 9 9
21 Malta 12113 T 9 9
22 Malta 12114 C 9 9
23 Malta 12115 C 9 9
24 Malta 12116 C 9 9
25 Malta 12117 T 9 9
26 Malta 12118 T 9 9
27 Malta 12119 C 9 9
28 Malta 12120 C 9 9
29 Malta 12121 A 9 9
30 Malta 12122 T 9 9
31 Malta 12123 C 9 9
32 Malta 12124 A 9 9
33 Malta 12125 T 9 9
34 Malta 12126 A 9 9
35 Malta 12127 T 9 9
36 Malta 12128 G 9 9
37 Malta 12129 C 9 9
38 Malta 12130 A 9 9
39 Malta 12131 G 9 9
40 Malta 12132 C 9 9
41 Malta 12133 T 9 9
42 Malta 12134 T 9 9
43 Malta 12135 T 9 9
44 Malta 12136 T 9 9
45 Malta 12137 G 9 9
46 Malta 12138 C 9 9
47 Malta 12139 T 9 9
48 Malta 12140 A 9 9
49 Malta 12141 C 9 9
50 Malta 12142 T 9 9
51 Malta 12143 G 9 9
52 Malta 12144 C 9 9
53 Malta 12145 T 9 9
54 Malta 12146 C 9 9
55 Malta 12147 A 9 9
56 Malta 12148 A 9 8
57 Malta 12149 G 9 8
58 Malta 12150 A 9 8
59 Malta 12151 A 9 8
60 Malta 12152 G 9 8
61 Malta 12153 C 9 8
62 Malta 12154 T 9 8
63 Malta 12155 T 9 8
64 Malta 12156 A 9 9
65 Malta 12157 T 9 9
66 Malta 12158 G 9 9
67 Malta 12159 A 9 9
68 Malta 12160 G 9 9
69 Malta 12161 C 9 9
70 Malta 12162 A 9 9
71 Malta 12163 G 9 9
72 Malta 12164 G 9 9
73 Malta 12165 C 9 9
74 Malta 12166 T 9 9
75 Malta 12167 G 9 9
76 Malta 12168 T 9 9
77 Malta 12169 T 9 9
78 Malta 12170 G 9 9
79 Malta 12171 C 9 9
80 Malta 12172 T 9 9
81 Malta 12173 A 9 9
82 Malta 12174 A 9 9
83 Malta 12175 T 9 9
84 Malta 12176 G 9 9
85 Malta 12177 G 9 9
86 Malta 12178 T 9 9
87 Malta 12179 G 9 9
88 Malta 12180 A 9 9
89 Malta 12181 T 9 9
90 Malta 12182 T 9 9
91 Malta 12183 C 9 9
92 Malta 12184 T 9 9
93 Malta 12185 G 9 9
94 Malta 12186 A 9 9
95 Malta 12187 A 9 9
96 Malta 12188 G 9 9
97 Malta 12189 T 9 9
98 Malta 12190 T 9 9
99 Malta 12191 G 9 9
100 Malta 12192 T 9 9
101 Malta 12193 T 9 9
102 Malta 12194 C 9 9
103 Malta 12195 T 9 9
104 Malta 12196 T 9 9
105 Malta 12197 A 9 9
106 Malta 12198 A 9 9
107 Malta 12199 A 9 9
108 Malta 12200 A 9 9
109 Malta 12201 A 9 9
110 Malta 12202 G 9 9
111 Malta 12203 T 9 9
112 Malta 12204 T 9 9
113 Malta 12205 G 9 9
114 Malta 12206 A 9 9
115 Malta 12207 A 9 9
116 Malta 12208 G 9 9
117 Malta 12209 A 9 9
118 Malta 12210 A 9 9
119 Malta 12211 G 9 9
120 Malta 12212 T 9 9
121 Malta 12213 C 9 9
122 Malta 12214 T 9 9
123 Malta 12215 T 9 9
124 Malta 12216 T 9 9
125 Malta 12217 G 9 9
126 Malta 12218 A 9 9
127 Malta 12219 A 9 9
128 Malta 12220 T 9 9
129 Malta 12221 G 9 9
130 Malta 12222 T 9 9
131 Malta 12223 G 9 9
132 Malta 12224 G 9 9
133 Malta 12225 C 9 9
134 Malta 12226 T 9 9
135 Malta 12227 A 9 9
136 Malta 12228 A 9 9
137 Malta 12229 A 9 9
138 Malta 12230 T 9 9
139 Malta 12231 C 9 9
140 Malta 12232 T 9 9
141 Malta 12233 G 9 9
142 Malta 12234 A 9 9
143 Malta 12235 A 9 9
144 Malta 12236 T 9 9
145 Malta 12237 T 9 9
146 Malta 12238 T 9 9
147 Malta 12239 G 9 9
148 Malta 12240 A 9 9
149 Malta 12241 C 9 9
150 Malta 12242 C 9 9
151 Malta 12243 G 9 9
152 Malta 12244 T 9 9
153 Malta 12245 G 9 9
154 Malta 12246 A 9 9
155 Malta 12247 T 9 9
156 Malta 12248 G 9 9
157 Malta 12249 C 9 9
158 Malta 12250 A 9 9
159 Malta 12251 G 9 9
160 Malta 12252 C 9 9
161 Malta 12253 C 9 9
162 Malta 12254 A 9 9
163 Malta 12255 T 9 9
164 Malta 12256 G 9 9
165 Malta 12257 C 9 9
166 Malta 12258 A 9 9
167 Malta 12259 A 9 9
168 Malta 12260 C 9 9
169 Malta 12261 G 9 9
170 Malta 12262 T 9 9
171 Malta 12263 A 9 9
172 Malta 12264 A 9 9
173 Malta 12265 G 9 9
174 Malta 12266 T 9 9
175 Malta 12267 T 9 9
176 Malta 12268 G 9 9
177 Malta 12269 G 9 9
178 Malta 12270 A 9 9
179 Malta 12271 A 9 9
180 Malta 12272 A 9 9
181 Malta 12273 A 9 9
182 Malta 12274 G 9 9
183 Malta 12275 A 9 9
184 Malta 12276 T 9 9
185 Malta 12277 G 9 9
186 Malta 12278 G 9 9
187 Malta 12279 C 9 9
188 Malta 12280 T 9 9
189 Malta 12281 G 9 9
190 Malta 12282 A 9 9
191 Malta 12283 T 9 9
192 Malta 12284 C 9 9
193 Malta 12285 A 9 9
194 Malta 12286 A 9 9
195 Malta 12287 G 9 9
196 Malta 12288 C 9 9
197 Malta 12289 T 9 9
198 Malta 12290 A 9 9
199 Malta 12291 T 9 9
200 Malta 12292 G 9 9
201 Malta 12293 A 9 9
202 Malta 12294 C 9 9
203 Malta 12295 C 9 9
204 Malta 12296 C 9 9
205 Malta 12297 A 9 9
206 Malta 12298 A 9 9
207 Malta 12299 A 9 9
208 Malta 12300 T 9 9
209 Malta 12301 G 9 9
210 Malta 12302 T 9 9
211 Malta 12303 A 9 9
212 Malta 12304 T 9 9
213 Malta 12305 A 9 9
214 Malta 12306 A 9 9
215 Malta 12307 A 9 9
216 Malta 12308 C 9 9
217 Malta 12309 A 9 9
218 Malta 12310 G 9 9
219 Malta 12311 G 9 9
220 Malta 12312 C 9 9
221 Malta 12313 T 9 9
222 Malta 12314 A 9 9
223 Malta 12315 G 9 9
224 Malta 12316 A 9 9
225 Malta 12317 T 9 9
226 Malta 12318 C 9 9
227 Malta 12319 T 9 9
228 Malta 12320 G 9 9
229 Malta 12321 A 9 9
230 Malta 12322 G 9 9
231 Malta 12323 G 9 9
232 Malta 12324 A 9 9
233 Malta 12325 C 9 9
234 Malta 12326 A 9 9
235 Malta 12327 A 9 9
236 Malta 12328 G 9 9
237 Malta 12329 A 9 9
238 Malta 12330 G 9 9
239 Malta 12331 G 9 9
240 Malta 12332 G 9 9
241 Malta 12333 C 9 9
242 Malta 12334 A 9 9
243 Malta 12335 A 9 9
244 Malta 12336 A 9 9
245 Malta 12337 A 9 9
246 Malta 12338 G 9 9
247 Malta 12339 T 9 9
248 Malta 12340 T 9 9
249 Malta 12341 A 9 9
250 Malta 12342 C 9 9
251 Malta 12343 T 9 9
252 Malta 12344 A 9 9
253 Malta 12345 G 9 9
254 Malta 12346 T 9 9
255 Malta 12347 G 9 9
256 Malta 12348 C 9 9
257 Malta 12349 T 9 9
258 Malta 12350 A 9 9
259 Malta 12351 T 9 9
260 Malta 12352 G 9 9
261 Malta 12353 C 9 9
262 Malta 12354 A 9 9
263 Malta 12355 G 9 9
264 Malta 12356 A 9 9
265 Malta 12357 C 9 9
266 Malta 12358 A 9 9
267 Malta 12359 A 9 9
268 Malta 12360 T 9 9
269 Malta 12361 G 9 9
270 Malta 12362 C 9 9
271 Malta 12363 T 9 9
272 Malta 12364 T 9 9
273 Malta 12365 T 9 9
274 Malta 12366 T 9 9
275 Malta 12367 C 9 9
276 Malta 12368 A 9 9
277 Malta 12369 C 9 9
278 Malta 12370 T 9 9
279 Malta 12371 A 9 9
280 Malta 12372 T 9 9
281 Malta 12373 G 9 9
282 Malta 12374 C 9 9
283 Malta 12375 T 9 9
284 Malta 12376 T 9 9
285 Malta 12377 A 9 9
286 Malta 12378 G 9 9
287 Malta 12379 A 9 9
288 Malta 12380 A 9 9
289 Malta 12381 A 9 9
290 Malta 12382 G 9 9
291 Malta 12383 T 9 9
292 Malta 12384 T 9 9
293 Malta 12385 G 9 9
294 Malta 12386 G 9 9
295 Malta 12387 A 9 9
296 Malta 12388 T 9 9
297 Malta 12389 A 9 9
298 Malta 12390 A 9 9
299 Malta 12391 T 9 9
300 Malta 12392 G 9 9
301 Malta 12393 A 9 9
302 Malta 12394 T 9 9
303 Malta 12395 G 9 9
304 Malta 12396 C 9 9
305 Malta 12397 A 9 9
306 Malta 12398 C 9 9
307 Malta 12399 T 9 9
308 Malta 12400 C 9 9
309 Malta 12401 A 9 9
310 Malta 12402 A 9 9
311 Malta 12403 C 9 9
312 Malta 12404 A 9 9
313 Malta 12405 A 9 9
314 Malta 12406 C 9 9
315 Malta 12407 A 9 9
316 Malta 12408 T 9 9
317 Malta 12409 T 9 9
318 Malta 12410 A 9 9
319 Malta 12411 T 9 9
320 Malta 12412 C 9 9
321 Malta 12413 A 9 9
322 Malta 12414 A 9 9
323 Malta 12415 C 9 9
324 Malta 12416 A 9 9
325 Malta 12417 A 9 9
326 Malta 12418 T 9 9
327 Malta 12419 G 9 9
328 Malta 12420 C 9 9
329 Malta 12421 A 9 9
330 Malta 12422 A 9 9
331 Malta 12423 G 9 9
332 Malta 12424 A 9 9
333 Malta 12425 G 9 9
334 Malta 12426 A 9 9
335 Malta 12427 T 9 9
336 Malta 12428 G 9 9
337 Malta 12429 G 9 9
338 Malta 12430 T 9 9
339 Malta 12431 T 9 9
340 Malta 12432 G 9 9
341 Malta 12433 T 9 9
342 Malta 12434 G 9 9
343 Malta 12435 T 9 9
344 Malta 12436 T 9 9
345 Malta 12437 C 9 9
346 Malta 12438 C 9 9
347 Malta 12439 C 9 9
348 Malta 12440 T 10 10
349 Malta 12441 T 10 10
350 Malta 12442 G 10 10
351 Malta 12443 A 10 10
352 Malta 12444 A 10 10
353 Malta 12445 C 10 10
354 Malta 12446 A 10 10
355 Malta 12447 T 10 10
356 Malta 12448 A 10 10
357 Malta 12449 A 10 10
358 Malta 12450 T 10 10
359 Malta 12451 A 10 10
360 Malta 12452 C 10 10
361 Malta 12453 C 10 10
362 Malta 12454 T 10 10
363 Malta 12455 C 10 10
364 Malta 12456 T 10 10
365 Malta 12457 T 10 10
366 Malta 12458 A 10 10
367 Malta 12459 C 10 10
368 Malta 12460 A 10 10
369 Malta 12461 A 10 10
370 Malta 12462 C 10 10
371 Malta 12463 A 10 10
372 Malta 12464 G 10 10
373 Malta 12465 C 10 10
374 Malta 12466 A 10 10
375 Malta 12467 G 10 10
376 Malta 12468 C 10 10
377 Malta 12469 C 10 10
378 Malta 12470 A 10 10
379 Malta 12471 A 10 10
380 Malta 12472 A 10 10
381 Malta 12473 C 10 10
382 Malta 12474 T 10 10
383 Malta 12475 A 10 10
384 Malta 12476 A 10 10
385 Malta 12477 T 10 10
386 Malta 12478 G 10 10
387 Malta 12479 G 10 10
388 Malta 12480 T 10 10
389 Malta 12481 T 10 10
390 Malta 12482 G 10 10
391 Malta 12483 T 10 10
392 Malta 12484 C 10 10
393 Malta 12485 A 10 10
394 Malta 12486 T 10 10
395 Malta 12487 A 10 10
396 Malta 12488 C 10 10
397 Malta 12489 C 10 10
398 Malta 12490 A 10 10
399 Malta 12491 G 10 10
400 Malta 12492 A 10 10
401 Malta 12493 C 10 10
402 Malta 12494 T 10 10
403 Malta 12495 A 10 10
404 Malta 12496 T 10 10
405 Malta 12497 A 10 10
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