National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   870                                        
?                                            
A   60                                        
C   30                                        
D   24                                        
E   9                                        
F   66         1                              
G   45                                        
H   12                                        
I   48                                        
K   36                                        
L   123                                        
M   51               1                        
N   30                                        
P   21                                        
Q   21                                        
R   27                                        
S   51                                        
T   63                                        
V   84                                        
W   18                                        
Y   51                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Rwanda 10973 A 22 22
1 Rwanda 10974 G 22 22
2 Rwanda 10975 T 22 22
3 Rwanda 10976 G 22 22
4 Rwanda 10977 C 22 22
5 Rwanda 10978 A 22 22
6 Rwanda 10979 G 22 22
7 Rwanda 10980 T 22 22
8 Rwanda 10981 G 22 22
9 Rwanda 10982 A 22 22
10 Rwanda 10983 A 22 22
11 Rwanda 10984 A 22 22
12 Rwanda 10985 A 22 22
13 Rwanda 10986 G 22 22
14 Rwanda 10987 A 22 22
15 Rwanda 10988 A 22 22
16 Rwanda 10989 C 22 22
17 Rwanda 10990 A 22 22
18 Rwanda 10991 A 22 22
19 Rwanda 10992 T 22 22
20 Rwanda 10993 C 22 22
21 Rwanda 10994 A 22 22
22 Rwanda 10995 A 22 22
23 Rwanda 10996 G 22 22
24 Rwanda 10997 G 22 22
25 Rwanda 10998 G 22 22
26 Rwanda 10999 T 22 22
27 Rwanda 11000 A 22 22
28 Rwanda 11001 C 22 22
29 Rwanda 11002 A 22 22
30 Rwanda 11003 C 22 22
31 Rwanda 11004 A 22 22
32 Rwanda 11005 C 22 22
33 Rwanda 11006 C 22 22
34 Rwanda 11007 A 22 22
35 Rwanda 11008 C 22 22
36 Rwanda 11009 T 22 22
37 Rwanda 11010 G 22 22
38 Rwanda 11011 G 22 22
39 Rwanda 11012 T 22 22
40 Rwanda 11013 T 22 22
41 Rwanda 11014 G 22 22
42 Rwanda 11015 T 22 22
43 Rwanda 11016 T 22 22
44 Rwanda 11017 A 22 22
45 Rwanda 11018 C 22 22
46 Rwanda 11019 T 22 22
47 Rwanda 11020 C 22 22
48 Rwanda 11021 A 22 22
49 Rwanda 11022 C 22 22
50 Rwanda 11023 A 32 32
51 Rwanda 11024 A 32 32
52 Rwanda 11025 T 32 32
53 Rwanda 11026 T 32 32
54 Rwanda 11027 T 32 32
55 Rwanda 11028 T 32 32
56 Rwanda 11029 G 32 32
57 Rwanda 11030 A 32 32
58 Rwanda 11031 C 32 32
59 Rwanda 11032 T 32 32
60 Rwanda 11033 T 32 32
61 Rwanda 11034 C 32 32
62 Rwanda 11035 A 32 32
63 Rwanda 11036 C 32 32
64 Rwanda 11037 T 32 32
65 Rwanda 11038 T 32 32
66 Rwanda 11039 T 32 32
67 Rwanda 11040 T 32 32
68 Rwanda 11041 A 32 32
69 Rwanda 11042 G 32 32
70 Rwanda 11043 T 32 32
71 Rwanda 11044 T 32 32
72 Rwanda 11045 T 32 32
73 Rwanda 11046 T 32 32
74 Rwanda 11047 A 32 32
75 Rwanda 11048 G 32 32
76 Rwanda 11049 T 32 32
77 Rwanda 11050 C 32 32
78 Rwanda 11051 C 32 32
79 Rwanda 11052 A 32 32
80 Rwanda 11053 G 32 32
81 Rwanda 11054 A 32 32
82 Rwanda 11055 G 32 32
83 Rwanda 11056 T 32 32
84 Rwanda 11057 A 32 32
85 Rwanda 11058 C 32 32
86 Rwanda 11059 T 32 32
87 Rwanda 11060 C 32 32
88 Rwanda 11061 A 32 32
89 Rwanda 11062 A 32 32
90 Rwanda 11063 T 32 32
91 Rwanda 11064 G 32 32
92 Rwanda 11065 G 32 32
93 Rwanda 11066 T 32 32
94 Rwanda 11067 C 32 32
95 Rwanda 11068 T 32 32
96 Rwanda 11069 T 32 32
97 Rwanda 11070 T 32 32
98 Rwanda 11071 G 32 32
99 Rwanda 11072 T 32 32
100 Rwanda 11073 T 32 32
101 Rwanda 11074 C 32 30
102 Rwanda 11075 T 32 30
103 Rwanda 11076 T 32 32
104 Rwanda 11077 T 32 32
105 Rwanda 11078 T 32 32
106 Rwanda 11079 T 32 32
107 Rwanda 11080 T C 32 31 Phe3605Phe
108 Rwanda 11081 T 32 32
109 Rwanda 11082 T 32 32
110 Rwanda 11083 G 32 31
111 Rwanda 11084 T 32 32
112 Rwanda 11085 A 32 32
113 Rwanda 11086 T 32 32
114 Rwanda 11087 G 32 32
115 Rwanda 11088 A 32 32
116 Rwanda 11089 A 32 32
117 Rwanda 11090 A 32 32
118 Rwanda 11091 A 32 32
119 Rwanda 11092 T 32 32
120 Rwanda 11093 G 32 32
121 Rwanda 11094 C 32 32
122 Rwanda 11095 C 32 32
123 Rwanda 11096 T 32 32
124 Rwanda 11097 T 32 32
125 Rwanda 11098 T 32 32
126 Rwanda 11099 T 32 32
127 Rwanda 11100 T 32 32
128 Rwanda 11101 A 32 32
129 Rwanda 11102 C 32 32
130 Rwanda 11103 C 32 32
131 Rwanda 11104 T 32 32
132 Rwanda 11105 T 32 32
133 Rwanda 11106 T 32 32
134 Rwanda 11107 T 32 32
135 Rwanda 11108 G 32 32
136 Rwanda 11109 C 32 32
137 Rwanda 11110 T 32 32
138 Rwanda 11111 A 32 32
139 Rwanda 11112 T 32 32
140 Rwanda 11113 G 32 32
141 Rwanda 11114 G 32 32
142 Rwanda 11115 G 32 32
143 Rwanda 11116 T 32 32
144 Rwanda 11117 A 32 32
145 Rwanda 11118 T 32 32
146 Rwanda 11119 T 32 32
147 Rwanda 11120 A 32 32
148 Rwanda 11121 T 32 32
149 Rwanda 11122 T 32 32
150 Rwanda 11123 G 32 32
151 Rwanda 11124 C 32 32
152 Rwanda 11125 T 32 32
153 Rwanda 11126 A 32 32
154 Rwanda 11127 T 32 32
155 Rwanda 11128 G 32 32
156 Rwanda 11129 T 32 32
157 Rwanda 11130 C 32 32
158 Rwanda 11131 T 32 32
159 Rwanda 11132 G 32 32
160 Rwanda 11133 C 32 32
161 Rwanda 11134 T 32 32
162 Rwanda 11135 T 32 32
163 Rwanda 11136 T 32 32
164 Rwanda 11137 T 32 32
165 Rwanda 11138 G 32 32
166 Rwanda 11139 C 32 32
167 Rwanda 11140 A 32 32
168 Rwanda 11141 A 32 32
169 Rwanda 11142 T 32 32
170 Rwanda 11143 G 32 32
171 Rwanda 11144 A 32 32
172 Rwanda 11145 T 32 32
173 Rwanda 11146 G 32 32
174 Rwanda 11147 T 32 32
175 Rwanda 11148 T 32 32
176 Rwanda 11149 T 32 32
177 Rwanda 11150 G 32 32
178 Rwanda 11151 T 32 32
179 Rwanda 11152 C 32 32
180 Rwanda 11153 A 32 32
181 Rwanda 11154 A 32 32
182 Rwanda 11155 A 32 32
183 Rwanda 11156 C 32 32
184 Rwanda 11157 A 32 32
185 Rwanda 11158 T 32 32
186 Rwanda 11159 A 32 32
187 Rwanda 11160 A 32 32
188 Rwanda 11161 G 32 32
189 Rwanda 11162 C 32 32
190 Rwanda 11163 A 32 32
191 Rwanda 11164 T 32 32
192 Rwanda 11165 G 32 32
193 Rwanda 11166 C 32 32
194 Rwanda 11167 A 32 32
195 Rwanda 11168 T 32 32
196 Rwanda 11169 T 32 32
197 Rwanda 11170 T 32 32
198 Rwanda 11171 C 32 32
199 Rwanda 11172 T 32 32
200 Rwanda 11173 C 32 32
201 Rwanda 11174 T 32 32
202 Rwanda 11175 G 32 32
203 Rwanda 11176 T 32 32
204 Rwanda 11177 T 32 32
205 Rwanda 11178 T 32 32
206 Rwanda 11179 G 32 32
207 Rwanda 11180 T 32 32
208 Rwanda 11181 T 32 32
209 Rwanda 11182 T 32 32
210 Rwanda 11183 T 32 32
211 Rwanda 11184 T 32 32
212 Rwanda 11185 G 32 32
213 Rwanda 11186 T 32 32
214 Rwanda 11187 T 32 32
215 Rwanda 11188 A 32 32
216 Rwanda 11189 C 32 32
217 Rwanda 11190 C 32 32
218 Rwanda 11191 T 32 32
219 Rwanda 11192 T 32 32
220 Rwanda 11193 C 32 32
221 Rwanda 11194 T 32 32
222 Rwanda 11195 C 32 32
223 Rwanda 11196 T 32 32
224 Rwanda 11197 T 32 32
225 Rwanda 11198 G 32 32
226 Rwanda 11199 C 32 32
227 Rwanda 11200 C 32 32
228 Rwanda 11201 A 32 32
229 Rwanda 11202 C 32 32
230 Rwanda 11203 T 32 32
231 Rwanda 11204 G 32 32
232 Rwanda 11205 T 32 32
233 Rwanda 11206 A 32 32
234 Rwanda 11207 G 32 32
235 Rwanda 11208 C 32 32
236 Rwanda 11209 T 32 32
237 Rwanda 11210 T 32 32
238 Rwanda 11211 A 32 32
239 Rwanda 11212 T 32 32
240 Rwanda 11213 T 32 32
241 Rwanda 11214 T 32 32
242 Rwanda 11215 T 32 32
243 Rwanda 11216 A 32 32
244 Rwanda 11217 A 32 32
245 Rwanda 11218 T 32 32
246 Rwanda 11219 A 32 32
247 Rwanda 11220 T 32 32
248 Rwanda 11221 G 32 32
249 Rwanda 11222 G 32 32
250 Rwanda 11223 T 32 32
251 Rwanda 11224 C 32 32
252 Rwanda 11225 T 32 32
253 Rwanda 11226 A 32 32
254 Rwanda 11227 T 32 32
255 Rwanda 11228 A 32 32
256 Rwanda 11229 T 32 32
257 Rwanda 11230 G T 32 29 Met3655Ile
258 Rwanda 11231 C 32 32
259 Rwanda 11232 C 32 32
260 Rwanda 11233 T 32 32
261 Rwanda 11234 G 32 32
262 Rwanda 11235 C 32 32
263 Rwanda 11236 T 32 32
264 Rwanda 11237 A 32 32
265 Rwanda 11238 G 32 32
266 Rwanda 11239 T 32 32
267 Rwanda 11240 T 32 32
268 Rwanda 11241 G 32 32
269 Rwanda 11242 G 32 32
270 Rwanda 11243 G 32 32
271 Rwanda 11244 T 32 32
272 Rwanda 11245 G 32 32
273 Rwanda 11246 A 32 32
274 Rwanda 11247 T 32 32
275 Rwanda 11248 G 32 32
276 Rwanda 11249 C 32 32
277 Rwanda 11250 G 32 32
278 Rwanda 11251 T 32 32
279 Rwanda 11252 A 32 32
280 Rwanda 11253 T 32 32
281 Rwanda 11254 T 32 32
282 Rwanda 11255 A 32 32
283 Rwanda 11256 T 32 32
284 Rwanda 11257 G 32 32
285 Rwanda 11258 A 32 32
286 Rwanda 11259 C 32 32
287 Rwanda 11260 A 32 32
288 Rwanda 11261 T 32 32
289 Rwanda 11262 G 32 32
290 Rwanda 11263 G 32 32
291 Rwanda 11264 T 32 32
292 Rwanda 11265 T 32 32
293 Rwanda 11266 G 32 32
294 Rwanda 11267 G 32 32
295 Rwanda 11268 A 32 32
296 Rwanda 11269 T 32 32
297 Rwanda 11270 A 32 32
298 Rwanda 11271 T 32 32
299 Rwanda 11272 G 32 32
300 Rwanda 11273 G 32 32
301 Rwanda 11274 T 32 32
302 Rwanda 11275 T 32 32
303 Rwanda 11276 G 32 32
304 Rwanda 11277 A 32 32
305 Rwanda 11278 T 32 32
306 Rwanda 11279 A 32 32
307 Rwanda 11280 C 32 32
308 Rwanda 11281 T 32 32
309 Rwanda 11282 A 32 32
310 Rwanda 11283 G 32 32
311 Rwanda 11284 T 32 32
312 Rwanda 11285 T 32 32
313 Rwanda 11286 T 32 32
314 Rwanda 11287 G 32 32
315 Rwanda 11288 T 32 32
316 Rwanda 11289 C 32 32
317 Rwanda 11290 T 32 32
318 Rwanda 11291 G 32 32
319 Rwanda 11292 G 32 32
320 Rwanda 11293 T 32 32
321 Rwanda 11294 T 32 32
322 Rwanda 11295 T 32 32
323 Rwanda 11296 T 32 32
324 Rwanda 11297 A 32 32
325 Rwanda 11298 A 32 32
326 Rwanda 11299 G 32 32
327 Rwanda 11300 C 32 32
328 Rwanda 11301 T 32 32
329 Rwanda 11302 A 32 32
330 Rwanda 11303 A 32 32
331 Rwanda 11304 A 32 32
332 Rwanda 11305 A 32 32
333 Rwanda 11306 G 32 32
334 Rwanda 11307 A 32 32
335 Rwanda 11308 C 32 32
336 Rwanda 11309 T 32 32
337 Rwanda 11310 G 32 32
338 Rwanda 11311 T 32 32
339 Rwanda 11312 G 32 32
340 Rwanda 11313 T 32 32
341 Rwanda 11314 T 32 32
342 Rwanda 11315 A 32 32
343 Rwanda 11316 T 32 32
344 Rwanda 11317 G 32 32
345 Rwanda 11318 T 32 32
346 Rwanda 11319 A 32 32
347 Rwanda 11320 T 32 32
348 Rwanda 11321 G 32 32
349 Rwanda 11322 C 32 32
350 Rwanda 11323 A 32 32
351 Rwanda 11324 T 32 32
352 Rwanda 11325 C 32 32
353 Rwanda 11326 A 32 32
354 Rwanda 11327 G 32 32
355 Rwanda 11328 C 32 32
356 Rwanda 11329 T 32 32
357 Rwanda 11330 G 32 32
358 Rwanda 11331 T 32 32
359 Rwanda 11332 A 33 33
360 Rwanda 11333 G 33 33
361 Rwanda 11334 T 33 33
362 Rwanda 11335 G 33 33
363 Rwanda 11336 T 33 33
364 Rwanda 11337 T 33 33
365 Rwanda 11338 A 33 33
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775 Rwanda 11748 T 26 26
776 Rwanda 11749 A 26 26
777 Rwanda 11750 C 26 26
778 Rwanda 11751 T 26 26
779 Rwanda 11752 C 26 26
780 Rwanda 11753 C 26 26
781 Rwanda 11754 C 26 26
782 Rwanda 11755 A 26 26
783 Rwanda 11756 C 26 26
784 Rwanda 11757 C 26 26
785 Rwanda 11758 C 26 26
786 Rwanda 11759 A 26 26
787 Rwanda 11760 A 26 26
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790 Rwanda 11763 A 26 26
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