National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N Q R S T V W
-   249                                    
?                                        
A   15                                    
C   9                                    
D   15                                    
E   15                                    
F   3                                    
G   3                                    
H   3                                    
I   6                                    
K   18                                    
L   45                                    
M   12                                    
N   9                                    
Q   18                                    
R   6                                    
S   30                                    
T   12                                    
V   27                                    
W   3                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Brunei 11843 T 5 5
1 Brunei 11844 C 5 5
2 Brunei 11845 T 5 5
3 Brunei 11846 A 5 5
4 Brunei 11847 A 5 5
5 Brunei 11848 A 5 5
6 Brunei 11849 A 5 5
7 Brunei 11850 T 5 5
8 Brunei 11851 G 5 5
9 Brunei 11852 T 5 5
10 Brunei 11853 C 5 5
11 Brunei 11854 A 5 5
12 Brunei 11855 G 5 5
13 Brunei 11856 A 5 5
14 Brunei 11857 T 5 5
15 Brunei 11858 G 5 5
16 Brunei 11859 T 5 5
17 Brunei 11860 A 5 5
18 Brunei 11861 A 5 5
19 Brunei 11862 A 5 5
20 Brunei 11863 G 5 5
21 Brunei 11864 T 5 5
22 Brunei 11865 G 5 5
23 Brunei 11866 C 5 5
24 Brunei 11867 A 5 5
25 Brunei 11868 C 5 5
26 Brunei 11869 A 5 5
27 Brunei 11870 T 5 5
28 Brunei 11871 C 5 5
29 Brunei 11872 A 5 5
30 Brunei 11873 G 5 5
31 Brunei 11874 T 5 5
32 Brunei 11875 A 5 5
33 Brunei 11876 G 5 5
34 Brunei 11877 T 5 5
35 Brunei 11878 C 5 5
36 Brunei 11879 T 5 5
37 Brunei 11880 T 5 5
38 Brunei 11881 A 5 5
39 Brunei 11882 C 5 5
40 Brunei 11883 T 5 5
41 Brunei 11884 C 5 5
42 Brunei 11885 T 5 5
43 Brunei 11886 C 5 5
44 Brunei 11887 A 5 5
45 Brunei 11888 G 5 5
46 Brunei 11889 T 5 5
47 Brunei 11890 T 5 5
48 Brunei 11891 T 5 5
49 Brunei 11892 T 5 5
50 Brunei 11893 G 5 5
51 Brunei 11894 C 5 5
52 Brunei 11895 A 5 5
53 Brunei 11896 A 5 5
54 Brunei 11897 C 5 5
55 Brunei 11898 A 5 5
56 Brunei 11899 A 5 5
57 Brunei 11900 C 5 5
58 Brunei 11901 T 5 5
59 Brunei 11902 C 5 5
60 Brunei 11903 A 5 5
61 Brunei 11904 G 5 5
62 Brunei 11905 A 5 5
63 Brunei 11906 G 5 5
64 Brunei 11907 T 5 5
65 Brunei 11908 A 5 5
66 Brunei 11909 G 5 5
67 Brunei 11910 A 5 5
68 Brunei 11911 A 5 5
69 Brunei 11912 T 5 5
70 Brunei 11913 C 5 5
71 Brunei 11914 A 5 5
72 Brunei 11915 T 5 5
73 Brunei 11916 C 5 5
74 Brunei 11917 A 5 5
75 Brunei 11918 T 5 5
76 Brunei 11919 C 5 5
77 Brunei 11920 T 5 5
78 Brunei 11921 A 5 5
79 Brunei 11922 A 5 5
80 Brunei 11923 A 5 5
81 Brunei 11924 T 5 5
82 Brunei 11925 T 5 5
83 Brunei 11926 G 5 5
84 Brunei 11927 T 5 5
85 Brunei 11928 G 5 5
86 Brunei 11929 G 5 5
87 Brunei 11930 G 5 5
88 Brunei 11931 C 5 5
89 Brunei 11932 T 5 5
90 Brunei 11933 C 5 5
91 Brunei 11934 A 5 5
92 Brunei 11935 A 5 5
93 Brunei 11936 T 5 5
94 Brunei 11937 G 5 5
95 Brunei 11938 T 5 5
96 Brunei 11939 G 5 5
97 Brunei 11940 T 5 5
98 Brunei 11941 C 5 5
99 Brunei 11942 C 5 5
100 Brunei 11943 A 5 5
101 Brunei 11944 G 5 5
102 Brunei 11945 T 5 5
103 Brunei 11946 T 5 5
104 Brunei 11947 A 5 5
105 Brunei 11948 C 5 5
106 Brunei 11949 A 5 5
107 Brunei 11950 C 5 5
108 Brunei 11951 A 5 5
109 Brunei 11952 A 5 5
110 Brunei 11953 T 5 5
111 Brunei 11954 G 5 5
112 Brunei 11955 A 5 5
113 Brunei 11956 C 5 5
114 Brunei 11957 A 5 5
115 Brunei 11958 T 5 5
116 Brunei 11959 T 5 5
117 Brunei 11960 C 5 5
118 Brunei 11961 T 5 5
119 Brunei 11962 C 5 5
120 Brunei 11963 T 5 5
121 Brunei 11964 T 5 5
122 Brunei 11965 A 5 5
123 Brunei 11966 G 5 5
124 Brunei 11967 C 5 5
125 Brunei 11968 T 5 5
126 Brunei 11969 A 5 5
127 Brunei 11970 A 5 5
128 Brunei 11971 A 5 5
129 Brunei 11972 G 5 5
130 Brunei 11973 A 5 5
131 Brunei 11974 T 5 5
132 Brunei 11975 A 5 5
133 Brunei 11976 C 5 5
134 Brunei 11977 T 5 5
135 Brunei 11978 A 5 5
136 Brunei 11979 C 5 5
137 Brunei 11980 T 5 5
138 Brunei 11981 G 5 5
139 Brunei 11982 A 5 5
140 Brunei 11983 A 5 5
141 Brunei 11984 G 5 5
142 Brunei 11985 C 5 5
143 Brunei 11986 C 5 5
144 Brunei 11987 T 5 5
145 Brunei 11988 T 5 5
146 Brunei 11989 T 5 5
147 Brunei 11990 G 5 5
148 Brunei 11991 A 5 5
149 Brunei 11992 A 5 5
150 Brunei 11993 A 5 5
151 Brunei 11994 A 5 5
152 Brunei 11995 A 5 5
153 Brunei 11996 A 5 5
154 Brunei 11997 T 5 5
155 Brunei 11998 G 5 5
156 Brunei 11999 G 5 5
157 Brunei 12000 T 5 5
158 Brunei 12001 T 5 5
159 Brunei 12002 T 5 5
160 Brunei 12003 C 5 5
161 Brunei 12004 A 5 5
162 Brunei 12005 C 5 5
163 Brunei 12006 T 5 5
164 Brunei 12007 A 5 5
165 Brunei 12008 C 5 5
166 Brunei 12009 T 5 5
167 Brunei 12010 T 5 5
168 Brunei 12011 T 5 5
169 Brunei 12012 C 5 5
170 Brunei 12013 T 5 5
171 Brunei 12014 G 5 5
172 Brunei 12015 T 5 5
173 Brunei 12016 T 5 5
174 Brunei 12017 T 5 5
175 Brunei 12018 T 5 5
176 Brunei 12019 G 5 5
177 Brunei 12020 C 5 5
178 Brunei 12021 T 5 5
179 Brunei 12022 T 5 5
180 Brunei 12023 T 5 5
181 Brunei 12024 C 5 5
182 Brunei 12025 C 5 5
183 Brunei 12026 A 5 5
184 Brunei 12027 T 5 5
185 Brunei 12028 G 5 5
186 Brunei 12029 C 5 5
187 Brunei 12030 A 5 5
188 Brunei 12031 G 5 5
189 Brunei 12032 G 5 5
190 Brunei 12033 G 5 5
191 Brunei 12034 T 5 5
192 Brunei 12035 G 5 5
193 Brunei 12036 C 5 5
194 Brunei 12037 T 5 5
195 Brunei 12038 G 5 5
196 Brunei 12039 T 5 5
197 Brunei 12040 A 5 5
198 Brunei 12041 G 5 5
199 Brunei 12042 A 5 5
200 Brunei 12043 C 5 5
201 Brunei 12044 A 5 5
202 Brunei 12045 T 5 5
203 Brunei 12046 A 5 5
204 Brunei 12047 A 5 5
205 Brunei 12048 A 5 5
206 Brunei 12049 C 5 5
207 Brunei 12050 A 5 5
208 Brunei 12051 A 5 5
209 Brunei 12052 G 5 5
210 Brunei 12053 C 5 5
211 Brunei 12054 T 5 5
212 Brunei 12055 T 5 5
213 Brunei 12056 T 5 5
214 Brunei 12057 G 5 5
215 Brunei 12058 T 5 5
216 Brunei 12059 G 5 5
217 Brunei 12060 A 5 5
218 Brunei 12061 A 5 5
219 Brunei 12062 G 5 5
220 Brunei 12063 A 5 5
221 Brunei 12064 A 5 5
222 Brunei 12065 A 5 5
223 Brunei 12066 T 5 5
224 Brunei 12067 G 5 5
225 Brunei 12068 C 5 5
226 Brunei 12069 T 5 5
227 Brunei 12070 G 5 5
228 Brunei 12071 G 5 5
229 Brunei 12072 A 5 5
230 Brunei 12073 C 5 5
231 Brunei 12074 A 5 5
232 Brunei 12075 A 5 5
233 Brunei 12076 C 5 5
234 Brunei 12077 A 5 5
235 Brunei 12078 G 5 5
236 Brunei 12079 G 5 5
237 Brunei 12080 G 5 5
238 Brunei 12081 C 5 5
239 Brunei 12082 A 5 5
240 Brunei 12083 A 5 5
241 Brunei 12084 C 5 5
242 Brunei 12085 C 5 5
243 Brunei 12086 T 5 5
244 Brunei 12087 T 5 5
245 Brunei 12088 A 5 5
246 Brunei 12089 C 5 5
247 Brunei 12090 A 5 5
248 Brunei 12091 A 5 5