National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N Q R S T V W
-   249                                    
?                                        
A   15                                    
C   9                                    
D   15                                    
E   15                                    
F   3                                    
G   3                                    
H   3                                    
I   6                                    
K   18                                    
L   45                                    
M   12                                    
N   9                                    
Q   18                                    
R   6                                    
S   30                                    
T   12                                    
V   27                                    
W   3                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Liechtenstein 11843 T 3 3
1 Liechtenstein 11844 C 3 3
2 Liechtenstein 11845 T 3 3
3 Liechtenstein 11846 A 3 3
4 Liechtenstein 11847 A 3 3
5 Liechtenstein 11848 A 3 3
6 Liechtenstein 11849 A 3 3
7 Liechtenstein 11850 T 3 3
8 Liechtenstein 11851 G 3 3
9 Liechtenstein 11852 T 3 3
10 Liechtenstein 11853 C 3 3
11 Liechtenstein 11854 A 3 3
12 Liechtenstein 11855 G 3 3
13 Liechtenstein 11856 A 3 3
14 Liechtenstein 11857 T 3 3
15 Liechtenstein 11858 G 3 3
16 Liechtenstein 11859 T 3 3
17 Liechtenstein 11860 A 3 3
18 Liechtenstein 11861 A 3 3
19 Liechtenstein 11862 A 3 3
20 Liechtenstein 11863 G 3 3
21 Liechtenstein 11864 T 3 3
22 Liechtenstein 11865 G 3 3
23 Liechtenstein 11866 C 3 3
24 Liechtenstein 11867 A 3 3
25 Liechtenstein 11868 C 3 3
26 Liechtenstein 11869 A 3 3
27 Liechtenstein 11870 T 3 3
28 Liechtenstein 11871 C 3 3
29 Liechtenstein 11872 A 3 3
30 Liechtenstein 11873 G 3 3
31 Liechtenstein 11874 T 3 3
32 Liechtenstein 11875 A 3 3
33 Liechtenstein 11876 G 3 3
34 Liechtenstein 11877 T 3 3
35 Liechtenstein 11878 C 3 3
36 Liechtenstein 11879 T 3 3
37 Liechtenstein 11880 T 3 3
38 Liechtenstein 11881 A 3 3
39 Liechtenstein 11882 C 3 3
40 Liechtenstein 11883 T 3 3
41 Liechtenstein 11884 C 3 3
42 Liechtenstein 11885 T 3 3
43 Liechtenstein 11886 C 3 3
44 Liechtenstein 11887 A 3 3
45 Liechtenstein 11888 G 3 3
46 Liechtenstein 11889 T 3 3
47 Liechtenstein 11890 T 3 3
48 Liechtenstein 11891 T 3 3
49 Liechtenstein 11892 T 3 3
50 Liechtenstein 11893 G 3 3
51 Liechtenstein 11894 C 3 3
52 Liechtenstein 11895 A 3 3
53 Liechtenstein 11896 A 3 3
54 Liechtenstein 11897 C 3 3
55 Liechtenstein 11898 A 3 3
56 Liechtenstein 11899 A 3 3
57 Liechtenstein 11900 C 3 3
58 Liechtenstein 11901 T 3 3
59 Liechtenstein 11902 C 3 3
60 Liechtenstein 11903 A 3 3
61 Liechtenstein 11904 G 3 3
62 Liechtenstein 11905 A 3 3
63 Liechtenstein 11906 G 3 3
64 Liechtenstein 11907 T 3 3
65 Liechtenstein 11908 A 3 3
66 Liechtenstein 11909 G 3 3
67 Liechtenstein 11910 A 3 3
68 Liechtenstein 11911 A 3 3
69 Liechtenstein 11912 T 3 3
70 Liechtenstein 11913 C 3 3
71 Liechtenstein 11914 A 3 3
72 Liechtenstein 11915 T 3 3
73 Liechtenstein 11916 C 3 3
74 Liechtenstein 11917 A 3 3
75 Liechtenstein 11918 T 3 3
76 Liechtenstein 11919 C 3 3
77 Liechtenstein 11920 T 3 3
78 Liechtenstein 11921 A 3 3
79 Liechtenstein 11922 A 3 3
80 Liechtenstein 11923 A 3 3
81 Liechtenstein 11924 T 3 3
82 Liechtenstein 11925 T 3 3
83 Liechtenstein 11926 G 3 3
84 Liechtenstein 11927 T 3 3
85 Liechtenstein 11928 G 3 3
86 Liechtenstein 11929 G 3 3
87 Liechtenstein 11930 G 3 3
88 Liechtenstein 11931 C 3 3
89 Liechtenstein 11932 T 3 3
90 Liechtenstein 11933 C 3 3
91 Liechtenstein 11934 A 3 3
92 Liechtenstein 11935 A 3 3
93 Liechtenstein 11936 T 3 3
94 Liechtenstein 11937 G 3 3
95 Liechtenstein 11938 T 3 3
96 Liechtenstein 11939 G 3 3
97 Liechtenstein 11940 T 3 3
98 Liechtenstein 11941 C 3 3
99 Liechtenstein 11942 C 3 3
100 Liechtenstein 11943 A 3 3
101 Liechtenstein 11944 G 3 3
102 Liechtenstein 11945 T 3 3
103 Liechtenstein 11946 T 3 3
104 Liechtenstein 11947 A 3 3
105 Liechtenstein 11948 C 3 3
106 Liechtenstein 11949 A 3 3
107 Liechtenstein 11950 C 3 3
108 Liechtenstein 11951 A 3 3
109 Liechtenstein 11952 A 3 3
110 Liechtenstein 11953 T 3 3
111 Liechtenstein 11954 G 3 3
112 Liechtenstein 11955 A 3 3
113 Liechtenstein 11956 C 3 3
114 Liechtenstein 11957 A 3 3
115 Liechtenstein 11958 T 3 3
116 Liechtenstein 11959 T 3 3
117 Liechtenstein 11960 C 3 3
118 Liechtenstein 11961 T 3 3
119 Liechtenstein 11962 C 3 3
120 Liechtenstein 11963 T 3 3
121 Liechtenstein 11964 T 3 3
122 Liechtenstein 11965 A 3 3
123 Liechtenstein 11966 G 3 3
124 Liechtenstein 11967 C 3 3
125 Liechtenstein 11968 T 3 3
126 Liechtenstein 11969 A 3 3
127 Liechtenstein 11970 A 3 3
128 Liechtenstein 11971 A 3 3
129 Liechtenstein 11972 G 3 3
130 Liechtenstein 11973 A 3 3
131 Liechtenstein 11974 T 3 3
132 Liechtenstein 11975 A 3 3
133 Liechtenstein 11976 C 3 3
134 Liechtenstein 11977 T 3 3
135 Liechtenstein 11978 A 3 3
136 Liechtenstein 11979 C 3 3
137 Liechtenstein 11980 T 3 3
138 Liechtenstein 11981 G 3 3
139 Liechtenstein 11982 A 3 3
140 Liechtenstein 11983 A 3 3
141 Liechtenstein 11984 G 3 3
142 Liechtenstein 11985 C 3 3
143 Liechtenstein 11986 C 3 3
144 Liechtenstein 11987 T 3 3
145 Liechtenstein 11988 T 3 3
146 Liechtenstein 11989 T 3 3
147 Liechtenstein 11990 G 3 3
148 Liechtenstein 11991 A 3 3
149 Liechtenstein 11992 A 3 3
150 Liechtenstein 11993 A 3 3
151 Liechtenstein 11994 A 3 3
152 Liechtenstein 11995 A 3 3
153 Liechtenstein 11996 A 3 3
154 Liechtenstein 11997 T 3 3
155 Liechtenstein 11998 G 3 3
156 Liechtenstein 11999 G 3 3
157 Liechtenstein 12000 T 3 3
158 Liechtenstein 12001 T 3 3
159 Liechtenstein 12002 T 3 3
160 Liechtenstein 12003 C 3 3
161 Liechtenstein 12004 A 3 3
162 Liechtenstein 12005 C 3 3
163 Liechtenstein 12006 T 3 3
164 Liechtenstein 12007 A 3 3
165 Liechtenstein 12008 C 3 3
166 Liechtenstein 12009 T 3 3
167 Liechtenstein 12010 T 3 3
168 Liechtenstein 12011 T 3 3
169 Liechtenstein 12012 C 3 3
170 Liechtenstein 12013 T 3 3
171 Liechtenstein 12014 G 3 3
172 Liechtenstein 12015 T 3 3
173 Liechtenstein 12016 T 3 3
174 Liechtenstein 12017 T 3 3
175 Liechtenstein 12018 T 3 3
176 Liechtenstein 12019 G 3 3
177 Liechtenstein 12020 C 3 3
178 Liechtenstein 12021 T 3 3
179 Liechtenstein 12022 T 3 3
180 Liechtenstein 12023 T 3 3
181 Liechtenstein 12024 C 3 3
182 Liechtenstein 12025 C 3 3
183 Liechtenstein 12026 A 3 3
184 Liechtenstein 12027 T 3 3
185 Liechtenstein 12028 G 3 3
186 Liechtenstein 12029 C 3 3
187 Liechtenstein 12030 A 3 3
188 Liechtenstein 12031 G 3 3
189 Liechtenstein 12032 G 3 3
190 Liechtenstein 12033 G 3 3
191 Liechtenstein 12034 T 3 3
192 Liechtenstein 12035 G 3 3
193 Liechtenstein 12036 C 3 3
194 Liechtenstein 12037 T 3 3
195 Liechtenstein 12038 G 3 3
196 Liechtenstein 12039 T 3 3
197 Liechtenstein 12040 A 3 3
198 Liechtenstein 12041 G 3 3
199 Liechtenstein 12042 A 3 3
200 Liechtenstein 12043 C 3 3
201 Liechtenstein 12044 A 3 3
202 Liechtenstein 12045 T 3 3
203 Liechtenstein 12046 A 3 3
204 Liechtenstein 12047 A 3 3
205 Liechtenstein 12048 A 3 3
206 Liechtenstein 12049 C 3 3
207 Liechtenstein 12050 A 3 3
208 Liechtenstein 12051 A 3 3
209 Liechtenstein 12052 G 3 3
210 Liechtenstein 12053 C 3 3
211 Liechtenstein 12054 T 3 3
212 Liechtenstein 12055 T 3 3
213 Liechtenstein 12056 T 3 3
214 Liechtenstein 12057 G 3 3
215 Liechtenstein 12058 T 3 3
216 Liechtenstein 12059 G 3 3
217 Liechtenstein 12060 A 3 3
218 Liechtenstein 12061 A 3 3
219 Liechtenstein 12062 G 3 3
220 Liechtenstein 12063 A 3 3
221 Liechtenstein 12064 A 3 3
222 Liechtenstein 12065 A 3 3
223 Liechtenstein 12066 T 3 3
224 Liechtenstein 12067 G 3 3
225 Liechtenstein 12068 C 3 3
226 Liechtenstein 12069 T 3 3
227 Liechtenstein 12070 G 3 3
228 Liechtenstein 12071 G 3 3
229 Liechtenstein 12072 A 3 3
230 Liechtenstein 12073 C 3 3
231 Liechtenstein 12074 A 3 3
232 Liechtenstein 12075 A 3 3
233 Liechtenstein 12076 C 3 3
234 Liechtenstein 12077 A 3 3
235 Liechtenstein 12078 G 3 3
236 Liechtenstein 12079 G 3 3
237 Liechtenstein 12080 G 3 3
238 Liechtenstein 12081 C 3 3
239 Liechtenstein 12082 A 3 3
240 Liechtenstein 12083 A 3 3
241 Liechtenstein 12084 C 3 3
242 Liechtenstein 12085 C 3 3
243 Liechtenstein 12086 T 3 3
244 Liechtenstein 12087 T 3 3
245 Liechtenstein 12088 A 3 3
246 Liechtenstein 12089 C 3 3
247 Liechtenstein 12090 A 3 3
248 Liechtenstein 12091 A 3 3