National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G I K L M N P Q R S T V W Y
-   594                                      
?                                          
A   84                                 1    
C   6                                      
D   39                                      
E   27                                      
F   15                                      
G   9                                      
I   30                                      
K   45                                      
L   54                                      
M   27             1                        
N   39                                      
P   18                                      
Q   33                                      
R   21                                      
S   45                                      
T   39                                      
V   39                                      
W   6                                      
Y   18                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Mali 12092 G 24 24
1 Mali 12093 C 24 24
2 Mali 12094 T 24 24
3 Mali 12095 A 24 24
4 Mali 12096 T 24 24
5 Mali 12097 A 24 24
6 Mali 12098 G 24 24
7 Mali 12099 C 24 24
8 Mali 12100 C 24 24
9 Mali 12101 T 24 24
10 Mali 12102 C 24 24
11 Mali 12103 A 24 24
12 Mali 12104 G 24 24
13 Mali 12105 A 24 24
14 Mali 12106 G 24 24
15 Mali 12107 T 24 24
16 Mali 12108 T 24 24
17 Mali 12109 T 24 24
18 Mali 12110 A 24 24
19 Mali 12111 G 24 24
20 Mali 12112 T 24 24
21 Mali 12113 T 24 24
22 Mali 12114 C 24 24
23 Mali 12115 C 24 24
24 Mali 12116 C 24 24
25 Mali 12117 T 24 24
26 Mali 12118 T 24 24
27 Mali 12119 C 24 24
28 Mali 12120 C 24 24
29 Mali 12121 A 24 24
30 Mali 12122 T 24 24
31 Mali 12123 C 24 24
32 Mali 12124 A 24 24
33 Mali 12125 T 24 24
34 Mali 12126 A 24 24
35 Mali 12127 T 24 24
36 Mali 12128 G 24 24
37 Mali 12129 C 24 24
38 Mali 12130 A 24 24
39 Mali 12131 G 24 24
40 Mali 12132 C 24 24
41 Mali 12133 T 24 24
42 Mali 12134 T 24 24
43 Mali 12135 T 24 24
44 Mali 12136 T 24 24
45 Mali 12137 G 24 24
46 Mali 12138 C 24 24
47 Mali 12139 T 24 24
48 Mali 12140 A 24 24
49 Mali 12141 C 24 24
50 Mali 12142 T 24 24
51 Mali 12143 G 24 24
52 Mali 12144 C 24 24
53 Mali 12145 T 24 24
54 Mali 12146 C 24 24
55 Mali 12147 A 24 24
56 Mali 12148 A 24 24
57 Mali 12149 G 24 24
58 Mali 12150 A 24 24
59 Mali 12151 A 24 24
60 Mali 12152 G 24 24
61 Mali 12153 C 24 24
62 Mali 12154 T 24 24
63 Mali 12155 T 24 24
64 Mali 12156 A 24 24
65 Mali 12157 T 24 24
66 Mali 12158 G 24 24
67 Mali 12159 A 24 24
68 Mali 12160 G 24 24
69 Mali 12161 C 24 24
70 Mali 12162 A 24 24
71 Mali 12163 G 24 24
72 Mali 12164 G 24 24
73 Mali 12165 C 24 24
74 Mali 12166 T 24 24
75 Mali 12167 G 24 24
76 Mali 12168 T 24 24
77 Mali 12169 T 24 24
78 Mali 12170 G 24 24
79 Mali 12171 C 24 24
80 Mali 12172 T 24 24
81 Mali 12173 A 24 24
82 Mali 12174 A 24 24
83 Mali 12175 T 24 24
84 Mali 12176 G 24 24
85 Mali 12177 G 24 24
86 Mali 12178 T 24 24
87 Mali 12179 G 24 24
88 Mali 12180 A 24 24
89 Mali 12181 T 24 24
90 Mali 12182 T 24 24
91 Mali 12183 C 24 24
92 Mali 12184 T 24 24
93 Mali 12185 G 24 24
94 Mali 12186 A 24 24
95 Mali 12187 A 24 24
96 Mali 12188 G 24 24
97 Mali 12189 T 24 24
98 Mali 12190 T 24 24
99 Mali 12191 G 24 24
100 Mali 12192 T 24 24
101 Mali 12193 T 24 24
102 Mali 12194 C 24 24
103 Mali 12195 T 24 24
104 Mali 12196 T 24 24
105 Mali 12197 A 24 24
106 Mali 12198 A 24 24
107 Mali 12199 A 24 24
108 Mali 12200 A 24 24
109 Mali 12201 A 24 24
110 Mali 12202 G 24 24
111 Mali 12203 T 24 24
112 Mali 12204 T 24 24
113 Mali 12205 G 24 24
114 Mali 12206 A 24 24
115 Mali 12207 A 24 24
116 Mali 12208 G 24 24
117 Mali 12209 A 24 24
118 Mali 12210 A 24 24
119 Mali 12211 G 24 24
120 Mali 12212 T 24 24
121 Mali 12213 C 24 24
122 Mali 12214 T 24 24
123 Mali 12215 T 24 24
124 Mali 12216 T 24 24
125 Mali 12217 G 24 24
126 Mali 12218 A 24 24
127 Mali 12219 A 24 24
128 Mali 12220 T 24 24
129 Mali 12221 G 24 24
130 Mali 12222 T 24 24
131 Mali 12223 G 24 24
132 Mali 12224 G 24 24
133 Mali 12225 C 24 24
134 Mali 12226 T 24 24
135 Mali 12227 A 24 24
136 Mali 12228 A 24 24
137 Mali 12229 A 24 24
138 Mali 12230 T 24 24
139 Mali 12231 C 24 24
140 Mali 12232 T 24 24
141 Mali 12233 G 24 24
142 Mali 12234 A 24 24
143 Mali 12235 A 24 24
144 Mali 12236 T 24 24
145 Mali 12237 T 24 24
146 Mali 12238 T 24 24
147 Mali 12239 G 24 24
148 Mali 12240 A 24 24
149 Mali 12241 C 24 24
150 Mali 12242 C 24 24
151 Mali 12243 G 24 24
152 Mali 12244 T 24 24
153 Mali 12245 G 24 24
154 Mali 12246 A 24 24
155 Mali 12247 T 24 24
156 Mali 12248 G 24 24
157 Mali 12249 C 24 24
158 Mali 12250 A 24 24
159 Mali 12251 G 24 24
160 Mali 12252 C 24 24
161 Mali 12253 C 24 24
162 Mali 12254 A 24 24
163 Mali 12255 T 24 24
164 Mali 12256 G 24 24
165 Mali 12257 C 24 24
166 Mali 12258 A 24 24
167 Mali 12259 A 24 24
168 Mali 12260 C 24 24
169 Mali 12261 G 24 24
170 Mali 12262 T 24 24
171 Mali 12263 A 24 24
172 Mali 12264 A 24 24
173 Mali 12265 G 24 24
174 Mali 12266 T 24 24
175 Mali 12267 T 24 24
176 Mali 12268 G 24 24
177 Mali 12269 G 24 24
178 Mali 12270 A 24 24
179 Mali 12271 A 24 24
180 Mali 12272 A 24 24
181 Mali 12273 A 24 24
182 Mali 12274 G 24 24
183 Mali 12275 A 24 24
184 Mali 12276 T 24 24
185 Mali 12277 G 24 24
186 Mali 12278 G 24 24
187 Mali 12279 C 24 24
188 Mali 12280 T 24 24
189 Mali 12281 G 24 24
190 Mali 12282 A 24 24
191 Mali 12283 T 24 24
192 Mali 12284 C 24 24
193 Mali 12285 A 24 24
194 Mali 12286 A 24 24
195 Mali 12287 G 24 24
196 Mali 12288 C 24 24
197 Mali 12289 T 24 24
198 Mali 12290 A 24 24
199 Mali 12291 T 24 24
200 Mali 12292 G T 24 23 Met4009Ile
201 Mali 12293 A 24 24
202 Mali 12294 C 24 24
203 Mali 12295 C 24 24
204 Mali 12296 C 24 24
205 Mali 12297 A 24 24
206 Mali 12298 A 24 24
207 Mali 12299 A 24 24
208 Mali 12300 T 24 24
209 Mali 12301 G 24 24
210 Mali 12302 T 24 24
211 Mali 12303 A 24 24
212 Mali 12304 T 24 24
213 Mali 12305 A 24 24
214 Mali 12306 A 24 24
215 Mali 12307 A 24 24
216 Mali 12308 C 24 24
217 Mali 12309 A 24 24
218 Mali 12310 G 24 24
219 Mali 12311 G 24 24
220 Mali 12312 C 24 24
221 Mali 12313 T 24 24
222 Mali 12314 A 24 24
223 Mali 12315 G 24 24
224 Mali 12316 A 24 24
225 Mali 12317 T 24 24
226 Mali 12318 C 24 24
227 Mali 12319 T 24 24
228 Mali 12320 G 24 24
229 Mali 12321 A 24 24
230 Mali 12322 G 24 24
231 Mali 12323 G 24 24
232 Mali 12324 A 24 24
233 Mali 12325 C 24 24
234 Mali 12326 A 24 24
235 Mali 12327 A 24 24
236 Mali 12328 G 24 24
237 Mali 12329 A 24 24
238 Mali 12330 G 24 24
239 Mali 12331 G 24 24
240 Mali 12332 G 24 24
241 Mali 12333 C 24 24
242 Mali 12334 A 24 24
243 Mali 12335 A 24 24
244 Mali 12336 A 24 24
245 Mali 12337 A 24 24
246 Mali 12338 G 24 24
247 Mali 12339 T 24 24
248 Mali 12340 T 24 24
249 Mali 12341 A 24 24
250 Mali 12342 C 24 24
251 Mali 12343 T 24 24
252 Mali 12344 A 24 24
253 Mali 12345 G 24 24
254 Mali 12346 T 24 24
255 Mali 12347 G 24 24
256 Mali 12348 C 24 24
257 Mali 12349 T 24 24
258 Mali 12350 A 24 24
259 Mali 12351 T 24 24
260 Mali 12352 G 24 24
261 Mali 12353 C 24 24
262 Mali 12354 A 24 24
263 Mali 12355 G 24 24
264 Mali 12356 A 24 24
265 Mali 12357 C 24 24
266 Mali 12358 A 24 24
267 Mali 12359 A 24 24
268 Mali 12360 T 24 24
269 Mali 12361 G 24 24
270 Mali 12362 C 24 24
271 Mali 12363 T 24 24
272 Mali 12364 T 24 24
273 Mali 12365 T 24 24
274 Mali 12366 T 24 24
275 Mali 12367 C 24 24
276 Mali 12368 A 24 24
277 Mali 12369 C 24 24
278 Mali 12370 T 24 24
279 Mali 12371 A 24 24
280 Mali 12372 T 24 24
281 Mali 12373 G 24 24
282 Mali 12374 C 24 24
283 Mali 12375 T 24 24
284 Mali 12376 T 24 24
285 Mali 12377 A 24 24
286 Mali 12378 G 24 24
287 Mali 12379 A 24 24
288 Mali 12380 A 24 24
289 Mali 12381 A 24 24
290 Mali 12382 G 24 24
291 Mali 12383 T 24 24
292 Mali 12384 T 24 24
293 Mali 12385 G 24 24
294 Mali 12386 G 24 24
295 Mali 12387 A 24 24
296 Mali 12388 T 24 24
297 Mali 12389 A 24 24
298 Mali 12390 A 24 24
299 Mali 12391 T 24 24
300 Mali 12392 G 24 24
301 Mali 12393 A 24 24
302 Mali 12394 T 24 24
303 Mali 12395 G 24 24
304 Mali 12396 C 24 24
305 Mali 12397 A 24 24
306 Mali 12398 C 24 24
307 Mali 12399 T 24 24
308 Mali 12400 C 24 24
309 Mali 12401 A 24 24
310 Mali 12402 A 24 24
311 Mali 12403 C 24 24
312 Mali 12404 A 24 24
313 Mali 12405 A 24 24
314 Mali 12406 C 24 24
315 Mali 12407 A 24 24
316 Mali 12408 T 24 24
317 Mali 12409 T 24 24
318 Mali 12410 A 24 24
319 Mali 12411 T 24 24
320 Mali 12412 C 24 24
321 Mali 12413 A 24 24
322 Mali 12414 A 24 24
323 Mali 12415 C 24 24
324 Mali 12416 A 24 24
325 Mali 12417 A 24 24
326 Mali 12418 T 24 24
327 Mali 12419 G 24 24
328 Mali 12420 C 24 24
329 Mali 12421 A 24 24
330 Mali 12422 A 24 24
331 Mali 12423 G 24 24
332 Mali 12424 A 24 24
333 Mali 12425 G 24 24
334 Mali 12426 A 24 24
335 Mali 12427 T 24 24
336 Mali 12428 G 24 24
337 Mali 12429 G 24 24
338 Mali 12430 T 24 24
339 Mali 12431 T 24 24
340 Mali 12432 G 24 24
341 Mali 12433 T 24 24
342 Mali 12434 G 24 24
343 Mali 12435 T 24 24
344 Mali 12436 T 24 24
345 Mali 12437 C 24 24
346 Mali 12438 C 24 24
347 Mali 12439 C 24 24
348 Mali 12440 T 24 24
349 Mali 12441 T 24 24
350 Mali 12442 G 24 24
351 Mali 12443 A 24 24
352 Mali 12444 A 24 24
353 Mali 12445 C 24 24
354 Mali 12446 A 24 24
355 Mali 12447 T 24 24
356 Mali 12448 A 24 24
357 Mali 12449 A 24 24
358 Mali 12450 T 24 24
359 Mali 12451 A 24 24
360 Mali 12452 C 24 24
361 Mali 12453 C 24 24
362 Mali 12454 T 24 24
363 Mali 12455 C 24 24
364 Mali 12456 T 24 24
365 Mali 12457 T 24 24
366 Mali 12458 A 24 24
367 Mali 12459 C 24 24
368 Mali 12460 A 24 24
369 Mali 12461 A 24 24
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371 Mali 12463 A 24 24
372 Mali 12464 G 24 24
373 Mali 12465 C T 24 23 Ala4067Val
374 Mali 12466 A 24 24
375 Mali 12467 G 24 24
376 Mali 12468 C 24 24
377 Mali 12469 C 24 24
378 Mali 12470 A 24 24
379 Mali 12471 A 24 24
380 Mali 12472 A 24 24
381 Mali 12473 C 24 24
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384 Mali 12476 A 24 24
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387 Mali 12479 G 24 24
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