National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   870                                        
?                                            
A   60                                        
C   30                                        
D   24                                        
E   9     1                                  
F   66         1                              
G   45                                        
H   12                                        
I   48                                        
K   36                                        
L   123         1                              
M   51                                        
N   30                                        
P   21                         1              
Q   21                                        
R   27                                        
S   51                                        
T   63                                        
V   84                                   1    
W   18                                        
Y   51                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Sri_Lanka 10973 A 44 44
1 Sri_Lanka 10974 G 44 44
2 Sri_Lanka 10975 T 44 44
3 Sri_Lanka 10976 G 44 44
4 Sri_Lanka 10977 C 45 45
5 Sri_Lanka 10978 A 45 44
6 Sri_Lanka 10979 G 45 44
7 Sri_Lanka 10980 T 45 44
8 Sri_Lanka 10981 G 51 51
9 Sri_Lanka 10982 A 52 52
10 Sri_Lanka 10983 A 52 52
11 Sri_Lanka 10984 A 52 52
12 Sri_Lanka 10985 A 52 52
13 Sri_Lanka 10986 G 52 52
14 Sri_Lanka 10987 A 52 52
15 Sri_Lanka 10988 A 52 52
16 Sri_Lanka 10989 C 52 52
17 Sri_Lanka 10990 A 52 52
18 Sri_Lanka 10991 A 52 52
19 Sri_Lanka 10992 T 53 53
20 Sri_Lanka 10993 C 58 58
21 Sri_Lanka 10994 A 58 58
22 Sri_Lanka 10995 A 58 58
23 Sri_Lanka 10996 G 58 58
24 Sri_Lanka 10997 G 58 58
25 Sri_Lanka 10998 G 58 58
26 Sri_Lanka 10999 T 58 58
27 Sri_Lanka 11000 A 58 58
28 Sri_Lanka 11001 C 58 58
29 Sri_Lanka 11002 A 58 58
30 Sri_Lanka 11003 C 58 58
31 Sri_Lanka 11004 A 58 58
32 Sri_Lanka 11005 C 58 58
33 Sri_Lanka 11006 C 58 58
34 Sri_Lanka 11007 A 58 58
35 Sri_Lanka 11008 C 58 58
36 Sri_Lanka 11009 T 58 58
37 Sri_Lanka 11010 G 58 58
38 Sri_Lanka 11011 G 58 58
39 Sri_Lanka 11012 T 58 58
40 Sri_Lanka 11013 T 58 58
41 Sri_Lanka 11014 G 58 58
42 Sri_Lanka 11015 T 58 58
43 Sri_Lanka 11016 T 58 58
44 Sri_Lanka 11017 A 58 58
45 Sri_Lanka 11018 C 58 58
46 Sri_Lanka 11019 T 58 58
47 Sri_Lanka 11020 C 58 58
48 Sri_Lanka 11021 A 58 58
49 Sri_Lanka 11022 C 58 58
50 Sri_Lanka 11023 A 58 58
51 Sri_Lanka 11024 A 58 58
52 Sri_Lanka 11025 T 58 58
53 Sri_Lanka 11026 T 58 58
54 Sri_Lanka 11027 T 58 58
55 Sri_Lanka 11028 T 58 58
56 Sri_Lanka 11029 G 58 58
57 Sri_Lanka 11030 A 58 58
58 Sri_Lanka 11031 C 58 58
59 Sri_Lanka 11032 T 58 58
60 Sri_Lanka 11033 T 58 58
61 Sri_Lanka 11034 C 58 58
62 Sri_Lanka 11035 A 58 58
63 Sri_Lanka 11036 C 58 58
64 Sri_Lanka 11037 T 58 58
65 Sri_Lanka 11038 T 58 58
66 Sri_Lanka 11039 T 58 58
67 Sri_Lanka 11040 T 58 58
68 Sri_Lanka 11041 A 58 58
69 Sri_Lanka 11042 G 58 58
70 Sri_Lanka 11043 T 58 58
71 Sri_Lanka 11044 T 58 58
72 Sri_Lanka 11045 T 58 58
73 Sri_Lanka 11046 T 58 58
74 Sri_Lanka 11047 A 58 58
75 Sri_Lanka 11048 G 58 58
76 Sri_Lanka 11049 T 58 58
77 Sri_Lanka 11050 C 58 58
78 Sri_Lanka 11051 C 58 58
79 Sri_Lanka 11052 A 58 58
80 Sri_Lanka 11053 G 58 58
81 Sri_Lanka 11054 A 58 58
82 Sri_Lanka 11055 G 58 58
83 Sri_Lanka 11056 T 58 58
84 Sri_Lanka 11057 A 58 58
85 Sri_Lanka 11058 C 58 58
86 Sri_Lanka 11059 T 58 58
87 Sri_Lanka 11060 C 58 58
88 Sri_Lanka 11061 A 58 58
89 Sri_Lanka 11062 A 58 58
90 Sri_Lanka 11063 T 58 58
91 Sri_Lanka 11064 G 58 58
92 Sri_Lanka 11065 G 58 57
93 Sri_Lanka 11066 T 58 57
94 Sri_Lanka 11067 C 58 57
95 Sri_Lanka 11068 T 58 57
96 Sri_Lanka 11069 T 58 57
97 Sri_Lanka 11070 T 58 57
98 Sri_Lanka 11071 G 58 57
99 Sri_Lanka 11072 T 58 58
100 Sri_Lanka 11073 T 58 58
101 Sri_Lanka 11074 C T 58 57 Phe3603Phe
102 Sri_Lanka 11075 T 58 58
103 Sri_Lanka 11076 T 58 58
104 Sri_Lanka 11077 T 58 58
105 Sri_Lanka 11078 T 58 58
106 Sri_Lanka 11079 T 58 58
107 Sri_Lanka 11080 T 58 58
108 Sri_Lanka 11081 T 58 58
109 Sri_Lanka 11082 T 58 58
110 Sri_Lanka 11083 G T 58 22 Leu3606Phe
111 Sri_Lanka 11084 T 58 58
112 Sri_Lanka 11085 A 58 58
113 Sri_Lanka 11086 T 58 58
114 Sri_Lanka 11087 G 58 58
115 Sri_Lanka 11088 A 58 58
116 Sri_Lanka 11089 A 58 58
117 Sri_Lanka 11090 A 58 58
118 Sri_Lanka 11091 A 58 58
119 Sri_Lanka 11092 T 58 58
120 Sri_Lanka 11093 G 58 58
121 Sri_Lanka 11094 C 58 58
122 Sri_Lanka 11095 C 58 58
123 Sri_Lanka 11096 T 58 58
124 Sri_Lanka 11097 T 58 58
125 Sri_Lanka 11098 T 58 58
126 Sri_Lanka 11099 T 58 58
127 Sri_Lanka 11100 T 58 58
128 Sri_Lanka 11101 A 58 58
129 Sri_Lanka 11102 C 58 58
130 Sri_Lanka 11103 C 58 58
131 Sri_Lanka 11104 T 58 58
132 Sri_Lanka 11105 T 58 58
133 Sri_Lanka 11106 T 58 58
134 Sri_Lanka 11107 T 58 58
135 Sri_Lanka 11108 G 58 58
136 Sri_Lanka 11109 C 58 57
137 Sri_Lanka 11110 T 58 57
138 Sri_Lanka 11111 A 58 26
139 Sri_Lanka 11112 T 58 26
140 Sri_Lanka 11113 G 58 25
141 Sri_Lanka 11114 G 58 25
142 Sri_Lanka 11115 G 58 25
143 Sri_Lanka 11116 T 58 25
144 Sri_Lanka 11117 A 58 26
145 Sri_Lanka 11118 T 58 26
146 Sri_Lanka 11119 T 58 26
147 Sri_Lanka 11120 A 58 26
148 Sri_Lanka 11121 T 58 26
149 Sri_Lanka 11122 T 58 26
150 Sri_Lanka 11123 G 58 26
151 Sri_Lanka 11124 C 58 26
152 Sri_Lanka 11125 T 58 26
153 Sri_Lanka 11126 A 58 21
154 Sri_Lanka 11127 T 58 21
155 Sri_Lanka 11128 G 58 22
156 Sri_Lanka 11129 T 58 22
157 Sri_Lanka 11130 C 58 22
158 Sri_Lanka 11131 T 58 23
159 Sri_Lanka 11132 G 58 24
160 Sri_Lanka 11133 C 58 23
161 Sri_Lanka 11134 T 58 23
162 Sri_Lanka 11135 T 58 24
163 Sri_Lanka 11136 T 58 24
164 Sri_Lanka 11137 T 58 24
165 Sri_Lanka 11138 G 58 42
166 Sri_Lanka 11139 C 58 43
167 Sri_Lanka 11140 A 58 42
168 Sri_Lanka 11141 A 58 42
169 Sri_Lanka 11142 T 58 41
170 Sri_Lanka 11143 G 58 41
171 Sri_Lanka 11144 A 58 40
172 Sri_Lanka 11145 T 58 40
173 Sri_Lanka 11146 G 58 40
174 Sri_Lanka 11147 T 58 41
175 Sri_Lanka 11148 T 58 41
176 Sri_Lanka 11149 T 58 42
177 Sri_Lanka 11150 G 58 44
178 Sri_Lanka 11151 T 58 47
179 Sri_Lanka 11152 C 59 59
180 Sri_Lanka 11153 A 59 59
181 Sri_Lanka 11154 A 59 59
182 Sri_Lanka 11155 A 59 59
183 Sri_Lanka 11156 C 59 59
184 Sri_Lanka 11157 A 59 59
185 Sri_Lanka 11158 T 59 59
186 Sri_Lanka 11159 A 59 59
187 Sri_Lanka 11160 A 59 59
188 Sri_Lanka 11161 G 59 59
189 Sri_Lanka 11162 C 59 59
190 Sri_Lanka 11163 A 59 59
191 Sri_Lanka 11164 T 59 59
192 Sri_Lanka 11165 G 59 59
193 Sri_Lanka 11166 C 59 59
194 Sri_Lanka 11167 A 59 59
195 Sri_Lanka 11168 T 59 59
196 Sri_Lanka 11169 T 59 59
197 Sri_Lanka 11170 T 59 59
198 Sri_Lanka 11171 C 59 59
199 Sri_Lanka 11172 T 59 59
200 Sri_Lanka 11173 C 59 59
201 Sri_Lanka 11174 T 59 59
202 Sri_Lanka 11175 G 59 59
203 Sri_Lanka 11176 T 59 59
204 Sri_Lanka 11177 T 59 59
205 Sri_Lanka 11178 T 59 59
206 Sri_Lanka 11179 G 59 59
207 Sri_Lanka 11180 T 59 59
208 Sri_Lanka 11181 T 59 59
209 Sri_Lanka 11182 T 59 59
210 Sri_Lanka 11183 T 59 59
211 Sri_Lanka 11184 T 59 59
212 Sri_Lanka 11185 G 59 59
213 Sri_Lanka 11186 T 59 59
214 Sri_Lanka 11187 T 59 59
215 Sri_Lanka 11188 A 59 59
216 Sri_Lanka 11189 C 59 59
217 Sri_Lanka 11190 C 59 59
218 Sri_Lanka 11191 T 59 59
219 Sri_Lanka 11192 T 59 59
220 Sri_Lanka 11193 C 59 59
221 Sri_Lanka 11194 T 59 59
222 Sri_Lanka 11195 C 59 59
223 Sri_Lanka 11196 T 59 59
224 Sri_Lanka 11197 T 59 59
225 Sri_Lanka 11198 G 59 59
226 Sri_Lanka 11199 C 59 59
227 Sri_Lanka 11200 C 59 59
228 Sri_Lanka 11201 A 59 59
229 Sri_Lanka 11202 C 59 59
230 Sri_Lanka 11203 T 59 59
231 Sri_Lanka 11204 G 59 59
232 Sri_Lanka 11205 T 59 59
233 Sri_Lanka 11206 A 59 59
234 Sri_Lanka 11207 G 59 59
235 Sri_Lanka 11208 C 59 59
236 Sri_Lanka 11209 T 59 59
237 Sri_Lanka 11210 T 59 59
238 Sri_Lanka 11211 A 59 59
239 Sri_Lanka 11212 T 59 59
240 Sri_Lanka 11213 T 59 59
241 Sri_Lanka 11214 T 59 59
242 Sri_Lanka 11215 T 59 59
243 Sri_Lanka 11216 A 59 59
244 Sri_Lanka 11217 A 59 59
245 Sri_Lanka 11218 T 59 58
246 Sri_Lanka 11219 A 59 58
247 Sri_Lanka 11220 T 59 58
248 Sri_Lanka 11221 G 59 58
249 Sri_Lanka 11222 G 59 58
250 Sri_Lanka 11223 T 59 58
251 Sri_Lanka 11224 C 59 58
252 Sri_Lanka 11225 T 59 58
253 Sri_Lanka 11226 A 59 54
254 Sri_Lanka 11227 T 59 54
255 Sri_Lanka 11228 A 59 54
256 Sri_Lanka 11229 T 59 54
257 Sri_Lanka 11230 G 59 55
258 Sri_Lanka 11231 C 59 54
259 Sri_Lanka 11232 C 59 54
260 Sri_Lanka 11233 T 59 54
261 Sri_Lanka 11234 G 59 54
262 Sri_Lanka 11235 C 59 53
263 Sri_Lanka 11236 T 59 53
264 Sri_Lanka 11237 A 59 52
265 Sri_Lanka 11238 G 59 52
266 Sri_Lanka 11239 T 59 52
267 Sri_Lanka 11240 T 59 52
268 Sri_Lanka 11241 G 59 52
269 Sri_Lanka 11242 G 59 52
270 Sri_Lanka 11243 G 59 52
271 Sri_Lanka 11244 T 59 53
272 Sri_Lanka 11245 G 59 57
273 Sri_Lanka 11246 A 59 57
274 Sri_Lanka 11247 T 59 57
275 Sri_Lanka 11248 G 59 57
276 Sri_Lanka 11249 C 59 57
277 Sri_Lanka 11250 G 59 57
278 Sri_Lanka 11251 T 59 57
279 Sri_Lanka 11252 A 59 57
280 Sri_Lanka 11253 T 59 57
281 Sri_Lanka 11254 T 59 57
282 Sri_Lanka 11255 A 59 57
283 Sri_Lanka 11256 T 59 58
284 Sri_Lanka 11257 G 59 59
285 Sri_Lanka 11258 A 59 59
286 Sri_Lanka 11259 C 59 59
287 Sri_Lanka 11260 A 59 59
288 Sri_Lanka 11261 T 59 59
289 Sri_Lanka 11262 G 59 59
290 Sri_Lanka 11263 G 59 59
291 Sri_Lanka 11264 T 59 59
292 Sri_Lanka 11265 T 59 59
293 Sri_Lanka 11266 G 59 59
294 Sri_Lanka 11267 G 59 59
295 Sri_Lanka 11268 A 59 59
296 Sri_Lanka 11269 T 59 59
297 Sri_Lanka 11270 A 59 59
298 Sri_Lanka 11271 T 59 59
299 Sri_Lanka 11272 G 59 59
300 Sri_Lanka 11273 G 59 59
301 Sri_Lanka 11274 T 59 59
302 Sri_Lanka 11275 T 59 59
303 Sri_Lanka 11276 G 59 59
304 Sri_Lanka 11277 A 59 59
305 Sri_Lanka 11278 T 59 59
306 Sri_Lanka 11279 A 59 59
307 Sri_Lanka 11280 C 59 59
308 Sri_Lanka 11281 T 58 58
309 Sri_Lanka 11282 A 58 58
310 Sri_Lanka 11283 G 58 58
311 Sri_Lanka 11284 T 58 58
312 Sri_Lanka 11285 T 58 58
313 Sri_Lanka 11286 T 58 58
314 Sri_Lanka 11287 G 58 58
315 Sri_Lanka 11288 T 58 58
316 Sri_Lanka 11289 C 58 58
317 Sri_Lanka 11290 T 58 58
318 Sri_Lanka 11291 G 58 58
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