National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*                                              
-     244                                        
?                                              
A     15 6   1     1                   3 2 5    
C     9   3                                    
D     15 1   5 1   2           3               2
E 2   15 1   1 4   1                       1    
F     3                   1                    
G     3           2                 1          
H     3             1             1            
I     6               1                 2 2    
K     18       1         2     3     4          
L 1   41         9     5   21 1   1     1   4    
M     11               8   2             3 2    
N     9     1           1     3       1        
P                                              
Q 3   18             2   1 2       2 3          
R     6           2     1           1          
S     30 6 1     2         5     1     16       1
T     12 1             4       1 1       3      
V     27 4       3 2   6   3               12    
W     3                                        
Y                                              

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 USA 11843 T 87769 87769
1 USA 11844 C 87773 87772
2 USA 11845 T C,A 87775 87768 Ser3860Ser-p.Ser3860Ser
3 USA 11846 A G 87778 87775 Lys3861Glu
4 USA 11847 A G 87779 87777 Lys3861Arg
5 USA 11848 A G 87779 87771 Lys3861Lys
6 USA 11849 A G 87780 87778 Met3862Val
7 USA 11850 T C 87780 87778 Met3862Thr
8 USA 11851 G A,T,C 87780 87740 Met3862Ile-p.Met3862Ile
9 USA 11852 T G,C 87780 87774 Ser3863Ala-p.Ser3863Pro
10 USA 11853 C T 87781 87776 Ser3863Leu
11 USA 11854 A G 87781 87766 Ser3863Ser
12 USA 11855 G 87785 87772
13 USA 11856 A 87785 87776
14 USA 11857 T C 87785 87751 Asp3864Asp
15 USA 11858 G A 87787 87775 Val3865Ile
16 USA 11859 T 87789 87780
17 USA 11860 A G 87789 87770 Val3865Val
18 USA 11861 A 87789 87777
19 USA 11862 A 87793 87780
20 USA 11863 G T 87796 87780 Lys3866Asn
21 USA 11864 T 87846 87838
22 USA 11865 G 87847 87839
23 USA 11866 C T 87850 87600 Cys3867Cys
24 USA 11867 A G 87853 87840 Thr3868Ala
25 USA 11868 C T 87859 87844 Thr3868Ile
26 USA 11869 A T 87862 87843 Thr3868Thr
27 USA 11870 T 87972 87966
28 USA 11871 C 87990 87984
29 USA 11872 A G 87990 87980 Ser3869Ser
30 USA 11873 G T 87994 87988 Val3870Leu
31 USA 11874 T 87997 87992
32 USA 11875 A G 87998 87993 Val3870Val
33 USA 11876 G A 87999 87992 Val3871Ile
34 USA 11877 T C 88003 87994 Val3871Ala
35 USA 11878 C T,A 88003 87972 Val3871Val-p.Val3871Val
36 USA 11879 T C,A 88003 87988 Leu3872Ile-p.Leu3872Leu
37 USA 11880 T C 88004 87997 Leu3872Ser
38 USA 11881 A 88006 88002
39 USA 11882 C T 88006 87996 Leu3873Phe
40 USA 11883 T 88006 88001
41 USA 11884 C T,A 88007 87952 Leu3873Leu-p.Leu3873Leu
42 USA 11885 T 88007 88001
43 USA 11886 C T 88008 87955 Ser3874Leu
44 USA 11887 A G 88008 88001 Ser3874Ser
45 USA 11888 G T,A 88009 87995 Val3875Phe-p.Val3875Ile
46 USA 11889 T 88010 87999
47 USA 11890 T C,G 88125 88083 Val3875Val-p.Val3875Val
48 USA 11891 T C 88125 88108 Leu3876Leu
49 USA 11892 T A 88126 88119 Leu3876*
50 USA 11893 G T 88127 88036 Leu3876Phe
51 USA 11894 C T 88128 88121 Gln3877*
52 USA 11895 A 88128 88121
53 USA 11896 A 88127 88120
54 USA 11897 C T 88127 88119 Gln3878*
55 USA 11898 A 88127 88119
56 USA 11899 A 88128 88121
57 USA 11900 C T 88129 88110 Leu3879Phe
58 USA 11901 T 88129 88121
59 USA 11902 C T 88130 88110 Leu3879Leu
60 USA 11903 A G 88129 88120 Arg3880Gly
61 USA 11904 G 88129 88122
62 USA 11905 A 88129 88122
63 USA 11906 G T 88129 88118 Val3881Leu
64 USA 11907 T 88129 88122
65 USA 11908 A G 88128 88116 Val3881Val
66 USA 11909 G 88128 88117
67 USA 11910 A 88128 88120
68 USA 11911 A G 88128 88115 Glu3882Glu
69 USA 11912 T G 88129 88120 Ser3883Ala
70 USA 11913 C T 88129 88116 Ser3883Leu
71 USA 11914 A G,C 88129 88103 Ser3883Ser-p.Ser3883Ser
72 USA 11915 T G 88129 88119 Ser3884Ala
73 USA 11916 C T 88129 85571 Ser3884Leu
74 USA 11917 A T,G 88129 88120 Ser3884Ser-p.Ser3884Ser
75 USA 11918 T G 88129 88120 Ser3885Ala
76 USA 11919 C T 88129 87956 Ser3885Phe
77 USA 11920 T C,A 88129 88119 Ser3885Ser-p.Ser3885Ser
78 USA 11921 A 88129 88121
79 USA 11922 A 88128 88119
80 USA 11923 A 88128 88116
81 USA 11924 T G 88128 88116 Leu3887Val
82 USA 11925 T 88128 88116
83 USA 11926 G T,A 88128 88114 Leu3887Phe-p.Leu3887Leu
84 USA 11927 T 88128 88118
85 USA 11928 G 88107 88093
86 USA 11929 G 88108 88096
87 USA 11930 G A 88109 88094 Ala3889Thr
88 USA 11931 C T,A 88109 88082 Ala3889Val-p.Ala3889Asp
89 USA 11932 T C 88109 88074 Ala3889Ala
90 USA 11933 C 88108 88100
91 USA 11934 A T,G 88108 88098 Gln3890Leu-p.Gln3890Arg
92 USA 11935 A 88108 88098
93 USA 11936 T 88108 88099
94 USA 11937 G 88108 88097
95 USA 11938 T C 88103 88063 Cys3891Cys
96 USA 11939 G A,T 88102 87807 Val3892Ile-p.Val3892Phe
97 USA 11940 T G,C 88100 88010 Val3892Gly-p.Val3892Ala
98 USA 11941 C T,A 88100 87963 Val3892Val-p.Val3892Val
99 USA 11942 C A 88099 88087 Gln3893Lys
100 USA 11943 A G,T 88052 88040 Gln3893Arg-p.Gln3893Leu
101 USA 11944 G T,A 88049 88030 Gln3893His-p.Gln3893Gln
102 USA 11945 T 88045 88031
103 USA 11946 T 88045 88030
104 USA 11947 A G 88045 88032 Leu3894Leu
105 USA 11948 C 88044 88030
106 USA 11949 A 88043 88032
107 USA 11950 C T,A 88043 88018 His3895Gln-p.His3895His
108 USA 11951 A 88043 88032
109 USA 11952 A 88041 88030
110 USA 11953 T C 88041 88028 Asn3896Asn
111 USA 11954 G A,T 88041 88026 Asp3897Asn-p.Asp3897Tyr
112 USA 11955 A C,G 88043 88021 Asp3897Ala-p.Asp3897Gly
113 USA 11956 C T 88043 87410 Asp3897Asp
114 USA 11957 A G 88043 88031 Ile3898Val
115 USA 11958 T C 88043 88032 Ile3898Thr
116 USA 11959 T C 88043 88022 Ile3898Ile
117 USA 11960 C A,T 88044 87933 Leu3899Ile-p.Leu3899Phe
118 USA 11961 T 88044 88037
119 USA 11962 C T,G,A 88043 87897 Leu3899Leu-p.Leu3899Leu
120 USA 11963 T 88044 88036
121 USA 11964 T 88044 88036
122 USA 11965 A 88044 88036
123 USA 11966 G T 88043 88035 Ala3901Ser
124 USA 11967 C T 88043 87985 Ala3901Val
125 USA 11968 T C 88043 88012 Ala3901Ala
126 USA 11969 A 88043 88036
127 USA 11970 A G 88043 88033 Lys3902Arg
128 USA 11971 A T 88043 88035 Lys3902Asn
129 USA 11972 G A 88043 88036 Asp3903Asn
130 USA 11973 A 88044 88039
131 USA 11974 T C 88044 88019 Asp3903Asp
132 USA 11975 A C 88044 88035 Thr3904Pro
133 USA 11976 C T 88044 88027 Thr3904Ile
134 USA 11977 T 88044 88038
135 USA 11978 A 88044 88040
136 USA 11979 C T,A 88044 88023 Thr3905Ile-p.Thr3905Asn
137 USA 11980 T C 88044 88038 Thr3905Thr
138 USA 11981 G 88043 88039
139 USA 11982 A T,C 88043 88037 Glu3906Val-p.Glu3906Ala
140 USA 11983 A G 88043 88010 Glu3906Glu
141 USA 11984 G T 88043 88031 Ala3907Ser
142 USA 11985 C T 88043 88035 Ala3907Val
143 USA 11986 C T 88044 88027 Ala3907Ala
144 USA 11987 T C 88044 88038 Phe3908Leu
145 USA 11988 T 88044 88039
146 USA 11989 T 88044 88040
147 USA 11990 G 88044 87934
148 USA 11991 A G 88044 88017 Glu3909Gly
149 USA 11992 A G 88043 88037 Glu3909Glu
150 USA 11993 A 88043 88039
151 USA 11994 A G 88042 88036 Lys3910Arg
152 USA 11995 A 88042 88038
153 USA 11996 A 88042 88036
154 USA 11997 T 88042 88038
155 USA 11998 G T 88042 88032 Met3911Ile
156 USA 11999 G 88041 88036
157 USA 12000 T C 88041 88036 Val3912Ala
158 USA 12001 T C,G 88041 88034 Val3912Val-p.Val3912Val
159 USA 12002 T G 88042 88038 Ser3913Ala
160 USA 12003 C T 88042 88035 Ser3913Leu
161 USA 12004 A G 88039 88027 Ser3913Ser
162 USA 12005 C T,G 88039 88019 Leu3914Val-p.Leu3914Leu
163 USA 12006 T 88039 88031
164 USA 12007 A 88039 88032
165 USA 12008 C T,G,A 88039 88000 Leu3915Val-p.Leu3915Ile
166 USA 12009 T 88038 88031
167 USA 12010 T G,C 88038 88030 Leu3915Leu-p.Leu3915Leu
168 USA 12011 T G 88038 88028 Ser3916Ala
169 USA 12012 C T,A 88038 88017 Ser3916Phe-p.Ser3916Tyr
170 USA 12013 T C,A 88038 88029 Ser3916Ser-p.Ser3916Ser
171 USA 12014 G T,A 88038 88023 Val3917Phe-p.Val3917Ile
172 USA 12015 T G,C 88038 88005 Val3917Gly-p.Val3917Ala
173 USA 12016 T C 88039 88026 Val3917Val
174 USA 12017 T 88039 88031
175 USA 12018 T 88039 88032
176 USA 12019 G T 88039 88027 Leu3918Phe
177 USA 12020 C T,A 88039 88016 Leu3919Phe-p.Leu3919Ile
178 USA 12021 T 88038 88028
179 USA 12022 T C 88038 88027 Leu3919Leu
180 USA 12023 T 88038 88029
181 USA 12024 C G 88038 88027 Ser3920Cys
182 USA 12025 C T,A 88038 87568 Ser3920Ser-p.Ser3920Ser
183 USA 12026 A T,C 88037 88025 Met3921Leu-p.Met3921Leu
184 USA 12027 T C 88037 88028 Met3921Thr
185 USA 12028 G T,A 88038 88019 Met3921Ile-p.Met3921Ile
186 USA 12029 C T 88038 88029 Gln3922*
187 USA 12030 A G 88038 88024 Gln3922Arg
188 USA 12031 G T,A 88037 88005 Gln3922His-p.Gln3922Gln
189 USA 12032 G C 88037 88022 Gly3923Arg
190 USA 12033 G 88037 88025
191 USA 12034 T C,A 88037 88000 Gly3923Gly-p.Gly3923Gly
192 USA 12035 G 88037 88028
193 USA 12036 C T,G 88037 88001 Ala3924Val-p.Ala3924Gly
194 USA 12037 T C 88037 88029 Ala3924Ala
195 USA 12038 G A,T 88037 88020 Val3925Ile-p.Val3925Leu
196 USA 12039 T 88037 88032
197 USA 12040 A 88036 88033
198 USA 12041 G 88036 88031
199 USA 12042 A 88035 88030
200 USA 12043 C T,A 88034 88013 Asp3926Glu-p.Asp3926Asp
201 USA 12044 A G 88034 88028 Ile3927Val
202 USA 12045 T C 88033 88027 Ile3927Thr
203 USA 12046 A 88033 88031
204 USA 12047 A 88033 88031
205 USA 12048 A 88033 88030
206 USA 12049 C T 88033 87860 Asn3928Asn
207 USA 12050 A 88033 88031
208 USA 12051 A G 88033 88028 Lys3929Arg
209 USA 12052 G T,A 88033 87999 Lys3929Asn-p.Lys3929Lys
210 USA 12053 C T,A 88033 87836 Leu3930Phe-p.Leu3930Ile
211 USA 12054 T C 88033 88026 Leu3930Pro
212 USA 12055 T G 88033 88029 Leu3930Leu
213 USA 12056 T 88032 88029
214 USA 12057 G 88032 88027
215 USA 12058 T C 88032 88027 Cys3931Cys
216 USA 12059 G T 88032 88024 Glu3932*
217 USA 12060 A 88032 88030
218 USA 12061 A C 88032 88025 Glu3932Asp
219 USA 12062 G T 88032 88020 Glu3933*
220 USA 12063 A 88031 88027
221 USA 12064 A G 88031 88026 Glu3933Glu
222 USA 12065 A G 88031 88027 Met3934Val
223 USA 12066 T C 88031 88024 Met3934Thr
224 USA 12067 G T,A 88031 87914 Met3934Ile-p.Met3934Ile
225 USA 12068 C T,G,A 88031 87649 Leu3935Met-p.Leu3935Leu
226 USA 12069 T 88030 88028
227 USA 12070 G T,C,A 88030 87961 Leu3935Leu-p.Leu3935Leu
228 USA 12071 G A,T 88030 88008 Asp3936Asn-p.Asp3936Tyr
229 USA 12072 A G 88030 88019 Asp3936Gly
230 USA 12073 C T 88030 87926 Asp3936Asp
231 USA 12074 A G 88030 88026 Asn3937Asp
232 USA 12075 A G 88030 87997 Asn3937Ser
233 USA 12076 C T,A 88030 87933 Asn3937Lys-p.Asn3937Asn
234 USA 12077 A G 88030 88026 Arg3938Gly
235 USA 12078 G A 88030 88026 Arg3938Lys
236 USA 12079 G A 88029 88013 Arg3938Arg
237 USA 12080 G T,A 88028 88023 Ala3939Ser-p.Ala3939Thr
238 USA 12081 C T 88028 88003 Ala3939Val
239 USA 12082 A T,G 88028 88025 Ala3939Ala-p.Ala3939Ala
240 USA 12083 A 88027 88027
241 USA 12084 C T 88027 87892 Thr3940Ile
242 USA 12085 C T 88027 87876 Thr3940Thr
243 USA 12086 T C 88027 88025 Leu3941Leu
244 USA 12087 T 88026 88025
245 USA 12088 A G 88026 88024 Leu3941Leu
246 USA 12089 C 88026 88024
247 USA 12090 A 88025 88025
248 USA 12091 A 88022 88022