National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N Q R S T V W
-   249                                    
?                                        
A   15                                    
C   9                                    
D   15                                    
E   15                                    
F   3                                    
G   3                                    
H   3                                    
I   6                                    
K   18                                    
L   45                                    
M   12                                    
N   9                                    
Q   18                                    
R   6                                    
S   30                                    
T   12                                    
V   27                                    
W   3                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Madagascar 11843 T 6 6
1 Madagascar 11844 C 6 6
2 Madagascar 11845 T 6 6
3 Madagascar 11846 A 6 6
4 Madagascar 11847 A 6 6
5 Madagascar 11848 A 6 6
6 Madagascar 11849 A 6 6
7 Madagascar 11850 T 6 6
8 Madagascar 11851 G 6 6
9 Madagascar 11852 T 6 6
10 Madagascar 11853 C 6 6
11 Madagascar 11854 A 6 6
12 Madagascar 11855 G 6 6
13 Madagascar 11856 A 6 6
14 Madagascar 11857 T 6 6
15 Madagascar 11858 G 6 6
16 Madagascar 11859 T 6 6
17 Madagascar 11860 A 6 6
18 Madagascar 11861 A 6 6
19 Madagascar 11862 A 6 6
20 Madagascar 11863 G 6 6
21 Madagascar 11864 T 6 6
22 Madagascar 11865 G 6 6
23 Madagascar 11866 C 6 6
24 Madagascar 11867 A 6 6
25 Madagascar 11868 C 6 6
26 Madagascar 11869 A 6 6
27 Madagascar 11870 T 6 6
28 Madagascar 11871 C 6 6
29 Madagascar 11872 A 6 6
30 Madagascar 11873 G 6 6
31 Madagascar 11874 T 6 6
32 Madagascar 11875 A 6 6
33 Madagascar 11876 G 6 6
34 Madagascar 11877 T 6 6
35 Madagascar 11878 C 6 6
36 Madagascar 11879 T 6 6
37 Madagascar 11880 T 6 6
38 Madagascar 11881 A 6 6
39 Madagascar 11882 C 6 6
40 Madagascar 11883 T 6 6
41 Madagascar 11884 C 6 6
42 Madagascar 11885 T 6 6
43 Madagascar 11886 C 6 6
44 Madagascar 11887 A 6 6
45 Madagascar 11888 G 6 6
46 Madagascar 11889 T 6 6
47 Madagascar 11890 T 6 6
48 Madagascar 11891 T 6 6
49 Madagascar 11892 T 6 6
50 Madagascar 11893 G 6 6
51 Madagascar 11894 C 6 6
52 Madagascar 11895 A 6 6
53 Madagascar 11896 A 6 6
54 Madagascar 11897 C 6 6
55 Madagascar 11898 A 6 6
56 Madagascar 11899 A 6 6
57 Madagascar 11900 C 6 6
58 Madagascar 11901 T 6 6
59 Madagascar 11902 C 6 6
60 Madagascar 11903 A 6 6
61 Madagascar 11904 G 6 6
62 Madagascar 11905 A 6 6
63 Madagascar 11906 G 6 6
64 Madagascar 11907 T 6 6
65 Madagascar 11908 A 6 6
66 Madagascar 11909 G 6 6
67 Madagascar 11910 A 6 6
68 Madagascar 11911 A 6 6
69 Madagascar 11912 T 6 6
70 Madagascar 11913 C 6 6
71 Madagascar 11914 A 6 6
72 Madagascar 11915 T 6 6
73 Madagascar 11916 C 6 6
74 Madagascar 11917 A 6 6
75 Madagascar 11918 T 6 6
76 Madagascar 11919 C 6 6
77 Madagascar 11920 T 6 6
78 Madagascar 11921 A 6 6
79 Madagascar 11922 A 6 6
80 Madagascar 11923 A 6 6
81 Madagascar 11924 T 6 6
82 Madagascar 11925 T 6 6
83 Madagascar 11926 G 6 6
84 Madagascar 11927 T 6 6
85 Madagascar 11928 G 6 6
86 Madagascar 11929 G 6 6
87 Madagascar 11930 G 6 6
88 Madagascar 11931 C 6 6
89 Madagascar 11932 T 6 6
90 Madagascar 11933 C 6 6
91 Madagascar 11934 A 6 6
92 Madagascar 11935 A 6 6
93 Madagascar 11936 T 6 6
94 Madagascar 11937 G 6 6
95 Madagascar 11938 T 6 6
96 Madagascar 11939 G 6 6
97 Madagascar 11940 T 6 6
98 Madagascar 11941 C 6 6
99 Madagascar 11942 C 6 6
100 Madagascar 11943 A 6 6
101 Madagascar 11944 G 6 6
102 Madagascar 11945 T 6 6
103 Madagascar 11946 T 6 6
104 Madagascar 11947 A 6 6
105 Madagascar 11948 C 6 6
106 Madagascar 11949 A 6 6
107 Madagascar 11950 C 6 6
108 Madagascar 11951 A 6 6
109 Madagascar 11952 A 6 6
110 Madagascar 11953 T 6 6
111 Madagascar 11954 G 6 6
112 Madagascar 11955 A 6 6
113 Madagascar 11956 C 6 6
114 Madagascar 11957 A 6 6
115 Madagascar 11958 T 6 6
116 Madagascar 11959 T 6 6
117 Madagascar 11960 C 6 6
118 Madagascar 11961 T 6 6
119 Madagascar 11962 C 6 6
120 Madagascar 11963 T 6 6
121 Madagascar 11964 T 6 6
122 Madagascar 11965 A 6 6
123 Madagascar 11966 G 6 6
124 Madagascar 11967 C 6 6
125 Madagascar 11968 T 6 6
126 Madagascar 11969 A 6 6
127 Madagascar 11970 A 6 6
128 Madagascar 11971 A 6 6
129 Madagascar 11972 G 6 6
130 Madagascar 11973 A 6 6
131 Madagascar 11974 T 6 6
132 Madagascar 11975 A 6 6
133 Madagascar 11976 C 6 6
134 Madagascar 11977 T 6 6
135 Madagascar 11978 A 6 6
136 Madagascar 11979 C 6 6
137 Madagascar 11980 T 6 6
138 Madagascar 11981 G 6 6
139 Madagascar 11982 A 6 6
140 Madagascar 11983 A 6 6
141 Madagascar 11984 G 6 6
142 Madagascar 11985 C 6 6
143 Madagascar 11986 C 6 6
144 Madagascar 11987 T 6 6
145 Madagascar 11988 T 6 6
146 Madagascar 11989 T 6 6
147 Madagascar 11990 G 6 6
148 Madagascar 11991 A 6 6
149 Madagascar 11992 A 6 6
150 Madagascar 11993 A 6 6
151 Madagascar 11994 A 6 6
152 Madagascar 11995 A 6 6
153 Madagascar 11996 A 6 6
154 Madagascar 11997 T 6 6
155 Madagascar 11998 G 6 6
156 Madagascar 11999 G 6 6
157 Madagascar 12000 T 6 6
158 Madagascar 12001 T 6 6
159 Madagascar 12002 T 6 6
160 Madagascar 12003 C 6 6
161 Madagascar 12004 A 6 6
162 Madagascar 12005 C 6 6
163 Madagascar 12006 T 6 6
164 Madagascar 12007 A 6 6
165 Madagascar 12008 C 6 6
166 Madagascar 12009 T 6 6
167 Madagascar 12010 T 6 6
168 Madagascar 12011 T 6 6
169 Madagascar 12012 C 6 6
170 Madagascar 12013 T 6 6
171 Madagascar 12014 G 6 6
172 Madagascar 12015 T 6 6
173 Madagascar 12016 T 6 6
174 Madagascar 12017 T 6 6
175 Madagascar 12018 T 6 6
176 Madagascar 12019 G 6 6
177 Madagascar 12020 C 6 6
178 Madagascar 12021 T 6 6
179 Madagascar 12022 T 6 6
180 Madagascar 12023 T 6 6
181 Madagascar 12024 C 6 6
182 Madagascar 12025 C 6 6
183 Madagascar 12026 A 6 6
184 Madagascar 12027 T 6 6
185 Madagascar 12028 G 6 6
186 Madagascar 12029 C 6 6
187 Madagascar 12030 A 6 6
188 Madagascar 12031 G 6 6
189 Madagascar 12032 G 6 6
190 Madagascar 12033 G 6 6
191 Madagascar 12034 T 6 6
192 Madagascar 12035 G 6 6
193 Madagascar 12036 C 6 6
194 Madagascar 12037 T 6 6
195 Madagascar 12038 G 6 6
196 Madagascar 12039 T 6 6
197 Madagascar 12040 A 6 6
198 Madagascar 12041 G 6 6
199 Madagascar 12042 A 6 6
200 Madagascar 12043 C 6 6
201 Madagascar 12044 A 6 6
202 Madagascar 12045 T 6 6
203 Madagascar 12046 A 6 6
204 Madagascar 12047 A 6 6
205 Madagascar 12048 A 6 6
206 Madagascar 12049 C 6 6
207 Madagascar 12050 A 6 6
208 Madagascar 12051 A 6 6
209 Madagascar 12052 G 6 6
210 Madagascar 12053 C 6 6
211 Madagascar 12054 T 6 6
212 Madagascar 12055 T 6 6
213 Madagascar 12056 T 6 6
214 Madagascar 12057 G 6 6
215 Madagascar 12058 T 6 6
216 Madagascar 12059 G 6 6
217 Madagascar 12060 A 6 6
218 Madagascar 12061 A 6 6
219 Madagascar 12062 G 6 6
220 Madagascar 12063 A 6 6
221 Madagascar 12064 A 6 6
222 Madagascar 12065 A 6 6
223 Madagascar 12066 T 6 6
224 Madagascar 12067 G 6 6
225 Madagascar 12068 C 6 6
226 Madagascar 12069 T 6 6
227 Madagascar 12070 G 6 6
228 Madagascar 12071 G 6 6
229 Madagascar 12072 A 6 6
230 Madagascar 12073 C 6 6
231 Madagascar 12074 A 6 6
232 Madagascar 12075 A 6 6
233 Madagascar 12076 C 6 6
234 Madagascar 12077 A 6 6
235 Madagascar 12078 G 6 6
236 Madagascar 12079 G 6 6
237 Madagascar 12080 G 6 6
238 Madagascar 12081 C 6 6
239 Madagascar 12082 A 6 6
240 Madagascar 12083 A 6 6
241 Madagascar 12084 C 6 6
242 Madagascar 12085 C 6 6
243 Madagascar 12086 T 6 6
244 Madagascar 12087 T 6 6
245 Madagascar 12088 A 6 6
246 Madagascar 12089 C 6 6
247 Madagascar 12090 A 6 6
248 Madagascar 12091 A 6 6