National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G I K L M N P Q R S T V W Y
-   594                                      
?                                          
A   84                                      
C   6                                      
D   39                                      
E   27                                      
F   15                                      
G   9                                      
I   30                                      
K   45                                      
L   54                                      
M   27                                      
N   39                                      
P   18                                      
Q   33                                      
R   21                                      
S   45                                      
T   39                                      
V   39                                      
W   6                                      
Y   18                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Madagascar 12092 G 6 6
1 Madagascar 12093 C 6 6
2 Madagascar 12094 T 6 6
3 Madagascar 12095 A 6 6
4 Madagascar 12096 T 6 6
5 Madagascar 12097 A 6 6
6 Madagascar 12098 G 6 6
7 Madagascar 12099 C 6 6
8 Madagascar 12100 C 6 6
9 Madagascar 12101 T 6 6
10 Madagascar 12102 C 6 6
11 Madagascar 12103 A 6 6
12 Madagascar 12104 G 6 6
13 Madagascar 12105 A 6 6
14 Madagascar 12106 G 6 6
15 Madagascar 12107 T 6 6
16 Madagascar 12108 T 6 6
17 Madagascar 12109 T 6 6
18 Madagascar 12110 A 6 6
19 Madagascar 12111 G 6 6
20 Madagascar 12112 T 6 6
21 Madagascar 12113 T 6 6
22 Madagascar 12114 C 6 6
23 Madagascar 12115 C 6 6
24 Madagascar 12116 C 6 6
25 Madagascar 12117 T 6 6
26 Madagascar 12118 T 6 6
27 Madagascar 12119 C 6 6
28 Madagascar 12120 C 6 6
29 Madagascar 12121 A 6 6
30 Madagascar 12122 T 6 6
31 Madagascar 12123 C 6 6
32 Madagascar 12124 A 6 6
33 Madagascar 12125 T 6 6
34 Madagascar 12126 A 6 6
35 Madagascar 12127 T 6 6
36 Madagascar 12128 G 6 6
37 Madagascar 12129 C 6 6
38 Madagascar 12130 A 6 6
39 Madagascar 12131 G 6 6
40 Madagascar 12132 C 6 6
41 Madagascar 12133 T 6 6
42 Madagascar 12134 T 6 6
43 Madagascar 12135 T 6 6
44 Madagascar 12136 T 6 6
45 Madagascar 12137 G 6 6
46 Madagascar 12138 C 6 6
47 Madagascar 12139 T 6 6
48 Madagascar 12140 A 6 6
49 Madagascar 12141 C 6 6
50 Madagascar 12142 T 6 6
51 Madagascar 12143 G 6 6
52 Madagascar 12144 C 6 6
53 Madagascar 12145 T 6 6
54 Madagascar 12146 C 6 6
55 Madagascar 12147 A 6 6
56 Madagascar 12148 A 6 6
57 Madagascar 12149 G 6 6
58 Madagascar 12150 A 6 6
59 Madagascar 12151 A 6 6
60 Madagascar 12152 G 6 6
61 Madagascar 12153 C 6 6
62 Madagascar 12154 T 6 6
63 Madagascar 12155 T 6 6
64 Madagascar 12156 A 6 6
65 Madagascar 12157 T 6 6
66 Madagascar 12158 G 6 6
67 Madagascar 12159 A 6 6
68 Madagascar 12160 G 6 6
69 Madagascar 12161 C 6 6
70 Madagascar 12162 A 6 6
71 Madagascar 12163 G 6 6
72 Madagascar 12164 G 6 6
73 Madagascar 12165 C 6 6
74 Madagascar 12166 T 6 6
75 Madagascar 12167 G 6 6
76 Madagascar 12168 T 6 6
77 Madagascar 12169 T 6 6
78 Madagascar 12170 G 6 6
79 Madagascar 12171 C 6 6
80 Madagascar 12172 T 6 6
81 Madagascar 12173 A 6 6
82 Madagascar 12174 A 6 6
83 Madagascar 12175 T 6 6
84 Madagascar 12176 G 6 6
85 Madagascar 12177 G 6 6
86 Madagascar 12178 T 6 6
87 Madagascar 12179 G 6 6
88 Madagascar 12180 A 6 6
89 Madagascar 12181 T 6 6
90 Madagascar 12182 T 6 6
91 Madagascar 12183 C 6 6
92 Madagascar 12184 T 6 6
93 Madagascar 12185 G 6 6
94 Madagascar 12186 A 6 6
95 Madagascar 12187 A 6 6
96 Madagascar 12188 G 6 6
97 Madagascar 12189 T 6 6
98 Madagascar 12190 T 6 6
99 Madagascar 12191 G 6 6
100 Madagascar 12192 T 6 6
101 Madagascar 12193 T 6 6
102 Madagascar 12194 C 6 6
103 Madagascar 12195 T 6 6
104 Madagascar 12196 T 6 6
105 Madagascar 12197 A 6 6
106 Madagascar 12198 A 6 6
107 Madagascar 12199 A 6 6
108 Madagascar 12200 A 6 6
109 Madagascar 12201 A 6 6
110 Madagascar 12202 G 6 6
111 Madagascar 12203 T 6 6
112 Madagascar 12204 T 6 6
113 Madagascar 12205 G 6 6
114 Madagascar 12206 A 6 6
115 Madagascar 12207 A 6 6
116 Madagascar 12208 G 6 6
117 Madagascar 12209 A 6 6
118 Madagascar 12210 A 6 6
119 Madagascar 12211 G 6 6
120 Madagascar 12212 T 6 6
121 Madagascar 12213 C 6 6
122 Madagascar 12214 T 6 6
123 Madagascar 12215 T 6 6
124 Madagascar 12216 T 6 6
125 Madagascar 12217 G 6 6
126 Madagascar 12218 A 6 6
127 Madagascar 12219 A 6 6
128 Madagascar 12220 T 6 6
129 Madagascar 12221 G 6 6
130 Madagascar 12222 T 6 6
131 Madagascar 12223 G 6 6
132 Madagascar 12224 G 6 6
133 Madagascar 12225 C 6 6
134 Madagascar 12226 T 6 6
135 Madagascar 12227 A 6 6
136 Madagascar 12228 A 6 6
137 Madagascar 12229 A 6 6
138 Madagascar 12230 T 6 6
139 Madagascar 12231 C 6 6
140 Madagascar 12232 T 6 6
141 Madagascar 12233 G 6 6
142 Madagascar 12234 A 6 6
143 Madagascar 12235 A 6 6
144 Madagascar 12236 T 6 6
145 Madagascar 12237 T 6 6
146 Madagascar 12238 T 6 6
147 Madagascar 12239 G 6 6
148 Madagascar 12240 A 6 6
149 Madagascar 12241 C 6 6
150 Madagascar 12242 C 6 6
151 Madagascar 12243 G 6 6
152 Madagascar 12244 T 6 6
153 Madagascar 12245 G 6 6
154 Madagascar 12246 A 6 6
155 Madagascar 12247 T 6 6
156 Madagascar 12248 G 6 6
157 Madagascar 12249 C 6 6
158 Madagascar 12250 A 6 6
159 Madagascar 12251 G 6 6
160 Madagascar 12252 C 6 6
161 Madagascar 12253 C 6 6
162 Madagascar 12254 A 6 6
163 Madagascar 12255 T 6 6
164 Madagascar 12256 G 6 6
165 Madagascar 12257 C 6 6
166 Madagascar 12258 A 6 6
167 Madagascar 12259 A 6 6
168 Madagascar 12260 C 6 6
169 Madagascar 12261 G 6 6
170 Madagascar 12262 T 6 6
171 Madagascar 12263 A 6 6
172 Madagascar 12264 A 6 6
173 Madagascar 12265 G 6 6
174 Madagascar 12266 T 6 6
175 Madagascar 12267 T 6 6
176 Madagascar 12268 G 6 6
177 Madagascar 12269 G 6 6
178 Madagascar 12270 A 6 6
179 Madagascar 12271 A 6 6
180 Madagascar 12272 A 6 6
181 Madagascar 12273 A 6 6
182 Madagascar 12274 G 6 6
183 Madagascar 12275 A 6 6
184 Madagascar 12276 T 6 6
185 Madagascar 12277 G 6 6
186 Madagascar 12278 G 6 6
187 Madagascar 12279 C 6 6
188 Madagascar 12280 T 6 6
189 Madagascar 12281 G 6 6
190 Madagascar 12282 A 6 6
191 Madagascar 12283 T 6 6
192 Madagascar 12284 C 6 6
193 Madagascar 12285 A 6 6
194 Madagascar 12286 A 6 6
195 Madagascar 12287 G 6 6
196 Madagascar 12288 C 6 6
197 Madagascar 12289 T 6 6
198 Madagascar 12290 A 6 6
199 Madagascar 12291 T 6 6
200 Madagascar 12292 G 6 6
201 Madagascar 12293 A 6 6
202 Madagascar 12294 C 6 6
203 Madagascar 12295 C 6 6
204 Madagascar 12296 C 6 6
205 Madagascar 12297 A 6 6
206 Madagascar 12298 A 6 6
207 Madagascar 12299 A 6 6
208 Madagascar 12300 T 6 6
209 Madagascar 12301 G 6 6
210 Madagascar 12302 T 6 6
211 Madagascar 12303 A 6 6
212 Madagascar 12304 T 6 6
213 Madagascar 12305 A 6 6
214 Madagascar 12306 A 6 6
215 Madagascar 12307 A 6 6
216 Madagascar 12308 C 6 6
217 Madagascar 12309 A 6 6
218 Madagascar 12310 G 6 6
219 Madagascar 12311 G 6 6
220 Madagascar 12312 C 6 6
221 Madagascar 12313 T 6 6
222 Madagascar 12314 A 6 6
223 Madagascar 12315 G 6 6
224 Madagascar 12316 A 6 6
225 Madagascar 12317 T 6 6
226 Madagascar 12318 C 6 6
227 Madagascar 12319 T 6 6
228 Madagascar 12320 G 6 6
229 Madagascar 12321 A 6 6
230 Madagascar 12322 G 6 6
231 Madagascar 12323 G 6 6
232 Madagascar 12324 A 6 6
233 Madagascar 12325 C 6 6
234 Madagascar 12326 A 6 6
235 Madagascar 12327 A 6 6
236 Madagascar 12328 G 6 6
237 Madagascar 12329 A 6 6
238 Madagascar 12330 G 6 6
239 Madagascar 12331 G 6 6
240 Madagascar 12332 G 6 6
241 Madagascar 12333 C 6 6
242 Madagascar 12334 A 6 6
243 Madagascar 12335 A 6 6
244 Madagascar 12336 A 6 6
245 Madagascar 12337 A 6 6
246 Madagascar 12338 G 6 6
247 Madagascar 12339 T 6 6
248 Madagascar 12340 T 6 6
249 Madagascar 12341 A 6 6
250 Madagascar 12342 C 6 6
251 Madagascar 12343 T 6 6
252 Madagascar 12344 A 6 6
253 Madagascar 12345 G 6 6
254 Madagascar 12346 T 6 6
255 Madagascar 12347 G 6 6
256 Madagascar 12348 C 6 6
257 Madagascar 12349 T 6 6
258 Madagascar 12350 A 6 6
259 Madagascar 12351 T 6 6
260 Madagascar 12352 G 6 6
261 Madagascar 12353 C 6 6
262 Madagascar 12354 A 6 6
263 Madagascar 12355 G 6 6
264 Madagascar 12356 A 6 6
265 Madagascar 12357 C 6 6
266 Madagascar 12358 A 6 6
267 Madagascar 12359 A 6 6
268 Madagascar 12360 T 6 6
269 Madagascar 12361 G 6 6
270 Madagascar 12362 C 6 6
271 Madagascar 12363 T 6 6
272 Madagascar 12364 T 6 6
273 Madagascar 12365 T 6 6
274 Madagascar 12366 T 6 6
275 Madagascar 12367 C 6 6
276 Madagascar 12368 A 6 6
277 Madagascar 12369 C 6 6
278 Madagascar 12370 T 6 6
279 Madagascar 12371 A 6 6
280 Madagascar 12372 T 6 6
281 Madagascar 12373 G 6 6
282 Madagascar 12374 C 6 6
283 Madagascar 12375 T 6 6
284 Madagascar 12376 T 6 6
285 Madagascar 12377 A 6 6
286 Madagascar 12378 G 6 6
287 Madagascar 12379 A 6 6
288 Madagascar 12380 A 6 6
289 Madagascar 12381 A 6 6
290 Madagascar 12382 G 6 6
291 Madagascar 12383 T 6 6
292 Madagascar 12384 T 6 6
293 Madagascar 12385 G 6 6
294 Madagascar 12386 G 6 6
295 Madagascar 12387 A 6 6
296 Madagascar 12388 T 6 6
297 Madagascar 12389 A 6 6
298 Madagascar 12390 A 6 6
299 Madagascar 12391 T 6 6
300 Madagascar 12392 G 6 6
301 Madagascar 12393 A 6 6
302 Madagascar 12394 T 6 6
303 Madagascar 12395 G 6 6
304 Madagascar 12396 C 6 6
305 Madagascar 12397 A 6 6
306 Madagascar 12398 C 6 6
307 Madagascar 12399 T 6 6
308 Madagascar 12400 C 6 6
309 Madagascar 12401 A 6 6
310 Madagascar 12402 A 6 6
311 Madagascar 12403 C 6 6
312 Madagascar 12404 A 6 6
313 Madagascar 12405 A 6 6
314 Madagascar 12406 C 6 6
315 Madagascar 12407 A 6 6
316 Madagascar 12408 T 6 6
317 Madagascar 12409 T 6 6
318 Madagascar 12410 A 6 6
319 Madagascar 12411 T 6 6
320 Madagascar 12412 C 6 6
321 Madagascar 12413 A 6 6
322 Madagascar 12414 A 6 6
323 Madagascar 12415 C 6 6
324 Madagascar 12416 A 6 6
325 Madagascar 12417 A 6 6
326 Madagascar 12418 T 6 6
327 Madagascar 12419 G 6 6
328 Madagascar 12420 C 6 6
329 Madagascar 12421 A 6 6
330 Madagascar 12422 A 6 6
331 Madagascar 12423 G 6 6
332 Madagascar 12424 A 6 6
333 Madagascar 12425 G 6 6
334 Madagascar 12426 A 6 6
335 Madagascar 12427 T 6 6
336 Madagascar 12428 G 6 6
337 Madagascar 12429 G 6 6
338 Madagascar 12430 T 6 6
339 Madagascar 12431 T 6 6
340 Madagascar 12432 G 6 6
341 Madagascar 12433 T 6 6
342 Madagascar 12434 G 6 6
343 Madagascar 12435 T 6 6
344 Madagascar 12436 T 6 6
345 Madagascar 12437 C 6 6
346 Madagascar 12438 C 6 6
347 Madagascar 12439 C 6 6
348 Madagascar 12440 T 6 6
349 Madagascar 12441 T 6 6
350 Madagascar 12442 G 6 6
351 Madagascar 12443 A 6 6
352 Madagascar 12444 A 6 6
353 Madagascar 12445 C 6 6
354 Madagascar 12446 A 6 6
355 Madagascar 12447 T 6 6
356 Madagascar 12448 A 6 6
357 Madagascar 12449 A 6 6
358 Madagascar 12450 T 6 6
359 Madagascar 12451 A 6 6
360 Madagascar 12452 C 6 6
361 Madagascar 12453 C 6 6
362 Madagascar 12454 T 6 6
363 Madagascar 12455 C 6 6
364 Madagascar 12456 T 6 6
365 Madagascar 12457 T 6 6
366 Madagascar 12458 A 6 6
367 Madagascar 12459 C 6 6
368 Madagascar 12460 A 6 6
369 Madagascar 12461 A 6 6
370 Madagascar 12462 C 6 6
371 Madagascar 12463 A 6 6
372 Madagascar 12464 G 6 6
373 Madagascar 12465 C 6 6
374 Madagascar 12466 A 6 6
375 Madagascar 12467 G 6 6
376 Madagascar 12468 C 6 6
377 Madagascar 12469 C 6 6
378 Madagascar 12470 A 6 6
379 Madagascar 12471 A 6 6
380 Madagascar 12472 A 6 6
381 Madagascar 12473 C 6 6
382 Madagascar 12474 T 6 6
383 Madagascar 12475 A 6 6
384 Madagascar 12476 A 6 6
385 Madagascar 12477 T 6 6
386 Madagascar 12478 G 6 6
387 Madagascar 12479 G 6 6
388 Madagascar 12480 T 6 6
389 Madagascar 12481 T 6 6
390 Madagascar 12482 G 6 6
391 Madagascar 12483 T 6 6
392 Madagascar 12484 C 6 6
393 Madagascar 12485 A 6 6
394 Madagascar 12486 T 6 6
395 Madagascar 12487 A 6 6
396 Madagascar 12488 C 6 6
397 Madagascar 12489 C 6 6
398 Madagascar 12490 A 6 6
399 Madagascar 12491 G 6 6
400 Madagascar 12492 A 6 6
401 Madagascar 12493 C 6 6
402 Madagascar 12494 T 6 6
403 Madagascar 12495 A 6 6
404 Madagascar 12496 T 6 6
405 Madagascar 12497 A 6 6
406 Madagascar 12498 A 6 6
407 Madagascar 12499 C 6 6
408 Madagascar 12500 A 6 6
409 Madagascar 12501 C 6 6
410 Madagascar 12502 A 6 6
411 Madagascar 12503 T 6 6
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