National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   870                                        
?                                            
A   60                                        
C   30                                        
D   24                                        
E   9                                        
F   66                                        
G   45                                        
H   12                                        
I   48                                        
K   36                 1                      
L   123         1                              
M   51                                        
N   30                                        
P   21                                        
Q   21                                        
R   27                                        
S   51                                        
T   63                                        
V   84                                        
W   18                                        
Y   51                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Sierra_Leone 10973 A 11 11
1 Sierra_Leone 10974 G 11 11
2 Sierra_Leone 10975 T 11 11
3 Sierra_Leone 10976 G 11 11
4 Sierra_Leone 10977 C 11 11
5 Sierra_Leone 10978 A 11 11
6 Sierra_Leone 10979 G 11 11
7 Sierra_Leone 10980 T 11 11
8 Sierra_Leone 10981 G 11 11
9 Sierra_Leone 10982 A 11 11
10 Sierra_Leone 10983 A 11 11
11 Sierra_Leone 10984 A 11 11
12 Sierra_Leone 10985 A 11 11
13 Sierra_Leone 10986 G 11 11
14 Sierra_Leone 10987 A 11 11
15 Sierra_Leone 10988 A 11 11
16 Sierra_Leone 10989 C 11 11
17 Sierra_Leone 10990 A 11 11
18 Sierra_Leone 10991 A 11 11
19 Sierra_Leone 10992 T 11 11
20 Sierra_Leone 10993 C 11 11
21 Sierra_Leone 10994 A 11 11
22 Sierra_Leone 10995 A 11 11
23 Sierra_Leone 10996 G 11 10
24 Sierra_Leone 10997 G 11 10
25 Sierra_Leone 10998 G 11 10
26 Sierra_Leone 10999 T 11 10
27 Sierra_Leone 11000 A 11 10
28 Sierra_Leone 11001 C 11 10
29 Sierra_Leone 11002 A 11 10
30 Sierra_Leone 11003 C 11 10
31 Sierra_Leone 11004 A 11 10
32 Sierra_Leone 11005 C 11 10
33 Sierra_Leone 11006 C 11 10
34 Sierra_Leone 11007 A 11 10
35 Sierra_Leone 11008 C 11 10
36 Sierra_Leone 11009 T 11 10
37 Sierra_Leone 11010 G 11 10
38 Sierra_Leone 11011 G 11 10
39 Sierra_Leone 11012 T 11 10
40 Sierra_Leone 11013 T 11 10
41 Sierra_Leone 11014 G 11 10
42 Sierra_Leone 11015 T 11 10
43 Sierra_Leone 11016 T 11 11
44 Sierra_Leone 11017 A 11 11
45 Sierra_Leone 11018 C 11 11
46 Sierra_Leone 11019 T 11 11
47 Sierra_Leone 11020 C 11 11
48 Sierra_Leone 11021 A 11 11
49 Sierra_Leone 11022 C 11 11
50 Sierra_Leone 11023 A 11 11
51 Sierra_Leone 11024 A 11 11
52 Sierra_Leone 11025 T 11 11
53 Sierra_Leone 11026 T 11 11
54 Sierra_Leone 11027 T 11 11
55 Sierra_Leone 11028 T 11 11
56 Sierra_Leone 11029 G 11 11
57 Sierra_Leone 11030 A 11 11
58 Sierra_Leone 11031 C 11 11
59 Sierra_Leone 11032 T 11 11
60 Sierra_Leone 11033 T 11 11
61 Sierra_Leone 11034 C 11 11
62 Sierra_Leone 11035 A 11 11
63 Sierra_Leone 11036 C 11 11
64 Sierra_Leone 11037 T 11 11
65 Sierra_Leone 11038 T 11 11
66 Sierra_Leone 11039 T 11 11
67 Sierra_Leone 11040 T 11 11
68 Sierra_Leone 11041 A 11 11
69 Sierra_Leone 11042 G 11 11
70 Sierra_Leone 11043 T 11 11
71 Sierra_Leone 11044 T 11 11
72 Sierra_Leone 11045 T 11 11
73 Sierra_Leone 11046 T 11 11
74 Sierra_Leone 11047 A 11 11
75 Sierra_Leone 11048 G 11 11
76 Sierra_Leone 11049 T 11 11
77 Sierra_Leone 11050 C 11 11
78 Sierra_Leone 11051 C 11 11
79 Sierra_Leone 11052 A 11 11
80 Sierra_Leone 11053 G 11 11
81 Sierra_Leone 11054 A 11 11
82 Sierra_Leone 11055 G 11 11
83 Sierra_Leone 11056 T 11 11
84 Sierra_Leone 11057 A 11 11
85 Sierra_Leone 11058 C 11 11
86 Sierra_Leone 11059 T 11 11
87 Sierra_Leone 11060 C 11 11
88 Sierra_Leone 11061 A 11 11
89 Sierra_Leone 11062 A 11 11
90 Sierra_Leone 11063 T 11 11
91 Sierra_Leone 11064 G 11 11
92 Sierra_Leone 11065 G 11 11
93 Sierra_Leone 11066 T 11 11
94 Sierra_Leone 11067 C 11 11
95 Sierra_Leone 11068 T 11 11
96 Sierra_Leone 11069 T 11 11
97 Sierra_Leone 11070 T 11 11
98 Sierra_Leone 11071 G 11 11
99 Sierra_Leone 11072 T 11 11
100 Sierra_Leone 11073 T 11 11
101 Sierra_Leone 11074 C 11 11
102 Sierra_Leone 11075 T 11 11
103 Sierra_Leone 11076 T 11 11
104 Sierra_Leone 11077 T 11 11
105 Sierra_Leone 11078 T 11 11
106 Sierra_Leone 11079 T 11 11
107 Sierra_Leone 11080 T 11 11
108 Sierra_Leone 11081 T 11 11
109 Sierra_Leone 11082 T 11 11
110 Sierra_Leone 11083 G T 11 10 Leu3606Phe
111 Sierra_Leone 11084 T 11 11
112 Sierra_Leone 11085 A 11 11
113 Sierra_Leone 11086 T 11 11
114 Sierra_Leone 11087 G 11 11
115 Sierra_Leone 11088 A 11 11
116 Sierra_Leone 11089 A 11 11
117 Sierra_Leone 11090 A 11 11
118 Sierra_Leone 11091 A 11 11
119 Sierra_Leone 11092 T 11 11
120 Sierra_Leone 11093 G 11 11
121 Sierra_Leone 11094 C 11 11
122 Sierra_Leone 11095 C 11 11
123 Sierra_Leone 11096 T 11 11
124 Sierra_Leone 11097 T 11 11
125 Sierra_Leone 11098 T 11 11
126 Sierra_Leone 11099 T 11 11
127 Sierra_Leone 11100 T 11 11
128 Sierra_Leone 11101 A 11 11
129 Sierra_Leone 11102 C 11 11
130 Sierra_Leone 11103 C 11 11
131 Sierra_Leone 11104 T 11 11
132 Sierra_Leone 11105 T 11 11
133 Sierra_Leone 11106 T 11 11
134 Sierra_Leone 11107 T 11 11
135 Sierra_Leone 11108 G 11 11
136 Sierra_Leone 11109 C 11 11
137 Sierra_Leone 11110 T 11 11
138 Sierra_Leone 11111 A 11 11
139 Sierra_Leone 11112 T 11 11
140 Sierra_Leone 11113 G 11 11
141 Sierra_Leone 11114 G 11 11
142 Sierra_Leone 11115 G 11 11
143 Sierra_Leone 11116 T 11 11
144 Sierra_Leone 11117 A 11 11
145 Sierra_Leone 11118 T 11 11
146 Sierra_Leone 11119 T 11 11
147 Sierra_Leone 11120 A 11 11
148 Sierra_Leone 11121 T 11 11
149 Sierra_Leone 11122 T 11 11
150 Sierra_Leone 11123 G 11 11
151 Sierra_Leone 11124 C 11 11
152 Sierra_Leone 11125 T 11 11
153 Sierra_Leone 11126 A 11 11
154 Sierra_Leone 11127 T 11 11
155 Sierra_Leone 11128 G 11 11
156 Sierra_Leone 11129 T 11 11
157 Sierra_Leone 11130 C 11 11
158 Sierra_Leone 11131 T 11 11
159 Sierra_Leone 11132 G 11 11
160 Sierra_Leone 11133 C 11 11
161 Sierra_Leone 11134 T 11 11
162 Sierra_Leone 11135 T 11 11
163 Sierra_Leone 11136 T 11 11
164 Sierra_Leone 11137 T 11 11
165 Sierra_Leone 11138 G 11 11
166 Sierra_Leone 11139 C 11 11
167 Sierra_Leone 11140 A 11 11
168 Sierra_Leone 11141 A 11 11
169 Sierra_Leone 11142 T 11 11
170 Sierra_Leone 11143 G 11 11
171 Sierra_Leone 11144 A 11 11
172 Sierra_Leone 11145 T 11 11
173 Sierra_Leone 11146 G 11 11
174 Sierra_Leone 11147 T 11 11
175 Sierra_Leone 11148 T 11 11
176 Sierra_Leone 11149 T 11 11
177 Sierra_Leone 11150 G 11 11
178 Sierra_Leone 11151 T 11 11
179 Sierra_Leone 11152 C 11 11
180 Sierra_Leone 11153 A 11 11
181 Sierra_Leone 11154 A 11 11
182 Sierra_Leone 11155 A 11 11
183 Sierra_Leone 11156 C 11 11
184 Sierra_Leone 11157 A 11 11
185 Sierra_Leone 11158 T 11 11
186 Sierra_Leone 11159 A 11 11
187 Sierra_Leone 11160 A 11 11
188 Sierra_Leone 11161 G 11 11
189 Sierra_Leone 11162 C 11 11
190 Sierra_Leone 11163 A 11 11
191 Sierra_Leone 11164 T 11 11
192 Sierra_Leone 11165 G 11 11
193 Sierra_Leone 11166 C 11 11
194 Sierra_Leone 11167 A 11 11
195 Sierra_Leone 11168 T 11 11
196 Sierra_Leone 11169 T 11 11
197 Sierra_Leone 11170 T 11 11
198 Sierra_Leone 11171 C 11 11
199 Sierra_Leone 11172 T 11 11
200 Sierra_Leone 11173 C 11 11
201 Sierra_Leone 11174 T 11 11
202 Sierra_Leone 11175 G 11 11
203 Sierra_Leone 11176 T 11 11
204 Sierra_Leone 11177 T 11 11
205 Sierra_Leone 11178 T 11 11
206 Sierra_Leone 11179 G 11 11
207 Sierra_Leone 11180 T 11 11
208 Sierra_Leone 11181 T 11 11
209 Sierra_Leone 11182 T 11 11
210 Sierra_Leone 11183 T 11 11
211 Sierra_Leone 11184 T 11 11
212 Sierra_Leone 11185 G 11 11
213 Sierra_Leone 11186 T 11 11
214 Sierra_Leone 11187 T 11 11
215 Sierra_Leone 11188 A 11 11
216 Sierra_Leone 11189 C 11 11
217 Sierra_Leone 11190 C 11 11
218 Sierra_Leone 11191 T 11 11
219 Sierra_Leone 11192 T 11 11
220 Sierra_Leone 11193 C 11 11
221 Sierra_Leone 11194 T 11 11
222 Sierra_Leone 11195 C 11 11
223 Sierra_Leone 11196 T 11 11
224 Sierra_Leone 11197 T 11 11
225 Sierra_Leone 11198 G 11 11
226 Sierra_Leone 11199 C 11 11
227 Sierra_Leone 11200 C 11 11
228 Sierra_Leone 11201 A 11 11
229 Sierra_Leone 11202 C 11 11
230 Sierra_Leone 11203 T 11 11
231 Sierra_Leone 11204 G 11 11
232 Sierra_Leone 11205 T 11 11
233 Sierra_Leone 11206 A 11 11
234 Sierra_Leone 11207 G 11 11
235 Sierra_Leone 11208 C 11 11
236 Sierra_Leone 11209 T 11 11
237 Sierra_Leone 11210 T 11 11
238 Sierra_Leone 11211 A 11 11
239 Sierra_Leone 11212 T 11 11
240 Sierra_Leone 11213 T 11 11
241 Sierra_Leone 11214 T 11 11
242 Sierra_Leone 11215 T 11 11
243 Sierra_Leone 11216 A 11 11
244 Sierra_Leone 11217 A 11 11
245 Sierra_Leone 11218 T 11 11
246 Sierra_Leone 11219 A 11 11
247 Sierra_Leone 11220 T 11 11
248 Sierra_Leone 11221 G 11 11
249 Sierra_Leone 11222 G 11 11
250 Sierra_Leone 11223 T 11 11
251 Sierra_Leone 11224 C 11 11
252 Sierra_Leone 11225 T 11 11
253 Sierra_Leone 11226 A 11 11
254 Sierra_Leone 11227 T 11 11
255 Sierra_Leone 11228 A 11 11
256 Sierra_Leone 11229 T 11 11
257 Sierra_Leone 11230 G 11 11
258 Sierra_Leone 11231 C 11 11
259 Sierra_Leone 11232 C 11 11
260 Sierra_Leone 11233 T 11 11
261 Sierra_Leone 11234 G 11 11
262 Sierra_Leone 11235 C 11 11
263 Sierra_Leone 11236 T 11 11
264 Sierra_Leone 11237 A 11 11
265 Sierra_Leone 11238 G 11 11
266 Sierra_Leone 11239 T 11 11
267 Sierra_Leone 11240 T 11 11
268 Sierra_Leone 11241 G 11 11
269 Sierra_Leone 11242 G 11 11
270 Sierra_Leone 11243 G 11 11
271 Sierra_Leone 11244 T 11 11
272 Sierra_Leone 11245 G 11 11
273 Sierra_Leone 11246 A 11 11
274 Sierra_Leone 11247 T 11 11
275 Sierra_Leone 11248 G 11 11
276 Sierra_Leone 11249 C 11 11
277 Sierra_Leone 11250 G 11 11
278 Sierra_Leone 11251 T 11 11
279 Sierra_Leone 11252 A 11 11
280 Sierra_Leone 11253 T 11 11
281 Sierra_Leone 11254 T 11 11
282 Sierra_Leone 11255 A 11 11
283 Sierra_Leone 11256 T 11 11
284 Sierra_Leone 11257 G 11 11
285 Sierra_Leone 11258 A 11 11
286 Sierra_Leone 11259 C 11 11
287 Sierra_Leone 11260 A 11 11
288 Sierra_Leone 11261 T 11 11
289 Sierra_Leone 11262 G 11 11
290 Sierra_Leone 11263 G 11 11
291 Sierra_Leone 11264 T 11 11
292 Sierra_Leone 11265 T 11 11
293 Sierra_Leone 11266 G 11 11
294 Sierra_Leone 11267 G 11 11
295 Sierra_Leone 11268 A 11 11
296 Sierra_Leone 11269 T 11 11
297 Sierra_Leone 11270 A 11 11
298 Sierra_Leone 11271 T 11 11
299 Sierra_Leone 11272 G 11 11
300 Sierra_Leone 11273 G 11 11
301 Sierra_Leone 11274 T 11 11
302 Sierra_Leone 11275 T 11 11
303 Sierra_Leone 11276 G 11 11
304 Sierra_Leone 11277 A 11 11
305 Sierra_Leone 11278 T 11 11
306 Sierra_Leone 11279 A 11 11
307 Sierra_Leone 11280 C 11 11
308 Sierra_Leone 11281 T 11 11
309 Sierra_Leone 11282 A 11 11
310 Sierra_Leone 11283 G 11 11
311 Sierra_Leone 11284 T 11 11
312 Sierra_Leone 11285 T 11 11
313 Sierra_Leone 11286 T 11 11
314 Sierra_Leone 11287 G 11 11
315 Sierra_Leone 11288 T 11 11
316 Sierra_Leone 11289 C 11 11
317 Sierra_Leone 11290 T 11 11
318 Sierra_Leone 11291 G 11 11
319 Sierra_Leone 11292 G 11 11
320 Sierra_Leone 11293 T 11 11
321 Sierra_Leone 11294 T 11 11
322 Sierra_Leone 11295 T 11 11
323 Sierra_Leone 11296 T 11 11
324 Sierra_Leone 11297 A 11 11
325 Sierra_Leone 11298 A 11 11
326 Sierra_Leone 11299 G 11 11
327 Sierra_Leone 11300 C 11 11
328 Sierra_Leone 11301 T 11 11
329 Sierra_Leone 11302 A 11 11
330 Sierra_Leone 11303 A 11 11
331 Sierra_Leone 11304 A 11 11
332 Sierra_Leone 11305 A 11 11
333 Sierra_Leone 11306 G 11 11
334 Sierra_Leone 11307 A 11 11
335 Sierra_Leone 11308 C 11 11
336 Sierra_Leone 11309 T 11 11
337 Sierra_Leone 11310 G 11 11
338 Sierra_Leone 11311 T 11 11
339 Sierra_Leone 11312 G 11 11
340 Sierra_Leone 11313 T 11 11
341 Sierra_Leone 11314 T 11 11
342 Sierra_Leone 11315 A 11 11
343 Sierra_Leone 11316 T 11 11
344 Sierra_Leone 11317 G 11 11
345 Sierra_Leone 11318 T 11 11
346 Sierra_Leone 11319 A 11 11
347 Sierra_Leone 11320 T 11 11
348 Sierra_Leone 11321 G 11 11
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350 Sierra_Leone 11323 A 11 11
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355 Sierra_Leone 11328 C 11 11
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370 Sierra_Leone 11343 T 11 11
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372 Sierra_Leone 11345 C 11 11
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380 Sierra_Leone 11353 A 11 11
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530 Sierra_Leone 11503 T 11 11
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672 Sierra_Leone 11645 T 11 11
673 Sierra_Leone 11646 T 11 11
674 Sierra_Leone 11647 T 11 11
675 Sierra_Leone 11648 G 11 11
676 Sierra_Leone 11649 G 11 11
677 Sierra_Leone 11650 C 11 11
678 Sierra_Leone 11651 C 11 11
679 Sierra_Leone 11652 T 11 11
680 Sierra_Leone 11653 C 11 11
681 Sierra_Leone 11654 T 11 11
682 Sierra_Leone 11655 T 11 11
683 Sierra_Leone 11656 T 11 11
684 Sierra_Leone 11657 T 11 11
685 Sierra_Leone 11658 G 11 11
686 Sierra_Leone 11659 T 11 11
687 Sierra_Leone 11660 T 11 11
688 Sierra_Leone 11661 T 11 11
689 Sierra_Leone 11662 A 11 11
690 Sierra_Leone 11663 C 11 11
691 Sierra_Leone 11664 T 11 11
692 Sierra_Leone 11665 C 11 11
693 Sierra_Leone 11666 A 11 11
694 Sierra_Leone 11667 A 11 11
695 Sierra_Leone 11668 C 11 11
696 Sierra_Leone 11669 C 11 11
697 Sierra_Leone 11670 G 11 11
698 Sierra_Leone 11671 C 11 11
699 Sierra_Leone 11672 T 11 11
700 Sierra_Leone 11673 A 11 11
701 Sierra_Leone 11674 C 11 11
702 Sierra_Leone 11675 T 11 11
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707 Sierra_Leone 11680 A 11 11
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709 Sierra_Leone 11682 T 11 11
710 Sierra_Leone 11683 G 11 11
711 Sierra_Leone 11684 A 11 11
712 Sierra_Leone 11685 C 11 11
713 Sierra_Leone 11686 T 11 11
714 Sierra_Leone 11687 C 11 11
715 Sierra_Leone 11688 T 11 11
716 Sierra_Leone 11689 T 11 11
717 Sierra_Leone 11690 G 11 11
718 Sierra_Leone 11691 G 11 11
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720 Sierra_Leone 11693 G 11 11
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810 Sierra_Leone 11783 C 11 11
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812 Sierra_Leone 11785 C 11 11
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828 Sierra_Leone 11801 G 11 11
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832 Sierra_Leone 11805 T 11 11
833 Sierra_Leone 11806 T 11 11
834 Sierra_Leone 11807 G 11 11
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