National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N Q R S T V W
-   249                                    
?                                        
A   15                                    
C   9                                    
D   15     2                              
E   15       1                            
F   3                                    
G   3                                    
H   3                                    
I   6                                    
K   18                                    
L   45         1                          
M   12                                    
N   9                       1            
Q   18                         1          
R   6                                    
S   30                   1                
T   12                               1    
V   27                   1                
W   3                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Argentina 11843 T 652 652
1 Argentina 11844 C 652 652
2 Argentina 11845 T 652 652
3 Argentina 11846 A 652 652
4 Argentina 11847 A 652 652
5 Argentina 11848 A 652 652
6 Argentina 11849 A 652 652
7 Argentina 11850 T 652 652
8 Argentina 11851 G 652 652
9 Argentina 11852 T 652 652
10 Argentina 11853 C 652 652
11 Argentina 11854 A 652 652
12 Argentina 11855 G 652 652
13 Argentina 11856 A 652 652
14 Argentina 11857 T 652 652
15 Argentina 11858 G 652 652
16 Argentina 11859 T 652 652
17 Argentina 11860 A 652 652
18 Argentina 11861 A 652 652
19 Argentina 11862 A 652 652
20 Argentina 11863 G 652 651
21 Argentina 11864 T 652 651
22 Argentina 11865 G 652 649
23 Argentina 11866 C 652 649
24 Argentina 11867 A 652 649
25 Argentina 11868 C 652 649
26 Argentina 11869 A 652 649
27 Argentina 11870 T 655 652
28 Argentina 11871 C 656 653
29 Argentina 11872 A 656 653
30 Argentina 11873 G 656 653
31 Argentina 11874 T 656 653
32 Argentina 11875 A 661 661
33 Argentina 11876 G 661 661
34 Argentina 11877 T 661 661
35 Argentina 11878 C 661 661
36 Argentina 11879 T 661 661
37 Argentina 11880 T 661 661
38 Argentina 11881 A 661 661
39 Argentina 11882 C 661 661
40 Argentina 11883 T 661 661
41 Argentina 11884 C 661 661
42 Argentina 11885 T 661 661
43 Argentina 11886 C 661 661
44 Argentina 11887 A 661 661
45 Argentina 11888 G 661 661
46 Argentina 11889 T 661 661
47 Argentina 11890 T 661 661
48 Argentina 11891 T 661 661
49 Argentina 11892 T 661 661
50 Argentina 11893 G 661 661
51 Argentina 11894 C 661 661
52 Argentina 11895 A 661 661
53 Argentina 11896 A G 661 660 Gln3877Gln
54 Argentina 11897 C 661 661
55 Argentina 11898 A 661 661
56 Argentina 11899 A 661 661
57 Argentina 11900 C 661 661
58 Argentina 11901 T 661 661
59 Argentina 11902 C 661 661
60 Argentina 11903 A 661 661
61 Argentina 11904 G 661 661
62 Argentina 11905 A 661 661
63 Argentina 11906 G T 661 660 Val3881Leu
64 Argentina 11907 T 661 661
65 Argentina 11908 A 661 661
66 Argentina 11909 G 661 661
67 Argentina 11910 A 661 661
68 Argentina 11911 A 661 661
69 Argentina 11912 T 661 661
70 Argentina 11913 C 661 661
71 Argentina 11914 A 661 661
72 Argentina 11915 T 661 661
73 Argentina 11916 C T 661 367 Ser3884Leu
74 Argentina 11917 A 661 661
75 Argentina 11918 T 661 661
76 Argentina 11919 C 661 661
77 Argentina 11920 T 661 661
78 Argentina 11921 A 661 661
79 Argentina 11922 A 661 661
80 Argentina 11923 A 661 661
81 Argentina 11924 T 661 661
82 Argentina 11925 T 661 661
83 Argentina 11926 G 661 661
84 Argentina 11927 T 661 661
85 Argentina 11928 G 661 661
86 Argentina 11929 G 661 661
87 Argentina 11930 G 661 661
88 Argentina 11931 C 661 661
89 Argentina 11932 T 661 661
90 Argentina 11933 C 661 661
91 Argentina 11934 A 661 661
92 Argentina 11935 A 661 661
93 Argentina 11936 T 661 661
94 Argentina 11937 G 661 661
95 Argentina 11938 T 661 661
96 Argentina 11939 G 661 661
97 Argentina 11940 T 661 661
98 Argentina 11941 C 661 661
99 Argentina 11942 C 661 661
100 Argentina 11943 A 661 661
101 Argentina 11944 G 661 661
102 Argentina 11945 T 661 661
103 Argentina 11946 T 661 661
104 Argentina 11947 A 661 661
105 Argentina 11948 C 661 661
106 Argentina 11949 A 661 661
107 Argentina 11950 C 661 661
108 Argentina 11951 A 661 661
109 Argentina 11952 A 661 661
110 Argentina 11953 T 661 661
111 Argentina 11954 G 661 661
112 Argentina 11955 A 661 661
113 Argentina 11956 C T 661 659 Asp3897Asp
114 Argentina 11957 A 661 661
115 Argentina 11958 T 661 661
116 Argentina 11959 T 661 661
117 Argentina 11960 C 661 661
118 Argentina 11961 T 661 661
119 Argentina 11962 C 661 661
120 Argentina 11963 T 661 661
121 Argentina 11964 T 661 661
122 Argentina 11965 A 661 661
123 Argentina 11966 G 661 661
124 Argentina 11967 C 661 661
125 Argentina 11968 T 661 661
126 Argentina 11969 A 661 661
127 Argentina 11970 A 661 661
128 Argentina 11971 A 661 661
129 Argentina 11972 G 661 661
130 Argentina 11973 A 661 661
131 Argentina 11974 T 661 661
132 Argentina 11975 A 661 661
133 Argentina 11976 C 661 661
134 Argentina 11977 T 661 661
135 Argentina 11978 A 661 661
136 Argentina 11979 C 661 661
137 Argentina 11980 T 661 661
138 Argentina 11981 G 661 661
139 Argentina 11982 A 661 661
140 Argentina 11983 A G 661 658 Glu3906Glu
141 Argentina 11984 G 661 661
142 Argentina 11985 C 661 661
143 Argentina 11986 C 661 661
144 Argentina 11987 T 661 660
145 Argentina 11988 T 661 660
146 Argentina 11989 T 661 660
147 Argentina 11990 G 661 660
148 Argentina 11991 A 661 660
149 Argentina 11992 A 661 660
150 Argentina 11993 A 661 660
151 Argentina 11994 A 661 660
152 Argentina 11995 A 661 660
153 Argentina 11996 A 661 661
154 Argentina 11997 T 661 661
155 Argentina 11998 G 661 661
156 Argentina 11999 G 661 661
157 Argentina 12000 T 661 661
158 Argentina 12001 T 661 661
159 Argentina 12002 T 661 660
160 Argentina 12003 C 661 660
161 Argentina 12004 A 661 660
162 Argentina 12005 C 661 660
163 Argentina 12006 T 661 660
164 Argentina 12007 A 661 660
165 Argentina 12008 C 661 660
166 Argentina 12009 T 661 660
167 Argentina 12010 T 661 660
168 Argentina 12011 T 661 660
169 Argentina 12012 C 661 660
170 Argentina 12013 T 661 660
171 Argentina 12014 G 661 660
172 Argentina 12015 T 661 660
173 Argentina 12016 T 661 660
174 Argentina 12017 T 661 661
175 Argentina 12018 T 661 661
176 Argentina 12019 G 661 661
177 Argentina 12020 C 661 661
178 Argentina 12021 T 661 661
179 Argentina 12022 T 661 661
180 Argentina 12023 T 661 661
181 Argentina 12024 C 661 661
182 Argentina 12025 C 661 661
183 Argentina 12026 A 661 661
184 Argentina 12027 T 661 661
185 Argentina 12028 G 661 661
186 Argentina 12029 C 661 661
187 Argentina 12030 A 661 661
188 Argentina 12031 G 661 661
189 Argentina 12032 G 661 661
190 Argentina 12033 G 661 661
191 Argentina 12034 T 661 661
192 Argentina 12035 G 661 661
193 Argentina 12036 C 661 661
194 Argentina 12037 T 661 661
195 Argentina 12038 G 661 661
196 Argentina 12039 T 661 661
197 Argentina 12040 A 661 661
198 Argentina 12041 G 661 661
199 Argentina 12042 A 661 661
200 Argentina 12043 C 661 661
201 Argentina 12044 A 661 661
202 Argentina 12045 T 661 661
203 Argentina 12046 A 661 661
204 Argentina 12047 A 661 661
205 Argentina 12048 A 661 661
206 Argentina 12049 C T 661 660 Asn3928Asn
207 Argentina 12050 A 661 661
208 Argentina 12051 A 661 661
209 Argentina 12052 G 661 661
210 Argentina 12053 C T 661 654 Leu3930Phe
211 Argentina 12054 T 661 661
212 Argentina 12055 T 661 661
213 Argentina 12056 T 661 661
214 Argentina 12057 G 661 661
215 Argentina 12058 T 661 661
216 Argentina 12059 G 661 661
217 Argentina 12060 A 661 661
218 Argentina 12061 A 661 661
219 Argentina 12062 G 661 661
220 Argentina 12063 A 661 661
221 Argentina 12064 A 661 661
222 Argentina 12065 A 661 661
223 Argentina 12066 T 661 661
224 Argentina 12067 G 661 661
225 Argentina 12068 C 661 661
226 Argentina 12069 T 661 661
227 Argentina 12070 G 661 661
228 Argentina 12071 G 661 661
229 Argentina 12072 A 661 661
230 Argentina 12073 C T 661 659 Asp3936Asp
231 Argentina 12074 A 661 661
232 Argentina 12075 A 661 661
233 Argentina 12076 C 661 661
234 Argentina 12077 A 661 661
235 Argentina 12078 G 661 661
236 Argentina 12079 G 661 661
237 Argentina 12080 G 661 661
238 Argentina 12081 C 661 661
239 Argentina 12082 A 661 661
240 Argentina 12083 A 661 661
241 Argentina 12084 C 661 661
242 Argentina 12085 C T 661 659 Thr3940Thr
243 Argentina 12086 T 661 661
244 Argentina 12087 T 661 661
245 Argentina 12088 A 661 661
246 Argentina 12089 C 661 661
247 Argentina 12090 A 661 661
248 Argentina 12091 A 661 661