National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N Q R S T V W
-   249                                    
?                                        
A   15                                    
C   9                                    
D   15           1                        
E   15                                    
F   3                                    
G   3                                    
H   3                                    
I   6                                    
K   18                 1                  
L   45         1         2                
M   12                                    
N   9                                    
Q   18                                    
R   6                                    
S   30                                    
T   12                                    
V   27                                    
W   3                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Thailand 11843 T 491 491
1 Thailand 11844 C 491 491
2 Thailand 11845 T 491 491
3 Thailand 11846 A 491 491
4 Thailand 11847 A 491 491
5 Thailand 11848 A G 491 490 Lys3861Lys
6 Thailand 11849 A 491 491
7 Thailand 11850 T 491 491
8 Thailand 11851 G 491 491
9 Thailand 11852 T 491 491
10 Thailand 11853 C 491 491
11 Thailand 11854 A 491 491
12 Thailand 11855 G 491 491
13 Thailand 11856 A 491 491
14 Thailand 11857 T 491 491
15 Thailand 11858 G 491 491
16 Thailand 11859 T 491 491
17 Thailand 11860 A 491 491
18 Thailand 11861 A 491 491
19 Thailand 11862 A 491 491
20 Thailand 11863 G 491 491
21 Thailand 11864 T 491 491
22 Thailand 11865 G 491 491
23 Thailand 11866 C 491 491
24 Thailand 11867 A 491 491
25 Thailand 11868 C 491 491
26 Thailand 11869 A 491 491
27 Thailand 11870 T 491 491
28 Thailand 11871 C 491 491
29 Thailand 11872 A 491 491
30 Thailand 11873 G 491 491
31 Thailand 11874 T 491 491
32 Thailand 11875 A 491 491
33 Thailand 11876 G 491 491
34 Thailand 11877 T 491 491
35 Thailand 11878 C 491 491
36 Thailand 11879 T 491 491
37 Thailand 11880 T 491 491
38 Thailand 11881 A 491 491
39 Thailand 11882 C 491 491
40 Thailand 11883 T 491 491
41 Thailand 11884 C 491 491
42 Thailand 11885 T 491 491
43 Thailand 11886 C 491 491
44 Thailand 11887 A 491 491
45 Thailand 11888 G 491 491
46 Thailand 11889 T 491 491
47 Thailand 11890 T 491 491
48 Thailand 11891 T 491 491
49 Thailand 11892 T 491 491
50 Thailand 11893 G 491 491
51 Thailand 11894 C 491 491
52 Thailand 11895 A 491 491
53 Thailand 11896 A 491 491
54 Thailand 11897 C 491 491
55 Thailand 11898 A 491 491
56 Thailand 11899 A 491 491
57 Thailand 11900 C 491 491
58 Thailand 11901 T 491 491
59 Thailand 11902 C T 491 488 Leu3879Leu
60 Thailand 11903 A 491 491
61 Thailand 11904 G 491 491
62 Thailand 11905 A 491 491
63 Thailand 11906 G 491 491
64 Thailand 11907 T 491 491
65 Thailand 11908 A 491 491
66 Thailand 11909 G 491 491
67 Thailand 11910 A 491 491
68 Thailand 11911 A 491 491
69 Thailand 11912 T 491 491
70 Thailand 11913 C 491 491
71 Thailand 11914 A 491 491
72 Thailand 11915 T 491 491
73 Thailand 11916 C 491 490
74 Thailand 11917 A 491 491
75 Thailand 11918 T 491 491
76 Thailand 11919 C 491 491
77 Thailand 11920 T 491 491
78 Thailand 11921 A 491 491
79 Thailand 11922 A 491 491
80 Thailand 11923 A 491 491
81 Thailand 11924 T 491 491
82 Thailand 11925 T 491 491
83 Thailand 11926 G 491 491
84 Thailand 11927 T 491 491
85 Thailand 11928 G 491 491
86 Thailand 11929 G 491 491
87 Thailand 11930 G 491 491
88 Thailand 11931 C 491 491
89 Thailand 11932 T 491 491
90 Thailand 11933 C 491 491
91 Thailand 11934 A 491 491
92 Thailand 11935 A 491 491
93 Thailand 11936 T 491 491
94 Thailand 11937 G 491 491
95 Thailand 11938 T 491 491
96 Thailand 11939 G 491 491
97 Thailand 11940 T 491 491
98 Thailand 11941 C 491 491
99 Thailand 11942 C 491 491
100 Thailand 11943 A 491 491
101 Thailand 11944 G 491 491
102 Thailand 11945 T 491 491
103 Thailand 11946 T 491 491
104 Thailand 11947 A 491 491
105 Thailand 11948 C 491 491
106 Thailand 11949 A 491 491
107 Thailand 11950 C 491 491
108 Thailand 11951 A 491 491
109 Thailand 11952 A 491 491
110 Thailand 11953 T 491 491
111 Thailand 11954 G 491 491
112 Thailand 11955 A 491 491
113 Thailand 11956 C 491 491
114 Thailand 11957 A 491 491
115 Thailand 11958 T 491 491
116 Thailand 11959 T 491 491
117 Thailand 11960 C 491 491
118 Thailand 11961 T 491 491
119 Thailand 11962 C 491 491
120 Thailand 11963 T 491 491
121 Thailand 11964 T 491 491
122 Thailand 11965 A 491 491
123 Thailand 11966 G 491 491
124 Thailand 11967 C 491 491
125 Thailand 11968 T 491 491
126 Thailand 11969 A 491 491
127 Thailand 11970 A 491 491
128 Thailand 11971 A 491 491
129 Thailand 11972 G 491 491
130 Thailand 11973 A 491 491
131 Thailand 11974 T 491 491
132 Thailand 11975 A 491 491
133 Thailand 11976 C 491 491
134 Thailand 11977 T 491 491
135 Thailand 11978 A 491 491
136 Thailand 11979 C 491 491
137 Thailand 11980 T 491 491
138 Thailand 11981 G 491 491
139 Thailand 11982 A 491 491
140 Thailand 11983 A 491 491
141 Thailand 11984 G 491 491
142 Thailand 11985 C 491 491
143 Thailand 11986 C 491 491
144 Thailand 11987 T 491 491
145 Thailand 11988 T 491 491
146 Thailand 11989 T 491 491
147 Thailand 11990 G 491 491
148 Thailand 11991 A 491 491
149 Thailand 11992 A 491 491
150 Thailand 11993 A 491 491
151 Thailand 11994 A 491 491
152 Thailand 11995 A 491 491
153 Thailand 11996 A 491 491
154 Thailand 11997 T 491 491
155 Thailand 11998 G 491 491
156 Thailand 11999 G 491 491
157 Thailand 12000 T 491 491
158 Thailand 12001 T 491 491
159 Thailand 12002 T 491 491
160 Thailand 12003 C 491 491
161 Thailand 12004 A 491 491
162 Thailand 12005 C 491 491
163 Thailand 12006 T 491 491
164 Thailand 12007 A 491 491
165 Thailand 12008 C 491 491
166 Thailand 12009 T 491 491
167 Thailand 12010 T 491 491
168 Thailand 12011 T 491 491
169 Thailand 12012 C 491 491
170 Thailand 12013 T 491 491
171 Thailand 12014 G 491 491
172 Thailand 12015 T 491 491
173 Thailand 12016 T 491 491
174 Thailand 12017 T 491 491
175 Thailand 12018 T 491 491
176 Thailand 12019 G 491 491
177 Thailand 12020 C 491 491
178 Thailand 12021 T 491 491
179 Thailand 12022 T 491 491
180 Thailand 12023 T 491 491
181 Thailand 12024 C 491 491
182 Thailand 12025 C 491 491
183 Thailand 12026 A 491 491
184 Thailand 12027 T 491 491
185 Thailand 12028 G 491 491
186 Thailand 12029 C 491 491
187 Thailand 12030 A 491 491
188 Thailand 12031 G 491 491
189 Thailand 12032 G 491 491
190 Thailand 12033 G 491 491
191 Thailand 12034 T 491 491
192 Thailand 12035 G 491 491
193 Thailand 12036 C 491 491
194 Thailand 12037 T 491 491
195 Thailand 12038 G 491 491
196 Thailand 12039 T 491 491
197 Thailand 12040 A 491 491
198 Thailand 12041 G 491 491
199 Thailand 12042 A 491 491
200 Thailand 12043 C 491 491
201 Thailand 12044 A 491 491
202 Thailand 12045 T 491 491
203 Thailand 12046 A 491 491
204 Thailand 12047 A 491 491
205 Thailand 12048 A 491 491
206 Thailand 12049 C 491 491
207 Thailand 12050 A 491 491
208 Thailand 12051 A 491 491
209 Thailand 12052 G 491 491
210 Thailand 12053 C T 491 490 Leu3930Phe
211 Thailand 12054 T 491 491
212 Thailand 12055 T 491 491
213 Thailand 12056 T 491 491
214 Thailand 12057 G 491 491
215 Thailand 12058 T 491 491
216 Thailand 12059 G 491 491
217 Thailand 12060 A 491 491
218 Thailand 12061 A 491 491
219 Thailand 12062 G 491 491
220 Thailand 12063 A 491 491
221 Thailand 12064 A 491 491
222 Thailand 12065 A 491 491
223 Thailand 12066 T 491 491
224 Thailand 12067 G 491 491
225 Thailand 12068 C T 491 490 Leu3935Leu
226 Thailand 12069 T 491 491
227 Thailand 12070 G 491 491
228 Thailand 12071 G 491 491
229 Thailand 12072 A G 491 490 Asp3936Gly
230 Thailand 12073 C 491 491
231 Thailand 12074 A 491 491
232 Thailand 12075 A 491 491
233 Thailand 12076 C 491 491
234 Thailand 12077 A 491 491
235 Thailand 12078 G 491 491
236 Thailand 12079 G 491 491
237 Thailand 12080 G 491 491
238 Thailand 12081 C 491 491
239 Thailand 12082 A 491 491
240 Thailand 12083 A 491 491
241 Thailand 12084 C 491 491
242 Thailand 12085 C 491 491
243 Thailand 12086 T 491 491
244 Thailand 12087 T 491 491
245 Thailand 12088 A 491 491
246 Thailand 12089 C 491 491
247 Thailand 12090 A 491 491
248 Thailand 12091 A 490 490