National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   416                                        
?                                            
A   38                                        
C   39                                        
D   21                                        
E   12                                        
F   15                                        
G   39                                        
H   9                                        
I   12                                        
K   24                                        
L   24                                        
M   12                                        
N   21                                        
P   24                         1              
Q   18                                        
R   6                                        
S   18                                        
T   39                                        
V   27                                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Sri_Lanka 13026 C 52 52
1 Sri_Lanka 13027 T 52 52
2 Sri_Lanka 13028 G 52 52
3 Sri_Lanka 13029 G 52 52
4 Sri_Lanka 13030 T 52 52
5 Sri_Lanka 13031 A 52 52
6 Sri_Lanka 13032 A 53 53
7 Sri_Lanka 13033 T 53 53
8 Sri_Lanka 13034 G 58 58
9 Sri_Lanka 13035 C 58 58
10 Sri_Lanka 13036 A 58 58
11 Sri_Lanka 13037 A 58 58
12 Sri_Lanka 13038 C 58 58
13 Sri_Lanka 13039 A 58 58
14 Sri_Lanka 13040 G 58 58
15 Sri_Lanka 13041 A 58 58
16 Sri_Lanka 13042 A 58 58
17 Sri_Lanka 13043 G 58 58
18 Sri_Lanka 13044 T 58 58
19 Sri_Lanka 13045 G 58 58
20 Sri_Lanka 13046 C 58 58
21 Sri_Lanka 13047 C 58 58
22 Sri_Lanka 13048 T 58 58
23 Sri_Lanka 13049 G 58 58
24 Sri_Lanka 13050 C 58 58
25 Sri_Lanka 13051 C 58 58
26 Sri_Lanka 13052 A 58 58
27 Sri_Lanka 13053 A 58 58
28 Sri_Lanka 13054 T 58 58
29 Sri_Lanka 13055 T 58 58
30 Sri_Lanka 13056 C 58 58
31 Sri_Lanka 13057 A 58 58
32 Sri_Lanka 13058 A 58 58
33 Sri_Lanka 13059 C 58 58
34 Sri_Lanka 13060 T 58 58
35 Sri_Lanka 13061 G 58 58
36 Sri_Lanka 13062 T 58 58
37 Sri_Lanka 13063 A 58 58
38 Sri_Lanka 13064 T 58 58
39 Sri_Lanka 13065 T 58 58
40 Sri_Lanka 13066 A 58 56
41 Sri_Lanka 13067 T 58 56
42 Sri_Lanka 13068 C 58 56
43 Sri_Lanka 13069 T 58 55
44 Sri_Lanka 13070 T 58 55
45 Sri_Lanka 13071 T 58 55
46 Sri_Lanka 13072 C 58 55
47 Sri_Lanka 13073 T 58 55
48 Sri_Lanka 13074 G 58 55
49 Sri_Lanka 13075 T 58 55
50 Sri_Lanka 13076 G 58 54
51 Sri_Lanka 13077 C 58 53
52 Sri_Lanka 13078 T 58 53
53 Sri_Lanka 13079 T 58 53
54 Sri_Lanka 13080 T 58 53
55 Sri_Lanka 13081 T 58 53
56 Sri_Lanka 13082 G 58 53
57 Sri_Lanka 13083 C 58 53
58 Sri_Lanka 13084 T 58 53
59 Sri_Lanka 13085 G 58 53
60 Sri_Lanka 13086 T 58 55
61 Sri_Lanka 13087 A 58 55
62 Sri_Lanka 13088 G 58 55
63 Sri_Lanka 13089 A 58 55
64 Sri_Lanka 13090 T 58 55
65 Sri_Lanka 13091 G 59 58
66 Sri_Lanka 13092 C 59 59
67 Sri_Lanka 13093 T 59 59
68 Sri_Lanka 13094 G 59 59
69 Sri_Lanka 13095 C 59 59
70 Sri_Lanka 13096 T 59 59
71 Sri_Lanka 13097 A 59 58
72 Sri_Lanka 13098 A 59 58
73 Sri_Lanka 13099 A 59 58
74 Sri_Lanka 13100 G 59 58
75 Sri_Lanka 13101 C 59 59
76 Sri_Lanka 13102 T 59 59
77 Sri_Lanka 13103 T 59 59
78 Sri_Lanka 13104 A 59 59
79 Sri_Lanka 13105 C 59 59
80 Sri_Lanka 13106 A 59 59
81 Sri_Lanka 13107 A 59 59
82 Sri_Lanka 13108 A 59 59
83 Sri_Lanka 13109 G 59 59
84 Sri_Lanka 13110 A 59 59
85 Sri_Lanka 13111 T 59 59
86 Sri_Lanka 13112 T 59 59
87 Sri_Lanka 13113 A 59 59
88 Sri_Lanka 13114 T 59 59
89 Sri_Lanka 13115 C 59 59
90 Sri_Lanka 13116 T 59 59
91 Sri_Lanka 13117 A 59 59
92 Sri_Lanka 13118 G 59 59
93 Sri_Lanka 13119 C 59 59
94 Sri_Lanka 13120 T 59 59
95 Sri_Lanka 13121 A 59 59
96 Sri_Lanka 13122 G 59 59
97 Sri_Lanka 13123 T 59 59
98 Sri_Lanka 13124 G 59 59
99 Sri_Lanka 13125 G 59 59
100 Sri_Lanka 13126 G 59 59
101 Sri_Lanka 13127 G 59 59
102 Sri_Lanka 13128 G 59 59
103 Sri_Lanka 13129 A 59 59
104 Sri_Lanka 13130 C 59 59
105 Sri_Lanka 13131 A 59 59
106 Sri_Lanka 13132 A 59 59
107 Sri_Lanka 13133 C 59 59
108 Sri_Lanka 13134 C 59 59
109 Sri_Lanka 13135 A 59 59
110 Sri_Lanka 13136 A 59 59
111 Sri_Lanka 13137 T 59 59
112 Sri_Lanka 13138 C 59 59
113 Sri_Lanka 13139 A 59 59
114 Sri_Lanka 13140 C 59 59
115 Sri_Lanka 13141 T 59 59
116 Sri_Lanka 13142 A 59 59
117 Sri_Lanka 13143 A 59 59
118 Sri_Lanka 13144 T 59 59
119 Sri_Lanka 13145 T 59 59
120 Sri_Lanka 13146 G 59 59
121 Sri_Lanka 13147 T 59 59
122 Sri_Lanka 13148 G 59 59
123 Sri_Lanka 13149 T 59 59
124 Sri_Lanka 13150 T 59 59
125 Sri_Lanka 13151 A 59 59
126 Sri_Lanka 13152 A 59 59
127 Sri_Lanka 13153 G 59 59
128 Sri_Lanka 13154 A 59 59
129 Sri_Lanka 13155 T 59 59
130 Sri_Lanka 13156 G 59 59
131 Sri_Lanka 13157 T 59 59
132 Sri_Lanka 13158 T 59 59
133 Sri_Lanka 13159 G 59 59
134 Sri_Lanka 13160 T 59 59
135 Sri_Lanka 13161 G 59 59
136 Sri_Lanka 13162 T 59 59
137 Sri_Lanka 13163 A 59 59
138 Sri_Lanka 13164 C 59 59
139 Sri_Lanka 13165 A 59 59
140 Sri_Lanka 13166 C 59 59
141 Sri_Lanka 13167 A 59 59
142 Sri_Lanka 13168 C 59 59
143 Sri_Lanka 13169 A 59 59
144 Sri_Lanka 13170 C 59 59
145 Sri_Lanka 13171 T 59 59
146 Sri_Lanka 13172 G 59 59
147 Sri_Lanka 13173 G 59 59
148 Sri_Lanka 13174 T 60 60
149 Sri_Lanka 13175 A 60 60
150 Sri_Lanka 13176 C 60 60
151 Sri_Lanka 13177 T 60 60
152 Sri_Lanka 13178 G 60 60
153 Sri_Lanka 13179 G 60 60
154 Sri_Lanka 13180 T 60 60
155 Sri_Lanka 13181 C 60 60
156 Sri_Lanka 13182 A 60 60
157 Sri_Lanka 13183 G 60 60
158 Sri_Lanka 13184 G 60 60
159 Sri_Lanka 13185 C 60 60
160 Sri_Lanka 13186 A 60 60
161 Sri_Lanka 13187 A 60 60
162 Sri_Lanka 13188 T 60 60
163 Sri_Lanka 13189 A 60 60
164 Sri_Lanka 13190 A 60 60
165 Sri_Lanka 13191 C 60 60
166 Sri_Lanka 13192 A 60 60
167 Sri_Lanka 13193 G 60 60
168 Sri_Lanka 13194 T 60 60
169 Sri_Lanka 13195 T 60 60
170 Sri_Lanka 13196 A 60 60
171 Sri_Lanka 13197 C 60 60
172 Sri_Lanka 13198 A 60 60
173 Sri_Lanka 13199 C 60 60
174 Sri_Lanka 13200 C 60 60
175 Sri_Lanka 13201 G 60 60
176 Sri_Lanka 13202 G 60 60
177 Sri_Lanka 13203 A 60 60
178 Sri_Lanka 13204 A 60 60
179 Sri_Lanka 13205 G 60 60
180 Sri_Lanka 13206 C 60 60
181 Sri_Lanka 13207 C 60 60
182 Sri_Lanka 13208 A 60 60
183 Sri_Lanka 13209 A 60 60
184 Sri_Lanka 13210 T 60 60
185 Sri_Lanka 13211 A 60 60
186 Sri_Lanka 13212 T 60 60
187 Sri_Lanka 13213 G 60 60
188 Sri_Lanka 13214 G 60 60
189 Sri_Lanka 13215 A 60 60
190 Sri_Lanka 13216 T 60 60
191 Sri_Lanka 13217 C 60 60
192 Sri_Lanka 13218 A 60 60
193 Sri_Lanka 13219 A 60 60
194 Sri_Lanka 13220 G 60 60
195 Sri_Lanka 13221 A 60 60
196 Sri_Lanka 13222 A 60 60
197 Sri_Lanka 13223 T 60 60
198 Sri_Lanka 13224 C 60 60
199 Sri_Lanka 13225 C 60 60
200 Sri_Lanka 13226 T 60 60
201 Sri_Lanka 13227 T 60 60
202 Sri_Lanka 13228 T 60 60
203 Sri_Lanka 13229 G 60 60
204 Sri_Lanka 13230 G 60 60
205 Sri_Lanka 13231 T 60 60
206 Sri_Lanka 13232 G 60 60
207 Sri_Lanka 13233 G 60 60
208 Sri_Lanka 13234 T 60 60
209 Sri_Lanka 13235 G 60 60
210 Sri_Lanka 13236 C 60 60
211 Sri_Lanka 13237 A 60 59
212 Sri_Lanka 13238 T 60 59
213 Sri_Lanka 13239 C 60 59
214 Sri_Lanka 13240 G 60 59
215 Sri_Lanka 13241 T 60 59
216 Sri_Lanka 13242 G 60 59
217 Sri_Lanka 13243 T 60 59
218 Sri_Lanka 13244 T 60 59
219 Sri_Lanka 13245 G 60 59
220 Sri_Lanka 13246 T 60 59
221 Sri_Lanka 13247 C 60 59
222 Sri_Lanka 13248 T 60 59
223 Sri_Lanka 13249 G 60 59
224 Sri_Lanka 13250 T 60 59
225 Sri_Lanka 13251 A 60 59
226 Sri_Lanka 13252 C 60 57
227 Sri_Lanka 13253 T 60 57
228 Sri_Lanka 13254 G 60 57
229 Sri_Lanka 13255 C 60 57
230 Sri_Lanka 13256 C 60 57
231 Sri_Lanka 13257 G 60 57
232 Sri_Lanka 13258 T 60 57
233 Sri_Lanka 13259 T 60 57
234 Sri_Lanka 13260 G 60 57
235 Sri_Lanka 13261 C 60 57
236 Sri_Lanka 13262 C 60 57
237 Sri_Lanka 13263 A 60 57
238 Sri_Lanka 13264 C 60 57
239 Sri_Lanka 13265 A 60 57
240 Sri_Lanka 13266 T 60 57
241 Sri_Lanka 13267 A 60 57
242 Sri_Lanka 13268 G 60 57
243 Sri_Lanka 13269 A 60 57
244 Sri_Lanka 13270 T 60 57
245 Sri_Lanka 13271 C 60 57
246 Sri_Lanka 13272 A 60 57
247 Sri_Lanka 13273 T 60 57
248 Sri_Lanka 13274 C 60 57
249 Sri_Lanka 13275 C 60 57
250 Sri_Lanka 13276 A 60 57
251 Sri_Lanka 13277 A 60 57
252 Sri_Lanka 13278 A 60 57
253 Sri_Lanka 13279 T 60 57
254 Sri_Lanka 13280 C 60 57
255 Sri_Lanka 13281 C 60 57
256 Sri_Lanka 13282 T 60 58
257 Sri_Lanka 13283 A 60 60
258 Sri_Lanka 13284 A 60 60
259 Sri_Lanka 13285 A 60 60
260 Sri_Lanka 13286 G 60 60
261 Sri_Lanka 13287 G 60 60
262 Sri_Lanka 13288 A 60 60
263 Sri_Lanka 13289 T 60 60
264 Sri_Lanka 13290 T 60 60
265 Sri_Lanka 13291 T 60 60
266 Sri_Lanka 13292 T 60 60
267 Sri_Lanka 13293 G 60 60
268 Sri_Lanka 13294 T 60 60
269 Sri_Lanka 13295 G 60 60
270 Sri_Lanka 13296 A 60 60
271 Sri_Lanka 13297 C 60 60
272 Sri_Lanka 13298 T 60 60
273 Sri_Lanka 13299 T 60 60
274 Sri_Lanka 13300 A 60 60
275 Sri_Lanka 13301 A 60 60
276 Sri_Lanka 13302 A 60 60
277 Sri_Lanka 13303 A 60 60
278 Sri_Lanka 13304 G 60 60
279 Sri_Lanka 13305 G 60 60
280 Sri_Lanka 13306 T 60 60
281 Sri_Lanka 13307 A 60 60
282 Sri_Lanka 13308 A 60 60
283 Sri_Lanka 13309 G 60 60
284 Sri_Lanka 13310 T 60 60
285 Sri_Lanka 13311 A 60 60
286 Sri_Lanka 13312 T 60 60
287 Sri_Lanka 13313 G 60 60
288 Sri_Lanka 13314 T 60 60
289 Sri_Lanka 13315 A 60 60
290 Sri_Lanka 13316 C 60 60
291 Sri_Lanka 13317 A 60 60
292 Sri_Lanka 13318 A 60 60
293 Sri_Lanka 13319 A 60 60
294 Sri_Lanka 13320 T 60 60
295 Sri_Lanka 13321 A 60 60
296 Sri_Lanka 13322 C 60 60
297 Sri_Lanka 13323 C 60 60
298 Sri_Lanka 13324 T 60 60
299 Sri_Lanka 13325 A 60 57
300 Sri_Lanka 13326 C 59 55
301 Sri_Lanka 13327 A 59 55
302 Sri_Lanka 13328 A 59 53
303 Sri_Lanka 13329 C 59 53
304 Sri_Lanka 13330 T 59 53
305 Sri_Lanka 13331 T 59 53
306 Sri_Lanka 13332 G 59 53
307 Sri_Lanka 13333 T 59 53
308 Sri_Lanka 13334 G 59 53
309 Sri_Lanka 13335 C 59 53
310 Sri_Lanka 13336 T 59 53
311 Sri_Lanka 13337 A 59 51
312 Sri_Lanka 13338 A 59 51
313 Sri_Lanka 13339 T 59 51
314 Sri_Lanka 13340 G 59 51
315 Sri_Lanka 13341 A 59 51
316 Sri_Lanka 13342 C 59 50
317 Sri_Lanka 13343 C 59 50
318 Sri_Lanka 13344 C 59 50
319 Sri_Lanka 13345 T C 59 24 Pro4360Pro
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