National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   416                                        
?                                            
A   38                                        
C   39                             1          
D   21                                        
E   12                                        
F   15                                        
G   39                                        
H   9             1                          
I   12                                        
K   24                                        
L   24                   3                    
M   12                                        
N   21                                        
P   24                                        
Q   18                                        
R   6                                        
S   18                                        
T   39               1 1                      
V   27                                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Thailand 13026 C 491 491
1 Thailand 13027 T 491 491
2 Thailand 13028 G 491 491
3 Thailand 13029 G 491 491
4 Thailand 13030 T 491 491
5 Thailand 13031 A 491 491
6 Thailand 13032 A 491 491
7 Thailand 13033 T 491 491
8 Thailand 13034 G 491 491
9 Thailand 13035 C 491 490
10 Thailand 13036 A 491 491
11 Thailand 13037 A 491 491
12 Thailand 13038 C 491 491
13 Thailand 13039 A 491 491
14 Thailand 13040 G 491 491
15 Thailand 13041 A 491 491
16 Thailand 13042 A 491 491
17 Thailand 13043 G 491 491
18 Thailand 13044 T 491 491
19 Thailand 13045 G 491 491
20 Thailand 13046 C 491 491
21 Thailand 13047 C 491 491
22 Thailand 13048 T 491 491
23 Thailand 13049 G 491 491
24 Thailand 13050 C 491 491
25 Thailand 13051 C 491 491
26 Thailand 13052 A 491 491
27 Thailand 13053 A 491 491
28 Thailand 13054 T 491 491
29 Thailand 13055 T 491 491
30 Thailand 13056 C 491 491
31 Thailand 13057 A 491 491
32 Thailand 13058 A 491 491
33 Thailand 13059 C 491 491
34 Thailand 13060 T 491 491
35 Thailand 13061 G 491 491
36 Thailand 13062 T 491 491
37 Thailand 13063 A 491 491
38 Thailand 13064 T 491 491
39 Thailand 13065 T 491 491
40 Thailand 13066 A 491 491
41 Thailand 13067 T 491 491
42 Thailand 13068 C 491 491
43 Thailand 13069 T 491 491
44 Thailand 13070 T 491 491
45 Thailand 13071 T 491 491
46 Thailand 13072 C 491 491
47 Thailand 13073 T 491 491
48 Thailand 13074 G 491 491
49 Thailand 13075 T 491 491
50 Thailand 13076 G 491 491
51 Thailand 13077 C 491 491
52 Thailand 13078 T 491 491
53 Thailand 13079 T 491 491
54 Thailand 13080 T 491 491
55 Thailand 13081 T 491 491
56 Thailand 13082 G 491 491
57 Thailand 13083 C 491 491
58 Thailand 13084 T 491 491
59 Thailand 13085 G 491 491
60 Thailand 13086 T 491 491
61 Thailand 13087 A 491 491
62 Thailand 13088 G 491 491
63 Thailand 13089 A 491 491
64 Thailand 13090 T 491 491
65 Thailand 13091 G 491 491
66 Thailand 13092 C 491 491
67 Thailand 13093 T 491 491
68 Thailand 13094 G 491 491
69 Thailand 13095 C 491 491
70 Thailand 13096 T 491 491
71 Thailand 13097 A 491 491
72 Thailand 13098 A 491 491
73 Thailand 13099 A 491 491
74 Thailand 13100 G 491 491
75 Thailand 13101 C 491 491
76 Thailand 13102 T 491 491
77 Thailand 13103 T 491 491
78 Thailand 13104 A 491 491
79 Thailand 13105 C 491 491
80 Thailand 13106 A 491 491
81 Thailand 13107 A 491 491
82 Thailand 13108 A 491 491
83 Thailand 13109 G 491 491
84 Thailand 13110 A 491 491
85 Thailand 13111 T 491 491
86 Thailand 13112 T 491 491
87 Thailand 13113 A 491 491
88 Thailand 13114 T 491 491
89 Thailand 13115 C 491 491
90 Thailand 13116 T 491 491
91 Thailand 13117 A 491 491
92 Thailand 13118 G 491 491
93 Thailand 13119 C 491 491
94 Thailand 13120 T 491 491
95 Thailand 13121 A 491 491
96 Thailand 13122 G 491 491
97 Thailand 13123 T 491 491
98 Thailand 13124 G 491 491
99 Thailand 13125 G 491 491
100 Thailand 13126 G 491 491
101 Thailand 13127 G 491 491
102 Thailand 13128 G 491 491
103 Thailand 13129 A 491 491
104 Thailand 13130 C 491 491
105 Thailand 13131 A 491 491
106 Thailand 13132 A 491 491
107 Thailand 13133 C 491 491
108 Thailand 13134 C 491 491
109 Thailand 13135 A 491 491
110 Thailand 13136 A 491 491
111 Thailand 13137 T 491 491
112 Thailand 13138 C 491 491
113 Thailand 13139 A 491 491
114 Thailand 13140 C 491 491
115 Thailand 13141 T 491 491
116 Thailand 13142 A 491 491
117 Thailand 13143 A 491 491
118 Thailand 13144 T 491 491
119 Thailand 13145 T 491 491
120 Thailand 13146 G 491 491
121 Thailand 13147 T 491 491
122 Thailand 13148 G 491 491
123 Thailand 13149 T 491 491
124 Thailand 13150 T 491 491
125 Thailand 13151 A 491 491
126 Thailand 13152 A 491 491
127 Thailand 13153 G 491 491
128 Thailand 13154 A 491 491
129 Thailand 13155 T 491 491
130 Thailand 13156 G 491 491
131 Thailand 13157 T 491 491
132 Thailand 13158 T 491 491
133 Thailand 13159 G 491 491
134 Thailand 13160 T 491 491
135 Thailand 13161 G 491 491
136 Thailand 13162 T 491 491
137 Thailand 13163 A 491 491
138 Thailand 13164 C 491 491
139 Thailand 13165 A 491 491
140 Thailand 13166 C 491 491
141 Thailand 13167 A 491 491
142 Thailand 13168 C T 491 490 His4301His
143 Thailand 13169 A 491 491
144 Thailand 13170 C 491 491
145 Thailand 13171 T 491 491
146 Thailand 13172 G 491 491
147 Thailand 13173 G 491 491
148 Thailand 13174 T 491 491
149 Thailand 13175 A 491 491
150 Thailand 13176 C 491 491
151 Thailand 13177 T 491 491
152 Thailand 13178 G 491 491
153 Thailand 13179 G 491 491
154 Thailand 13180 T 491 491
155 Thailand 13181 C 491 491
156 Thailand 13182 A 491 491
157 Thailand 13183 G 491 491
158 Thailand 13184 G 491 491
159 Thailand 13185 C 491 491
160 Thailand 13186 A 491 491
161 Thailand 13187 A 491 491
162 Thailand 13188 T 491 491
163 Thailand 13189 A 491 491
164 Thailand 13190 A 491 491
165 Thailand 13191 C 491 491
166 Thailand 13192 A 491 491
167 Thailand 13193 G 491 491
168 Thailand 13194 T 491 491
169 Thailand 13195 T 491 491
170 Thailand 13196 A 491 491
171 Thailand 13197 C 491 491
172 Thailand 13198 A 491 491
173 Thailand 13199 C 491 491
174 Thailand 13200 C 491 491
175 Thailand 13201 G 491 491
176 Thailand 13202 G 491 491
177 Thailand 13203 A 491 491
178 Thailand 13204 A 491 491
179 Thailand 13205 G 491 491
180 Thailand 13206 C 491 491
181 Thailand 13207 C 491 491
182 Thailand 13208 A 491 491
183 Thailand 13209 A 491 491
184 Thailand 13210 T 491 491
185 Thailand 13211 A 491 491
186 Thailand 13212 T 491 491
187 Thailand 13213 G 491 491
188 Thailand 13214 G 491 491
189 Thailand 13215 A 491 491
190 Thailand 13216 T 491 491
191 Thailand 13217 C 491 491
192 Thailand 13218 A 491 491
193 Thailand 13219 A 491 491
194 Thailand 13220 G 491 491
195 Thailand 13221 A 491 491
196 Thailand 13222 A 491 491
197 Thailand 13223 T 491 491
198 Thailand 13224 C 491 491
199 Thailand 13225 C 491 491
200 Thailand 13226 T 491 491
201 Thailand 13227 T 491 491
202 Thailand 13228 T 491 491
203 Thailand 13229 G 491 491
204 Thailand 13230 G 491 491
205 Thailand 13231 T 491 491
206 Thailand 13232 G 491 491
207 Thailand 13233 G 491 491
208 Thailand 13234 T 491 491
209 Thailand 13235 G 491 491
210 Thailand 13236 C 491 491
211 Thailand 13237 A 491 491
212 Thailand 13238 T 491 491
213 Thailand 13239 C 491 491
214 Thailand 13240 G 491 491
215 Thailand 13241 T 491 491
216 Thailand 13242 G 491 491
217 Thailand 13243 T 496 496
218 Thailand 13244 T 496 496
219 Thailand 13245 G 496 496
220 Thailand 13246 T 496 496
221 Thailand 13247 C 496 496
222 Thailand 13248 T 496 496
223 Thailand 13249 G T 496 495 Leu4328Leu
224 Thailand 13250 T 496 496
225 Thailand 13251 A 496 496
226 Thailand 13252 C 496 496
227 Thailand 13253 T C 496 495 Cys4330Arg
228 Thailand 13254 G 496 496
229 Thailand 13255 C 498 498
230 Thailand 13256 C 508 508
231 Thailand 13257 G 508 508
232 Thailand 13258 T 508 508
233 Thailand 13259 T 523 523
234 Thailand 13260 G 523 523
235 Thailand 13261 C 523 523
236 Thailand 13262 C 523 523
237 Thailand 13263 A 523 523
238 Thailand 13264 C 523 523
239 Thailand 13265 A 523 523
240 Thailand 13266 T 523 523
241 Thailand 13267 A 523 523
242 Thailand 13268 G 523 523
243 Thailand 13269 A 523 523
244 Thailand 13270 T 523 523
245 Thailand 13271 C 523 523
246 Thailand 13272 A 523 523
247 Thailand 13273 T 523 523
248 Thailand 13274 C 523 523
249 Thailand 13275 C 523 523
250 Thailand 13276 A 523 523
251 Thailand 13277 A 525 525
252 Thailand 13278 A 525 525
253 Thailand 13279 T 525 525
254 Thailand 13280 C 525 525
255 Thailand 13281 C 525 525
256 Thailand 13282 T 525 525
257 Thailand 13283 A 525 525
258 Thailand 13284 A 526 526
259 Thailand 13285 A 526 526
260 Thailand 13286 G 526 526
261 Thailand 13287 G 527 527
262 Thailand 13288 A 527 527
263 Thailand 13289 T 527 527
264 Thailand 13290 T 527 527
265 Thailand 13291 T 527 527
266 Thailand 13292 T 527 527
267 Thailand 13293 G 527 527
268 Thailand 13294 T 527 527
269 Thailand 13295 G 527 527
270 Thailand 13296 A 527 527
271 Thailand 13297 C 528 528
272 Thailand 13298 T 529 529
273 Thailand 13299 T 529 529
274 Thailand 13300 A 529 529
275 Thailand 13301 A 529 529
276 Thailand 13302 A 530 530
277 Thailand 13303 A 530 530
278 Thailand 13304 G 530 530
279 Thailand 13305 G 530 530
280 Thailand 13306 T 530 530
281 Thailand 13307 A 530 530
282 Thailand 13308 A 530 530
283 Thailand 13309 G 530 530
284 Thailand 13310 T 530 530
285 Thailand 13311 A 530 530
286 Thailand 13312 T 530 530
287 Thailand 13313 G 530 530
288 Thailand 13314 T 530 530
289 Thailand 13315 A 530 530
290 Thailand 13316 C 530 530
291 Thailand 13317 A 530 530
292 Thailand 13318 A 530 530
293 Thailand 13319 A 530 530
294 Thailand 13320 T 530 530
295 Thailand 13321 A 530 530
296 Thailand 13322 C 530 530
297 Thailand 13323 C 530 530
298 Thailand 13324 T 530 530
299 Thailand 13325 A 530 530
300 Thailand 13326 C 530 530
301 Thailand 13327 A 530 530
302 Thailand 13328 A 530 530
303 Thailand 13329 C T 530 529 Thr4355Ile
304 Thailand 13330 T 530 530
305 Thailand 13331 T 530 530
306 Thailand 13332 G 530 530
307 Thailand 13333 T 530 530
308 Thailand 13334 G 530 530
309 Thailand 13335 C 530 530
310 Thailand 13336 T 530 530
311 Thailand 13337 A 530 530
312 Thailand 13338 A 530 530
313 Thailand 13339 T 530 529
314 Thailand 13340 G 530 530
315 Thailand 13341 A 530 530
316 Thailand 13342 C 530 530
317 Thailand 13343 C 530 530
318 Thailand 13344 C 530 530
319 Thailand 13345 T 530 530
320 Thailand 13346 G 530 530
321 Thailand 13347 T 530 530
322 Thailand 13348 G 530 530
323 Thailand 13349 G 530 530
324 Thailand 13350 G 530 530
325 Thailand 13351 T 530 530
326 Thailand 13352 T 530 530
327 Thailand 13353 T 530 530
328 Thailand 13354 T 530 530
329 Thailand 13355 A 530 530
330 Thailand 13356 C 530 530
331 Thailand 13357 A 530 530
332 Thailand 13358 C 530 530
333 Thailand 13359 T 530 530
334 Thailand 13360 T 530 530
335 Thailand 13361 A 530 530
336 Thailand 13362 A 530 530
337 Thailand 13363 A 530 530
338 Thailand 13364 A 530 530
339 Thailand 13365 A 530 530
340 Thailand 13366 C 530 530
341 Thailand 13367 A 530 530
342 Thailand 13368 C A 530 529 Thr4368Lys
343 Thailand 13369 A 530 530
344 Thailand 13370 G 530 530
345 Thailand 13371 T 530 530
346 Thailand 13372 C 530 530
347 Thailand 13373 T 530 530
348 Thailand 13374 G 530 530
349 Thailand 13375 T 530 530
350 Thailand 13376 A 530 530
351 Thailand 13377 C 530 530
352 Thailand 13378 C 530 530
353 Thailand 13379 G 530 530
354 Thailand 13380 T 530 530
355 Thailand 13381 C 530 530
356 Thailand 13382 T 530 530
357 Thailand 13383 G 530 530
358 Thailand 13384 C 530 530
359 Thailand 13385 G 530 530
360 Thailand 13386 G 530 530
361 Thailand 13387 T 530 530
362 Thailand 13388 A 530 530
363 Thailand 13389 T 530 530
364 Thailand 13390 G 530 530
365 Thailand 13391 T 530 530
366 Thailand 13392 G 530 530
367 Thailand 13393 G 530 530
368 Thailand 13394 A 530 530
369 Thailand 13395 A 530 530
370 Thailand 13396 A 530 530
371 Thailand 13397 G 530 530
372 Thailand 13398 G 530 530
373 Thailand 13399 T 530 530
374 Thailand 13400 T 530 530
375 Thailand 13401 A 530 530
376 Thailand 13402 T 530 530
377 Thailand 13403 G 530 530
378 Thailand 13404 G 530 530
379 Thailand 13405 C 530 530
380 Thailand 13406 T 530 530
381 Thailand 13407 G 530 530
382 Thailand 13408 T 530 530
383 Thailand 13409 A 530 530
384 Thailand 13410 G 530 530
385 Thailand 13411 T 530 530
386 Thailand 13412 T 530 530
387 Thailand 13413 G 530 530
388 Thailand 13414 T 530 530
389 Thailand 13415 G 530 530
390 Thailand 13416 A 530 530
391 Thailand 13417 T 530 530
392 Thailand 13418 C 530 530
393 Thailand 13419 A 530 530
394 Thailand 13420 A 530 530
395 Thailand 13421 C 530 530
396 Thailand 13422 T 530 530
397 Thailand 13423 C T 530 529 Leu4386Leu
398 Thailand 13424 C 530 530
399 Thailand 13425 G 530 530
400 Thailand 13426 C 530 530
401 Thailand 13427 G 530 530
402 Thailand 13428 A 530 530
403 Thailand 13429 A 530 530
404 Thailand 13430 C 530 530
405 Thailand 13431 C 530 530
406 Thailand 13432 C 530 530
407 Thailand 13433 A 530 530
408 Thailand 13434 T 530 530
409 Thailand 13435 G 530 530
410 Thailand 13436 C 530 530
411 Thailand 13437 T 530 530
412 Thailand 13438 T C 530 529 Leu4391Leu
413 Thailand 13439 C 530 530
414 Thailand 13440 A 530 530
415 Thailand 13441 G 530 530