National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*                                              
-     1,500                                        
?                                              
A     108                                   4    
C     48                                        
D     66     1                                  
E 1   45           1               1            
F     111         2         2                    
G     81   1                           1        
H     27             1                          
I     90               3                   1    
K     51                                        
L     147                   1     1              
M     27                                        
N     63               1       1                
P     60                                        
Q     27                                        
R     60                                        
S     114           1             2     2        
T     123 1             5                        
V     138                                   1    
W     18                                        
Y     96   1                                   2

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Saudi_Arabia 8555 A 867 867
1 Saudi_Arabia 8556 A 867 867
2 Saudi_Arabia 8557 A 867 867
3 Saudi_Arabia 8558 A G 867 866 Ile2765Val
4 Saudi_Arabia 8559 T 867 867
5 Saudi_Arabia 8560 T 867 867
6 Saudi_Arabia 8561 G 867 867
7 Saudi_Arabia 8562 T 867 867
8 Saudi_Arabia 8563 T 867 867
9 Saudi_Arabia 8564 A 867 867
10 Saudi_Arabia 8565 A 867 867
11 Saudi_Arabia 8566 T 867 867
12 Saudi_Arabia 8567 A 867 867
13 Saudi_Arabia 8568 A 867 867
14 Saudi_Arabia 8569 T C 867 866 Asn2768Asn
15 Saudi_Arabia 8570 T 867 867
16 Saudi_Arabia 8571 G 867 867
17 Saudi_Arabia 8572 G 867 867
18 Saudi_Arabia 8573 T 867 867
19 Saudi_Arabia 8574 T 867 867
20 Saudi_Arabia 8575 G 867 867
21 Saudi_Arabia 8576 A 867 867
22 Saudi_Arabia 8577 A 867 867
23 Saudi_Arabia 8578 G 867 867
24 Saudi_Arabia 8579 C 867 867
25 Saudi_Arabia 8580 A 867 867
26 Saudi_Arabia 8581 G 867 867
27 Saudi_Arabia 8582 T 867 867
28 Saudi_Arabia 8583 T 867 867
29 Saudi_Arabia 8584 A 867 867
30 Saudi_Arabia 8585 A 867 867
31 Saudi_Arabia 8586 T 867 867
32 Saudi_Arabia 8587 T 867 867
33 Saudi_Arabia 8588 A 867 867
34 Saudi_Arabia 8589 A 867 867
35 Saudi_Arabia 8590 A 867 867
36 Saudi_Arabia 8591 G 867 867
37 Saudi_Arabia 8592 T 867 867
38 Saudi_Arabia 8593 T 867 867
39 Saudi_Arabia 8594 A 867 867
40 Saudi_Arabia 8595 C 867 867
41 Saudi_Arabia 8596 A 870 870
42 Saudi_Arabia 8597 C 870 870
43 Saudi_Arabia 8598 T 870 870
44 Saudi_Arabia 8599 T 870 870
45 Saudi_Arabia 8600 G 870 870
46 Saudi_Arabia 8601 T 870 870
47 Saudi_Arabia 8602 G 870 870
48 Saudi_Arabia 8603 T 870 870
49 Saudi_Arabia 8604 T 870 870
50 Saudi_Arabia 8605 C 870 870
51 Saudi_Arabia 8606 C 870 870
52 Saudi_Arabia 8607 T 870 870
53 Saudi_Arabia 8608 T 870 870
54 Saudi_Arabia 8609 T 870 870
55 Saudi_Arabia 8610 T 870 870
56 Saudi_Arabia 8611 T 870 870
57 Saudi_Arabia 8612 G 870 870
58 Saudi_Arabia 8613 T 870 870
59 Saudi_Arabia 8614 T 870 870
60 Saudi_Arabia 8615 G 870 870
61 Saudi_Arabia 8616 C 870 870
62 Saudi_Arabia 8617 T 870 870
63 Saudi_Arabia 8618 G 870 870
64 Saudi_Arabia 8619 C 870 870
65 Saudi_Arabia 8620 T 870 870
66 Saudi_Arabia 8621 A 870 870
67 Saudi_Arabia 8622 T 870 870
68 Saudi_Arabia 8623 T 870 870
69 Saudi_Arabia 8624 T 870 870
70 Saudi_Arabia 8625 T 870 870
71 Saudi_Arabia 8626 C 870 870
72 Saudi_Arabia 8627 T 870 870
73 Saudi_Arabia 8628 A G 870 869 Tyr2788Cys
74 Saudi_Arabia 8629 T 870 870
75 Saudi_Arabia 8630 T 870 870
76 Saudi_Arabia 8631 T 870 870
77 Saudi_Arabia 8632 A 870 870
78 Saudi_Arabia 8633 A 870 870
79 Saudi_Arabia 8634 T 870 870
80 Saudi_Arabia 8635 A 870 870
81 Saudi_Arabia 8636 A G 870 869 Thr2791Ala
82 Saudi_Arabia 8637 C 870 870
83 Saudi_Arabia 8638 A 870 870
84 Saudi_Arabia 8639 C 870 870
85 Saudi_Arabia 8640 C 870 870
86 Saudi_Arabia 8641 T 870 870
87 Saudi_Arabia 8642 G 870 870
88 Saudi_Arabia 8643 T 870 870
89 Saudi_Arabia 8644 T 870 870
90 Saudi_Arabia 8645 C 870 870
91 Saudi_Arabia 8646 A 870 870
92 Saudi_Arabia 8647 T 870 870
93 Saudi_Arabia 8648 G 870 870
94 Saudi_Arabia 8649 T 870 870
95 Saudi_Arabia 8650 C 870 870
96 Saudi_Arabia 8651 A 870 870
97 Saudi_Arabia 8652 T 870 870
98 Saudi_Arabia 8653 G 870 870
99 Saudi_Arabia 8654 T 870 870
100 Saudi_Arabia 8655 C 870 870
101 Saudi_Arabia 8656 T 870 870
102 Saudi_Arabia 8657 A 870 870
103 Saudi_Arabia 8658 A 870 870
104 Saudi_Arabia 8659 A 870 870
105 Saudi_Arabia 8660 C 870 870
106 Saudi_Arabia 8661 A 870 870
107 Saudi_Arabia 8662 T 870 868
108 Saudi_Arabia 8663 A 870 867
109 Saudi_Arabia 8664 C 870 867
110 Saudi_Arabia 8665 T 870 866
111 Saudi_Arabia 8666 G 870 862
112 Saudi_Arabia 8667 A 870 861
113 Saudi_Arabia 8668 C T 870 860 Asp2801Asp
114 Saudi_Arabia 8669 T 870 861
115 Saudi_Arabia 8670 T 870 861
116 Saudi_Arabia 8671 T 870 861
117 Saudi_Arabia 8672 T 870 861
118 Saudi_Arabia 8673 C 870 861
119 Saudi_Arabia 8674 A 870 861
120 Saudi_Arabia 8675 A 870 861
121 Saudi_Arabia 8676 G 870 861
122 Saudi_Arabia 8677 T 870 861
123 Saudi_Arabia 8678 G 870 861
124 Saudi_Arabia 8679 A 870 861
125 Saudi_Arabia 8680 A 870 861
126 Saudi_Arabia 8681 A 870 861
127 Saudi_Arabia 8682 T 870 863
128 Saudi_Arabia 8683 C 870 864
129 Saudi_Arabia 8684 A 870 865
130 Saudi_Arabia 8685 T 870 866
131 Saudi_Arabia 8686 A 870 866
132 Saudi_Arabia 8687 G 870 866
133 Saudi_Arabia 8688 G 870 867
134 Saudi_Arabia 8689 A 870 867
135 Saudi_Arabia 8690 T 870 869
136 Saudi_Arabia 8691 A 870 869
137 Saudi_Arabia 8692 C T 870 868 Tyr2809Tyr
138 Saudi_Arabia 8693 A 870 869
139 Saudi_Arabia 8694 A 870 869
140 Saudi_Arabia 8695 G 870 869
141 Saudi_Arabia 8696 G 870 869
142 Saudi_Arabia 8697 C 870 869
143 Saudi_Arabia 8698 T 870 869
144 Saudi_Arabia 8699 A 870 869
145 Saudi_Arabia 8700 T 870 869
146 Saudi_Arabia 8701 T 870 869
147 Saudi_Arabia 8702 G 870 868
148 Saudi_Arabia 8703 A 870 868
149 Saudi_Arabia 8704 T 870 868
150 Saudi_Arabia 8705 G 870 868
151 Saudi_Arabia 8706 G 870 868
152 Saudi_Arabia 8707 T 870 868
153 Saudi_Arabia 8708 G 870 868
154 Saudi_Arabia 8709 G 870 869
155 Saudi_Arabia 8710 T 870 869
156 Saudi_Arabia 8711 G 870 869
157 Saudi_Arabia 8712 T 870 869
158 Saudi_Arabia 8713 C 870 869
159 Saudi_Arabia 8714 A 870 869
160 Saudi_Arabia 8715 C 870 869
161 Saudi_Arabia 8716 T 870 869
162 Saudi_Arabia 8717 C 870 869
163 Saudi_Arabia 8718 G 870 869
164 Saudi_Arabia 8719 T 870 869
165 Saudi_Arabia 8720 G 870 869
166 Saudi_Arabia 8721 A 870 869
167 Saudi_Arabia 8722 C 872 871
168 Saudi_Arabia 8723 A 872 871
169 Saudi_Arabia 8724 T 873 870
170 Saudi_Arabia 8725 A 873 871
171 Saudi_Arabia 8726 G 873 871
172 Saudi_Arabia 8727 C 874 873
173 Saudi_Arabia 8728 A 876 875
174 Saudi_Arabia 8729 T 876 875
175 Saudi_Arabia 8730 C 876 875
176 Saudi_Arabia 8731 T 877 876
177 Saudi_Arabia 8732 A 883 882
178 Saudi_Arabia 8733 C 890 890
179 Saudi_Arabia 8734 A 890 890
180 Saudi_Arabia 8735 G 891 891
181 Saudi_Arabia 8736 A 891 891
182 Saudi_Arabia 8737 T 891 891
183 Saudi_Arabia 8738 A 891 891
184 Saudi_Arabia 8739 C 891 891
185 Saudi_Arabia 8740 T 891 891
186 Saudi_Arabia 8741 T 892 892
187 Saudi_Arabia 8742 G 892 892
188 Saudi_Arabia 8743 T 892 892
189 Saudi_Arabia 8744 T 892 892
190 Saudi_Arabia 8745 T 892 892
191 Saudi_Arabia 8746 T 892 892
192 Saudi_Arabia 8747 G 892 892
193 Saudi_Arabia 8748 C 892 892
194 Saudi_Arabia 8749 T 892 892
195 Saudi_Arabia 8750 A 892 892
196 Saudi_Arabia 8751 A 892 892
197 Saudi_Arabia 8752 C 892 892
198 Saudi_Arabia 8753 A 892 892
199 Saudi_Arabia 8754 A 892 892
200 Saudi_Arabia 8755 A 892 892
201 Saudi_Arabia 8756 C 892 892
202 Saudi_Arabia 8757 A 892 892
203 Saudi_Arabia 8758 T 892 892
204 Saudi_Arabia 8759 G 892 892
205 Saudi_Arabia 8760 C 892 892
206 Saudi_Arabia 8761 T 892 892
207 Saudi_Arabia 8762 G 892 892
208 Saudi_Arabia 8763 A 892 892
209 Saudi_Arabia 8764 T 892 892
210 Saudi_Arabia 8765 T 892 892
211 Saudi_Arabia 8766 T 892 892
212 Saudi_Arabia 8767 T C 892 891 Phe2834Phe
213 Saudi_Arabia 8768 G 892 892
214 Saudi_Arabia 8769 A 892 892
215 Saudi_Arabia 8770 C 892 892
216 Saudi_Arabia 8771 A 892 892
217 Saudi_Arabia 8772 C T 892 891 Thr2836Ile
218 Saudi_Arabia 8773 A 892 892
219 Saudi_Arabia 8774 T 892 892
220 Saudi_Arabia 8775 G 892 892
221 Saudi_Arabia 8776 G 893 893
222 Saudi_Arabia 8777 T 893 893
223 Saudi_Arabia 8778 T 893 893
224 Saudi_Arabia 8779 T 893 893
225 Saudi_Arabia 8780 A 893 893
226 Saudi_Arabia 8781 G 893 893
227 Saudi_Arabia 8782 C T 893 806 Ser2839Ser
228 Saudi_Arabia 8783 C 893 893
229 Saudi_Arabia 8784 A 893 893
230 Saudi_Arabia 8785 G 893 893
231 Saudi_Arabia 8786 C 893 893
232 Saudi_Arabia 8787 G 893 893
233 Saudi_Arabia 8788 T 893 893
234 Saudi_Arabia 8789 G 893 893
235 Saudi_Arabia 8790 G 893 893
236 Saudi_Arabia 8791 T 893 893
237 Saudi_Arabia 8792 G 893 893
238 Saudi_Arabia 8793 G 893 893
239 Saudi_Arabia 8794 T 893 893
240 Saudi_Arabia 8795 A 893 893
241 Saudi_Arabia 8796 G 893 893
242 Saudi_Arabia 8797 T 893 893
243 Saudi_Arabia 8798 T 893 893
244 Saudi_Arabia 8799 A 893 893
245 Saudi_Arabia 8800 T 893 893
246 Saudi_Arabia 8801 A 893 893
247 Saudi_Arabia 8802 C T 893 892 Thr2846Ile
248 Saudi_Arabia 8803 T 893 893
249 Saudi_Arabia 8804 A 893 893
250 Saudi_Arabia 8805 A 893 893
251 Saudi_Arabia 8806 T 893 893
252 Saudi_Arabia 8807 G 893 893
253 Saudi_Arabia 8808 A 893 893
254 Saudi_Arabia 8809 C 893 893
255 Saudi_Arabia 8810 A 893 893
256 Saudi_Arabia 8811 A 893 893
257 Saudi_Arabia 8812 A 893 893
258 Saudi_Arabia 8813 G 893 893
259 Saudi_Arabia 8814 C T 893 892 Ala2850Val
260 Saudi_Arabia 8815 T 893 893
261 Saudi_Arabia 8816 T 893 893
262 Saudi_Arabia 8817 G 893 893
263 Saudi_Arabia 8818 C 893 893
264 Saudi_Arabia 8819 C 893 893
265 Saudi_Arabia 8820 C 893 893
266 Saudi_Arabia 8821 A 893 893
267 Saudi_Arabia 8822 T 893 893
268 Saudi_Arabia 8823 T 893 893
269 Saudi_Arabia 8824 G 893 893
270 Saudi_Arabia 8825 A 894 894
271 Saudi_Arabia 8826 T 894 894
272 Saudi_Arabia 8827 T 894 894
273 Saudi_Arabia 8828 G 894 894
274 Saudi_Arabia 8829 C 894 894
275 Saudi_Arabia 8830 T 894 894
276 Saudi_Arabia 8831 G 894 894
277 Saudi_Arabia 8832 C 894 894
278 Saudi_Arabia 8833 A 894 894
279 Saudi_Arabia 8834 G 894 894
280 Saudi_Arabia 8835 T 894 894
281 Saudi_Arabia 8836 C 894 894
282 Saudi_Arabia 8837 A 894 894
283 Saudi_Arabia 8838 T 894 894
284 Saudi_Arabia 8839 A 894 894
285 Saudi_Arabia 8840 A 894 894
286 Saudi_Arabia 8841 C 894 894
287 Saudi_Arabia 8842 A 894 894
288 Saudi_Arabia 8843 A 894 894
289 Saudi_Arabia 8844 G 894 894
290 Saudi_Arabia 8845 A 894 894
291 Saudi_Arabia 8846 G 894 894
292 Saudi_Arabia 8847 A 894 867
293 Saudi_Arabia 8848 A 894 865
294 Saudi_Arabia 8849 G 894 865
295 Saudi_Arabia 8850 T 894 865
296 Saudi_Arabia 8851 G 894 864
297 Saudi_Arabia 8852 G 894 863
298 Saudi_Arabia 8853 G 894 863
299 Saudi_Arabia 8854 T 894 863
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339 Saudi_Arabia 8894 A 926 926
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341 Saudi_Arabia 8896 T 926 926
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343 Saudi_Arabia 8898 A 926 926
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