National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N Q R S T V W
-   202                                    
?                                        
A   15                                    
C   6                                    
D   12                                    
E   15                                    
F   3                                    
G   3                                    
H   3                                    
I   6                                    
K   12                                    
L   39                                    
M   9                                    
N   9                                    
Q   18                                    
R   6                                    
S   18                                    
T   9                                    
V   16                                    
W   3                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Antigua_and_Barbuda 11890 T 1 1
1 Antigua_and_Barbuda 11891 T 1 1
2 Antigua_and_Barbuda 11892 T 1 1
3 Antigua_and_Barbuda 11893 G 1 1
4 Antigua_and_Barbuda 11894 C 1 1
5 Antigua_and_Barbuda 11895 A 1 1
6 Antigua_and_Barbuda 11896 A 1 1
7 Antigua_and_Barbuda 11897 C 1 1
8 Antigua_and_Barbuda 11898 A 1 1
9 Antigua_and_Barbuda 11899 A 1 1
10 Antigua_and_Barbuda 11900 C 1 1
11 Antigua_and_Barbuda 11901 T 1 1
12 Antigua_and_Barbuda 11902 C 1 1
13 Antigua_and_Barbuda 11903 A 1 1
14 Antigua_and_Barbuda 11904 G 1 1
15 Antigua_and_Barbuda 11905 A 1 1
16 Antigua_and_Barbuda 11906 G 1 1
17 Antigua_and_Barbuda 11907 T 1 1
18 Antigua_and_Barbuda 11908 A 1 1
19 Antigua_and_Barbuda 11909 G 1 1
20 Antigua_and_Barbuda 11910 A 1 1
21 Antigua_and_Barbuda 11911 A 1 1
22 Antigua_and_Barbuda 11912 T 1 1
23 Antigua_and_Barbuda 11913 C 1 1
24 Antigua_and_Barbuda 11914 A 1 1
25 Antigua_and_Barbuda 11915 T 1 1
26 Antigua_and_Barbuda 11916 C 1 1
27 Antigua_and_Barbuda 11917 A 1 1
28 Antigua_and_Barbuda 11918 T 1 1
29 Antigua_and_Barbuda 11919 C 1 1
30 Antigua_and_Barbuda 11920 T 1 1
31 Antigua_and_Barbuda 11921 A 1 1
32 Antigua_and_Barbuda 11922 A 1 1
33 Antigua_and_Barbuda 11923 A 1 1
34 Antigua_and_Barbuda 11924 T 1 1
35 Antigua_and_Barbuda 11925 T 1 1
36 Antigua_and_Barbuda 11926 G 1 1
37 Antigua_and_Barbuda 11927 T 1 1
38 Antigua_and_Barbuda 11928 G 1 1
39 Antigua_and_Barbuda 11929 G 1 1
40 Antigua_and_Barbuda 11930 G 1 1
41 Antigua_and_Barbuda 11931 C 1 1
42 Antigua_and_Barbuda 11932 T 1 1
43 Antigua_and_Barbuda 11933 C 1 1
44 Antigua_and_Barbuda 11934 A 1 1
45 Antigua_and_Barbuda 11935 A 1 1
46 Antigua_and_Barbuda 11936 T 1 1
47 Antigua_and_Barbuda 11937 G 1 1
48 Antigua_and_Barbuda 11938 T 1 1
49 Antigua_and_Barbuda 11939 G 1 1
50 Antigua_and_Barbuda 11940 T 1 1
51 Antigua_and_Barbuda 11941 C 1 1
52 Antigua_and_Barbuda 11942 C 1 1
53 Antigua_and_Barbuda 11943 A 1 1
54 Antigua_and_Barbuda 11944 G 1 1
55 Antigua_and_Barbuda 11945 T 1 1
56 Antigua_and_Barbuda 11946 T 1 1
57 Antigua_and_Barbuda 11947 A 1 1
58 Antigua_and_Barbuda 11948 C 1 1
59 Antigua_and_Barbuda 11949 A 1 1
60 Antigua_and_Barbuda 11950 C 1 1
61 Antigua_and_Barbuda 11951 A 1 1
62 Antigua_and_Barbuda 11952 A 1 1
63 Antigua_and_Barbuda 11953 T 1 1
64 Antigua_and_Barbuda 11954 G 1 1
65 Antigua_and_Barbuda 11955 A 1 1
66 Antigua_and_Barbuda 11956 C 1 1
67 Antigua_and_Barbuda 11957 A 1 1
68 Antigua_and_Barbuda 11958 T 1 1
69 Antigua_and_Barbuda 11959 T 1 1
70 Antigua_and_Barbuda 11960 C 1 1
71 Antigua_and_Barbuda 11961 T 1 1
72 Antigua_and_Barbuda 11962 C 1 1
73 Antigua_and_Barbuda 11963 T 1 1
74 Antigua_and_Barbuda 11964 T 1 1
75 Antigua_and_Barbuda 11965 A 1 1
76 Antigua_and_Barbuda 11966 G 1 1
77 Antigua_and_Barbuda 11967 C 1 1
78 Antigua_and_Barbuda 11968 T 1 1
79 Antigua_and_Barbuda 11969 A 1 1
80 Antigua_and_Barbuda 11970 A 1 1
81 Antigua_and_Barbuda 11971 A 1 1
82 Antigua_and_Barbuda 11972 G 1 1
83 Antigua_and_Barbuda 11973 A 1 1
84 Antigua_and_Barbuda 11974 T 1 1
85 Antigua_and_Barbuda 11975 A 1 1
86 Antigua_and_Barbuda 11976 C 1 1
87 Antigua_and_Barbuda 11977 T 1 1
88 Antigua_and_Barbuda 11978 A 1 1
89 Antigua_and_Barbuda 11979 C 1 1
90 Antigua_and_Barbuda 11980 T 1 1
91 Antigua_and_Barbuda 11981 G 1 1
92 Antigua_and_Barbuda 11982 A 1 1
93 Antigua_and_Barbuda 11983 A 1 1
94 Antigua_and_Barbuda 11984 G 1 1
95 Antigua_and_Barbuda 11985 C 1 1
96 Antigua_and_Barbuda 11986 C 1 1
97 Antigua_and_Barbuda 11987 T 1 1
98 Antigua_and_Barbuda 11988 T 1 1
99 Antigua_and_Barbuda 11989 T 1 1
100 Antigua_and_Barbuda 11990 G 1 1
101 Antigua_and_Barbuda 11991 A 1 1
102 Antigua_and_Barbuda 11992 A 1 1
103 Antigua_and_Barbuda 11993 A 1 1
104 Antigua_and_Barbuda 11994 A 1 1
105 Antigua_and_Barbuda 11995 A 1 1
106 Antigua_and_Barbuda 11996 A 1 1
107 Antigua_and_Barbuda 11997 T 1 1
108 Antigua_and_Barbuda 11998 G 1 1
109 Antigua_and_Barbuda 11999 G 1 1
110 Antigua_and_Barbuda 12000 T 1 1
111 Antigua_and_Barbuda 12001 T 1 1
112 Antigua_and_Barbuda 12002 T 1 1
113 Antigua_and_Barbuda 12003 C 1 1
114 Antigua_and_Barbuda 12004 A 1 1
115 Antigua_and_Barbuda 12005 C 1 1
116 Antigua_and_Barbuda 12006 T 1 1
117 Antigua_and_Barbuda 12007 A 1 1
118 Antigua_and_Barbuda 12008 C 1 1
119 Antigua_and_Barbuda 12009 T 1 1
120 Antigua_and_Barbuda 12010 T 1 1
121 Antigua_and_Barbuda 12011 T 1 1
122 Antigua_and_Barbuda 12012 C 1 1
123 Antigua_and_Barbuda 12013 T 1 1
124 Antigua_and_Barbuda 12014 G 1 1
125 Antigua_and_Barbuda 12015 T 1 1
126 Antigua_and_Barbuda 12016 T 1 1
127 Antigua_and_Barbuda 12017 T 1 1
128 Antigua_and_Barbuda 12018 T 1 1
129 Antigua_and_Barbuda 12019 G 1 1
130 Antigua_and_Barbuda 12020 C 1 1
131 Antigua_and_Barbuda 12021 T 1 1
132 Antigua_and_Barbuda 12022 T 1 1
133 Antigua_and_Barbuda 12023 T 1 1
134 Antigua_and_Barbuda 12024 C 1 1
135 Antigua_and_Barbuda 12025 C 1 1
136 Antigua_and_Barbuda 12026 A 1 1
137 Antigua_and_Barbuda 12027 T 1 1
138 Antigua_and_Barbuda 12028 G 1 1
139 Antigua_and_Barbuda 12029 C 1 1
140 Antigua_and_Barbuda 12030 A 1 1
141 Antigua_and_Barbuda 12031 G 1 1
142 Antigua_and_Barbuda 12032 G 1 1
143 Antigua_and_Barbuda 12033 G 1 1
144 Antigua_and_Barbuda 12034 T 1 1
145 Antigua_and_Barbuda 12035 G 1 1
146 Antigua_and_Barbuda 12036 C 1 1
147 Antigua_and_Barbuda 12037 T 1 1
148 Antigua_and_Barbuda 12038 G 1 1
149 Antigua_and_Barbuda 12039 T 1 1
150 Antigua_and_Barbuda 12040 A 1 1
151 Antigua_and_Barbuda 12041 G 1 1
152 Antigua_and_Barbuda 12042 A 1 1
153 Antigua_and_Barbuda 12043 C 1 1
154 Antigua_and_Barbuda 12044 A 1 1
155 Antigua_and_Barbuda 12045 T 1 1
156 Antigua_and_Barbuda 12046 A 1 1
157 Antigua_and_Barbuda 12047 A 1 1
158 Antigua_and_Barbuda 12048 A 1 1
159 Antigua_and_Barbuda 12049 C 1 1
160 Antigua_and_Barbuda 12050 A 1 1
161 Antigua_and_Barbuda 12051 A 1 1
162 Antigua_and_Barbuda 12052 G 1 1
163 Antigua_and_Barbuda 12053 C 1 1
164 Antigua_and_Barbuda 12054 T 1 1
165 Antigua_and_Barbuda 12055 T 1 1
166 Antigua_and_Barbuda 12056 T 1 1
167 Antigua_and_Barbuda 12057 G 1 1
168 Antigua_and_Barbuda 12058 T 1 1
169 Antigua_and_Barbuda 12059 G 1 1
170 Antigua_and_Barbuda 12060 A 1 1
171 Antigua_and_Barbuda 12061 A 1 1
172 Antigua_and_Barbuda 12062 G 1 1
173 Antigua_and_Barbuda 12063 A 1 1
174 Antigua_and_Barbuda 12064 A 1 1
175 Antigua_and_Barbuda 12065 A 1 1
176 Antigua_and_Barbuda 12066 T 1 1
177 Antigua_and_Barbuda 12067 G 1 1
178 Antigua_and_Barbuda 12068 C 1 1
179 Antigua_and_Barbuda 12069 T 1 1
180 Antigua_and_Barbuda 12070 G 1 1
181 Antigua_and_Barbuda 12071 G 1 1
182 Antigua_and_Barbuda 12072 A 1 1
183 Antigua_and_Barbuda 12073 C 1 1
184 Antigua_and_Barbuda 12074 A 1 1
185 Antigua_and_Barbuda 12075 A 1 1
186 Antigua_and_Barbuda 12076 C 1 1
187 Antigua_and_Barbuda 12077 A 1 1
188 Antigua_and_Barbuda 12078 G 1 1
189 Antigua_and_Barbuda 12079 G 1 1
190 Antigua_and_Barbuda 12080 G 1 1
191 Antigua_and_Barbuda 12081 C 1 1
192 Antigua_and_Barbuda 12082 A 1 1
193 Antigua_and_Barbuda 12083 A 1 1
194 Antigua_and_Barbuda 12084 C 1 1
195 Antigua_and_Barbuda 12085 C 1 1
196 Antigua_and_Barbuda 12086 T 1 1
197 Antigua_and_Barbuda 12087 T 1 1
198 Antigua_and_Barbuda 12088 A 1 1
199 Antigua_and_Barbuda 12089 C 1 1
200 Antigua_and_Barbuda 12090 A 1 1
201 Antigua_and_Barbuda 12091 A 1 1