National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N Q R S T V W
-   249                                    
?                                        
A   15                                 1  
C   9                                    
D   15                                    
E   15                                    
F   3                                    
G   3                                    
H   3                                    
I   6                                    
K   18                                    
L   45                   1                
M   12                                    
N   9                                    
Q   18                                    
R   6                                    
S   30                   1         1      
T   12                                    
V   27                                    
W   3                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Costa_Rica 11843 T 180 180
1 Costa_Rica 11844 C 180 180
2 Costa_Rica 11845 T 180 180
3 Costa_Rica 11846 A 180 180
4 Costa_Rica 11847 A 180 180
5 Costa_Rica 11848 A 180 180
6 Costa_Rica 11849 A 180 180
7 Costa_Rica 11850 T 180 180
8 Costa_Rica 11851 G 180 180
9 Costa_Rica 11852 T 180 180
10 Costa_Rica 11853 C 180 180
11 Costa_Rica 11854 A 180 180
12 Costa_Rica 11855 G 180 180
13 Costa_Rica 11856 A 180 180
14 Costa_Rica 11857 T 180 180
15 Costa_Rica 11858 G 180 180
16 Costa_Rica 11859 T 180 180
17 Costa_Rica 11860 A 180 180
18 Costa_Rica 11861 A 180 180
19 Costa_Rica 11862 A 180 180
20 Costa_Rica 11863 G 180 179
21 Costa_Rica 11864 T 181 181
22 Costa_Rica 11865 G 181 181
23 Costa_Rica 11866 C 181 181
24 Costa_Rica 11867 A 181 181
25 Costa_Rica 11868 C 181 181
26 Costa_Rica 11869 A 181 181
27 Costa_Rica 11870 T 181 181
28 Costa_Rica 11871 C 181 181
29 Costa_Rica 11872 A 181 181
30 Costa_Rica 11873 G 181 181
31 Costa_Rica 11874 T 181 181
32 Costa_Rica 11875 A 181 181
33 Costa_Rica 11876 G 181 181
34 Costa_Rica 11877 T 181 181
35 Costa_Rica 11878 C 181 181
36 Costa_Rica 11879 T 181 181
37 Costa_Rica 11880 T 181 181
38 Costa_Rica 11881 A 181 181
39 Costa_Rica 11882 C 181 181
40 Costa_Rica 11883 T 181 181
41 Costa_Rica 11884 C 181 181
42 Costa_Rica 11885 T 181 181
43 Costa_Rica 11886 C 181 181
44 Costa_Rica 11887 A 181 181
45 Costa_Rica 11888 G 181 181
46 Costa_Rica 11889 T 181 181
47 Costa_Rica 11890 T 181 181
48 Costa_Rica 11891 T 181 181
49 Costa_Rica 11892 T 181 181
50 Costa_Rica 11893 G 181 181
51 Costa_Rica 11894 C 181 181
52 Costa_Rica 11895 A 181 181
53 Costa_Rica 11896 A 181 181
54 Costa_Rica 11897 C 181 181
55 Costa_Rica 11898 A 181 181
56 Costa_Rica 11899 A 181 181
57 Costa_Rica 11900 C 181 181
58 Costa_Rica 11901 T 181 181
59 Costa_Rica 11902 C 181 181
60 Costa_Rica 11903 A 181 181
61 Costa_Rica 11904 G 181 181
62 Costa_Rica 11905 A 181 181
63 Costa_Rica 11906 G 181 181
64 Costa_Rica 11907 T 181 181
65 Costa_Rica 11908 A 181 181
66 Costa_Rica 11909 G 181 181
67 Costa_Rica 11910 A 181 181
68 Costa_Rica 11911 A 181 181
69 Costa_Rica 11912 T 181 181
70 Costa_Rica 11913 C 181 181
71 Costa_Rica 11914 A 181 181
72 Costa_Rica 11915 T 181 181
73 Costa_Rica 11916 C T 181 180 Ser3884Leu
74 Costa_Rica 11917 A 181 181
75 Costa_Rica 11918 T 181 181
76 Costa_Rica 11919 C 181 181
77 Costa_Rica 11920 T 181 181
78 Costa_Rica 11921 A 181 181
79 Costa_Rica 11922 A 181 181
80 Costa_Rica 11923 A 181 181
81 Costa_Rica 11924 T 181 181
82 Costa_Rica 11925 T 181 181
83 Costa_Rica 11926 G 181 181
84 Costa_Rica 11927 T 181 181
85 Costa_Rica 11928 G 181 181
86 Costa_Rica 11929 G 181 181
87 Costa_Rica 11930 G 181 181
88 Costa_Rica 11931 C 181 181
89 Costa_Rica 11932 T 181 181
90 Costa_Rica 11933 C 181 181
91 Costa_Rica 11934 A 181 181
92 Costa_Rica 11935 A 181 181
93 Costa_Rica 11936 T 181 181
94 Costa_Rica 11937 G 181 180
95 Costa_Rica 11938 T 181 181
96 Costa_Rica 11939 G 181 181
97 Costa_Rica 11940 T 181 181
98 Costa_Rica 11941 C 181 180
99 Costa_Rica 11942 C 181 181
100 Costa_Rica 11943 A 181 181
101 Costa_Rica 11944 G 181 181
102 Costa_Rica 11945 T 181 181
103 Costa_Rica 11946 T 181 181
104 Costa_Rica 11947 A 181 181
105 Costa_Rica 11948 C 181 181
106 Costa_Rica 11949 A 181 181
107 Costa_Rica 11950 C 181 181
108 Costa_Rica 11951 A 181 181
109 Costa_Rica 11952 A 181 181
110 Costa_Rica 11953 T 181 181
111 Costa_Rica 11954 G 181 181
112 Costa_Rica 11955 A 181 181
113 Costa_Rica 11956 C 181 181
114 Costa_Rica 11957 A 181 181
115 Costa_Rica 11958 T 181 181
116 Costa_Rica 11959 T 181 181
117 Costa_Rica 11960 C 181 181
118 Costa_Rica 11961 T 181 181
119 Costa_Rica 11962 C T 181 179 Leu3899Leu
120 Costa_Rica 11963 T 181 181
121 Costa_Rica 11964 T 181 181
122 Costa_Rica 11965 A 181 181
123 Costa_Rica 11966 G 181 181
124 Costa_Rica 11967 C 181 181
125 Costa_Rica 11968 T 181 181
126 Costa_Rica 11969 A 181 181
127 Costa_Rica 11970 A 181 181
128 Costa_Rica 11971 A 181 181
129 Costa_Rica 11972 G 181 181
130 Costa_Rica 11973 A 181 181
131 Costa_Rica 11974 T 181 181
132 Costa_Rica 11975 A 181 180
133 Costa_Rica 11976 C 181 181
134 Costa_Rica 11977 T 181 181
135 Costa_Rica 11978 A 181 181
136 Costa_Rica 11979 C 181 181
137 Costa_Rica 11980 T 181 181
138 Costa_Rica 11981 G 181 181
139 Costa_Rica 11982 A 181 181
140 Costa_Rica 11983 A 181 181
141 Costa_Rica 11984 G 181 181
142 Costa_Rica 11985 C 181 181
143 Costa_Rica 11986 C 181 181
144 Costa_Rica 11987 T 181 181
145 Costa_Rica 11988 T 181 181
146 Costa_Rica 11989 T 181 181
147 Costa_Rica 11990 G 181 181
148 Costa_Rica 11991 A 181 181
149 Costa_Rica 11992 A 181 181
150 Costa_Rica 11993 A 181 181
151 Costa_Rica 11994 A 181 181
152 Costa_Rica 11995 A 181 181
153 Costa_Rica 11996 A 181 181
154 Costa_Rica 11997 T 181 181
155 Costa_Rica 11998 G 181 181
156 Costa_Rica 11999 G 181 181
157 Costa_Rica 12000 T 181 181
158 Costa_Rica 12001 T 181 181
159 Costa_Rica 12002 T 181 181
160 Costa_Rica 12003 C 181 181
161 Costa_Rica 12004 A 181 181
162 Costa_Rica 12005 C 181 181
163 Costa_Rica 12006 T 181 181
164 Costa_Rica 12007 A 181 181
165 Costa_Rica 12008 C 181 181
166 Costa_Rica 12009 T 181 181
167 Costa_Rica 12010 T 181 181
168 Costa_Rica 12011 T 181 181
169 Costa_Rica 12012 C 181 181
170 Costa_Rica 12013 T 181 181
171 Costa_Rica 12014 G 181 181
172 Costa_Rica 12015 T 181 181
173 Costa_Rica 12016 T 181 181
174 Costa_Rica 12017 T 181 181
175 Costa_Rica 12018 T 181 181
176 Costa_Rica 12019 G 181 181
177 Costa_Rica 12020 C 181 181
178 Costa_Rica 12021 T 181 181
179 Costa_Rica 12022 T 181 181
180 Costa_Rica 12023 T 181 181
181 Costa_Rica 12024 C 181 181
182 Costa_Rica 12025 C T 181 179 Ser3920Ser
183 Costa_Rica 12026 A 181 181
184 Costa_Rica 12027 T 181 181
185 Costa_Rica 12028 G 181 181
186 Costa_Rica 12029 C 181 181
187 Costa_Rica 12030 A 181 181
188 Costa_Rica 12031 G 181 181
189 Costa_Rica 12032 G 181 181
190 Costa_Rica 12033 G 181 181
191 Costa_Rica 12034 T 181 178
192 Costa_Rica 12035 G 181 181
193 Costa_Rica 12036 C 181 180
194 Costa_Rica 12037 T 181 181
195 Costa_Rica 12038 G 181 181
196 Costa_Rica 12039 T 181 181
197 Costa_Rica 12040 A 181 181
198 Costa_Rica 12041 G 181 181
199 Costa_Rica 12042 A 181 181
200 Costa_Rica 12043 C 181 181
201 Costa_Rica 12044 A 181 181
202 Costa_Rica 12045 T 181 181
203 Costa_Rica 12046 A 181 181
204 Costa_Rica 12047 A 181 180
205 Costa_Rica 12048 A 181 181
206 Costa_Rica 12049 C 181 181
207 Costa_Rica 12050 A 181 181
208 Costa_Rica 12051 A 181 181
209 Costa_Rica 12052 G 181 181
210 Costa_Rica 12053 C 181 181
211 Costa_Rica 12054 T 181 181
212 Costa_Rica 12055 T 181 181
213 Costa_Rica 12056 T 181 181
214 Costa_Rica 12057 G 181 180
215 Costa_Rica 12058 T 181 181
216 Costa_Rica 12059 G 181 181
217 Costa_Rica 12060 A 181 181
218 Costa_Rica 12061 A 181 181
219 Costa_Rica 12062 G 181 181
220 Costa_Rica 12063 A 181 181
221 Costa_Rica 12064 A 181 181
222 Costa_Rica 12065 A 181 181
223 Costa_Rica 12066 T 181 181
224 Costa_Rica 12067 G 181 181
225 Costa_Rica 12068 C 181 181
226 Costa_Rica 12069 T 181 181
227 Costa_Rica 12070 G 181 181
228 Costa_Rica 12071 G 181 181
229 Costa_Rica 12072 A 181 181
230 Costa_Rica 12073 C 181 181
231 Costa_Rica 12074 A 181 180
232 Costa_Rica 12075 A 181 181
233 Costa_Rica 12076 C 181 181
234 Costa_Rica 12077 A 181 181
235 Costa_Rica 12078 G 181 181
236 Costa_Rica 12079 G 181 181
237 Costa_Rica 12080 G 181 181
238 Costa_Rica 12081 C T 181 179 Ala3939Val
239 Costa_Rica 12082 A 181 181
240 Costa_Rica 12083 A 181 179
241 Costa_Rica 12084 C 181 180
242 Costa_Rica 12085 C 181 181
243 Costa_Rica 12086 T 181 181
244 Costa_Rica 12087 T 181 181
245 Costa_Rica 12088 A 181 181
246 Costa_Rica 12089 C 181 181
247 Costa_Rica 12090 A 181 181
248 Costa_Rica 12091 A 181 181