National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N Q R S T V W
-   249                                    
?                                        
A   15                                    
C   9                                    
D   15                                    
E   15                                    
F   3                                    
G   3                                    
H   3                                    
I   6                                    
K   18                                    
L   45         1                          
M   12                                    
N   9                             1      
Q   18                                    
R   6                                    
S   30                                    
T   12                                    
V   27                                    
W   3                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Hong_Kong 11843 T 274 274
1 Hong_Kong 11844 C 274 274
2 Hong_Kong 11845 T 274 274
3 Hong_Kong 11846 A 274 274
4 Hong_Kong 11847 A 274 274
5 Hong_Kong 11848 A 274 274
6 Hong_Kong 11849 A 274 274
7 Hong_Kong 11850 T 274 274
8 Hong_Kong 11851 G 274 274
9 Hong_Kong 11852 T 274 274
10 Hong_Kong 11853 C 274 274
11 Hong_Kong 11854 A 274 274
12 Hong_Kong 11855 G 274 274
13 Hong_Kong 11856 A 274 274
14 Hong_Kong 11857 T 274 274
15 Hong_Kong 11858 G 274 274
16 Hong_Kong 11859 T 274 274
17 Hong_Kong 11860 A 274 274
18 Hong_Kong 11861 A 274 274
19 Hong_Kong 11862 A 274 274
20 Hong_Kong 11863 G 274 274
21 Hong_Kong 11864 T 274 274
22 Hong_Kong 11865 G 274 274
23 Hong_Kong 11866 C 274 274
24 Hong_Kong 11867 A 274 274
25 Hong_Kong 11868 C 274 274
26 Hong_Kong 11869 A 274 274
27 Hong_Kong 11870 T 274 274
28 Hong_Kong 11871 C 274 274
29 Hong_Kong 11872 A 274 274
30 Hong_Kong 11873 G 274 274
31 Hong_Kong 11874 T 274 274
32 Hong_Kong 11875 A 274 274
33 Hong_Kong 11876 G 274 274
34 Hong_Kong 11877 T 274 274
35 Hong_Kong 11878 C 274 274
36 Hong_Kong 11879 T 274 274
37 Hong_Kong 11880 T 274 274
38 Hong_Kong 11881 A 274 274
39 Hong_Kong 11882 C 274 274
40 Hong_Kong 11883 T 274 274
41 Hong_Kong 11884 C 274 274
42 Hong_Kong 11885 T 274 274
43 Hong_Kong 11886 C 274 274
44 Hong_Kong 11887 A 274 274
45 Hong_Kong 11888 G 274 274
46 Hong_Kong 11889 T 274 274
47 Hong_Kong 11890 T 276 276
48 Hong_Kong 11891 T 276 276
49 Hong_Kong 11892 T 276 276
50 Hong_Kong 11893 G 276 276
51 Hong_Kong 11894 C 276 276
52 Hong_Kong 11895 A 276 276
53 Hong_Kong 11896 A 276 276
54 Hong_Kong 11897 C 276 276
55 Hong_Kong 11898 A 276 276
56 Hong_Kong 11899 A 276 276
57 Hong_Kong 11900 C 276 276
58 Hong_Kong 11901 T 276 276
59 Hong_Kong 11902 C 276 276
60 Hong_Kong 11903 A 276 276
61 Hong_Kong 11904 G 276 276
62 Hong_Kong 11905 A 276 276
63 Hong_Kong 11906 G 276 276
64 Hong_Kong 11907 T 276 276
65 Hong_Kong 11908 A 276 276
66 Hong_Kong 11909 G 276 276
67 Hong_Kong 11910 A 276 276
68 Hong_Kong 11911 A 276 276
69 Hong_Kong 11912 T 276 276
70 Hong_Kong 11913 C 276 276
71 Hong_Kong 11914 A 276 276
72 Hong_Kong 11915 T 276 276
73 Hong_Kong 11916 C 276 276
74 Hong_Kong 11917 A 276 276
75 Hong_Kong 11918 T 276 276
76 Hong_Kong 11919 C 276 276
77 Hong_Kong 11920 T 276 276
78 Hong_Kong 11921 A 276 276
79 Hong_Kong 11922 A 276 276
80 Hong_Kong 11923 A 276 276
81 Hong_Kong 11924 T 276 276
82 Hong_Kong 11925 T 276 276
83 Hong_Kong 11926 G 276 276
84 Hong_Kong 11927 T 276 276
85 Hong_Kong 11928 G 276 276
86 Hong_Kong 11929 G 276 276
87 Hong_Kong 11930 G 276 276
88 Hong_Kong 11931 C 276 276
89 Hong_Kong 11932 T 276 276
90 Hong_Kong 11933 C 276 276
91 Hong_Kong 11934 A 276 276
92 Hong_Kong 11935 A 276 276
93 Hong_Kong 11936 T 276 276
94 Hong_Kong 11937 G 276 276
95 Hong_Kong 11938 T 276 276
96 Hong_Kong 11939 G 276 276
97 Hong_Kong 11940 T 276 276
98 Hong_Kong 11941 C 276 276
99 Hong_Kong 11942 C 276 276
100 Hong_Kong 11943 A 276 276
101 Hong_Kong 11944 G 276 276
102 Hong_Kong 11945 T 276 276
103 Hong_Kong 11946 T 276 276
104 Hong_Kong 11947 A 276 276
105 Hong_Kong 11948 C 276 276
106 Hong_Kong 11949 A 276 276
107 Hong_Kong 11950 C 276 276
108 Hong_Kong 11951 A 276 276
109 Hong_Kong 11952 A 276 276
110 Hong_Kong 11953 T 276 276
111 Hong_Kong 11954 G 276 276
112 Hong_Kong 11955 A 276 276
113 Hong_Kong 11956 C 276 276
114 Hong_Kong 11957 A 276 276
115 Hong_Kong 11958 T 276 276
116 Hong_Kong 11959 T 276 276
117 Hong_Kong 11960 C 276 276
118 Hong_Kong 11961 T 276 276
119 Hong_Kong 11962 C 276 276
120 Hong_Kong 11963 T 276 276
121 Hong_Kong 11964 T 276 276
122 Hong_Kong 11965 A 276 276
123 Hong_Kong 11966 G 276 276
124 Hong_Kong 11967 C 276 276
125 Hong_Kong 11968 T 276 276
126 Hong_Kong 11969 A 276 276
127 Hong_Kong 11970 A 276 276
128 Hong_Kong 11971 A 276 276
129 Hong_Kong 11972 G 276 276
130 Hong_Kong 11973 A 276 276
131 Hong_Kong 11974 T 276 276
132 Hong_Kong 11975 A 276 276
133 Hong_Kong 11976 C 276 276
134 Hong_Kong 11977 T 276 276
135 Hong_Kong 11978 A 276 276
136 Hong_Kong 11979 C 276 276
137 Hong_Kong 11980 T 276 276
138 Hong_Kong 11981 G 276 276
139 Hong_Kong 11982 A 276 276
140 Hong_Kong 11983 A 276 276
141 Hong_Kong 11984 G 276 276
142 Hong_Kong 11985 C 276 276
143 Hong_Kong 11986 C 276 276
144 Hong_Kong 11987 T 276 276
145 Hong_Kong 11988 T 276 276
146 Hong_Kong 11989 T 276 276
147 Hong_Kong 11990 G 276 276
148 Hong_Kong 11991 A 276 276
149 Hong_Kong 11992 A 276 276
150 Hong_Kong 11993 A 276 276
151 Hong_Kong 11994 A 276 276
152 Hong_Kong 11995 A 276 276
153 Hong_Kong 11996 A 276 276
154 Hong_Kong 11997 T 276 276
155 Hong_Kong 11998 G 276 276
156 Hong_Kong 11999 G 276 276
157 Hong_Kong 12000 T 276 276
158 Hong_Kong 12001 T 276 276
159 Hong_Kong 12002 T 276 276
160 Hong_Kong 12003 C 276 276
161 Hong_Kong 12004 A 276 276
162 Hong_Kong 12005 C 276 276
163 Hong_Kong 12006 T 276 276
164 Hong_Kong 12007 A 276 276
165 Hong_Kong 12008 C 276 276
166 Hong_Kong 12009 T 276 276
167 Hong_Kong 12010 T 276 276
168 Hong_Kong 12011 T 276 276
169 Hong_Kong 12012 C 276 276
170 Hong_Kong 12013 T 276 276
171 Hong_Kong 12014 G 276 276
172 Hong_Kong 12015 T 276 276
173 Hong_Kong 12016 T 276 276
174 Hong_Kong 12017 T 276 276
175 Hong_Kong 12018 T 276 276
176 Hong_Kong 12019 G 276 276
177 Hong_Kong 12020 C 276 276
178 Hong_Kong 12021 T 276 276
179 Hong_Kong 12022 T 276 276
180 Hong_Kong 12023 T 276 276
181 Hong_Kong 12024 C 276 276
182 Hong_Kong 12025 C 276 276
183 Hong_Kong 12026 A 276 276
184 Hong_Kong 12027 T 276 276
185 Hong_Kong 12028 G 276 276
186 Hong_Kong 12029 C 276 276
187 Hong_Kong 12030 A 276 276
188 Hong_Kong 12031 G 276 276
189 Hong_Kong 12032 G 276 276
190 Hong_Kong 12033 G 276 276
191 Hong_Kong 12034 T 276 276
192 Hong_Kong 12035 G 276 276
193 Hong_Kong 12036 C 276 276
194 Hong_Kong 12037 T 276 276
195 Hong_Kong 12038 G 276 276
196 Hong_Kong 12039 T 276 276
197 Hong_Kong 12040 A 276 276
198 Hong_Kong 12041 G 276 276
199 Hong_Kong 12042 A 276 276
200 Hong_Kong 12043 C 276 276
201 Hong_Kong 12044 A 276 276
202 Hong_Kong 12045 T 276 276
203 Hong_Kong 12046 A 276 276
204 Hong_Kong 12047 A 276 276
205 Hong_Kong 12048 A 276 276
206 Hong_Kong 12049 C 276 276
207 Hong_Kong 12050 A 276 276
208 Hong_Kong 12051 A 276 276
209 Hong_Kong 12052 G 276 276
210 Hong_Kong 12053 C T 276 275 Leu3930Phe
211 Hong_Kong 12054 T 276 276
212 Hong_Kong 12055 T 276 276
213 Hong_Kong 12056 T 276 276
214 Hong_Kong 12057 G 276 276
215 Hong_Kong 12058 T 276 276
216 Hong_Kong 12059 G 276 276
217 Hong_Kong 12060 A 276 276
218 Hong_Kong 12061 A 276 276
219 Hong_Kong 12062 G 276 276
220 Hong_Kong 12063 A 276 276
221 Hong_Kong 12064 A 276 276
222 Hong_Kong 12065 A 276 276
223 Hong_Kong 12066 T 276 276
224 Hong_Kong 12067 G 276 276
225 Hong_Kong 12068 C 276 276
226 Hong_Kong 12069 T 276 276
227 Hong_Kong 12070 G 276 276
228 Hong_Kong 12071 G 276 276
229 Hong_Kong 12072 A 276 276
230 Hong_Kong 12073 C 276 276
231 Hong_Kong 12074 A 276 276
232 Hong_Kong 12075 A G 276 275 Asn3937Ser
233 Hong_Kong 12076 C 276 276
234 Hong_Kong 12077 A 276 276
235 Hong_Kong 12078 G 276 276
236 Hong_Kong 12079 G 276 276
237 Hong_Kong 12080 G 276 276
238 Hong_Kong 12081 C 276 276
239 Hong_Kong 12082 A 276 276
240 Hong_Kong 12083 A 276 276
241 Hong_Kong 12084 C 276 276
242 Hong_Kong 12085 C 276 276
243 Hong_Kong 12086 T 276 276
244 Hong_Kong 12087 T 276 276
245 Hong_Kong 12088 A 276 276
246 Hong_Kong 12089 C 276 276
247 Hong_Kong 12090 A 276 276
248 Hong_Kong 12091 A 276 276