National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   1,500                                        
?                                            
A   108 1                               1 3    
C   48                                        
D   66                       1                
E   45                                        
F   111         4         1                   1
G   81                                        
H   27             1                         1
I   90               3                        
K   51                                        
L   147                   3           1        
M   27               2                        
N   63                       1         1      
P   60                   1     1              
Q   27                           1            
R   60                             1          
S   114                               2        
T   123               8       1         3      
V   138 1       1     1   2               3    
W   18                                        
Y   96                                       3

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 New_Zealand 8555 A 1091 1091
1 New_Zealand 8556 A 1091 1091
2 New_Zealand 8557 A 1091 1091
3 New_Zealand 8558 A 1091 1091
4 New_Zealand 8559 T 1091 1091
5 New_Zealand 8560 T 1091 1091
6 New_Zealand 8561 G 1091 1091
7 New_Zealand 8562 T 1091 1091
8 New_Zealand 8563 T 1091 1091
9 New_Zealand 8564 A 1091 1091
10 New_Zealand 8565 A 1091 1091
11 New_Zealand 8566 T 1091 1091
12 New_Zealand 8567 A 1091 1091
13 New_Zealand 8568 A 1091 1091
14 New_Zealand 8569 T 1091 1091
15 New_Zealand 8570 T 1091 1091
16 New_Zealand 8571 G 1091 1091
17 New_Zealand 8572 G 1091 1091
18 New_Zealand 8573 T 1091 1091
19 New_Zealand 8574 T 1091 1091
20 New_Zealand 8575 G 1091 1091
21 New_Zealand 8576 A 1091 1091
22 New_Zealand 8577 A 1091 1091
23 New_Zealand 8578 G 1091 1091
24 New_Zealand 8579 C 1091 1091
25 New_Zealand 8580 A 1091 1091
26 New_Zealand 8581 G 1091 1091
27 New_Zealand 8582 T 1091 1091
28 New_Zealand 8583 T 1091 1091
29 New_Zealand 8584 A 1091 1091
30 New_Zealand 8585 A 1091 1091
31 New_Zealand 8586 T 1091 1091
32 New_Zealand 8587 T 1091 1091
33 New_Zealand 8588 A 1091 1091
34 New_Zealand 8589 A 1091 1091
35 New_Zealand 8590 A 1091 1091
36 New_Zealand 8591 G 1091 1091
37 New_Zealand 8592 T 1091 1091
38 New_Zealand 8593 T 1091 1090
39 New_Zealand 8594 A 1091 1091
40 New_Zealand 8595 C T 1091 1090 Thr2777Ile
41 New_Zealand 8596 A 1091 1091
42 New_Zealand 8597 C 1091 1091
43 New_Zealand 8598 T 1091 1091
44 New_Zealand 8599 T 1091 1091
45 New_Zealand 8600 G 1091 1091
46 New_Zealand 8601 T 1091 1091
47 New_Zealand 8602 G 1091 1091
48 New_Zealand 8603 T C 1091 1089 Phe2780Leu
49 New_Zealand 8604 T 1091 1091
50 New_Zealand 8605 C 1093 1093
51 New_Zealand 8606 C 1093 1036
52 New_Zealand 8607 T 1093 1093
53 New_Zealand 8608 T 1093 1093
54 New_Zealand 8609 T 1093 1093
55 New_Zealand 8610 T 1093 1093
56 New_Zealand 8611 T 1093 1093
57 New_Zealand 8612 G 1093 1093
58 New_Zealand 8613 T 1093 1093
59 New_Zealand 8614 T 1093 1093
60 New_Zealand 8615 G 1093 1093
61 New_Zealand 8616 C 1093 1093
62 New_Zealand 8617 T 1093 1093
63 New_Zealand 8618 G 1093 1093
64 New_Zealand 8619 C 1093 1093
65 New_Zealand 8620 T 1104 1104
66 New_Zealand 8621 A 1104 1104
67 New_Zealand 8622 T 1104 1104
68 New_Zealand 8623 T 1104 1104
69 New_Zealand 8624 T 1104 1104
70 New_Zealand 8625 T 1104 1104
71 New_Zealand 8626 C T 1104 1102 Phe2787Phe
72 New_Zealand 8627 T 1104 1103
73 New_Zealand 8628 A 1104 1104
74 New_Zealand 8629 T 1104 1104
75 New_Zealand 8630 T 1104 1104
76 New_Zealand 8631 T 1104 1104
77 New_Zealand 8632 A 1104 1104
78 New_Zealand 8633 A 1104 1104
79 New_Zealand 8634 T 1104 1104
80 New_Zealand 8635 A 1104 1104
81 New_Zealand 8636 A 1104 1103
82 New_Zealand 8637 C T 1104 1100 Thr2791Ile
83 New_Zealand 8638 A 1104 1104
84 New_Zealand 8639 C 1104 1104
85 New_Zealand 8640 C 1104 1104
86 New_Zealand 8641 T 1104 1104
87 New_Zealand 8642 G 1104 1104
88 New_Zealand 8643 T 1104 1104
89 New_Zealand 8644 T 1104 1104
90 New_Zealand 8645 C 1104 1104
91 New_Zealand 8646 A 1104 1104
92 New_Zealand 8647 T 1104 1104
93 New_Zealand 8648 G 1104 1104
94 New_Zealand 8649 T 1104 1104
95 New_Zealand 8650 C 1104 1104
96 New_Zealand 8651 A 1104 1104
97 New_Zealand 8652 T 1104 1104
98 New_Zealand 8653 G T 1104 1098 Met2796Ile
99 New_Zealand 8654 T 1104 1104
100 New_Zealand 8655 C 1104 1104
101 New_Zealand 8656 T 1104 1104
102 New_Zealand 8657 A 1104 1104
103 New_Zealand 8658 A 1104 1104
104 New_Zealand 8659 A 1104 1104
105 New_Zealand 8660 C 1104 1104
106 New_Zealand 8661 A 1104 1104
107 New_Zealand 8662 T 1104 1104
108 New_Zealand 8663 A 1104 1104
109 New_Zealand 8664 C 1104 1104
110 New_Zealand 8665 T 1104 1104
111 New_Zealand 8666 G 1104 1104
112 New_Zealand 8667 A 1104 1104
113 New_Zealand 8668 C 1104 1104
114 New_Zealand 8669 T 1104 1104
115 New_Zealand 8670 T 1104 1104
116 New_Zealand 8671 T 1104 1104
117 New_Zealand 8672 T 1104 1104
118 New_Zealand 8673 C 1104 1104
119 New_Zealand 8674 A 1104 1104
120 New_Zealand 8675 A 1104 1104
121 New_Zealand 8676 G 1104 1104
122 New_Zealand 8677 T 1104 1104
123 New_Zealand 8678 G 1104 1104
124 New_Zealand 8679 A 1104 1104
125 New_Zealand 8680 A 1104 1104
126 New_Zealand 8681 A 1104 1104
127 New_Zealand 8682 T 1104 1104
128 New_Zealand 8683 C T 1104 1101 Ile2806Ile
129 New_Zealand 8684 A 1104 1104
130 New_Zealand 8685 T 1104 1104
131 New_Zealand 8686 A 1104 1104
132 New_Zealand 8687 G 1104 1104
133 New_Zealand 8688 G 1104 1104
134 New_Zealand 8689 A 1104 1104
135 New_Zealand 8690 T 1104 1104
136 New_Zealand 8691 A 1104 1104
137 New_Zealand 8692 C 1104 1104
138 New_Zealand 8693 A 1104 1104
139 New_Zealand 8694 A 1104 1104
140 New_Zealand 8695 G 1104 1104
141 New_Zealand 8696 G 1104 1104
142 New_Zealand 8697 C 1104 1104
143 New_Zealand 8698 T 1104 1104
144 New_Zealand 8699 A 1104 1104
145 New_Zealand 8700 T 1104 1104
146 New_Zealand 8701 T 1104 1104
147 New_Zealand 8702 G 1104 1104
148 New_Zealand 8703 A 1104 1104
149 New_Zealand 8704 T 1104 1104
150 New_Zealand 8705 G 1104 1104
151 New_Zealand 8706 G 1104 1104
152 New_Zealand 8707 T 1104 1104
153 New_Zealand 8708 G 1104 1104
154 New_Zealand 8709 G 1104 1104
155 New_Zealand 8710 T 1104 1104
156 New_Zealand 8711 G 1104 1104
157 New_Zealand 8712 T 1104 1104
158 New_Zealand 8713 C 1104 1104
159 New_Zealand 8714 A 1104 1104
160 New_Zealand 8715 C 1104 1104
161 New_Zealand 8716 T 1104 1104
162 New_Zealand 8717 C 1104 1104
163 New_Zealand 8718 G 1104 1104
164 New_Zealand 8719 T 1104 1104
165 New_Zealand 8720 G 1104 1104
166 New_Zealand 8721 A 1104 1104
167 New_Zealand 8722 C 1104 1104
168 New_Zealand 8723 A 1104 1104
169 New_Zealand 8724 T 1104 1104
170 New_Zealand 8725 A 1104 1104
171 New_Zealand 8726 G 1104 1104
172 New_Zealand 8727 C 1104 1104
173 New_Zealand 8728 A 1104 1104
174 New_Zealand 8729 T 1104 1104
175 New_Zealand 8730 C 1104 1104
176 New_Zealand 8731 T 1104 1104
177 New_Zealand 8732 A 1104 1104
178 New_Zealand 8733 C T 1104 1099 Thr2823Ile
179 New_Zealand 8734 A 1104 1104
180 New_Zealand 8735 G 1104 1104
181 New_Zealand 8736 A 1104 1104
182 New_Zealand 8737 T 1104 1103
183 New_Zealand 8738 A 1104 1104
184 New_Zealand 8739 C 1104 1104
185 New_Zealand 8740 T 1104 1104
186 New_Zealand 8741 T 1104 1104
187 New_Zealand 8742 G 1104 1104
188 New_Zealand 8743 T 1104 1104
189 New_Zealand 8744 T 1104 1104
190 New_Zealand 8745 T 1104 1104
191 New_Zealand 8746 T 1104 1104
192 New_Zealand 8747 G 1104 1104
193 New_Zealand 8748 C 1104 1104
194 New_Zealand 8749 T 1104 1104
195 New_Zealand 8750 A 1104 1104
196 New_Zealand 8751 A 1104 1104
197 New_Zealand 8752 C 1104 1104
198 New_Zealand 8753 A 1104 1104
199 New_Zealand 8754 A 1104 1104
200 New_Zealand 8755 A 1104 1104
201 New_Zealand 8756 C 1104 1104
202 New_Zealand 8757 A 1104 1104
203 New_Zealand 8758 T 1104 1104
204 New_Zealand 8759 G 1104 1104
205 New_Zealand 8760 C 1104 1104
206 New_Zealand 8761 T 1104 1104
207 New_Zealand 8762 G 1104 1104
208 New_Zealand 8763 A 1104 1104
209 New_Zealand 8764 T 1104 1104
210 New_Zealand 8765 T 1104 1104
211 New_Zealand 8766 T 1104 1104
212 New_Zealand 8767 T 1104 1104
213 New_Zealand 8768 G 1104 1104
214 New_Zealand 8769 A 1104 1104
215 New_Zealand 8770 C 1104 1104
216 New_Zealand 8771 A 1104 1104
217 New_Zealand 8772 C T 1104 1102 Thr2836Ile
218 New_Zealand 8773 A 1104 1104
219 New_Zealand 8774 T 1104 1104
220 New_Zealand 8775 G 1104 1104
221 New_Zealand 8776 G 1104 1104
222 New_Zealand 8777 T 1104 1104
223 New_Zealand 8778 T 1104 1104
224 New_Zealand 8779 T 1104 1104
225 New_Zealand 8780 A 1104 1104
226 New_Zealand 8781 G 1104 1104
227 New_Zealand 8782 C T 1104 1052 Ser2839Ser
228 New_Zealand 8783 C 1104 1104
229 New_Zealand 8784 A 1104 1104
230 New_Zealand 8785 G 1104 1104
231 New_Zealand 8786 C 1104 1104
232 New_Zealand 8787 G 1104 1104
233 New_Zealand 8788 T C 1104 1102 Arg2841Arg
234 New_Zealand 8789 G 1104 1104
235 New_Zealand 8790 G 1104 1104
236 New_Zealand 8791 T 1104 1104
237 New_Zealand 8792 G 1104 1104
238 New_Zealand 8793 G 1104 1104
239 New_Zealand 8794 T 1104 1104
240 New_Zealand 8795 A 1104 1104
241 New_Zealand 8796 G 1104 1104
242 New_Zealand 8797 T 1104 1104
243 New_Zealand 8798 T 1104 1104
244 New_Zealand 8799 A 1104 1104
245 New_Zealand 8800 T 1104 1104
246 New_Zealand 8801 A 1104 1104
247 New_Zealand 8802 C T 1104 1099 Thr2846Ile
248 New_Zealand 8803 T 1104 1104
249 New_Zealand 8804 A 1104 1104
250 New_Zealand 8805 A 1104 1104
251 New_Zealand 8806 T 1104 1104
252 New_Zealand 8807 G 1104 1104
253 New_Zealand 8808 A 1104 1104
254 New_Zealand 8809 C 1104 1104
255 New_Zealand 8810 A 1104 1104
256 New_Zealand 8811 A 1104 1104
257 New_Zealand 8812 A 1104 1104
258 New_Zealand 8813 G 1104 1104
259 New_Zealand 8814 C 1104 1104
260 New_Zealand 8815 T 1104 1104
261 New_Zealand 8816 T 1104 1104
262 New_Zealand 8817 G 1104 1104
263 New_Zealand 8818 C 1104 1104
264 New_Zealand 8819 C 1104 1104
265 New_Zealand 8820 C 1104 1104
266 New_Zealand 8821 A 1104 1104
267 New_Zealand 8822 T 1104 1104
268 New_Zealand 8823 T 1104 1104
269 New_Zealand 8824 G 1104 1104
270 New_Zealand 8825 A 1104 1104
271 New_Zealand 8826 T 1104 1104
272 New_Zealand 8827 T 1104 1104
273 New_Zealand 8828 G 1104 1104
274 New_Zealand 8829 C T 1104 1103 Ala2855Val
275 New_Zealand 8830 T 1104 1104
276 New_Zealand 8831 G 1104 1104
277 New_Zealand 8832 C 1104 1104
278 New_Zealand 8833 A 1104 1104
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1497 New_Zealand 10052 C 1074 1074
1498 New_Zealand 10053 A 1074 1074
1499 New_Zealand 10054 G 1074 1074