National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N Q R S T V W
-   249                                    
?                                        
A   15                                    
C   9                                    
D   15                                    
E   15                                    
F   3                                    
G   3                                    
H   3                                    
I   6                                    
K   18                                    
L   45                   1                
M   12                                    
N   9                                    
Q   18                                    
R   6                                    
S   30                                    
T   12                                    
V   27                                    
W   3                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Gambia 11843 T 411 411
1 Gambia 11844 C 411 411
2 Gambia 11845 T 411 411
3 Gambia 11846 A 411 411
4 Gambia 11847 A 411 411
5 Gambia 11848 A 411 411
6 Gambia 11849 A 411 411
7 Gambia 11850 T 411 411
8 Gambia 11851 G 411 411
9 Gambia 11852 T 411 411
10 Gambia 11853 C 411 411
11 Gambia 11854 A 411 411
12 Gambia 11855 G 411 411
13 Gambia 11856 A 411 411
14 Gambia 11857 T 411 411
15 Gambia 11858 G 411 411
16 Gambia 11859 T 411 411
17 Gambia 11860 A 411 411
18 Gambia 11861 A 411 411
19 Gambia 11862 A 411 411
20 Gambia 11863 G 411 411
21 Gambia 11864 T 411 411
22 Gambia 11865 G 411 411
23 Gambia 11866 C 411 411
24 Gambia 11867 A 411 411
25 Gambia 11868 C 411 411
26 Gambia 11869 A 411 411
27 Gambia 11870 T 411 411
28 Gambia 11871 C 411 411
29 Gambia 11872 A 411 411
30 Gambia 11873 G 411 411
31 Gambia 11874 T 411 411
32 Gambia 11875 A 411 411
33 Gambia 11876 G 411 411
34 Gambia 11877 T 411 411
35 Gambia 11878 C 411 411
36 Gambia 11879 T 411 411
37 Gambia 11880 T 411 411
38 Gambia 11881 A 411 411
39 Gambia 11882 C 411 411
40 Gambia 11883 T 411 411
41 Gambia 11884 C 411 411
42 Gambia 11885 T 411 411
43 Gambia 11886 C 411 411
44 Gambia 11887 A 411 411
45 Gambia 11888 G 411 411
46 Gambia 11889 T 411 411
47 Gambia 11890 T 427 427
48 Gambia 11891 T 427 427
49 Gambia 11892 T 427 427
50 Gambia 11893 G 427 427
51 Gambia 11894 C 427 427
52 Gambia 11895 A 427 427
53 Gambia 11896 A 427 427
54 Gambia 11897 C 427 427
55 Gambia 11898 A 427 427
56 Gambia 11899 A 427 427
57 Gambia 11900 C 427 427
58 Gambia 11901 T 427 427
59 Gambia 11902 C 427 427
60 Gambia 11903 A 427 427
61 Gambia 11904 G 427 427
62 Gambia 11905 A 427 427
63 Gambia 11906 G 427 427
64 Gambia 11907 T 427 427
65 Gambia 11908 A 427 427
66 Gambia 11909 G 427 427
67 Gambia 11910 A 427 427
68 Gambia 11911 A 427 427
69 Gambia 11912 T 427 427
70 Gambia 11913 C 427 427
71 Gambia 11914 A 427 427
72 Gambia 11915 T 427 427
73 Gambia 11916 C 427 427
74 Gambia 11917 A 427 427
75 Gambia 11918 T 427 427
76 Gambia 11919 C 427 427
77 Gambia 11920 T 427 427
78 Gambia 11921 A 427 427
79 Gambia 11922 A 427 427
80 Gambia 11923 A 427 427
81 Gambia 11924 T 427 427
82 Gambia 11925 T 427 427
83 Gambia 11926 G 427 427
84 Gambia 11927 T 427 427
85 Gambia 11928 G 404 404
86 Gambia 11929 G 404 404
87 Gambia 11930 G 404 404
88 Gambia 11931 C 404 404
89 Gambia 11932 T 404 404
90 Gambia 11933 C 404 404
91 Gambia 11934 A 404 404
92 Gambia 11935 A 404 404
93 Gambia 11936 T 404 404
94 Gambia 11937 G 404 404
95 Gambia 11938 T 404 404
96 Gambia 11939 G 404 404
97 Gambia 11940 T 404 404
98 Gambia 11941 C 404 404
99 Gambia 11942 C 404 404
100 Gambia 11943 A 404 404
101 Gambia 11944 G 404 404
102 Gambia 11945 T 404 404
103 Gambia 11946 T 404 404
104 Gambia 11947 A 404 404
105 Gambia 11948 C 404 404
106 Gambia 11949 A 404 404
107 Gambia 11950 C 404 404
108 Gambia 11951 A 404 404
109 Gambia 11952 A 404 404
110 Gambia 11953 T 404 404
111 Gambia 11954 G 404 404
112 Gambia 11955 A 404 404
113 Gambia 11956 C 404 404
114 Gambia 11957 A 404 404
115 Gambia 11958 T 404 404
116 Gambia 11959 T 404 404
117 Gambia 11960 C 404 404
118 Gambia 11961 T 404 404
119 Gambia 11962 C T 404 399 Leu3899Leu
120 Gambia 11963 T 404 404
121 Gambia 11964 T 404 404
122 Gambia 11965 A 404 404
123 Gambia 11966 G 404 404
124 Gambia 11967 C 404 404
125 Gambia 11968 T 404 404
126 Gambia 11969 A 404 404
127 Gambia 11970 A 404 404
128 Gambia 11971 A 404 404
129 Gambia 11972 G 404 404
130 Gambia 11973 A 404 404
131 Gambia 11974 T 404 404
132 Gambia 11975 A 404 404
133 Gambia 11976 C 404 404
134 Gambia 11977 T 404 404
135 Gambia 11978 A 404 404
136 Gambia 11979 C 404 404
137 Gambia 11980 T 404 404
138 Gambia 11981 G 404 404
139 Gambia 11982 A 404 404
140 Gambia 11983 A 404 404
141 Gambia 11984 G 404 404
142 Gambia 11985 C 404 404
143 Gambia 11986 C 404 404
144 Gambia 11987 T 404 404
145 Gambia 11988 T 404 404
146 Gambia 11989 T 404 404
147 Gambia 11990 G 404 404
148 Gambia 11991 A 404 404
149 Gambia 11992 A 404 404
150 Gambia 11993 A 404 404
151 Gambia 11994 A 404 404
152 Gambia 11995 A 404 404
153 Gambia 11996 A 404 404
154 Gambia 11997 T 404 404
155 Gambia 11998 G 404 404
156 Gambia 11999 G 404 404
157 Gambia 12000 T 404 404
158 Gambia 12001 T 404 404
159 Gambia 12002 T 404 404
160 Gambia 12003 C 404 404
161 Gambia 12004 A 404 404
162 Gambia 12005 C 404 404
163 Gambia 12006 T 404 404
164 Gambia 12007 A 404 404
165 Gambia 12008 C 404 404
166 Gambia 12009 T 404 404
167 Gambia 12010 T 404 404
168 Gambia 12011 T 404 404
169 Gambia 12012 C 404 404
170 Gambia 12013 T 404 404
171 Gambia 12014 G 404 403
172 Gambia 12015 T 404 404
173 Gambia 12016 T 404 404
174 Gambia 12017 T 404 404
175 Gambia 12018 T 404 404
176 Gambia 12019 G 404 404
177 Gambia 12020 C 404 404
178 Gambia 12021 T 404 404
179 Gambia 12022 T 404 404
180 Gambia 12023 T 404 404
181 Gambia 12024 C 404 404
182 Gambia 12025 C 404 404
183 Gambia 12026 A 404 403
184 Gambia 12027 T 404 404
185 Gambia 12028 G 404 404
186 Gambia 12029 C 404 404
187 Gambia 12030 A 404 404
188 Gambia 12031 G 404 404
189 Gambia 12032 G 404 404
190 Gambia 12033 G 404 404
191 Gambia 12034 T 404 404
192 Gambia 12035 G 404 404
193 Gambia 12036 C 404 404
194 Gambia 12037 T 404 404
195 Gambia 12038 G 404 404
196 Gambia 12039 T 404 404
197 Gambia 12040 A 404 404
198 Gambia 12041 G 404 404
199 Gambia 12042 A 404 404
200 Gambia 12043 C 404 404
201 Gambia 12044 A 404 404
202 Gambia 12045 T 404 403
203 Gambia 12046 A 404 404
204 Gambia 12047 A 404 404
205 Gambia 12048 A 404 404
206 Gambia 12049 C 404 404
207 Gambia 12050 A 404 404
208 Gambia 12051 A 404 404
209 Gambia 12052 G 404 404
210 Gambia 12053 C 404 404
211 Gambia 12054 T 404 404
212 Gambia 12055 T 404 404
213 Gambia 12056 T 404 404
214 Gambia 12057 G 404 404
215 Gambia 12058 T 404 404
216 Gambia 12059 G 404 404
217 Gambia 12060 A 404 404
218 Gambia 12061 A 404 404
219 Gambia 12062 G 404 404
220 Gambia 12063 A 404 404
221 Gambia 12064 A 404 404
222 Gambia 12065 A 404 404
223 Gambia 12066 T 404 404
224 Gambia 12067 G 404 404
225 Gambia 12068 C 404 404
226 Gambia 12069 T 404 404
227 Gambia 12070 G 404 404
228 Gambia 12071 G 404 404
229 Gambia 12072 A 404 404
230 Gambia 12073 C 404 404
231 Gambia 12074 A 404 404
232 Gambia 12075 A 404 404
233 Gambia 12076 C 404 404
234 Gambia 12077 A 404 404
235 Gambia 12078 G 404 404
236 Gambia 12079 G 404 404
237 Gambia 12080 G 404 404
238 Gambia 12081 C 404 404
239 Gambia 12082 A 404 404
240 Gambia 12083 A 404 404
241 Gambia 12084 C 404 404
242 Gambia 12085 C 404 404
243 Gambia 12086 T 404 404
244 Gambia 12087 T 404 404
245 Gambia 12088 A 404 404
246 Gambia 12089 C 404 404
247 Gambia 12090 A 404 404
248 Gambia 12091 A 404 404