National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N Q R S T V W
-   249                                    
?                                        
A   15                                    
C   9                                    
D   15                                    
E   15                                    
F   3                                    
G   3                                    
H   3                                    
I   6                                    
K   18                                    
L   45                                    
M   12                                    
N   9                                    
Q   18             1                      
R   6                                    
S   30                   1                
T   12                                    
V   27                                    
W   3                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Tunisia 11843 T 79 79
1 Tunisia 11844 C 79 79
2 Tunisia 11845 T 79 79
3 Tunisia 11846 A 79 79
4 Tunisia 11847 A 79 79
5 Tunisia 11848 A 79 79
6 Tunisia 11849 A 79 79
7 Tunisia 11850 T 79 79
8 Tunisia 11851 G 79 79
9 Tunisia 11852 T 79 79
10 Tunisia 11853 C 79 79
11 Tunisia 11854 A 79 79
12 Tunisia 11855 G 79 79
13 Tunisia 11856 A 79 79
14 Tunisia 11857 T 79 79
15 Tunisia 11858 G 79 79
16 Tunisia 11859 T 79 79
17 Tunisia 11860 A 79 79
18 Tunisia 11861 A 79 79
19 Tunisia 11862 A 79 79
20 Tunisia 11863 G 79 79
21 Tunisia 11864 T 79 79
22 Tunisia 11865 G 79 79
23 Tunisia 11866 C 79 79
24 Tunisia 11867 A 79 79
25 Tunisia 11868 C 79 79
26 Tunisia 11869 A 79 79
27 Tunisia 11870 T 79 79
28 Tunisia 11871 C 79 79
29 Tunisia 11872 A 79 79
30 Tunisia 11873 G 79 79
31 Tunisia 11874 T 79 79
32 Tunisia 11875 A 79 79
33 Tunisia 11876 G 79 79
34 Tunisia 11877 T 79 79
35 Tunisia 11878 C 79 79
36 Tunisia 11879 T 79 79
37 Tunisia 11880 T 79 79
38 Tunisia 11881 A 79 79
39 Tunisia 11882 C 79 79
40 Tunisia 11883 T 79 79
41 Tunisia 11884 C 79 79
42 Tunisia 11885 T 79 79
43 Tunisia 11886 C 79 79
44 Tunisia 11887 A 79 79
45 Tunisia 11888 G 79 79
46 Tunisia 11889 T 79 79
47 Tunisia 11890 T 79 79
48 Tunisia 11891 T 79 79
49 Tunisia 11892 T 79 79
50 Tunisia 11893 G 79 79
51 Tunisia 11894 C 79 79
52 Tunisia 11895 A 79 79
53 Tunisia 11896 A 79 79
54 Tunisia 11897 C 79 79
55 Tunisia 11898 A 79 79
56 Tunisia 11899 A 79 79
57 Tunisia 11900 C 79 79
58 Tunisia 11901 T 79 79
59 Tunisia 11902 C 79 79
60 Tunisia 11903 A 79 79
61 Tunisia 11904 G 79 79
62 Tunisia 11905 A 79 79
63 Tunisia 11906 G 79 79
64 Tunisia 11907 T 79 79
65 Tunisia 11908 A 79 79
66 Tunisia 11909 G 79 79
67 Tunisia 11910 A 79 79
68 Tunisia 11911 A 79 79
69 Tunisia 11912 T 79 79
70 Tunisia 11913 C 79 79
71 Tunisia 11914 A 79 79
72 Tunisia 11915 T 79 79
73 Tunisia 11916 C T 79 75 Ser3884Leu
74 Tunisia 11917 A 79 79
75 Tunisia 11918 T 79 79
76 Tunisia 11919 C 79 79
77 Tunisia 11920 T 79 79
78 Tunisia 11921 A 79 79
79 Tunisia 11922 A 79 79
80 Tunisia 11923 A 79 79
81 Tunisia 11924 T 79 79
82 Tunisia 11925 T 79 79
83 Tunisia 11926 G 79 79
84 Tunisia 11927 T 79 79
85 Tunisia 11928 G 79 79
86 Tunisia 11929 G 79 79
87 Tunisia 11930 G 79 79
88 Tunisia 11931 C 79 79
89 Tunisia 11932 T 79 79
90 Tunisia 11933 C 79 79
91 Tunisia 11934 A 79 79
92 Tunisia 11935 A C 79 78 Gln3890His
93 Tunisia 11936 T 79 79
94 Tunisia 11937 G 79 79
95 Tunisia 11938 T 79 79
96 Tunisia 11939 G 79 79
97 Tunisia 11940 T 79 79
98 Tunisia 11941 C 79 79
99 Tunisia 11942 C 79 79
100 Tunisia 11943 A 79 79
101 Tunisia 11944 G 79 79
102 Tunisia 11945 T 79 79
103 Tunisia 11946 T 79 79
104 Tunisia 11947 A 79 79
105 Tunisia 11948 C 79 79
106 Tunisia 11949 A 79 79
107 Tunisia 11950 C 79 79
108 Tunisia 11951 A 79 79
109 Tunisia 11952 A 79 79
110 Tunisia 11953 T 79 79
111 Tunisia 11954 G 79 79
112 Tunisia 11955 A 79 79
113 Tunisia 11956 C 79 79
114 Tunisia 11957 A 79 79
115 Tunisia 11958 T 79 79
116 Tunisia 11959 T 79 79
117 Tunisia 11960 C 79 79
118 Tunisia 11961 T 79 79
119 Tunisia 11962 C 79 79
120 Tunisia 11963 T 79 79
121 Tunisia 11964 T 79 79
122 Tunisia 11965 A 79 79
123 Tunisia 11966 G 79 79
124 Tunisia 11967 C 79 79
125 Tunisia 11968 T 79 79
126 Tunisia 11969 A 79 79
127 Tunisia 11970 A 79 79
128 Tunisia 11971 A 79 79
129 Tunisia 11972 G 79 79
130 Tunisia 11973 A 79 79
131 Tunisia 11974 T 79 79
132 Tunisia 11975 A 79 79
133 Tunisia 11976 C 79 79
134 Tunisia 11977 T 79 79
135 Tunisia 11978 A 79 79
136 Tunisia 11979 C 79 79
137 Tunisia 11980 T 79 79
138 Tunisia 11981 G 79 79
139 Tunisia 11982 A 79 79
140 Tunisia 11983 A 79 79
141 Tunisia 11984 G 79 79
142 Tunisia 11985 C 79 79
143 Tunisia 11986 C 79 79
144 Tunisia 11987 T 79 79
145 Tunisia 11988 T 79 79
146 Tunisia 11989 T 79 79
147 Tunisia 11990 G 79 79
148 Tunisia 11991 A 79 79
149 Tunisia 11992 A 79 79
150 Tunisia 11993 A 79 79
151 Tunisia 11994 A 79 79
152 Tunisia 11995 A 79 79
153 Tunisia 11996 A 79 79
154 Tunisia 11997 T 79 79
155 Tunisia 11998 G 79 79
156 Tunisia 11999 G 79 79
157 Tunisia 12000 T 79 79
158 Tunisia 12001 T 79 79
159 Tunisia 12002 T 79 79
160 Tunisia 12003 C 79 79
161 Tunisia 12004 A 79 79
162 Tunisia 12005 C 79 79
163 Tunisia 12006 T 79 79
164 Tunisia 12007 A 79 79
165 Tunisia 12008 C 79 79
166 Tunisia 12009 T 79 79
167 Tunisia 12010 T 79 79
168 Tunisia 12011 T 79 79
169 Tunisia 12012 C 79 79
170 Tunisia 12013 T 79 79
171 Tunisia 12014 G 79 79
172 Tunisia 12015 T 79 79
173 Tunisia 12016 T 79 79
174 Tunisia 12017 T 79 79
175 Tunisia 12018 T 79 79
176 Tunisia 12019 G 79 79
177 Tunisia 12020 C 79 79
178 Tunisia 12021 T 79 79
179 Tunisia 12022 T 79 79
180 Tunisia 12023 T 79 79
181 Tunisia 12024 C 79 79
182 Tunisia 12025 C 79 79
183 Tunisia 12026 A 79 79
184 Tunisia 12027 T 79 79
185 Tunisia 12028 G 79 79
186 Tunisia 12029 C 79 79
187 Tunisia 12030 A 79 79
188 Tunisia 12031 G 79 79
189 Tunisia 12032 G 79 79
190 Tunisia 12033 G 79 79
191 Tunisia 12034 T 79 79
192 Tunisia 12035 G 79 79
193 Tunisia 12036 C 79 79
194 Tunisia 12037 T 79 79
195 Tunisia 12038 G 79 79
196 Tunisia 12039 T 79 79
197 Tunisia 12040 A 79 79
198 Tunisia 12041 G 79 79
199 Tunisia 12042 A 79 79
200 Tunisia 12043 C 79 79
201 Tunisia 12044 A 79 79
202 Tunisia 12045 T 79 79
203 Tunisia 12046 A 79 79
204 Tunisia 12047 A 79 79
205 Tunisia 12048 A 79 79
206 Tunisia 12049 C 79 79
207 Tunisia 12050 A 79 79
208 Tunisia 12051 A 79 79
209 Tunisia 12052 G 79 79
210 Tunisia 12053 C 79 79
211 Tunisia 12054 T 79 79
212 Tunisia 12055 T 79 79
213 Tunisia 12056 T 79 79
214 Tunisia 12057 G 79 79
215 Tunisia 12058 T 79 79
216 Tunisia 12059 G 79 79
217 Tunisia 12060 A 79 79
218 Tunisia 12061 A 79 79
219 Tunisia 12062 G 79 79
220 Tunisia 12063 A 79 79
221 Tunisia 12064 A 79 79
222 Tunisia 12065 A 79 79
223 Tunisia 12066 T 79 79
224 Tunisia 12067 G 79 79
225 Tunisia 12068 C 79 79
226 Tunisia 12069 T 79 79
227 Tunisia 12070 G 79 79
228 Tunisia 12071 G 79 79
229 Tunisia 12072 A 79 79
230 Tunisia 12073 C 79 79
231 Tunisia 12074 A 79 79
232 Tunisia 12075 A 79 79
233 Tunisia 12076 C 79 79
234 Tunisia 12077 A 79 79
235 Tunisia 12078 G 79 79
236 Tunisia 12079 G 79 79
237 Tunisia 12080 G 79 79
238 Tunisia 12081 C 79 79
239 Tunisia 12082 A 79 79
240 Tunisia 12083 A 79 79
241 Tunisia 12084 C 79 79
242 Tunisia 12085 C 79 79
243 Tunisia 12086 T 79 79
244 Tunisia 12087 T 79 79
245 Tunisia 12088 A 79 79
246 Tunisia 12089 C 79 79
247 Tunisia 12090 A 79 79
248 Tunisia 12091 A 79 79