National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N Q R S T V W
-   249                                    
?                                        
A   15                                    
C   9                                    
D   15     1                              
E   15                                    
F   3                                    
G   3                                    
H   3                                    
I   6                                    
K   18                                    
L   45                   1                
M   12                                    
N   9                                    
Q   18                                    
R   6                                    
S   30                                    
T   12                               1    
V   27                                 1  
W   3                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Saudi_Arabia 11843 T 944 944
1 Saudi_Arabia 11844 C 944 944
2 Saudi_Arabia 11845 T 944 944
3 Saudi_Arabia 11846 A 944 944
4 Saudi_Arabia 11847 A 944 944
5 Saudi_Arabia 11848 A 944 944
6 Saudi_Arabia 11849 A 944 944
7 Saudi_Arabia 11850 T 944 944
8 Saudi_Arabia 11851 G 944 944
9 Saudi_Arabia 11852 T 944 944
10 Saudi_Arabia 11853 C 944 944
11 Saudi_Arabia 11854 A 944 944
12 Saudi_Arabia 11855 G 944 944
13 Saudi_Arabia 11856 A 944 944
14 Saudi_Arabia 11857 T 944 944
15 Saudi_Arabia 11858 G 944 944
16 Saudi_Arabia 11859 T 944 944
17 Saudi_Arabia 11860 A 944 944
18 Saudi_Arabia 11861 A 944 944
19 Saudi_Arabia 11862 A 944 944
20 Saudi_Arabia 11863 G 944 944
21 Saudi_Arabia 11864 T 944 944
22 Saudi_Arabia 11865 G 944 944
23 Saudi_Arabia 11866 C 944 944
24 Saudi_Arabia 11867 A 944 944
25 Saudi_Arabia 11868 C 944 944
26 Saudi_Arabia 11869 A G 944 942 Thr3868Thr
27 Saudi_Arabia 11870 T 944 944
28 Saudi_Arabia 11871 C 944 944
29 Saudi_Arabia 11872 A 944 944
30 Saudi_Arabia 11873 G 944 944
31 Saudi_Arabia 11874 T 944 944
32 Saudi_Arabia 11875 A 944 944
33 Saudi_Arabia 11876 G 944 944
34 Saudi_Arabia 11877 T 944 944
35 Saudi_Arabia 11878 C 944 944
36 Saudi_Arabia 11879 T 944 944
37 Saudi_Arabia 11880 T 944 944
38 Saudi_Arabia 11881 A 944 944
39 Saudi_Arabia 11882 C 944 944
40 Saudi_Arabia 11883 T 944 944
41 Saudi_Arabia 11884 C 944 944
42 Saudi_Arabia 11885 T 944 944
43 Saudi_Arabia 11886 C 944 944
44 Saudi_Arabia 11887 A 944 944
45 Saudi_Arabia 11888 G 944 944
46 Saudi_Arabia 11889 T 944 944
47 Saudi_Arabia 11890 T 944 944
48 Saudi_Arabia 11891 T 944 944
49 Saudi_Arabia 11892 T 944 944
50 Saudi_Arabia 11893 G 944 944
51 Saudi_Arabia 11894 C 944 944
52 Saudi_Arabia 11895 A 944 944
53 Saudi_Arabia 11896 A 944 944
54 Saudi_Arabia 11897 C 944 944
55 Saudi_Arabia 11898 A 944 944
56 Saudi_Arabia 11899 A 944 944
57 Saudi_Arabia 11900 C 944 944
58 Saudi_Arabia 11901 T 944 944
59 Saudi_Arabia 11902 C 944 944
60 Saudi_Arabia 11903 A 944 944
61 Saudi_Arabia 11904 G 944 944
62 Saudi_Arabia 11905 A 944 944
63 Saudi_Arabia 11906 G 944 944
64 Saudi_Arabia 11907 T 944 944
65 Saudi_Arabia 11908 A G 944 943 Val3881Val
66 Saudi_Arabia 11909 G 944 944
67 Saudi_Arabia 11910 A 944 944
68 Saudi_Arabia 11911 A 944 944
69 Saudi_Arabia 11912 T 944 944
70 Saudi_Arabia 11913 C 944 944
71 Saudi_Arabia 11914 A 944 944
72 Saudi_Arabia 11915 T 944 944
73 Saudi_Arabia 11916 C 944 944
74 Saudi_Arabia 11917 A 944 944
75 Saudi_Arabia 11918 T 944 944
76 Saudi_Arabia 11919 C 944 944
77 Saudi_Arabia 11920 T 944 944
78 Saudi_Arabia 11921 A 944 944
79 Saudi_Arabia 11922 A 944 944
80 Saudi_Arabia 11923 A 944 944
81 Saudi_Arabia 11924 T 944 944
82 Saudi_Arabia 11925 T 944 944
83 Saudi_Arabia 11926 G 944 944
84 Saudi_Arabia 11927 T 944 944
85 Saudi_Arabia 11928 G 944 944
86 Saudi_Arabia 11929 G 944 944
87 Saudi_Arabia 11930 G 944 944
88 Saudi_Arabia 11931 C 944 944
89 Saudi_Arabia 11932 T 944 944
90 Saudi_Arabia 11933 C 944 944
91 Saudi_Arabia 11934 A 944 944
92 Saudi_Arabia 11935 A 944 944
93 Saudi_Arabia 11936 T 944 944
94 Saudi_Arabia 11937 G 944 944
95 Saudi_Arabia 11938 T 944 944
96 Saudi_Arabia 11939 G 944 944
97 Saudi_Arabia 11940 T 944 944
98 Saudi_Arabia 11941 C 944 944
99 Saudi_Arabia 11942 C 944 944
100 Saudi_Arabia 11943 A 944 944
101 Saudi_Arabia 11944 G 944 944
102 Saudi_Arabia 11945 T 944 944
103 Saudi_Arabia 11946 T 944 944
104 Saudi_Arabia 11947 A 944 944
105 Saudi_Arabia 11948 C 944 944
106 Saudi_Arabia 11949 A 944 944
107 Saudi_Arabia 11950 C 944 944
108 Saudi_Arabia 11951 A 944 944
109 Saudi_Arabia 11952 A 944 944
110 Saudi_Arabia 11953 T 944 944
111 Saudi_Arabia 11954 G 944 944
112 Saudi_Arabia 11955 A 944 944
113 Saudi_Arabia 11956 C T 944 943 Asp3897Asp
114 Saudi_Arabia 11957 A 944 944
115 Saudi_Arabia 11958 T 944 944
116 Saudi_Arabia 11959 T 944 944
117 Saudi_Arabia 11960 C 944 944
118 Saudi_Arabia 11961 T 944 944
119 Saudi_Arabia 11962 C 944 944
120 Saudi_Arabia 11963 T 944 944
121 Saudi_Arabia 11964 T 944 944
122 Saudi_Arabia 11965 A 944 944
123 Saudi_Arabia 11966 G 944 944
124 Saudi_Arabia 11967 C 944 944
125 Saudi_Arabia 11968 T 944 944
126 Saudi_Arabia 11969 A 944 944
127 Saudi_Arabia 11970 A 944 944
128 Saudi_Arabia 11971 A 944 944
129 Saudi_Arabia 11972 G 944 944
130 Saudi_Arabia 11973 A 944 944
131 Saudi_Arabia 11974 T 944 944
132 Saudi_Arabia 11975 A 944 944
133 Saudi_Arabia 11976 C 944 944
134 Saudi_Arabia 11977 T 944 944
135 Saudi_Arabia 11978 A 944 944
136 Saudi_Arabia 11979 C 944 944
137 Saudi_Arabia 11980 T 944 944
138 Saudi_Arabia 11981 G 944 944
139 Saudi_Arabia 11982 A 944 944
140 Saudi_Arabia 11983 A 944 944
141 Saudi_Arabia 11984 G 944 944
142 Saudi_Arabia 11985 C 944 944
143 Saudi_Arabia 11986 C 944 944
144 Saudi_Arabia 11987 T 944 944
145 Saudi_Arabia 11988 T 944 944
146 Saudi_Arabia 11989 T 944 944
147 Saudi_Arabia 11990 G 944 944
148 Saudi_Arabia 11991 A 944 944
149 Saudi_Arabia 11992 A 944 944
150 Saudi_Arabia 11993 A 944 944
151 Saudi_Arabia 11994 A 944 944
152 Saudi_Arabia 11995 A 944 944
153 Saudi_Arabia 11996 A 944 944
154 Saudi_Arabia 11997 T 944 944
155 Saudi_Arabia 11998 G 944 944
156 Saudi_Arabia 11999 G 944 944
157 Saudi_Arabia 12000 T 944 944
158 Saudi_Arabia 12001 T 944 944
159 Saudi_Arabia 12002 T 944 944
160 Saudi_Arabia 12003 C 944 944
161 Saudi_Arabia 12004 A 944 944
162 Saudi_Arabia 12005 C 944 944
163 Saudi_Arabia 12006 T 944 944
164 Saudi_Arabia 12007 A 944 944
165 Saudi_Arabia 12008 C 944 944
166 Saudi_Arabia 12009 T 944 944
167 Saudi_Arabia 12010 T 944 944
168 Saudi_Arabia 12011 T 944 944
169 Saudi_Arabia 12012 C 944 944
170 Saudi_Arabia 12013 T 944 944
171 Saudi_Arabia 12014 G 944 944
172 Saudi_Arabia 12015 T 944 944
173 Saudi_Arabia 12016 T 944 944
174 Saudi_Arabia 12017 T 944 944
175 Saudi_Arabia 12018 T 944 944
176 Saudi_Arabia 12019 G 944 944
177 Saudi_Arabia 12020 C 944 944
178 Saudi_Arabia 12021 T 944 944
179 Saudi_Arabia 12022 T 944 944
180 Saudi_Arabia 12023 T 944 944
181 Saudi_Arabia 12024 C 944 944
182 Saudi_Arabia 12025 C 944 944
183 Saudi_Arabia 12026 A 944 944
184 Saudi_Arabia 12027 T 944 944
185 Saudi_Arabia 12028 G 944 944
186 Saudi_Arabia 12029 C 944 944
187 Saudi_Arabia 12030 A 944 944
188 Saudi_Arabia 12031 G 944 944
189 Saudi_Arabia 12032 G 944 944
190 Saudi_Arabia 12033 G 944 944
191 Saudi_Arabia 12034 T 944 944
192 Saudi_Arabia 12035 G 944 944
193 Saudi_Arabia 12036 C 944 944
194 Saudi_Arabia 12037 T 944 944
195 Saudi_Arabia 12038 G 944 944
196 Saudi_Arabia 12039 T 944 944
197 Saudi_Arabia 12040 A 944 944
198 Saudi_Arabia 12041 G 944 944
199 Saudi_Arabia 12042 A 944 944
200 Saudi_Arabia 12043 C 944 944
201 Saudi_Arabia 12044 A 944 944
202 Saudi_Arabia 12045 T 944 944
203 Saudi_Arabia 12046 A 944 944
204 Saudi_Arabia 12047 A 944 944
205 Saudi_Arabia 12048 A 944 944
206 Saudi_Arabia 12049 C 944 944
207 Saudi_Arabia 12050 A 944 944
208 Saudi_Arabia 12051 A 944 944
209 Saudi_Arabia 12052 G 944 944
210 Saudi_Arabia 12053 C 944 944
211 Saudi_Arabia 12054 T 944 944
212 Saudi_Arabia 12055 T 944 944
213 Saudi_Arabia 12056 T 944 944
214 Saudi_Arabia 12057 G 944 944
215 Saudi_Arabia 12058 T 944 944
216 Saudi_Arabia 12059 G 944 944
217 Saudi_Arabia 12060 A 944 944
218 Saudi_Arabia 12061 A 944 944
219 Saudi_Arabia 12062 G 944 944
220 Saudi_Arabia 12063 A 944 944
221 Saudi_Arabia 12064 A 944 944
222 Saudi_Arabia 12065 A 944 944
223 Saudi_Arabia 12066 T 944 944
224 Saudi_Arabia 12067 G 944 944
225 Saudi_Arabia 12068 C 944 944
226 Saudi_Arabia 12069 T 944 944
227 Saudi_Arabia 12070 G T 944 943 Leu3935Leu
228 Saudi_Arabia 12071 G 944 944
229 Saudi_Arabia 12072 A 944 944
230 Saudi_Arabia 12073 C 944 944
231 Saudi_Arabia 12074 A 944 944
232 Saudi_Arabia 12075 A 944 944
233 Saudi_Arabia 12076 C 944 944
234 Saudi_Arabia 12077 A 944 944
235 Saudi_Arabia 12078 G 944 944
236 Saudi_Arabia 12079 G 944 944
237 Saudi_Arabia 12080 G 944 944
238 Saudi_Arabia 12081 C 944 944
239 Saudi_Arabia 12082 A 944 944
240 Saudi_Arabia 12083 A 944 944
241 Saudi_Arabia 12084 C 944 944
242 Saudi_Arabia 12085 C 944 944
243 Saudi_Arabia 12086 T 944 944
244 Saudi_Arabia 12087 T 944 944
245 Saudi_Arabia 12088 A 944 944
246 Saudi_Arabia 12089 C 944 944
247 Saudi_Arabia 12090 A 944 944
248 Saudi_Arabia 12091 A 944 944