National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N Q R S T V W
-   249                                    
?                                        
A   15                                    
C   9                                    
D   15                                    
E   15           1                        
F   3                                    
G   3                                    
H   3                                    
I   6                                    
K   18                 1                  
L   45                   1                
M   12               1                    
N   9                                    
Q   18                                    
R   6                                    
S   30                   1         1      
T   12                               1    
V   27                                 1  
W   3                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Indonesia 11843 T 302 302
1 Indonesia 11844 C 302 302
2 Indonesia 11845 T 302 302
3 Indonesia 11846 A 302 302
4 Indonesia 11847 A 302 302
5 Indonesia 11848 A 302 302
6 Indonesia 11849 A 302 302
7 Indonesia 11850 T 302 302
8 Indonesia 11851 G 302 302
9 Indonesia 11852 T 302 302
10 Indonesia 11853 C 302 302
11 Indonesia 11854 A 302 302
12 Indonesia 11855 G 302 302
13 Indonesia 11856 A 302 302
14 Indonesia 11857 T 302 302
15 Indonesia 11858 G 302 302
16 Indonesia 11859 T 302 302
17 Indonesia 11860 A 302 302
18 Indonesia 11861 A 302 302
19 Indonesia 11862 A 302 302
20 Indonesia 11863 G 302 302
21 Indonesia 11864 T 302 302
22 Indonesia 11865 G 302 302
23 Indonesia 11866 C 302 302
24 Indonesia 11867 A 302 302
25 Indonesia 11868 C 302 302
26 Indonesia 11869 A G 302 301 Thr3868Thr
27 Indonesia 11870 T 302 302
28 Indonesia 11871 C 302 302
29 Indonesia 11872 A 302 300
30 Indonesia 11873 G 302 302
31 Indonesia 11874 T 302 302
32 Indonesia 11875 A 302 302
33 Indonesia 11876 G 302 302
34 Indonesia 11877 T 302 302
35 Indonesia 11878 C 302 302
36 Indonesia 11879 T 302 302
37 Indonesia 11880 T 302 302
38 Indonesia 11881 A 302 302
39 Indonesia 11882 C 302 302
40 Indonesia 11883 T 302 302
41 Indonesia 11884 C 302 302
42 Indonesia 11885 T 302 302
43 Indonesia 11886 C 302 302
44 Indonesia 11887 A 302 302
45 Indonesia 11888 G 302 302
46 Indonesia 11889 T 302 302
47 Indonesia 11890 T 302 302
48 Indonesia 11891 T 302 302
49 Indonesia 11892 T 302 302
50 Indonesia 11893 G 302 302
51 Indonesia 11894 C 302 302
52 Indonesia 11895 A 302 302
53 Indonesia 11896 A 302 302
54 Indonesia 11897 C 302 302
55 Indonesia 11898 A 302 302
56 Indonesia 11899 A 302 302
57 Indonesia 11900 C 302 302
58 Indonesia 11901 T 302 302
59 Indonesia 11902 C 302 302
60 Indonesia 11903 A 302 302
61 Indonesia 11904 G 302 302
62 Indonesia 11905 A 302 302
63 Indonesia 11906 G 302 301
64 Indonesia 11907 T 302 301
65 Indonesia 11908 A 302 301
66 Indonesia 11909 G 302 301
67 Indonesia 11910 A 302 301
68 Indonesia 11911 A 302 301
69 Indonesia 11912 T 302 301
70 Indonesia 11913 C 302 302
71 Indonesia 11914 A 302 302
72 Indonesia 11915 T 302 302
73 Indonesia 11916 C T 302 300 Ser3884Leu
74 Indonesia 11917 A 302 302
75 Indonesia 11918 T 302 302
76 Indonesia 11919 C 302 302
77 Indonesia 11920 T 302 302
78 Indonesia 11921 A 302 302
79 Indonesia 11922 A 302 302
80 Indonesia 11923 A G 302 300 Lys3886Lys
81 Indonesia 11924 T 302 301
82 Indonesia 11925 T 302 300
83 Indonesia 11926 G 302 300
84 Indonesia 11927 T 302 300
85 Indonesia 11928 G 302 300
86 Indonesia 11929 G 301 299
87 Indonesia 11930 G 301 299
88 Indonesia 11931 C 301 299
89 Indonesia 11932 T 301 299
90 Indonesia 11933 C 301 299
91 Indonesia 11934 A 301 299
92 Indonesia 11935 A 301 299
93 Indonesia 11936 T 301 299
94 Indonesia 11937 G 301 300
95 Indonesia 11938 T 301 300
96 Indonesia 11939 G 301 301
97 Indonesia 11940 T 301 301
98 Indonesia 11941 C T 301 298 Val3892Val
99 Indonesia 11942 C 301 301
100 Indonesia 11943 A 301 301
101 Indonesia 11944 G 301 301
102 Indonesia 11945 T 301 301
103 Indonesia 11946 T 301 301
104 Indonesia 11947 A 301 301
105 Indonesia 11948 C 301 301
106 Indonesia 11949 A 301 301
107 Indonesia 11950 C 301 301
108 Indonesia 11951 A 301 301
109 Indonesia 11952 A 301 301
110 Indonesia 11953 T 301 301
111 Indonesia 11954 G 301 301
112 Indonesia 11955 A 301 301
113 Indonesia 11956 C 301 301
114 Indonesia 11957 A 301 301
115 Indonesia 11958 T 301 301
116 Indonesia 11959 T 301 301
117 Indonesia 11960 C 301 299
118 Indonesia 11961 T 301 299
119 Indonesia 11962 C T 301 298 Leu3899Leu
120 Indonesia 11963 T 301 300
121 Indonesia 11964 T 301 300
122 Indonesia 11965 A 301 300
123 Indonesia 11966 G 301 300
124 Indonesia 11967 C 301 300
125 Indonesia 11968 T 301 300
126 Indonesia 11969 A 301 300
127 Indonesia 11970 A 301 300
128 Indonesia 11971 A 301 300
129 Indonesia 11972 G 301 300
130 Indonesia 11973 A 301 300
131 Indonesia 11974 T 301 300
132 Indonesia 11975 A 301 300
133 Indonesia 11976 C 301 300
134 Indonesia 11977 T 301 300
135 Indonesia 11978 A 301 300
136 Indonesia 11979 C 301 300
137 Indonesia 11980 T 301 300
138 Indonesia 11981 G 301 300
139 Indonesia 11982 A 301 300
140 Indonesia 11983 A 301 300
141 Indonesia 11984 G 301 300
142 Indonesia 11985 C 301 300
143 Indonesia 11986 C 301 300
144 Indonesia 11987 T 301 300
145 Indonesia 11988 T 301 300
146 Indonesia 11989 T 301 300
147 Indonesia 11990 G 301 300
148 Indonesia 11991 A G 301 299 Glu3909Gly
149 Indonesia 11992 A 301 300
150 Indonesia 11993 A 301 300
151 Indonesia 11994 A 301 300
152 Indonesia 11995 A 301 301
153 Indonesia 11996 A 301 301
154 Indonesia 11997 T 301 301
155 Indonesia 11998 G 301 301
156 Indonesia 11999 G 301 301
157 Indonesia 12000 T 301 301
158 Indonesia 12001 T 301 301
159 Indonesia 12002 T 301 301
160 Indonesia 12003 C 301 301
161 Indonesia 12004 A 301 298
162 Indonesia 12005 C 301 296
163 Indonesia 12006 T 301 297
164 Indonesia 12007 A 301 295
165 Indonesia 12008 C 301 296
166 Indonesia 12009 T 301 296
167 Indonesia 12010 T 301 296
168 Indonesia 12011 T 301 296
169 Indonesia 12012 C 301 296
170 Indonesia 12013 T 301 297
171 Indonesia 12014 G 301 297
172 Indonesia 12015 T 301 297
173 Indonesia 12016 T 301 297
174 Indonesia 12017 T 301 297
175 Indonesia 12018 T 301 297
176 Indonesia 12019 G 301 297
177 Indonesia 12020 C 301 297
178 Indonesia 12021 T 301 297
179 Indonesia 12022 T 301 299
180 Indonesia 12023 T 301 299
181 Indonesia 12024 C 301 299
182 Indonesia 12025 C T 301 297 Ser3920Ser
183 Indonesia 12026 A 301 299
184 Indonesia 12027 T 301 299
185 Indonesia 12028 G 301 299
186 Indonesia 12029 C 301 299
187 Indonesia 12030 A 301 299
188 Indonesia 12031 G 301 299
189 Indonesia 12032 G 301 299
190 Indonesia 12033 G 301 299
191 Indonesia 12034 T 301 299
192 Indonesia 12035 G 301 299
193 Indonesia 12036 C 301 299
194 Indonesia 12037 T 301 299
195 Indonesia 12038 G 301 299
196 Indonesia 12039 T 301 299
197 Indonesia 12040 A 301 299
198 Indonesia 12041 G 301 299
199 Indonesia 12042 A 301 299
200 Indonesia 12043 C 301 299
201 Indonesia 12044 A 301 299
202 Indonesia 12045 T 301 299
203 Indonesia 12046 A 301 301
204 Indonesia 12047 A 301 301
205 Indonesia 12048 A 301 301
206 Indonesia 12049 C 301 301
207 Indonesia 12050 A 301 301
208 Indonesia 12051 A 301 301
209 Indonesia 12052 G 301 301
210 Indonesia 12053 C 301 301
211 Indonesia 12054 T 301 301
212 Indonesia 12055 T 301 301
213 Indonesia 12056 T 301 301
214 Indonesia 12057 G 301 301
215 Indonesia 12058 T 301 301
216 Indonesia 12059 G 301 301
217 Indonesia 12060 A 301 301
218 Indonesia 12061 A 301 300
219 Indonesia 12062 G 301 301
220 Indonesia 12063 A 301 301
221 Indonesia 12064 A 301 301
222 Indonesia 12065 A 301 301
223 Indonesia 12066 T 301 301
224 Indonesia 12067 G T 301 299 Met3934Ile
225 Indonesia 12068 C 301 301
226 Indonesia 12069 T 301 301
227 Indonesia 12070 G 301 301
228 Indonesia 12071 G 301 301
229 Indonesia 12072 A 301 301
230 Indonesia 12073 C 301 301
231 Indonesia 12074 A 301 301
232 Indonesia 12075 A 301 301
233 Indonesia 12076 C 301 301
234 Indonesia 12077 A 301 301
235 Indonesia 12078 G 301 301
236 Indonesia 12079 G 301 301
237 Indonesia 12080 G 301 301
238 Indonesia 12081 C 301 301
239 Indonesia 12082 A 301 301
240 Indonesia 12083 A 301 301
241 Indonesia 12084 C 301 301
242 Indonesia 12085 C 301 301
243 Indonesia 12086 T 301 301
244 Indonesia 12087 T 301 301
245 Indonesia 12088 A 300 300
246 Indonesia 12089 C 300 300
247 Indonesia 12090 A 300 300
248 Indonesia 12091 A 300 300