National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N Q R S T V W
-   249                                    
?                                        
A   15                                    
C   9         1                          
D   15                                    
E   15                                    
F   3                                    
G   3                                    
H   3                                    
I   6                                    
K   18                                    
L   45         1         2                
M   12               1                    
N   9                                    
Q   18                           1        
R   6                                    
S   30                                    
T   12                                    
V   27                                    
W   3                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Nigeria 11843 T 252 252
1 Nigeria 11844 C 252 252
2 Nigeria 11845 T 252 252
3 Nigeria 11846 A 252 252
4 Nigeria 11847 A 252 252
5 Nigeria 11848 A 252 252
6 Nigeria 11849 A 252 252
7 Nigeria 11850 T 252 252
8 Nigeria 11851 G 252 252
9 Nigeria 11852 T 253 253
10 Nigeria 11853 C 253 253
11 Nigeria 11854 A 253 253
12 Nigeria 11855 G 253 253
13 Nigeria 11856 A 253 253
14 Nigeria 11857 T 253 253
15 Nigeria 11858 G 253 253
16 Nigeria 11859 T 253 253
17 Nigeria 11860 A 253 253
18 Nigeria 11861 A 253 253
19 Nigeria 11862 A 253 253
20 Nigeria 11863 G 253 253
21 Nigeria 11864 T 253 253
22 Nigeria 11865 G 253 253
23 Nigeria 11866 C 253 253
24 Nigeria 11867 A 253 253
25 Nigeria 11868 C 253 253
26 Nigeria 11869 A 253 253
27 Nigeria 11870 T 253 253
28 Nigeria 11871 C 253 253
29 Nigeria 11872 A 253 253
30 Nigeria 11873 G 253 253
31 Nigeria 11874 T 253 253
32 Nigeria 11875 A 253 253
33 Nigeria 11876 G 253 253
34 Nigeria 11877 T 253 253
35 Nigeria 11878 C 253 253
36 Nigeria 11879 T 253 253
37 Nigeria 11880 T 253 253
38 Nigeria 11881 A 253 253
39 Nigeria 11882 C 253 253
40 Nigeria 11883 T 253 253
41 Nigeria 11884 C 254 254
42 Nigeria 11885 T 254 254
43 Nigeria 11886 C 254 254
44 Nigeria 11887 A 254 254
45 Nigeria 11888 G 254 254
46 Nigeria 11889 T 254 254
47 Nigeria 11890 T 258 258
48 Nigeria 11891 T 258 258
49 Nigeria 11892 T 258 258
50 Nigeria 11893 G 258 258
51 Nigeria 11894 C 258 258
52 Nigeria 11895 A 258 257
53 Nigeria 11896 A 258 257
54 Nigeria 11897 C 258 257
55 Nigeria 11898 A 258 257
56 Nigeria 11899 A 258 258
57 Nigeria 11900 C 258 258
58 Nigeria 11901 T 258 258
59 Nigeria 11902 C 258 258
60 Nigeria 11903 A 258 258
61 Nigeria 11904 G 258 258
62 Nigeria 11905 A 258 258
63 Nigeria 11906 G 258 258
64 Nigeria 11907 T 258 258
65 Nigeria 11908 A 258 258
66 Nigeria 11909 G 258 258
67 Nigeria 11910 A 258 258
68 Nigeria 11911 A 258 258
69 Nigeria 11912 T 258 258
70 Nigeria 11913 C 258 257
71 Nigeria 11914 A 258 257
72 Nigeria 11915 T 258 257
73 Nigeria 11916 C 258 256
74 Nigeria 11917 A 258 256
75 Nigeria 11918 T 258 256
76 Nigeria 11919 C 258 256
77 Nigeria 11920 T 258 256
78 Nigeria 11921 A 258 255
79 Nigeria 11922 A 258 255
80 Nigeria 11923 A 258 255
81 Nigeria 11924 T 258 255
82 Nigeria 11925 T 258 255
83 Nigeria 11926 G 258 255
84 Nigeria 11927 T 258 254
85 Nigeria 11928 G 258 254
86 Nigeria 11929 G 258 254
87 Nigeria 11930 G 258 254
88 Nigeria 11931 C 258 254
89 Nigeria 11932 T 258 255
90 Nigeria 11933 C 258 255
91 Nigeria 11934 A 258 255
92 Nigeria 11935 A 258 254
93 Nigeria 11936 T 258 254
94 Nigeria 11937 G 258 254
95 Nigeria 11938 T 258 254
96 Nigeria 11939 G 258 254
97 Nigeria 11940 T 258 254
98 Nigeria 11941 C 258 255
99 Nigeria 11942 C 258 255
100 Nigeria 11943 A G 258 253 Gln3893Arg
101 Nigeria 11944 G 258 254
102 Nigeria 11945 T 258 253
103 Nigeria 11946 T 258 253
104 Nigeria 11947 A 258 253
105 Nigeria 11948 C 257 252
106 Nigeria 11949 A 257 252
107 Nigeria 11950 C 257 252
108 Nigeria 11951 A 257 250
109 Nigeria 11952 A 257 249
110 Nigeria 11953 T 257 252
111 Nigeria 11954 G 257 252
112 Nigeria 11955 A 257 252
113 Nigeria 11956 C 257 252
114 Nigeria 11957 A 257 251
115 Nigeria 11958 T 257 251
116 Nigeria 11959 T 257 252
117 Nigeria 11960 C 257 253
118 Nigeria 11961 T 257 253
119 Nigeria 11962 C T 257 252 Leu3899Leu
120 Nigeria 11963 T 257 254
121 Nigeria 11964 T 257 253
122 Nigeria 11965 A 257 254
123 Nigeria 11966 G 257 254
124 Nigeria 11967 C 257 255
125 Nigeria 11968 T 257 256
126 Nigeria 11969 A 257 254
127 Nigeria 11970 A 257 254
128 Nigeria 11971 A 257 254
129 Nigeria 11972 G 257 254
130 Nigeria 11973 A 257 254
131 Nigeria 11974 T 257 254
132 Nigeria 11975 A 256 254
133 Nigeria 11976 C 256 255
134 Nigeria 11977 T 256 254
135 Nigeria 11978 A 256 254
136 Nigeria 11979 C 256 253
137 Nigeria 11980 T 256 252
138 Nigeria 11981 G 256 253
139 Nigeria 11982 A 256 253
140 Nigeria 11983 A 256 253
141 Nigeria 11984 G 256 253
142 Nigeria 11985 C 256 253
143 Nigeria 11986 C 256 254
144 Nigeria 11987 T 256 254
145 Nigeria 11988 T 256 254
146 Nigeria 11989 T 256 254
147 Nigeria 11990 G 256 254
148 Nigeria 11991 A 256 253
149 Nigeria 11992 A 256 253
150 Nigeria 11993 A 256 253
151 Nigeria 11994 A 256 254
152 Nigeria 11995 A 256 254
153 Nigeria 11996 A 256 254
154 Nigeria 11997 T 256 254
155 Nigeria 11998 G 256 255
156 Nigeria 11999 G 256 255
157 Nigeria 12000 T 256 256
158 Nigeria 12001 T 256 256
159 Nigeria 12002 T 256 256
160 Nigeria 12003 C 256 256
161 Nigeria 12004 A 256 256
162 Nigeria 12005 C 256 256
163 Nigeria 12006 T 256 256
164 Nigeria 12007 A 256 256
165 Nigeria 12008 C 256 256
166 Nigeria 12009 T 256 256
167 Nigeria 12010 T 256 256
168 Nigeria 12011 T 256 256
169 Nigeria 12012 C 256 256
170 Nigeria 12013 T 256 256
171 Nigeria 12014 G 256 256
172 Nigeria 12015 T 256 256
173 Nigeria 12016 T 256 256
174 Nigeria 12017 T 256 256
175 Nigeria 12018 T 256 256
176 Nigeria 12019 G 256 256
177 Nigeria 12020 C 256 256
178 Nigeria 12021 T 256 256
179 Nigeria 12022 T 256 256
180 Nigeria 12023 T 256 256
181 Nigeria 12024 C 256 256
182 Nigeria 12025 C 256 256
183 Nigeria 12026 A 256 256
184 Nigeria 12027 T 256 256
185 Nigeria 12028 G 256 256
186 Nigeria 12029 C 256 256
187 Nigeria 12030 A 256 256
188 Nigeria 12031 G 256 256
189 Nigeria 12032 G 256 256
190 Nigeria 12033 G 256 256
191 Nigeria 12034 T 256 256
192 Nigeria 12035 G 256 256
193 Nigeria 12036 C 256 256
194 Nigeria 12037 T 256 256
195 Nigeria 12038 G 256 256
196 Nigeria 12039 T 256 256
197 Nigeria 12040 A 256 256
198 Nigeria 12041 G 256 256
199 Nigeria 12042 A 256 256
200 Nigeria 12043 C 256 256
201 Nigeria 12044 A 255 254
202 Nigeria 12045 T 255 254
203 Nigeria 12046 A 255 254
204 Nigeria 12047 A 255 254
205 Nigeria 12048 A 255 254
206 Nigeria 12049 C 255 254
207 Nigeria 12050 A 255 254
208 Nigeria 12051 A 255 254
209 Nigeria 12052 G 255 254
210 Nigeria 12053 C T 255 253 Leu3930Phe
211 Nigeria 12054 T 255 254
212 Nigeria 12055 T 255 255
213 Nigeria 12056 T 255 255
214 Nigeria 12057 G T 255 254 Cys3931Phe
215 Nigeria 12058 T 255 255
216 Nigeria 12059 G 255 255
217 Nigeria 12060 A 255 255
218 Nigeria 12061 A 254 254
219 Nigeria 12062 G 254 254
220 Nigeria 12063 A 254 254
221 Nigeria 12064 A 254 254
222 Nigeria 12065 A 254 254
223 Nigeria 12066 T 254 254
224 Nigeria 12067 G T 254 253 Met3934Ile
225 Nigeria 12068 C 254 254
226 Nigeria 12069 T 254 254
227 Nigeria 12070 G T 254 253 Leu3935Leu
228 Nigeria 12071 G 254 254
229 Nigeria 12072 A 254 254
230 Nigeria 12073 C 254 254
231 Nigeria 12074 A 254 254
232 Nigeria 12075 A 254 254
233 Nigeria 12076 C 254 254
234 Nigeria 12077 A 254 254
235 Nigeria 12078 G 254 254
236 Nigeria 12079 G 254 254
237 Nigeria 12080 G 254 254
238 Nigeria 12081 C 254 254
239 Nigeria 12082 A 254 253
240 Nigeria 12083 A 254 253
241 Nigeria 12084 C 254 254
242 Nigeria 12085 C 254 254
243 Nigeria 12086 T 254 254
244 Nigeria 12087 T 254 254
245 Nigeria 12088 A 254 254
246 Nigeria 12089 C 254 254
247 Nigeria 12090 A 254 254
248 Nigeria 12091 A 254 254