National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N Q R S T V W
-   249                                    
?                                        
A   15                                    
C   9   2                                
D   15     2     1                        
E   15                                    
F   3                                    
G   3                                    
H   3                                    
I   6                                    
K   18                                    
L   45         1         2                
M   12               1               2    
N   9                                    
Q   18                         1          
R   6                                    
S   30                             1      
T   12               2                    
V   27           1   1                    
W   3                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Luxembourg 11843 T 2278 2278
1 Luxembourg 11844 C 2278 2278
2 Luxembourg 11845 T 2278 2278
3 Luxembourg 11846 A 2278 2278
4 Luxembourg 11847 A 2278 2278
5 Luxembourg 11848 A 2278 2278
6 Luxembourg 11849 A 2278 2278
7 Luxembourg 11850 T 2278 2278
8 Luxembourg 11851 G T 2278 2269 Met3862Ile
9 Luxembourg 11852 T 2278 2278
10 Luxembourg 11853 C 2278 2278
11 Luxembourg 11854 A 2278 2278
12 Luxembourg 11855 G 2278 2278
13 Luxembourg 11856 A 2278 2278
14 Luxembourg 11857 T 2278 2278
15 Luxembourg 11858 G A 2279 2276 Val3865Ile
16 Luxembourg 11859 T 2279 2279
17 Luxembourg 11860 A 2279 2279
18 Luxembourg 11861 A 2279 2279
19 Luxembourg 11862 A 2279 2279
20 Luxembourg 11863 G 2279 2279
21 Luxembourg 11864 T 2279 2279
22 Luxembourg 11865 G 2279 2279
23 Luxembourg 11866 C T 2279 2278 Cys3867Cys
24 Luxembourg 11867 A 2279 2279
25 Luxembourg 11868 C 2280 2280
26 Luxembourg 11869 A 2280 2280
27 Luxembourg 11870 T 2280 2280
28 Luxembourg 11871 C 2280 2280
29 Luxembourg 11872 A 2280 2280
30 Luxembourg 11873 G 2280 2280
31 Luxembourg 11874 T 2280 2280
32 Luxembourg 11875 A 2280 2280
33 Luxembourg 11876 G 2280 2280
34 Luxembourg 11877 T 2280 2280
35 Luxembourg 11878 C 2280 2280
36 Luxembourg 11879 T 2280 2280
37 Luxembourg 11880 T 2280 2280
38 Luxembourg 11881 A 2280 2280
39 Luxembourg 11882 C 2280 2280
40 Luxembourg 11883 T 2280 2280
41 Luxembourg 11884 C 2279 2279
42 Luxembourg 11885 T 2279 2279
43 Luxembourg 11886 C 2279 2278
44 Luxembourg 11887 A 2279 2278
45 Luxembourg 11888 G 2279 2278
46 Luxembourg 11889 T 2279 2279
47 Luxembourg 11890 T 2279 2279
48 Luxembourg 11891 T 2279 2279
49 Luxembourg 11892 T 2279 2279
50 Luxembourg 11893 G 2279 2279
51 Luxembourg 11894 C 2280 2280
52 Luxembourg 11895 A 2280 2280
53 Luxembourg 11896 A 2280 2280
54 Luxembourg 11897 C 2280 2280
55 Luxembourg 11898 A 2280 2280
56 Luxembourg 11899 A 2280 2280
57 Luxembourg 11900 C 2280 2280
58 Luxembourg 11901 T 2280 2280
59 Luxembourg 11902 C 2280 2280
60 Luxembourg 11903 A 2280 2280
61 Luxembourg 11904 G 2280 2280
62 Luxembourg 11905 A 2280 2280
63 Luxembourg 11906 G 2280 2280
64 Luxembourg 11907 T 2280 2280
65 Luxembourg 11908 A 2280 2279
66 Luxembourg 11909 G 2280 2278
67 Luxembourg 11910 A 2280 2278
68 Luxembourg 11911 A 2280 2278
69 Luxembourg 11912 T 2280 2278
70 Luxembourg 11913 C 2280 2276
71 Luxembourg 11914 A 2280 2276
72 Luxembourg 11915 T 2280 2276
73 Luxembourg 11916 C 2280 2273
74 Luxembourg 11917 A 2280 2273
75 Luxembourg 11918 T 2280 2274
76 Luxembourg 11919 C 2280 2274
77 Luxembourg 11920 T 2280 2274
78 Luxembourg 11921 A 2280 2274
79 Luxembourg 11922 A 2280 2274
80 Luxembourg 11923 A 2280 2275
81 Luxembourg 11924 T 2280 2276
82 Luxembourg 11925 T 2280 2275
83 Luxembourg 11926 G 2280 2273
84 Luxembourg 11927 T 2280 2273
85 Luxembourg 11928 G 2280 2273
86 Luxembourg 11929 G 2280 2276
87 Luxembourg 11930 G 2280 2276
88 Luxembourg 11931 C 2280 2276
89 Luxembourg 11932 T 2280 2276
90 Luxembourg 11933 C 2280 2277
91 Luxembourg 11934 A 2280 2277
92 Luxembourg 11935 A G 2280 2273 Gln3890Gln
93 Luxembourg 11936 T 2280 2277
94 Luxembourg 11937 G 2281 2280
95 Luxembourg 11938 T C 2280 2272 Cys3891Cys
96 Luxembourg 11939 G 2280 2274
97 Luxembourg 11940 T 2280 2275
98 Luxembourg 11941 C 2280 2274
99 Luxembourg 11942 C 2281 2275
100 Luxembourg 11943 A 2281 2276
101 Luxembourg 11944 G 2281 2277
102 Luxembourg 11945 T 2281 2277
103 Luxembourg 11946 T 2281 2277
104 Luxembourg 11947 A 2281 2277
105 Luxembourg 11948 C 2281 2277
106 Luxembourg 11949 A 2281 2277
107 Luxembourg 11950 C 2281 2277
108 Luxembourg 11951 A 2281 2277
109 Luxembourg 11952 A 2281 2277
110 Luxembourg 11953 T 2281 2277
111 Luxembourg 11954 G 2281 2277
112 Luxembourg 11955 A G 2281 2276 Asp3897Gly
113 Luxembourg 11956 C 2281 2278
114 Luxembourg 11957 A 2281 2278
115 Luxembourg 11958 T 2281 2278
116 Luxembourg 11959 T 2281 2278
117 Luxembourg 11960 C 2281 2278
118 Luxembourg 11961 T 2281 2278
119 Luxembourg 11962 C T 2281 2276 Leu3899Leu
120 Luxembourg 11963 T 2281 2278
121 Luxembourg 11964 T 2281 2278
122 Luxembourg 11965 A 2281 2278
123 Luxembourg 11966 G 2282 2280
124 Luxembourg 11967 C 2283 2280
125 Luxembourg 11968 T 2283 2280
126 Luxembourg 11969 A 2283 2280
127 Luxembourg 11970 A 2283 2280
128 Luxembourg 11971 A 2284 2281
129 Luxembourg 11972 G 2284 2281
130 Luxembourg 11973 A 2284 2281
131 Luxembourg 11974 T C 2284 2280 Asp3903Asp
132 Luxembourg 11975 A 2284 2281
133 Luxembourg 11976 C T 2284 2280 Thr3904Ile
134 Luxembourg 11977 T 2284 2282
135 Luxembourg 11978 A 2284 2284
136 Luxembourg 11979 C 2284 2283
137 Luxembourg 11980 T 2284 2283
138 Luxembourg 11981 G 2284 2283
139 Luxembourg 11982 A 2286 2285
140 Luxembourg 11983 A 2286 2284
141 Luxembourg 11984 G 2286 2283
142 Luxembourg 11985 C 2286 2279
143 Luxembourg 11986 C 2286 2278
144 Luxembourg 11987 T 2286 2278
145 Luxembourg 11988 T 2286 2279
146 Luxembourg 11989 T 2286 2282
147 Luxembourg 11990 G 2286 2283
148 Luxembourg 11991 A 2287 2287
149 Luxembourg 11992 A 2287 2287
150 Luxembourg 11993 A 2287 2287
151 Luxembourg 11994 A 2287 2287
152 Luxembourg 11995 A 2287 2287
153 Luxembourg 11996 A 2287 2287
154 Luxembourg 11997 T 2287 2287
155 Luxembourg 11998 G 2287 2287
156 Luxembourg 11999 G 2287 2287
157 Luxembourg 12000 T 2287 2287
158 Luxembourg 12001 T 2287 2287
159 Luxembourg 12002 T 2287 2287
160 Luxembourg 12003 C 2287 2287
161 Luxembourg 12004 A 2287 2287
162 Luxembourg 12005 C 2287 2287
163 Luxembourg 12006 T 2287 2287
164 Luxembourg 12007 A 2287 2287
165 Luxembourg 12008 C 2287 2287
166 Luxembourg 12009 T 2288 2288
167 Luxembourg 12010 T 2288 2288
168 Luxembourg 12011 T 2288 2288
169 Luxembourg 12012 C 2288 2287
170 Luxembourg 12013 T 2288 2287
171 Luxembourg 12014 G 2289 2288
172 Luxembourg 12015 T G 2289 2287 Val3917Gly
173 Luxembourg 12016 T 2289 2288
174 Luxembourg 12017 T 2289 2288
175 Luxembourg 12018 T 2289 2288
176 Luxembourg 12019 G 2289 2288
177 Luxembourg 12020 C 2289 2288
178 Luxembourg 12021 T 2289 2288
179 Luxembourg 12022 T 2289 2288
180 Luxembourg 12023 T 2289 2288
181 Luxembourg 12024 C 2289 2288
182 Luxembourg 12025 C T 2290 2288 Ser3920Ser
183 Luxembourg 12026 A 2290 2289
184 Luxembourg 12027 T C 2291 2289 Met3921Thr
185 Luxembourg 12028 G 2291 2290
186 Luxembourg 12029 C 2291 2290
187 Luxembourg 12030 A 2291 2290
188 Luxembourg 12031 G 2291 2291
189 Luxembourg 12032 G 2291 2291
190 Luxembourg 12033 G 2291 2291
191 Luxembourg 12034 T 2291 2291
192 Luxembourg 12035 G 2291 2291
193 Luxembourg 12036 C 2291 2291
194 Luxembourg 12037 T 2291 2291
195 Luxembourg 12038 G 2291 2291
196 Luxembourg 12039 T 2291 2291
197 Luxembourg 12040 A 2291 2291
198 Luxembourg 12041 G 2291 2291
199 Luxembourg 12042 A 2291 2291
200 Luxembourg 12043 C 2291 2291
201 Luxembourg 12044 A 2291 2291
202 Luxembourg 12045 T 2290 2290
203 Luxembourg 12046 A 2290 2290
204 Luxembourg 12047 A 2290 2290
205 Luxembourg 12048 A 2290 2290
206 Luxembourg 12049 C 2290 2289
207 Luxembourg 12050 A 2290 2289
208 Luxembourg 12051 A 2290 2289
209 Luxembourg 12052 G 2290 2289
210 Luxembourg 12053 C T 2290 2288 Leu3930Phe
211 Luxembourg 12054 T 2290 2289
212 Luxembourg 12055 T 2290 2289
213 Luxembourg 12056 T 2290 2289
214 Luxembourg 12057 G 2290 2289
215 Luxembourg 12058 T 2290 2289
216 Luxembourg 12059 G 2290 2289
217 Luxembourg 12060 A 2290 2289
218 Luxembourg 12061 A 2290 2289
219 Luxembourg 12062 G 2290 2289
220 Luxembourg 12063 A 2290 2289
221 Luxembourg 12064 A 2290 2289
222 Luxembourg 12065 A 2290 2289
223 Luxembourg 12066 T C 2290 2288 Met3934Thr
224 Luxembourg 12067 G 2290 2289
225 Luxembourg 12068 C 2290 2289
226 Luxembourg 12069 T 2290 2290
227 Luxembourg 12070 G T 2290 2289 Leu3935Leu
228 Luxembourg 12071 G 2290 2290
229 Luxembourg 12072 A 2290 2290
230 Luxembourg 12073 C T 2290 2289 Asp3936Asp
231 Luxembourg 12074 A 2290 2290
232 Luxembourg 12075 A 2290 2290
233 Luxembourg 12076 C 2290 2290
234 Luxembourg 12077 A 2290 2290
235 Luxembourg 12078 G 2290 2290
236 Luxembourg 12079 G 2290 2290
237 Luxembourg 12080 G 2290 2290
238 Luxembourg 12081 C 2290 2290
239 Luxembourg 12082 A 2290 2290
240 Luxembourg 12083 A 2290 2290
241 Luxembourg 12084 C T 2289 2288 Thr3940Ile
242 Luxembourg 12085 C 2289 2289
243 Luxembourg 12086 T 2289 2289
244 Luxembourg 12087 T 2289 2289
245 Luxembourg 12088 A 2289 2289
246 Luxembourg 12089 C 2289 2289
247 Luxembourg 12090 A 2289 2289
248 Luxembourg 12091 A 2289 2289