National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N Q R S T V W
-   249                                    
?                                        
A   15                                    
C   9                                    
D   15                                    
E   15       1                            
F   3                                    
G   3                                    
H   3                                    
I   6                                    
K   18                                    
L   45                                    
M   12                                    
N   9                                    
Q   18                                    
R   6                                    
S   30         1                          
T   12                                    
V   27                                    
W   3                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Estonia 11843 T 20 20
1 Estonia 11844 C 20 20
2 Estonia 11845 T 20 20
3 Estonia 11846 A 20 20
4 Estonia 11847 A 20 20
5 Estonia 11848 A 20 20
6 Estonia 11849 A 20 20
7 Estonia 11850 T 20 20
8 Estonia 11851 G 20 20
9 Estonia 11852 T 20 20
10 Estonia 11853 C 20 20
11 Estonia 11854 A 20 20
12 Estonia 11855 G 20 20
13 Estonia 11856 A 20 20
14 Estonia 11857 T 20 20
15 Estonia 11858 G 20 20
16 Estonia 11859 T 20 20
17 Estonia 11860 A 20 20
18 Estonia 11861 A 20 20
19 Estonia 11862 A 20 20
20 Estonia 11863 G 20 20
21 Estonia 11864 T 20 20
22 Estonia 11865 G 20 20
23 Estonia 11866 C 20 20
24 Estonia 11867 A 20 20
25 Estonia 11868 C 20 20
26 Estonia 11869 A 20 20
27 Estonia 11870 T 20 20
28 Estonia 11871 C 20 20
29 Estonia 11872 A 20 20
30 Estonia 11873 G 20 20
31 Estonia 11874 T 20 20
32 Estonia 11875 A 20 20
33 Estonia 11876 G 20 20
34 Estonia 11877 T 20 20
35 Estonia 11878 C 20 20
36 Estonia 11879 T 20 20
37 Estonia 11880 T 20 20
38 Estonia 11881 A 20 20
39 Estonia 11882 C 20 20
40 Estonia 11883 T 20 20
41 Estonia 11884 C 20 20
42 Estonia 11885 T 20 20
43 Estonia 11886 C 20 20
44 Estonia 11887 A 20 20
45 Estonia 11888 G 20 20
46 Estonia 11889 T 20 20
47 Estonia 11890 T 20 20
48 Estonia 11891 T 20 20
49 Estonia 11892 T 20 20
50 Estonia 11893 G 20 20
51 Estonia 11894 C 20 20
52 Estonia 11895 A 20 20
53 Estonia 11896 A 20 20
54 Estonia 11897 C 20 20
55 Estonia 11898 A 20 20
56 Estonia 11899 A 20 20
57 Estonia 11900 C 20 20
58 Estonia 11901 T 20 20
59 Estonia 11902 C 20 20
60 Estonia 11903 A 20 20
61 Estonia 11904 G 20 20
62 Estonia 11905 A 20 20
63 Estonia 11906 G 20 20
64 Estonia 11907 T 20 20
65 Estonia 11908 A 20 20
66 Estonia 11909 G 20 20
67 Estonia 11910 A 20 20
68 Estonia 11911 A 20 20
69 Estonia 11912 T 20 20
70 Estonia 11913 C 20 20
71 Estonia 11914 A 20 20
72 Estonia 11915 T 20 20
73 Estonia 11916 C 20 20
74 Estonia 11917 A 20 20
75 Estonia 11918 T 20 20
76 Estonia 11919 C T 20 19 Ser3885Phe
77 Estonia 11920 T 20 20
78 Estonia 11921 A 20 20
79 Estonia 11922 A 20 20
80 Estonia 11923 A 20 20
81 Estonia 11924 T 20 20
82 Estonia 11925 T 20 20
83 Estonia 11926 G 20 20
84 Estonia 11927 T 20 20
85 Estonia 11928 G 20 20
86 Estonia 11929 G 20 20
87 Estonia 11930 G 20 20
88 Estonia 11931 C 20 20
89 Estonia 11932 T 20 20
90 Estonia 11933 C 20 20
91 Estonia 11934 A 20 20
92 Estonia 11935 A 20 20
93 Estonia 11936 T 20 20
94 Estonia 11937 G 20 20
95 Estonia 11938 T 20 20
96 Estonia 11939 G 20 20
97 Estonia 11940 T 20 20
98 Estonia 11941 C 20 20
99 Estonia 11942 C 20 20
100 Estonia 11943 A 20 20
101 Estonia 11944 G 20 20
102 Estonia 11945 T 20 20
103 Estonia 11946 T 20 20
104 Estonia 11947 A 20 20
105 Estonia 11948 C 20 20
106 Estonia 11949 A 20 20
107 Estonia 11950 C 20 20
108 Estonia 11951 A 20 20
109 Estonia 11952 A 20 20
110 Estonia 11953 T 20 20
111 Estonia 11954 G 20 20
112 Estonia 11955 A 20 20
113 Estonia 11956 C 20 20
114 Estonia 11957 A 20 20
115 Estonia 11958 T 20 20
116 Estonia 11959 T 20 20
117 Estonia 11960 C 20 20
118 Estonia 11961 T 20 20
119 Estonia 11962 C 20 20
120 Estonia 11963 T 20 20
121 Estonia 11964 T 20 20
122 Estonia 11965 A 20 20
123 Estonia 11966 G 20 20
124 Estonia 11967 C 20 20
125 Estonia 11968 T 20 20
126 Estonia 11969 A 20 20
127 Estonia 11970 A 20 20
128 Estonia 11971 A 20 20
129 Estonia 11972 G 20 20
130 Estonia 11973 A 20 20
131 Estonia 11974 T 20 20
132 Estonia 11975 A 20 20
133 Estonia 11976 C 20 20
134 Estonia 11977 T 20 20
135 Estonia 11978 A 20 20
136 Estonia 11979 C 20 20
137 Estonia 11980 T 20 20
138 Estonia 11981 G 20 20
139 Estonia 11982 A 20 20
140 Estonia 11983 A G 20 19 Glu3906Glu
141 Estonia 11984 G 20 20
142 Estonia 11985 C 20 20
143 Estonia 11986 C 20 20
144 Estonia 11987 T 20 20
145 Estonia 11988 T 20 20
146 Estonia 11989 T 20 20
147 Estonia 11990 G 20 20
148 Estonia 11991 A 20 20
149 Estonia 11992 A 20 20
150 Estonia 11993 A 20 20
151 Estonia 11994 A 20 20
152 Estonia 11995 A 20 20
153 Estonia 11996 A 20 20
154 Estonia 11997 T 20 20
155 Estonia 11998 G 20 20
156 Estonia 11999 G 20 20
157 Estonia 12000 T 20 20
158 Estonia 12001 T 20 20
159 Estonia 12002 T 20 20
160 Estonia 12003 C 20 20
161 Estonia 12004 A 20 20
162 Estonia 12005 C 20 20
163 Estonia 12006 T 20 20
164 Estonia 12007 A 20 20
165 Estonia 12008 C 20 20
166 Estonia 12009 T 20 20
167 Estonia 12010 T 20 20
168 Estonia 12011 T 20 20
169 Estonia 12012 C 20 20
170 Estonia 12013 T 20 20
171 Estonia 12014 G 20 20
172 Estonia 12015 T 20 20
173 Estonia 12016 T 20 20
174 Estonia 12017 T 20 20
175 Estonia 12018 T 20 20
176 Estonia 12019 G 20 20
177 Estonia 12020 C 20 20
178 Estonia 12021 T 20 20
179 Estonia 12022 T 20 20
180 Estonia 12023 T 20 20
181 Estonia 12024 C 20 20
182 Estonia 12025 C 20 20
183 Estonia 12026 A 20 20
184 Estonia 12027 T 20 20
185 Estonia 12028 G 20 20
186 Estonia 12029 C 20 20
187 Estonia 12030 A 20 20
188 Estonia 12031 G 20 20
189 Estonia 12032 G 20 20
190 Estonia 12033 G 20 20
191 Estonia 12034 T 20 20
192 Estonia 12035 G 20 20
193 Estonia 12036 C 20 20
194 Estonia 12037 T 20 20
195 Estonia 12038 G 20 20
196 Estonia 12039 T 20 20
197 Estonia 12040 A 20 20
198 Estonia 12041 G 20 20
199 Estonia 12042 A 20 20
200 Estonia 12043 C 20 20
201 Estonia 12044 A 20 20
202 Estonia 12045 T 20 20
203 Estonia 12046 A 20 20
204 Estonia 12047 A 20 20
205 Estonia 12048 A 20 20
206 Estonia 12049 C 20 20
207 Estonia 12050 A 20 20
208 Estonia 12051 A 20 20
209 Estonia 12052 G 20 20
210 Estonia 12053 C 20 20
211 Estonia 12054 T 20 20
212 Estonia 12055 T 20 20
213 Estonia 12056 T 20 20
214 Estonia 12057 G 20 20
215 Estonia 12058 T 20 20
216 Estonia 12059 G 20 20
217 Estonia 12060 A 20 20
218 Estonia 12061 A 20 20
219 Estonia 12062 G 20 20
220 Estonia 12063 A 20 20
221 Estonia 12064 A 20 20
222 Estonia 12065 A 20 20
223 Estonia 12066 T 20 20
224 Estonia 12067 G 20 20
225 Estonia 12068 C 20 20
226 Estonia 12069 T 20 20
227 Estonia 12070 G 20 20
228 Estonia 12071 G 20 20
229 Estonia 12072 A 20 20
230 Estonia 12073 C 20 20
231 Estonia 12074 A 20 20
232 Estonia 12075 A 20 20
233 Estonia 12076 C 20 20
234 Estonia 12077 A 20 20
235 Estonia 12078 G 20 20
236 Estonia 12079 G 20 20
237 Estonia 12080 G 20 20
238 Estonia 12081 C 20 20
239 Estonia 12082 A 20 20
240 Estonia 12083 A 20 20
241 Estonia 12084 C 20 20
242 Estonia 12085 C 20 20
243 Estonia 12086 T 20 20
244 Estonia 12087 T 20 20
245 Estonia 12088 A 20 20
246 Estonia 12089 C 20 20
247 Estonia 12090 A 20 20
248 Estonia 12091 A 20 20