National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N Q R S T V W
-   249                                    
?                                        
A   15                                    
C   9                                    
D   15                                    
E   15                                    
F   3                                    
G   3                                    
H   3                                    
I   6                                    
K   18                                    
L   45                                    
M   12                                    
N   9                                    
Q   18                                    
R   6                                    
S   30                                    
T   12                                    
V   27                                    
W   3                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Sierra_Leone 11843 T 11 11
1 Sierra_Leone 11844 C 11 11
2 Sierra_Leone 11845 T 11 11
3 Sierra_Leone 11846 A 11 11
4 Sierra_Leone 11847 A 11 11
5 Sierra_Leone 11848 A 11 11
6 Sierra_Leone 11849 A 11 11
7 Sierra_Leone 11850 T 11 11
8 Sierra_Leone 11851 G 11 11
9 Sierra_Leone 11852 T 11 11
10 Sierra_Leone 11853 C 11 11
11 Sierra_Leone 11854 A 11 11
12 Sierra_Leone 11855 G 11 11
13 Sierra_Leone 11856 A 11 11
14 Sierra_Leone 11857 T 11 11
15 Sierra_Leone 11858 G 11 11
16 Sierra_Leone 11859 T 11 11
17 Sierra_Leone 11860 A 11 11
18 Sierra_Leone 11861 A 11 11
19 Sierra_Leone 11862 A 11 11
20 Sierra_Leone 11863 G 11 11
21 Sierra_Leone 11864 T 11 11
22 Sierra_Leone 11865 G 11 11
23 Sierra_Leone 11866 C 11 11
24 Sierra_Leone 11867 A 11 11
25 Sierra_Leone 11868 C 11 11
26 Sierra_Leone 11869 A 11 11
27 Sierra_Leone 11870 T 11 11
28 Sierra_Leone 11871 C 11 11
29 Sierra_Leone 11872 A 11 11
30 Sierra_Leone 11873 G 11 11
31 Sierra_Leone 11874 T 11 11
32 Sierra_Leone 11875 A 11 11
33 Sierra_Leone 11876 G 11 11
34 Sierra_Leone 11877 T 11 11
35 Sierra_Leone 11878 C 11 11
36 Sierra_Leone 11879 T 11 11
37 Sierra_Leone 11880 T 11 11
38 Sierra_Leone 11881 A 11 11
39 Sierra_Leone 11882 C 11 11
40 Sierra_Leone 11883 T 11 11
41 Sierra_Leone 11884 C 11 11
42 Sierra_Leone 11885 T 11 11
43 Sierra_Leone 11886 C 11 11
44 Sierra_Leone 11887 A 11 11
45 Sierra_Leone 11888 G 11 11
46 Sierra_Leone 11889 T 11 11
47 Sierra_Leone 11890 T 11 11
48 Sierra_Leone 11891 T 11 11
49 Sierra_Leone 11892 T 11 11
50 Sierra_Leone 11893 G 11 11
51 Sierra_Leone 11894 C 11 11
52 Sierra_Leone 11895 A 11 11
53 Sierra_Leone 11896 A 11 11
54 Sierra_Leone 11897 C 11 11
55 Sierra_Leone 11898 A 11 11
56 Sierra_Leone 11899 A 11 11
57 Sierra_Leone 11900 C 11 11
58 Sierra_Leone 11901 T 11 11
59 Sierra_Leone 11902 C 11 11
60 Sierra_Leone 11903 A 11 11
61 Sierra_Leone 11904 G 11 11
62 Sierra_Leone 11905 A 11 11
63 Sierra_Leone 11906 G 11 11
64 Sierra_Leone 11907 T 11 11
65 Sierra_Leone 11908 A 11 11
66 Sierra_Leone 11909 G 11 11
67 Sierra_Leone 11910 A 11 11
68 Sierra_Leone 11911 A 11 11
69 Sierra_Leone 11912 T 11 11
70 Sierra_Leone 11913 C 11 11
71 Sierra_Leone 11914 A 11 11
72 Sierra_Leone 11915 T 11 11
73 Sierra_Leone 11916 C 11 11
74 Sierra_Leone 11917 A 11 11
75 Sierra_Leone 11918 T 11 11
76 Sierra_Leone 11919 C 11 11
77 Sierra_Leone 11920 T 11 11
78 Sierra_Leone 11921 A 11 11
79 Sierra_Leone 11922 A 11 11
80 Sierra_Leone 11923 A 11 11
81 Sierra_Leone 11924 T 11 11
82 Sierra_Leone 11925 T 11 11
83 Sierra_Leone 11926 G 11 11
84 Sierra_Leone 11927 T 11 11
85 Sierra_Leone 11928 G 11 11
86 Sierra_Leone 11929 G 11 11
87 Sierra_Leone 11930 G 11 11
88 Sierra_Leone 11931 C 11 11
89 Sierra_Leone 11932 T 11 11
90 Sierra_Leone 11933 C 11 11
91 Sierra_Leone 11934 A 11 11
92 Sierra_Leone 11935 A 11 11
93 Sierra_Leone 11936 T 11 11
94 Sierra_Leone 11937 G 11 11
95 Sierra_Leone 11938 T 11 11
96 Sierra_Leone 11939 G 11 11
97 Sierra_Leone 11940 T 11 11
98 Sierra_Leone 11941 C 11 11
99 Sierra_Leone 11942 C 11 11
100 Sierra_Leone 11943 A 11 11
101 Sierra_Leone 11944 G 11 11
102 Sierra_Leone 11945 T 11 11
103 Sierra_Leone 11946 T 11 11
104 Sierra_Leone 11947 A 11 11
105 Sierra_Leone 11948 C 11 11
106 Sierra_Leone 11949 A 11 11
107 Sierra_Leone 11950 C 11 11
108 Sierra_Leone 11951 A 11 11
109 Sierra_Leone 11952 A 11 11
110 Sierra_Leone 11953 T 11 11
111 Sierra_Leone 11954 G 11 11
112 Sierra_Leone 11955 A 11 11
113 Sierra_Leone 11956 C 11 11
114 Sierra_Leone 11957 A 11 11
115 Sierra_Leone 11958 T 11 11
116 Sierra_Leone 11959 T 11 11
117 Sierra_Leone 11960 C 11 11
118 Sierra_Leone 11961 T 11 11
119 Sierra_Leone 11962 C 11 11
120 Sierra_Leone 11963 T 11 11
121 Sierra_Leone 11964 T 11 11
122 Sierra_Leone 11965 A 11 11
123 Sierra_Leone 11966 G 11 11
124 Sierra_Leone 11967 C 11 11
125 Sierra_Leone 11968 T 11 11
126 Sierra_Leone 11969 A 11 11
127 Sierra_Leone 11970 A 11 11
128 Sierra_Leone 11971 A 11 11
129 Sierra_Leone 11972 G 11 11
130 Sierra_Leone 11973 A 11 11
131 Sierra_Leone 11974 T 11 11
132 Sierra_Leone 11975 A 11 11
133 Sierra_Leone 11976 C 11 11
134 Sierra_Leone 11977 T 11 11
135 Sierra_Leone 11978 A 11 11
136 Sierra_Leone 11979 C 11 11
137 Sierra_Leone 11980 T 11 11
138 Sierra_Leone 11981 G 11 11
139 Sierra_Leone 11982 A 11 11
140 Sierra_Leone 11983 A 11 11
141 Sierra_Leone 11984 G 11 11
142 Sierra_Leone 11985 C 11 11
143 Sierra_Leone 11986 C 11 11
144 Sierra_Leone 11987 T 11 11
145 Sierra_Leone 11988 T 11 11
146 Sierra_Leone 11989 T 11 11
147 Sierra_Leone 11990 G 11 11
148 Sierra_Leone 11991 A 11 11
149 Sierra_Leone 11992 A 11 11
150 Sierra_Leone 11993 A 11 11
151 Sierra_Leone 11994 A 11 11
152 Sierra_Leone 11995 A 11 11
153 Sierra_Leone 11996 A 11 11
154 Sierra_Leone 11997 T 11 11
155 Sierra_Leone 11998 G 11 11
156 Sierra_Leone 11999 G 11 11
157 Sierra_Leone 12000 T 11 11
158 Sierra_Leone 12001 T 11 11
159 Sierra_Leone 12002 T 11 11
160 Sierra_Leone 12003 C 11 11
161 Sierra_Leone 12004 A 11 11
162 Sierra_Leone 12005 C 11 11
163 Sierra_Leone 12006 T 11 11
164 Sierra_Leone 12007 A 11 11
165 Sierra_Leone 12008 C 11 11
166 Sierra_Leone 12009 T 11 11
167 Sierra_Leone 12010 T 11 11
168 Sierra_Leone 12011 T 11 11
169 Sierra_Leone 12012 C 11 11
170 Sierra_Leone 12013 T 11 11
171 Sierra_Leone 12014 G 11 11
172 Sierra_Leone 12015 T 11 11
173 Sierra_Leone 12016 T 11 11
174 Sierra_Leone 12017 T 11 11
175 Sierra_Leone 12018 T 11 11
176 Sierra_Leone 12019 G 11 11
177 Sierra_Leone 12020 C 11 11
178 Sierra_Leone 12021 T 11 11
179 Sierra_Leone 12022 T 11 11
180 Sierra_Leone 12023 T 11 11
181 Sierra_Leone 12024 C 11 11
182 Sierra_Leone 12025 C 11 11
183 Sierra_Leone 12026 A 11 11
184 Sierra_Leone 12027 T 11 11
185 Sierra_Leone 12028 G 11 11
186 Sierra_Leone 12029 C 11 11
187 Sierra_Leone 12030 A 11 11
188 Sierra_Leone 12031 G 11 11
189 Sierra_Leone 12032 G 11 11
190 Sierra_Leone 12033 G 11 11
191 Sierra_Leone 12034 T 11 11
192 Sierra_Leone 12035 G 11 11
193 Sierra_Leone 12036 C 11 11
194 Sierra_Leone 12037 T 11 11
195 Sierra_Leone 12038 G 11 11
196 Sierra_Leone 12039 T 11 11
197 Sierra_Leone 12040 A 11 11
198 Sierra_Leone 12041 G 11 11
199 Sierra_Leone 12042 A 11 11
200 Sierra_Leone 12043 C 11 11
201 Sierra_Leone 12044 A 11 11
202 Sierra_Leone 12045 T 11 11
203 Sierra_Leone 12046 A 11 11
204 Sierra_Leone 12047 A 11 11
205 Sierra_Leone 12048 A 11 11
206 Sierra_Leone 12049 C 11 11
207 Sierra_Leone 12050 A 11 11
208 Sierra_Leone 12051 A 11 11
209 Sierra_Leone 12052 G 11 11
210 Sierra_Leone 12053 C 11 11
211 Sierra_Leone 12054 T 11 11
212 Sierra_Leone 12055 T 11 11
213 Sierra_Leone 12056 T 11 11
214 Sierra_Leone 12057 G 11 11
215 Sierra_Leone 12058 T 11 11
216 Sierra_Leone 12059 G 11 11
217 Sierra_Leone 12060 A 11 11
218 Sierra_Leone 12061 A 11 11
219 Sierra_Leone 12062 G 11 11
220 Sierra_Leone 12063 A 11 11
221 Sierra_Leone 12064 A 11 11
222 Sierra_Leone 12065 A 11 11
223 Sierra_Leone 12066 T 11 11
224 Sierra_Leone 12067 G 11 11
225 Sierra_Leone 12068 C 11 11
226 Sierra_Leone 12069 T 11 11
227 Sierra_Leone 12070 G 11 11
228 Sierra_Leone 12071 G 11 11
229 Sierra_Leone 12072 A 11 11
230 Sierra_Leone 12073 C 11 11
231 Sierra_Leone 12074 A 11 11
232 Sierra_Leone 12075 A 11 11
233 Sierra_Leone 12076 C 11 11
234 Sierra_Leone 12077 A 11 11
235 Sierra_Leone 12078 G 11 11
236 Sierra_Leone 12079 G 11 11
237 Sierra_Leone 12080 G 11 11
238 Sierra_Leone 12081 C 11 11
239 Sierra_Leone 12082 A 11 11
240 Sierra_Leone 12083 A 11 11
241 Sierra_Leone 12084 C 11 11
242 Sierra_Leone 12085 C 11 11
243 Sierra_Leone 12086 T 11 11
244 Sierra_Leone 12087 T 11 11
245 Sierra_Leone 12088 A 11 11
246 Sierra_Leone 12089 C 11 11
247 Sierra_Leone 12090 A 11 11
248 Sierra_Leone 12091 A 11 11