National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N Q R S T V W
-   249                                    
?                                        
A   15                                    
C   9                                    
D   15     1                              
E   15                                    
F   3                                    
G   3                                    
H   3                                    
I   6                                    
K   18                                    
L   45                                    
M   12                                    
N   9                                    
Q   18                                    
R   6                                    
S   30                                    
T   12                                    
V   27                                    
W   3                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Slovenia 11843 T 148 148
1 Slovenia 11844 C 148 148
2 Slovenia 11845 T 148 148
3 Slovenia 11846 A 148 148
4 Slovenia 11847 A 148 148
5 Slovenia 11848 A 148 148
6 Slovenia 11849 A 148 148
7 Slovenia 11850 T 148 148
8 Slovenia 11851 G 148 148
9 Slovenia 11852 T 148 148
10 Slovenia 11853 C 148 148
11 Slovenia 11854 A 148 148
12 Slovenia 11855 G 148 148
13 Slovenia 11856 A 148 148
14 Slovenia 11857 T 148 148
15 Slovenia 11858 G 148 148
16 Slovenia 11859 T 148 148
17 Slovenia 11860 A 148 148
18 Slovenia 11861 A 148 148
19 Slovenia 11862 A 148 148
20 Slovenia 11863 G 148 148
21 Slovenia 11864 T 148 148
22 Slovenia 11865 G 148 148
23 Slovenia 11866 C 148 148
24 Slovenia 11867 A 148 148
25 Slovenia 11868 C 148 148
26 Slovenia 11869 A 148 148
27 Slovenia 11870 T 148 148
28 Slovenia 11871 C 148 148
29 Slovenia 11872 A 148 148
30 Slovenia 11873 G 148 148
31 Slovenia 11874 T 148 148
32 Slovenia 11875 A 148 148
33 Slovenia 11876 G 148 148
34 Slovenia 11877 T 148 148
35 Slovenia 11878 C 148 148
36 Slovenia 11879 T 148 148
37 Slovenia 11880 T 148 148
38 Slovenia 11881 A 148 148
39 Slovenia 11882 C 148 148
40 Slovenia 11883 T 148 148
41 Slovenia 11884 C 148 148
42 Slovenia 11885 T 148 148
43 Slovenia 11886 C 148 148
44 Slovenia 11887 A 148 148
45 Slovenia 11888 G 148 148
46 Slovenia 11889 T 148 148
47 Slovenia 11890 T 148 148
48 Slovenia 11891 T 148 148
49 Slovenia 11892 T 148 148
50 Slovenia 11893 G 148 148
51 Slovenia 11894 C 148 148
52 Slovenia 11895 A 148 148
53 Slovenia 11896 A 148 148
54 Slovenia 11897 C 148 148
55 Slovenia 11898 A 148 148
56 Slovenia 11899 A 148 148
57 Slovenia 11900 C 148 148
58 Slovenia 11901 T 148 148
59 Slovenia 11902 C 148 148
60 Slovenia 11903 A 148 148
61 Slovenia 11904 G 148 148
62 Slovenia 11905 A 148 148
63 Slovenia 11906 G 148 148
64 Slovenia 11907 T 148 148
65 Slovenia 11908 A 148 148
66 Slovenia 11909 G 148 148
67 Slovenia 11910 A 148 148
68 Slovenia 11911 A 148 148
69 Slovenia 11912 T 148 148
70 Slovenia 11913 C 148 148
71 Slovenia 11914 A 148 148
72 Slovenia 11915 T 148 148
73 Slovenia 11916 C 148 148
74 Slovenia 11917 A 148 148
75 Slovenia 11918 T 148 148
76 Slovenia 11919 C 148 148
77 Slovenia 11920 T 148 148
78 Slovenia 11921 A 148 148
79 Slovenia 11922 A 148 148
80 Slovenia 11923 A 148 148
81 Slovenia 11924 T 148 148
82 Slovenia 11925 T 148 148
83 Slovenia 11926 G 148 148
84 Slovenia 11927 T 148 148
85 Slovenia 11928 G 148 148
86 Slovenia 11929 G 148 148
87 Slovenia 11930 G 148 148
88 Slovenia 11931 C 148 148
89 Slovenia 11932 T 148 148
90 Slovenia 11933 C 148 148
91 Slovenia 11934 A 148 148
92 Slovenia 11935 A 148 148
93 Slovenia 11936 T 148 148
94 Slovenia 11937 G 148 148
95 Slovenia 11938 T 148 148
96 Slovenia 11939 G 148 148
97 Slovenia 11940 T 148 148
98 Slovenia 11941 C 148 148
99 Slovenia 11942 C 148 148
100 Slovenia 11943 A 148 148
101 Slovenia 11944 G 148 148
102 Slovenia 11945 T 148 148
103 Slovenia 11946 T 148 148
104 Slovenia 11947 A 148 148
105 Slovenia 11948 C 148 148
106 Slovenia 11949 A 148 148
107 Slovenia 11950 C 148 148
108 Slovenia 11951 A 148 148
109 Slovenia 11952 A 148 148
110 Slovenia 11953 T 148 148
111 Slovenia 11954 G 148 148
112 Slovenia 11955 A 148 148
113 Slovenia 11956 C 148 148
114 Slovenia 11957 A 148 148
115 Slovenia 11958 T 148 148
116 Slovenia 11959 T 148 148
117 Slovenia 11960 C 148 148
118 Slovenia 11961 T 148 148
119 Slovenia 11962 C 148 148
120 Slovenia 11963 T 148 148
121 Slovenia 11964 T 148 148
122 Slovenia 11965 A 148 148
123 Slovenia 11966 G 148 148
124 Slovenia 11967 C 148 148
125 Slovenia 11968 T 148 148
126 Slovenia 11969 A 148 148
127 Slovenia 11970 A 148 148
128 Slovenia 11971 A 148 148
129 Slovenia 11972 G 148 148
130 Slovenia 11973 A 148 148
131 Slovenia 11974 T 148 148
132 Slovenia 11975 A 148 148
133 Slovenia 11976 C 148 148
134 Slovenia 11977 T 148 148
135 Slovenia 11978 A 148 148
136 Slovenia 11979 C 148 148
137 Slovenia 11980 T 148 148
138 Slovenia 11981 G 148 148
139 Slovenia 11982 A 148 148
140 Slovenia 11983 A 148 148
141 Slovenia 11984 G 148 148
142 Slovenia 11985 C 148 148
143 Slovenia 11986 C 148 148
144 Slovenia 11987 T 148 148
145 Slovenia 11988 T 148 148
146 Slovenia 11989 T 148 148
147 Slovenia 11990 G 148 148
148 Slovenia 11991 A 148 148
149 Slovenia 11992 A 148 148
150 Slovenia 11993 A 148 148
151 Slovenia 11994 A 148 148
152 Slovenia 11995 A 148 148
153 Slovenia 11996 A 148 148
154 Slovenia 11997 T 148 148
155 Slovenia 11998 G 148 148
156 Slovenia 11999 G 148 148
157 Slovenia 12000 T 148 148
158 Slovenia 12001 T 148 148
159 Slovenia 12002 T 148 148
160 Slovenia 12003 C 148 148
161 Slovenia 12004 A 148 148
162 Slovenia 12005 C 148 148
163 Slovenia 12006 T 148 148
164 Slovenia 12007 A 148 148
165 Slovenia 12008 C 148 148
166 Slovenia 12009 T 148 148
167 Slovenia 12010 T 148 148
168 Slovenia 12011 T 148 148
169 Slovenia 12012 C 148 148
170 Slovenia 12013 T 148 148
171 Slovenia 12014 G 148 148
172 Slovenia 12015 T 148 148
173 Slovenia 12016 T 148 148
174 Slovenia 12017 T 148 148
175 Slovenia 12018 T 148 148
176 Slovenia 12019 G 148 148
177 Slovenia 12020 C 148 148
178 Slovenia 12021 T 148 148
179 Slovenia 12022 T 148 148
180 Slovenia 12023 T 148 148
181 Slovenia 12024 C 148 148
182 Slovenia 12025 C 148 148
183 Slovenia 12026 A 148 148
184 Slovenia 12027 T 148 148
185 Slovenia 12028 G 148 148
186 Slovenia 12029 C 148 148
187 Slovenia 12030 A 148 148
188 Slovenia 12031 G 148 148
189 Slovenia 12032 G 148 148
190 Slovenia 12033 G 148 148
191 Slovenia 12034 T 148 148
192 Slovenia 12035 G 148 148
193 Slovenia 12036 C 148 148
194 Slovenia 12037 T 148 148
195 Slovenia 12038 G 148 148
196 Slovenia 12039 T 148 148
197 Slovenia 12040 A 148 148
198 Slovenia 12041 G 148 148
199 Slovenia 12042 A 148 148
200 Slovenia 12043 C T 148 145 Asp3926Asp
201 Slovenia 12044 A 148 148
202 Slovenia 12045 T 148 148
203 Slovenia 12046 A 148 148
204 Slovenia 12047 A 148 148
205 Slovenia 12048 A 148 148
206 Slovenia 12049 C 148 148
207 Slovenia 12050 A 148 148
208 Slovenia 12051 A 148 148
209 Slovenia 12052 G 148 148
210 Slovenia 12053 C 148 148
211 Slovenia 12054 T 148 148
212 Slovenia 12055 T 148 148
213 Slovenia 12056 T 148 148
214 Slovenia 12057 G 148 148
215 Slovenia 12058 T 148 148
216 Slovenia 12059 G 148 148
217 Slovenia 12060 A 148 148
218 Slovenia 12061 A 148 148
219 Slovenia 12062 G 148 148
220 Slovenia 12063 A 148 148
221 Slovenia 12064 A 148 148
222 Slovenia 12065 A 148 148
223 Slovenia 12066 T 148 148
224 Slovenia 12067 G 148 148
225 Slovenia 12068 C 148 148
226 Slovenia 12069 T 148 148
227 Slovenia 12070 G 148 148
228 Slovenia 12071 G 148 148
229 Slovenia 12072 A 148 148
230 Slovenia 12073 C 148 148
231 Slovenia 12074 A 148 148
232 Slovenia 12075 A 148 148
233 Slovenia 12076 C 148 148
234 Slovenia 12077 A 148 148
235 Slovenia 12078 G 148 148
236 Slovenia 12079 G 148 148
237 Slovenia 12080 G 148 148
238 Slovenia 12081 C 148 148
239 Slovenia 12082 A 148 148
240 Slovenia 12083 A 148 148
241 Slovenia 12084 C 148 148
242 Slovenia 12085 C 148 148
243 Slovenia 12086 T 148 148
244 Slovenia 12087 T 148 148
245 Slovenia 12088 A 148 148
246 Slovenia 12089 C 148 148
247 Slovenia 12090 A 148 148
248 Slovenia 12091 A 148 148