National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   1,500                                        
?                                            
A   108                                        
C   48                                        
D   66                                        
E   45                                        
F   111                                        
G   81                                        
H   27                                        
I   90               1                        
K   51                                        
L   147                   1                    
M   27               1                        
N   63                                        
P   60                                        
Q   27                                        
R   60                                        
S   114                               1        
T   123                                        
V   138                                        
W   18                                        
Y   96                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Sri_Lanka 8555 A 60 60
1 Sri_Lanka 8556 A 60 60
2 Sri_Lanka 8557 A 60 60
3 Sri_Lanka 8558 A 60 60
4 Sri_Lanka 8559 T 60 60
5 Sri_Lanka 8560 T 60 60
6 Sri_Lanka 8561 G 60 60
7 Sri_Lanka 8562 T 60 60
8 Sri_Lanka 8563 T 60 60
9 Sri_Lanka 8564 A 60 60
10 Sri_Lanka 8565 A 60 60
11 Sri_Lanka 8566 T 60 60
12 Sri_Lanka 8567 A 60 60
13 Sri_Lanka 8568 A 60 60
14 Sri_Lanka 8569 T 60 60
15 Sri_Lanka 8570 T 60 60
16 Sri_Lanka 8571 G 60 60
17 Sri_Lanka 8572 G 60 60
18 Sri_Lanka 8573 T 60 60
19 Sri_Lanka 8574 T 60 60
20 Sri_Lanka 8575 G 60 60
21 Sri_Lanka 8576 A 60 60
22 Sri_Lanka 8577 A 60 60
23 Sri_Lanka 8578 G 60 60
24 Sri_Lanka 8579 C 60 60
25 Sri_Lanka 8580 A 60 60
26 Sri_Lanka 8581 G 60 60
27 Sri_Lanka 8582 T 60 60
28 Sri_Lanka 8583 T 60 60
29 Sri_Lanka 8584 A 60 60
30 Sri_Lanka 8585 A 60 60
31 Sri_Lanka 8586 T 60 60
32 Sri_Lanka 8587 T 60 60
33 Sri_Lanka 8588 A 60 60
34 Sri_Lanka 8589 A 60 60
35 Sri_Lanka 8590 A 60 60
36 Sri_Lanka 8591 G 60 60
37 Sri_Lanka 8592 T 60 60
38 Sri_Lanka 8593 T 60 60
39 Sri_Lanka 8594 A 60 60
40 Sri_Lanka 8595 C 60 60
41 Sri_Lanka 8596 A 60 60
42 Sri_Lanka 8597 C 60 60
43 Sri_Lanka 8598 T 60 60
44 Sri_Lanka 8599 T 60 60
45 Sri_Lanka 8600 G 60 60
46 Sri_Lanka 8601 T 60 60
47 Sri_Lanka 8602 G 60 60
48 Sri_Lanka 8603 T 60 60
49 Sri_Lanka 8604 T 60 60
50 Sri_Lanka 8605 C 60 60
51 Sri_Lanka 8606 C 60 60
52 Sri_Lanka 8607 T 60 60
53 Sri_Lanka 8608 T 60 60
54 Sri_Lanka 8609 T 60 60
55 Sri_Lanka 8610 T 60 60
56 Sri_Lanka 8611 T 60 60
57 Sri_Lanka 8612 G 60 60
58 Sri_Lanka 8613 T 60 60
59 Sri_Lanka 8614 T 60 60
60 Sri_Lanka 8615 G 60 60
61 Sri_Lanka 8616 C 60 60
62 Sri_Lanka 8617 T 60 60
63 Sri_Lanka 8618 G 60 60
64 Sri_Lanka 8619 C 60 60
65 Sri_Lanka 8620 T 60 60
66 Sri_Lanka 8621 A 60 60
67 Sri_Lanka 8622 T 60 60
68 Sri_Lanka 8623 T 60 60
69 Sri_Lanka 8624 T 60 60
70 Sri_Lanka 8625 T 60 60
71 Sri_Lanka 8626 C 60 60
72 Sri_Lanka 8627 T 60 60
73 Sri_Lanka 8628 A 60 60
74 Sri_Lanka 8629 T 60 60
75 Sri_Lanka 8630 T 60 60
76 Sri_Lanka 8631 T 60 60
77 Sri_Lanka 8632 A 60 60
78 Sri_Lanka 8633 A 60 60
79 Sri_Lanka 8634 T 60 60
80 Sri_Lanka 8635 A 60 60
81 Sri_Lanka 8636 A 60 60
82 Sri_Lanka 8637 C 60 60
83 Sri_Lanka 8638 A 60 60
84 Sri_Lanka 8639 C 60 60
85 Sri_Lanka 8640 C 60 60
86 Sri_Lanka 8641 T 60 60
87 Sri_Lanka 8642 G 60 60
88 Sri_Lanka 8643 T 60 60
89 Sri_Lanka 8644 T 60 60
90 Sri_Lanka 8645 C 60 60
91 Sri_Lanka 8646 A 60 60
92 Sri_Lanka 8647 T 60 60
93 Sri_Lanka 8648 G 60 60
94 Sri_Lanka 8649 T 60 60
95 Sri_Lanka 8650 C 60 60
96 Sri_Lanka 8651 A 60 60
97 Sri_Lanka 8652 T 60 60
98 Sri_Lanka 8653 G T 60 58 Met2796Ile
99 Sri_Lanka 8654 T 60 60
100 Sri_Lanka 8655 C 60 60
101 Sri_Lanka 8656 T 60 60
102 Sri_Lanka 8657 A 60 60
103 Sri_Lanka 8658 A 60 60
104 Sri_Lanka 8659 A 60 60
105 Sri_Lanka 8660 C 60 60
106 Sri_Lanka 8661 A 60 60
107 Sri_Lanka 8662 T 60 60
108 Sri_Lanka 8663 A 60 60
109 Sri_Lanka 8664 C 60 60
110 Sri_Lanka 8665 T 60 60
111 Sri_Lanka 8666 G 60 60
112 Sri_Lanka 8667 A 60 60
113 Sri_Lanka 8668 C 60 60
114 Sri_Lanka 8669 T 60 60
115 Sri_Lanka 8670 T 60 60
116 Sri_Lanka 8671 T 60 60
117 Sri_Lanka 8672 T 60 60
118 Sri_Lanka 8673 C 60 60
119 Sri_Lanka 8674 A 60 60
120 Sri_Lanka 8675 A 60 60
121 Sri_Lanka 8676 G 60 60
122 Sri_Lanka 8677 T 60 60
123 Sri_Lanka 8678 G 60 60
124 Sri_Lanka 8679 A 60 60
125 Sri_Lanka 8680 A 60 60
126 Sri_Lanka 8681 A 60 60
127 Sri_Lanka 8682 T 60 60
128 Sri_Lanka 8683 C 60 60
129 Sri_Lanka 8684 A 60 60
130 Sri_Lanka 8685 T 60 60
131 Sri_Lanka 8686 A 60 60
132 Sri_Lanka 8687 G 60 60
133 Sri_Lanka 8688 G 60 60
134 Sri_Lanka 8689 A 60 60
135 Sri_Lanka 8690 T 60 60
136 Sri_Lanka 8691 A 60 57
137 Sri_Lanka 8692 C 60 57
138 Sri_Lanka 8693 A 60 57
139 Sri_Lanka 8694 A 60 57
140 Sri_Lanka 8695 G 60 57
141 Sri_Lanka 8696 G 60 57
142 Sri_Lanka 8697 C 60 54
143 Sri_Lanka 8698 T 60 54
144 Sri_Lanka 8699 A 60 54
145 Sri_Lanka 8700 T 60 54
146 Sri_Lanka 8701 T 60 53
147 Sri_Lanka 8702 G 60 53
148 Sri_Lanka 8703 A 60 39
149 Sri_Lanka 8704 T 60 39
150 Sri_Lanka 8705 G 60 39
151 Sri_Lanka 8706 G 60 40
152 Sri_Lanka 8707 T 60 40
153 Sri_Lanka 8708 G 60 44
154 Sri_Lanka 8709 G 60 44
155 Sri_Lanka 8710 T 60 47
156 Sri_Lanka 8711 G 60 49
157 Sri_Lanka 8712 T 60 50
158 Sri_Lanka 8713 C 60 47
159 Sri_Lanka 8714 A 60 48
160 Sri_Lanka 8715 C 60 48
161 Sri_Lanka 8716 T 60 48
162 Sri_Lanka 8717 C 60 48
163 Sri_Lanka 8718 G 60 48
164 Sri_Lanka 8719 T 60 48
165 Sri_Lanka 8720 G 60 56
166 Sri_Lanka 8721 A 60 56
167 Sri_Lanka 8722 C 60 56
168 Sri_Lanka 8723 A 60 56
169 Sri_Lanka 8724 T 60 56
170 Sri_Lanka 8725 A 60 56
171 Sri_Lanka 8726 G 60 56
172 Sri_Lanka 8727 C 60 56
173 Sri_Lanka 8728 A 60 57
174 Sri_Lanka 8729 T 60 57
175 Sri_Lanka 8730 C 60 59
176 Sri_Lanka 8731 T 60 59
177 Sri_Lanka 8732 A 60 60
178 Sri_Lanka 8733 C 60 60
179 Sri_Lanka 8734 A 60 60
180 Sri_Lanka 8735 G 60 60
181 Sri_Lanka 8736 A 60 60
182 Sri_Lanka 8737 T 60 60
183 Sri_Lanka 8738 A 60 60
184 Sri_Lanka 8739 C 60 60
185 Sri_Lanka 8740 T 60 60
186 Sri_Lanka 8741 T 60 60
187 Sri_Lanka 8742 G 60 60
188 Sri_Lanka 8743 T 60 60
189 Sri_Lanka 8744 T 60 60
190 Sri_Lanka 8745 T 60 60
191 Sri_Lanka 8746 T 60 60
192 Sri_Lanka 8747 G 60 60
193 Sri_Lanka 8748 C 60 60
194 Sri_Lanka 8749 T 60 60
195 Sri_Lanka 8750 A 60 60
196 Sri_Lanka 8751 A 60 60
197 Sri_Lanka 8752 C 60 60
198 Sri_Lanka 8753 A 60 60
199 Sri_Lanka 8754 A 60 60
200 Sri_Lanka 8755 A 60 60
201 Sri_Lanka 8756 C 60 60
202 Sri_Lanka 8757 A 60 60
203 Sri_Lanka 8758 T 60 60
204 Sri_Lanka 8759 G 60 60
205 Sri_Lanka 8760 C 60 60
206 Sri_Lanka 8761 T 60 60
207 Sri_Lanka 8762 G 60 60
208 Sri_Lanka 8763 A 60 59
209 Sri_Lanka 8764 T 60 59
210 Sri_Lanka 8765 T 60 59
211 Sri_Lanka 8766 T 60 59
212 Sri_Lanka 8767 T 60 59
213 Sri_Lanka 8768 G 60 59
214 Sri_Lanka 8769 A 60 59
215 Sri_Lanka 8770 C 60 59
216 Sri_Lanka 8771 A 60 59
217 Sri_Lanka 8772 C 60 59
218 Sri_Lanka 8773 A 60 59
219 Sri_Lanka 8774 T 60 59
220 Sri_Lanka 8775 G 60 59
221 Sri_Lanka 8776 G 60 59
222 Sri_Lanka 8777 T 60 59
223 Sri_Lanka 8778 T 60 59
224 Sri_Lanka 8779 T 60 59
225 Sri_Lanka 8780 A 60 59
226 Sri_Lanka 8781 G 60 59
227 Sri_Lanka 8782 C T 60 57 Ser2839Ser
228 Sri_Lanka 8783 C 60 59
229 Sri_Lanka 8784 A 60 59
230 Sri_Lanka 8785 G 60 59
231 Sri_Lanka 8786 C 60 59
232 Sri_Lanka 8787 G 60 59
233 Sri_Lanka 8788 T 60 59
234 Sri_Lanka 8789 G 60 59
235 Sri_Lanka 8790 G 60 59
236 Sri_Lanka 8791 T 60 59
237 Sri_Lanka 8792 G 60 59
238 Sri_Lanka 8793 G 60 59
239 Sri_Lanka 8794 T 60 59
240 Sri_Lanka 8795 A 60 59
241 Sri_Lanka 8796 G 60 59
242 Sri_Lanka 8797 T 60 59
243 Sri_Lanka 8798 T 60 59
244 Sri_Lanka 8799 A 60 59
245 Sri_Lanka 8800 T 60 59
246 Sri_Lanka 8801 A 60 60
247 Sri_Lanka 8802 C 60 60
248 Sri_Lanka 8803 T 60 60
249 Sri_Lanka 8804 A 60 60
250 Sri_Lanka 8805 A 60 60
251 Sri_Lanka 8806 T 60 60
252 Sri_Lanka 8807 G 60 60
253 Sri_Lanka 8808 A 60 60
254 Sri_Lanka 8809 C 60 60
255 Sri_Lanka 8810 A 60 60
256 Sri_Lanka 8811 A 60 60
257 Sri_Lanka 8812 A 60 60
258 Sri_Lanka 8813 G 60 60
259 Sri_Lanka 8814 C 60 60
260 Sri_Lanka 8815 T 60 60
261 Sri_Lanka 8816 T 60 60
262 Sri_Lanka 8817 G 60 60
263 Sri_Lanka 8818 C 60 60
264 Sri_Lanka 8819 C 60 60
265 Sri_Lanka 8820 C 60 60
266 Sri_Lanka 8821 A 60 60
267 Sri_Lanka 8822 T 60 60
268 Sri_Lanka 8823 T 60 60
269 Sri_Lanka 8824 G 60 60
270 Sri_Lanka 8825 A 60 60
271 Sri_Lanka 8826 T 60 60
272 Sri_Lanka 8827 T 60 60
273 Sri_Lanka 8828 G 60 60
274 Sri_Lanka 8829 C 60 60
275 Sri_Lanka 8830 T 60 60
276 Sri_Lanka 8831 G 60 60
277 Sri_Lanka 8832 C 60 60
278 Sri_Lanka 8833 A 60 60
279 Sri_Lanka 8834 G 60 60
280 Sri_Lanka 8835 T 60 60
281 Sri_Lanka 8836 C 60 60
282 Sri_Lanka 8837 A 60 60
283 Sri_Lanka 8838 T 60 60
284 Sri_Lanka 8839 A 60 60
285 Sri_Lanka 8840 A 60 60
286 Sri_Lanka 8841 C 60 60
287 Sri_Lanka 8842 A 60 60
288 Sri_Lanka 8843 A 60 60
289 Sri_Lanka 8844 G 60 60
290 Sri_Lanka 8845 A 60 60
291 Sri_Lanka 8846 G 60 60
292 Sri_Lanka 8847 A 60 60
293 Sri_Lanka 8848 A 60 60
294 Sri_Lanka 8849 G 60 60
295 Sri_Lanka 8850 T 60 60
296 Sri_Lanka 8851 G 60 60
297 Sri_Lanka 8852 G 60 60
298 Sri_Lanka 8853 G 60 60
299 Sri_Lanka 8854 T 60 60
300 Sri_Lanka 8855 T 60 60
301 Sri_Lanka 8856 T 60 60
302 Sri_Lanka 8857 T 60 60
303 Sri_Lanka 8858 G 60 60
304 Sri_Lanka 8859 T 60 60
305 Sri_Lanka 8860 C 60 60
306 Sri_Lanka 8861 G 60 60
307 Sri_Lanka 8862 T 60 60
308 Sri_Lanka 8863 G 60 60
309 Sri_Lanka 8864 C 60 60
310 Sri_Lanka 8865 C 60 60
311 Sri_Lanka 8866 T 60 60
312 Sri_Lanka 8867 G 60 60
313 Sri_Lanka 8868 G 60 60
314 Sri_Lanka 8869 T 60 60
315 Sri_Lanka 8870 T 60 60
316 Sri_Lanka 8871 T 60 60
317 Sri_Lanka 8872 G 60 60
318 Sri_Lanka 8873 C 60 60
319 Sri_Lanka 8874 C 60 60
320 Sri_Lanka 8875 T 60 60
321 Sri_Lanka 8876 G 60 60
322 Sri_Lanka 8877 G 60 60
323 Sri_Lanka 8878 C 60 60
324 Sri_Lanka 8879 A 60 57
325 Sri_Lanka 8880 C 60 55
326 Sri_Lanka 8881 G 60 54
327 Sri_Lanka 8882 A 60 54
328 Sri_Lanka 8883 T 60 53
329 Sri_Lanka 8884 A 60 53
330 Sri_Lanka 8885 T 60 53
331 Sri_Lanka 8886 T 60 53
332 Sri_Lanka 8887 A 60 47
333 Sri_Lanka 8888 C 60 47
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1423 Sri_Lanka 9978 T 51 51
1424 Sri_Lanka 9979 C 51 51
1425 Sri_Lanka 9980 A 51 51
1426 Sri_Lanka 9981 A 51 51
1427 Sri_Lanka 9982 T 51 51
1428 Sri_Lanka 9983 G 51 51
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1430 Sri_Lanka 9985 C 51 51
1431 Sri_Lanka 9986 T 51 51
1432 Sri_Lanka 9987 T 51 51
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1434 Sri_Lanka 9989 A 51 51
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1441 Sri_Lanka 9996 C 51 51
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