National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N Q R S T V W
-   249                                    
?                                        
A   15                                    
C   9                                    
D   15                                    
E   15                                    
F   3                                    
G   3                                    
H   3                                    
I   6                                    
K   18                                    
L   45                                    
M   12                                    
N   9                       1            
Q   18                                    
R   6                                    
S   30                                    
T   12               1                    
V   27                                    
W   3                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Malaysia 11843 T 318 318
1 Malaysia 11844 C 318 318
2 Malaysia 11845 T 318 318
3 Malaysia 11846 A 318 318
4 Malaysia 11847 A 318 318
5 Malaysia 11848 A 318 318
6 Malaysia 11849 A 318 318
7 Malaysia 11850 T 318 318
8 Malaysia 11851 G 318 318
9 Malaysia 11852 T 318 318
10 Malaysia 11853 C 318 318
11 Malaysia 11854 A 318 318
12 Malaysia 11855 G 318 318
13 Malaysia 11856 A 318 318
14 Malaysia 11857 T 318 318
15 Malaysia 11858 G 318 318
16 Malaysia 11859 T 318 318
17 Malaysia 11860 A 318 318
18 Malaysia 11861 A 318 318
19 Malaysia 11862 A 318 318
20 Malaysia 11863 G 318 318
21 Malaysia 11864 T 318 318
22 Malaysia 11865 G 318 318
23 Malaysia 11866 C 318 318
24 Malaysia 11867 A 318 318
25 Malaysia 11868 C 318 318
26 Malaysia 11869 A 318 318
27 Malaysia 11870 T 318 318
28 Malaysia 11871 C 318 318
29 Malaysia 11872 A 318 318
30 Malaysia 11873 G 318 318
31 Malaysia 11874 T 318 318
32 Malaysia 11875 A 318 318
33 Malaysia 11876 G 318 318
34 Malaysia 11877 T 318 318
35 Malaysia 11878 C 318 318
36 Malaysia 11879 T 318 318
37 Malaysia 11880 T 318 318
38 Malaysia 11881 A 318 318
39 Malaysia 11882 C 318 318
40 Malaysia 11883 T 318 318
41 Malaysia 11884 C 318 318
42 Malaysia 11885 T 318 318
43 Malaysia 11886 C 318 318
44 Malaysia 11887 A 318 318
45 Malaysia 11888 G 318 318
46 Malaysia 11889 T 318 318
47 Malaysia 11890 T 318 318
48 Malaysia 11891 T 318 318
49 Malaysia 11892 T 318 318
50 Malaysia 11893 G 318 318
51 Malaysia 11894 C 318 318
52 Malaysia 11895 A 318 318
53 Malaysia 11896 A 318 318
54 Malaysia 11897 C 318 318
55 Malaysia 11898 A 318 318
56 Malaysia 11899 A 318 318
57 Malaysia 11900 C 318 318
58 Malaysia 11901 T 318 318
59 Malaysia 11902 C 318 318
60 Malaysia 11903 A 318 318
61 Malaysia 11904 G 318 318
62 Malaysia 11905 A 318 318
63 Malaysia 11906 G 318 318
64 Malaysia 11907 T 318 318
65 Malaysia 11908 A 318 318
66 Malaysia 11909 G 318 318
67 Malaysia 11910 A 318 318
68 Malaysia 11911 A 318 318
69 Malaysia 11912 T 318 318
70 Malaysia 11913 C 318 318
71 Malaysia 11914 A 318 318
72 Malaysia 11915 T 318 318
73 Malaysia 11916 C 318 318
74 Malaysia 11917 A 318 318
75 Malaysia 11918 T 318 318
76 Malaysia 11919 C 318 318
77 Malaysia 11920 T 318 318
78 Malaysia 11921 A 318 318
79 Malaysia 11922 A 318 318
80 Malaysia 11923 A 318 318
81 Malaysia 11924 T 318 318
82 Malaysia 11925 T 318 318
83 Malaysia 11926 G 318 318
84 Malaysia 11927 T 318 318
85 Malaysia 11928 G 318 318
86 Malaysia 11929 G 318 318
87 Malaysia 11930 G 318 318
88 Malaysia 11931 C 318 318
89 Malaysia 11932 T 318 318
90 Malaysia 11933 C 318 318
91 Malaysia 11934 A 318 318
92 Malaysia 11935 A 318 318
93 Malaysia 11936 T 318 318
94 Malaysia 11937 G 318 318
95 Malaysia 11938 T 318 318
96 Malaysia 11939 G 318 318
97 Malaysia 11940 T 318 318
98 Malaysia 11941 C 318 318
99 Malaysia 11942 C 318 318
100 Malaysia 11943 A 318 318
101 Malaysia 11944 G 318 318
102 Malaysia 11945 T 318 318
103 Malaysia 11946 T 318 318
104 Malaysia 11947 A 318 318
105 Malaysia 11948 C 318 318
106 Malaysia 11949 A 318 318
107 Malaysia 11950 C 318 318
108 Malaysia 11951 A 318 318
109 Malaysia 11952 A 318 318
110 Malaysia 11953 T 318 318
111 Malaysia 11954 G 318 318
112 Malaysia 11955 A 318 318
113 Malaysia 11956 C 318 318
114 Malaysia 11957 A 318 318
115 Malaysia 11958 T 318 318
116 Malaysia 11959 T 318 318
117 Malaysia 11960 C 318 318
118 Malaysia 11961 T 318 318
119 Malaysia 11962 C 318 318
120 Malaysia 11963 T 318 318
121 Malaysia 11964 T 318 318
122 Malaysia 11965 A 318 318
123 Malaysia 11966 G 318 318
124 Malaysia 11967 C 318 318
125 Malaysia 11968 T 318 318
126 Malaysia 11969 A 318 318
127 Malaysia 11970 A 318 318
128 Malaysia 11971 A 318 318
129 Malaysia 11972 G 318 318
130 Malaysia 11973 A 318 318
131 Malaysia 11974 T 318 318
132 Malaysia 11975 A 318 318
133 Malaysia 11976 C 318 318
134 Malaysia 11977 T 318 318
135 Malaysia 11978 A 318 318
136 Malaysia 11979 C 318 318
137 Malaysia 11980 T 318 318
138 Malaysia 11981 G 318 318
139 Malaysia 11982 A 318 318
140 Malaysia 11983 A 318 318
141 Malaysia 11984 G 318 318
142 Malaysia 11985 C 318 318
143 Malaysia 11986 C 318 318
144 Malaysia 11987 T 318 318
145 Malaysia 11988 T 318 318
146 Malaysia 11989 T 318 318
147 Malaysia 11990 G 318 318
148 Malaysia 11991 A 318 318
149 Malaysia 11992 A 318 318
150 Malaysia 11993 A 318 318
151 Malaysia 11994 A 318 318
152 Malaysia 11995 A 318 318
153 Malaysia 11996 A 318 318
154 Malaysia 11997 T 318 318
155 Malaysia 11998 G 318 318
156 Malaysia 11999 G 318 318
157 Malaysia 12000 T 318 318
158 Malaysia 12001 T 318 318
159 Malaysia 12002 T 318 318
160 Malaysia 12003 C 318 318
161 Malaysia 12004 A 318 318
162 Malaysia 12005 C 318 318
163 Malaysia 12006 T 318 318
164 Malaysia 12007 A 318 318
165 Malaysia 12008 C 318 318
166 Malaysia 12009 T 318 318
167 Malaysia 12010 T 318 318
168 Malaysia 12011 T 318 318
169 Malaysia 12012 C 318 318
170 Malaysia 12013 T 318 318
171 Malaysia 12014 G 318 318
172 Malaysia 12015 T 318 318
173 Malaysia 12016 T 318 318
174 Malaysia 12017 T 318 318
175 Malaysia 12018 T 318 318
176 Malaysia 12019 G 318 318
177 Malaysia 12020 C 318 318
178 Malaysia 12021 T 318 318
179 Malaysia 12022 T 318 318
180 Malaysia 12023 T 318 318
181 Malaysia 12024 C 318 318
182 Malaysia 12025 C 318 318
183 Malaysia 12026 A 318 318
184 Malaysia 12027 T 318 318
185 Malaysia 12028 G 318 318
186 Malaysia 12029 C 318 318
187 Malaysia 12030 A 318 318
188 Malaysia 12031 G 318 318
189 Malaysia 12032 G 318 318
190 Malaysia 12033 G 318 318
191 Malaysia 12034 T 318 318
192 Malaysia 12035 G 318 318
193 Malaysia 12036 C 318 318
194 Malaysia 12037 T 318 318
195 Malaysia 12038 G 318 318
196 Malaysia 12039 T 318 318
197 Malaysia 12040 A 318 318
198 Malaysia 12041 G 318 318
199 Malaysia 12042 A 318 318
200 Malaysia 12043 C 318 318
201 Malaysia 12044 A 318 318
202 Malaysia 12045 T 318 318
203 Malaysia 12046 A 318 318
204 Malaysia 12047 A 318 318
205 Malaysia 12048 A 318 318
206 Malaysia 12049 C T 318 317 Asn3928Asn
207 Malaysia 12050 A 318 318
208 Malaysia 12051 A 318 318
209 Malaysia 12052 G 318 318
210 Malaysia 12053 C 318 318
211 Malaysia 12054 T 318 318
212 Malaysia 12055 T 318 318
213 Malaysia 12056 T 318 318
214 Malaysia 12057 G 318 318
215 Malaysia 12058 T 318 318
216 Malaysia 12059 G 318 318
217 Malaysia 12060 A 318 318
218 Malaysia 12061 A 318 318
219 Malaysia 12062 G 318 318
220 Malaysia 12063 A 318 318
221 Malaysia 12064 A 318 318
222 Malaysia 12065 A 318 318
223 Malaysia 12066 T 318 318
224 Malaysia 12067 G 318 318
225 Malaysia 12068 C 318 318
226 Malaysia 12069 T 318 318
227 Malaysia 12070 G 318 318
228 Malaysia 12071 G 318 318
229 Malaysia 12072 A 318 318
230 Malaysia 12073 C 318 318
231 Malaysia 12074 A 318 318
232 Malaysia 12075 A 318 318
233 Malaysia 12076 C 318 318
234 Malaysia 12077 A 318 318
235 Malaysia 12078 G 318 318
236 Malaysia 12079 G 318 318
237 Malaysia 12080 G 318 318
238 Malaysia 12081 C 318 318
239 Malaysia 12082 A 318 318
240 Malaysia 12083 A 318 318
241 Malaysia 12084 C T 318 317 Thr3940Ile
242 Malaysia 12085 C 318 318
243 Malaysia 12086 T 318 318
244 Malaysia 12087 T 318 318
245 Malaysia 12088 A 318 318
246 Malaysia 12089 C 318 318
247 Malaysia 12090 A 318 318
248 Malaysia 12091 A 318 318