National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   416                                        
?                                            
A   38                                        
C   39                                        
D   21                                        
E   12                                        
F   15                                        
G   39                                        
H   9             1                          
I   12                                        
K   24                                        
L   24                                        
M   12                                        
N   21                                        
P   24                                        
Q   18                                        
R   6                             1          
S   18                               1        
T   39                                        
V   27                                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Slovenia 13026 C 148 148
1 Slovenia 13027 T 148 148
2 Slovenia 13028 G 148 148
3 Slovenia 13029 G 148 148
4 Slovenia 13030 T 148 148
5 Slovenia 13031 A 148 148
6 Slovenia 13032 A 148 148
7 Slovenia 13033 T 148 148
8 Slovenia 13034 G 148 148
9 Slovenia 13035 C 148 148
10 Slovenia 13036 A 148 148
11 Slovenia 13037 A 148 148
12 Slovenia 13038 C 148 148
13 Slovenia 13039 A 148 148
14 Slovenia 13040 G 148 148
15 Slovenia 13041 A 148 148
16 Slovenia 13042 A 148 148
17 Slovenia 13043 G 148 148
18 Slovenia 13044 T 148 148
19 Slovenia 13045 G 148 148
20 Slovenia 13046 C 148 148
21 Slovenia 13047 C 148 148
22 Slovenia 13048 T 148 148
23 Slovenia 13049 G 148 148
24 Slovenia 13050 C 148 148
25 Slovenia 13051 C 148 148
26 Slovenia 13052 A 148 148
27 Slovenia 13053 A 148 148
28 Slovenia 13054 T 148 148
29 Slovenia 13055 T 148 148
30 Slovenia 13056 C 148 148
31 Slovenia 13057 A 148 148
32 Slovenia 13058 A 148 148
33 Slovenia 13059 C 148 148
34 Slovenia 13060 T 148 148
35 Slovenia 13061 G 148 148
36 Slovenia 13062 T 148 148
37 Slovenia 13063 A 148 148
38 Slovenia 13064 T 148 148
39 Slovenia 13065 T 148 148
40 Slovenia 13066 A 148 148
41 Slovenia 13067 T 148 148
42 Slovenia 13068 C 148 148
43 Slovenia 13069 T G 148 147 Ser4268Ser
44 Slovenia 13070 T 148 148
45 Slovenia 13071 T 148 148
46 Slovenia 13072 C 148 148
47 Slovenia 13073 T 148 148
48 Slovenia 13074 G 148 148
49 Slovenia 13075 T 148 148
50 Slovenia 13076 G 148 148
51 Slovenia 13077 C 148 148
52 Slovenia 13078 T 148 148
53 Slovenia 13079 T 148 148
54 Slovenia 13080 T 148 148
55 Slovenia 13081 T 148 148
56 Slovenia 13082 G 148 148
57 Slovenia 13083 C 148 148
58 Slovenia 13084 T 148 148
59 Slovenia 13085 G 148 148
60 Slovenia 13086 T 148 148
61 Slovenia 13087 A 148 148
62 Slovenia 13088 G 148 148
63 Slovenia 13089 A 148 148
64 Slovenia 13090 T 148 148
65 Slovenia 13091 G 148 148
66 Slovenia 13092 C 148 148
67 Slovenia 13093 T 148 148
68 Slovenia 13094 G 148 148
69 Slovenia 13095 C 148 148
70 Slovenia 13096 T 148 148
71 Slovenia 13097 A 148 148
72 Slovenia 13098 A 148 148
73 Slovenia 13099 A 148 148
74 Slovenia 13100 G 148 148
75 Slovenia 13101 C 148 148
76 Slovenia 13102 T 148 148
77 Slovenia 13103 T 148 148
78 Slovenia 13104 A 148 148
79 Slovenia 13105 C 148 148
80 Slovenia 13106 A 148 148
81 Slovenia 13107 A 148 148
82 Slovenia 13108 A 148 148
83 Slovenia 13109 G 148 148
84 Slovenia 13110 A 148 148
85 Slovenia 13111 T 148 148
86 Slovenia 13112 T 148 148
87 Slovenia 13113 A 148 148
88 Slovenia 13114 T 148 148
89 Slovenia 13115 C 148 148
90 Slovenia 13116 T 148 148
91 Slovenia 13117 A 148 148
92 Slovenia 13118 G 148 148
93 Slovenia 13119 C 148 148
94 Slovenia 13120 T 148 148
95 Slovenia 13121 A 148 148
96 Slovenia 13122 G 148 148
97 Slovenia 13123 T 148 148
98 Slovenia 13124 G 148 148
99 Slovenia 13125 G 148 148
100 Slovenia 13126 G 148 148
101 Slovenia 13127 G 148 148
102 Slovenia 13128 G 148 148
103 Slovenia 13129 A 148 148
104 Slovenia 13130 C 148 148
105 Slovenia 13131 A 148 148
106 Slovenia 13132 A 148 148
107 Slovenia 13133 C 148 148
108 Slovenia 13134 C 148 148
109 Slovenia 13135 A 148 148
110 Slovenia 13136 A 148 148
111 Slovenia 13137 T 148 148
112 Slovenia 13138 C 148 148
113 Slovenia 13139 A 148 148
114 Slovenia 13140 C 148 148
115 Slovenia 13141 T 148 148
116 Slovenia 13142 A 148 148
117 Slovenia 13143 A 148 148
118 Slovenia 13144 T 148 148
119 Slovenia 13145 T 148 148
120 Slovenia 13146 G 148 148
121 Slovenia 13147 T 148 148
122 Slovenia 13148 G 148 148
123 Slovenia 13149 T 148 148
124 Slovenia 13150 T 148 148
125 Slovenia 13151 A 148 148
126 Slovenia 13152 A 148 148
127 Slovenia 13153 G 148 148
128 Slovenia 13154 A 148 148
129 Slovenia 13155 T 148 148
130 Slovenia 13156 G 148 148
131 Slovenia 13157 T 148 148
132 Slovenia 13158 T 148 148
133 Slovenia 13159 G 148 148
134 Slovenia 13160 T 148 148
135 Slovenia 13161 G 148 148
136 Slovenia 13162 T 148 148
137 Slovenia 13163 A 148 148
138 Slovenia 13164 C 148 148
139 Slovenia 13165 A 148 148
140 Slovenia 13166 C 148 148
141 Slovenia 13167 A 148 148
142 Slovenia 13168 C 148 148
143 Slovenia 13169 A 148 148
144 Slovenia 13170 C 148 148
145 Slovenia 13171 T 148 148
146 Slovenia 13172 G 148 148
147 Slovenia 13173 G 148 148
148 Slovenia 13174 T 148 148
149 Slovenia 13175 A 148 148
150 Slovenia 13176 C 148 148
151 Slovenia 13177 T 148 148
152 Slovenia 13178 G 148 148
153 Slovenia 13179 G 148 148
154 Slovenia 13180 T 148 148
155 Slovenia 13181 C 148 148
156 Slovenia 13182 A 148 148
157 Slovenia 13183 G 148 148
158 Slovenia 13184 G 148 148
159 Slovenia 13185 C 148 148
160 Slovenia 13186 A 148 148
161 Slovenia 13187 A 148 148
162 Slovenia 13188 T 148 148
163 Slovenia 13189 A 148 148
164 Slovenia 13190 A 148 148
165 Slovenia 13191 C 148 148
166 Slovenia 13192 A 148 148
167 Slovenia 13193 G 148 148
168 Slovenia 13194 T 148 148
169 Slovenia 13195 T 148 148
170 Slovenia 13196 A 148 148
171 Slovenia 13197 C 148 148
172 Slovenia 13198 A 148 148
173 Slovenia 13199 C 148 148
174 Slovenia 13200 C 148 148
175 Slovenia 13201 G 148 148
176 Slovenia 13202 G 148 148
177 Slovenia 13203 A 148 148
178 Slovenia 13204 A 148 148
179 Slovenia 13205 G 148 148
180 Slovenia 13206 C 148 148
181 Slovenia 13207 C 148 148
182 Slovenia 13208 A 148 148
183 Slovenia 13209 A 148 148
184 Slovenia 13210 T 148 148
185 Slovenia 13211 A 148 148
186 Slovenia 13212 T 148 148
187 Slovenia 13213 G 148 148
188 Slovenia 13214 G 148 148
189 Slovenia 13215 A 148 148
190 Slovenia 13216 T 148 148
191 Slovenia 13217 C 148 148
192 Slovenia 13218 A 148 148
193 Slovenia 13219 A 148 148
194 Slovenia 13220 G 148 148
195 Slovenia 13221 A 148 148
196 Slovenia 13222 A 148 148
197 Slovenia 13223 T 148 148
198 Slovenia 13224 C 148 148
199 Slovenia 13225 C 148 148
200 Slovenia 13226 T 148 148
201 Slovenia 13227 T 148 148
202 Slovenia 13228 T 148 148
203 Slovenia 13229 G 148 148
204 Slovenia 13230 G 148 148
205 Slovenia 13231 T 148 148
206 Slovenia 13232 G 148 148
207 Slovenia 13233 G 148 148
208 Slovenia 13234 T 148 148
209 Slovenia 13235 G 148 148
210 Slovenia 13236 C 148 148
211 Slovenia 13237 A 148 148
212 Slovenia 13238 T 148 148
213 Slovenia 13239 C 148 148
214 Slovenia 13240 G 148 148
215 Slovenia 13241 T 148 148
216 Slovenia 13242 G 148 148
217 Slovenia 13243 T 148 148
218 Slovenia 13244 T 148 148
219 Slovenia 13245 G 148 148
220 Slovenia 13246 T 148 148
221 Slovenia 13247 C 148 148
222 Slovenia 13248 T 148 148
223 Slovenia 13249 G 148 148
224 Slovenia 13250 T 148 148
225 Slovenia 13251 A 148 148
226 Slovenia 13252 C 148 148
227 Slovenia 13253 T 148 148
228 Slovenia 13254 G 148 148
229 Slovenia 13255 C 148 148
230 Slovenia 13256 C 148 148
231 Slovenia 13257 G 148 148
232 Slovenia 13258 T 148 148
233 Slovenia 13259 T 148 148
234 Slovenia 13260 G 148 148
235 Slovenia 13261 C 148 148
236 Slovenia 13262 C 148 148
237 Slovenia 13263 A 148 148
238 Slovenia 13264 C 148 148
239 Slovenia 13265 A 148 148
240 Slovenia 13266 T 148 148
241 Slovenia 13267 A 148 148
242 Slovenia 13268 G 148 148
243 Slovenia 13269 A 148 148
244 Slovenia 13270 T 148 148
245 Slovenia 13271 C 148 148
246 Slovenia 13272 A 148 148
247 Slovenia 13273 T C 148 147 His4336His
248 Slovenia 13274 C 148 148
249 Slovenia 13275 C 148 148
250 Slovenia 13276 A 148 148
251 Slovenia 13277 A 148 148
252 Slovenia 13278 A 148 148
253 Slovenia 13279 T 148 148
254 Slovenia 13280 C 148 148
255 Slovenia 13281 C 148 148
256 Slovenia 13282 T 148 148
257 Slovenia 13283 A 148 148
258 Slovenia 13284 A 148 148
259 Slovenia 13285 A 148 148
260 Slovenia 13286 G 148 148
261 Slovenia 13287 G 148 148
262 Slovenia 13288 A 148 148
263 Slovenia 13289 T 148 148
264 Slovenia 13290 T 148 148
265 Slovenia 13291 T 148 148
266 Slovenia 13292 T 148 148
267 Slovenia 13293 G 148 148
268 Slovenia 13294 T 148 148
269 Slovenia 13295 G 148 148
270 Slovenia 13296 A 148 148
271 Slovenia 13297 C 148 148
272 Slovenia 13298 T 148 148
273 Slovenia 13299 T 148 148
274 Slovenia 13300 A 148 148
275 Slovenia 13301 A 148 148
276 Slovenia 13302 A 148 148
277 Slovenia 13303 A 148 148
278 Slovenia 13304 G 148 148
279 Slovenia 13305 G 148 148
280 Slovenia 13306 T 148 148
281 Slovenia 13307 A 148 148
282 Slovenia 13308 A 148 148
283 Slovenia 13309 G 148 148
284 Slovenia 13310 T 148 148
285 Slovenia 13311 A 148 148
286 Slovenia 13312 T 148 148
287 Slovenia 13313 G 148 148
288 Slovenia 13314 T 148 148
289 Slovenia 13315 A 148 148
290 Slovenia 13316 C 148 148
291 Slovenia 13317 A 148 148
292 Slovenia 13318 A 148 148
293 Slovenia 13319 A 148 148
294 Slovenia 13320 T 148 148
295 Slovenia 13321 A 148 148
296 Slovenia 13322 C 148 148
297 Slovenia 13323 C 148 148
298 Slovenia 13324 T 148 148
299 Slovenia 13325 A 148 148
300 Slovenia 13326 C 148 148
301 Slovenia 13327 A 148 148
302 Slovenia 13328 A 148 148
303 Slovenia 13329 C 148 148
304 Slovenia 13330 T 148 148
305 Slovenia 13331 T 148 148
306 Slovenia 13332 G 148 148
307 Slovenia 13333 T 148 148
308 Slovenia 13334 G 148 148
309 Slovenia 13335 C 148 148
310 Slovenia 13336 T 148 148
311 Slovenia 13337 A 148 148
312 Slovenia 13338 A 148 148
313 Slovenia 13339 T 148 148
314 Slovenia 13340 G 148 148
315 Slovenia 13341 A 148 148
316 Slovenia 13342 C 148 148
317 Slovenia 13343 C 148 148
318 Slovenia 13344 C 148 148
319 Slovenia 13345 T 148 148
320 Slovenia 13346 G 148 148
321 Slovenia 13347 T 148 148
322 Slovenia 13348 G 148 148
323 Slovenia 13349 G 148 148
324 Slovenia 13350 G 148 148
325 Slovenia 13351 T 148 148
326 Slovenia 13352 T 148 148
327 Slovenia 13353 T 148 148
328 Slovenia 13354 T 148 148
329 Slovenia 13355 A 148 148
330 Slovenia 13356 C 148 148
331 Slovenia 13357 A 148 148
332 Slovenia 13358 C 148 148
333 Slovenia 13359 T 148 148
334 Slovenia 13360 T 148 148
335 Slovenia 13361 A 148 148
336 Slovenia 13362 A 148 148
337 Slovenia 13363 A 148 148
338 Slovenia 13364 A 148 148
339 Slovenia 13365 A 148 148
340 Slovenia 13366 C 148 148
341 Slovenia 13367 A 148 148
342 Slovenia 13368 C 148 148
343 Slovenia 13369 A 148 148
344 Slovenia 13370 G 148 148
345 Slovenia 13371 T 148 148
346 Slovenia 13372 C 148 148
347 Slovenia 13373 T 148 148
348 Slovenia 13374 G 148 148
349 Slovenia 13375 T 148 148
350 Slovenia 13376 A 148 148
351 Slovenia 13377 C 148 148
352 Slovenia 13378 C 148 148
353 Slovenia 13379 G 148 148
354 Slovenia 13380 T 147 147
355 Slovenia 13381 C 147 147
356 Slovenia 13382 T 147 147
357 Slovenia 13383 G 147 147
358 Slovenia 13384 C 147 147
359 Slovenia 13385 G 147 147
360 Slovenia 13386 G 147 147
361 Slovenia 13387 T 146 146
362 Slovenia 13388 A 146 146
363 Slovenia 13389 T 146 146
364 Slovenia 13390 G 146 146
365 Slovenia 13391 T 146 146
366 Slovenia 13392 G 146 146
367 Slovenia 13393 G 146 146
368 Slovenia 13394 A 146 146
369 Slovenia 13395 A 146 146
370 Slovenia 13396 A 146 146
371 Slovenia 13397 G 146 146
372 Slovenia 13398 G 146 146
373 Slovenia 13399 T 146 146
374 Slovenia 13400 T 146 146
375 Slovenia 13401 A 146 146
376 Slovenia 13402 T 146 146
377 Slovenia 13403 G 146 146
378 Slovenia 13404 G 146 146
379 Slovenia 13405 C 146 146
380 Slovenia 13406 T 146 146
381 Slovenia 13407 G 146 146
382 Slovenia 13408 T 146 146
383 Slovenia 13409 A 146 146
384 Slovenia 13410 G 146 146
385 Slovenia 13411 T 146 146
386 Slovenia 13412 T 146 146
387 Slovenia 13413 G 146 146
388 Slovenia 13414 T 146 146
389 Slovenia 13415 G 146 146
390 Slovenia 13416 A 146 146
391 Slovenia 13417 T 146 146
392 Slovenia 13418 C 146 146
393 Slovenia 13419 A 146 146
394 Slovenia 13420 A 146 146
395 Slovenia 13421 C 146 146
396 Slovenia 13422 T 146 146
397 Slovenia 13423 C 146 146
398 Slovenia 13424 C 146 146
399 Slovenia 13425 G 146 146
400 Slovenia 13426 C T 146 145 Arg4387Arg
401 Slovenia 13427 G 146 146
402 Slovenia 13428 A 146 146
403 Slovenia 13429 A 146 146
404 Slovenia 13430 C 146 146
405 Slovenia 13431 C 146 146
406 Slovenia 13432 C 146 146
407 Slovenia 13433 A 146 146
408 Slovenia 13434 T 146 146
409 Slovenia 13435 G 146 146
410 Slovenia 13436 C 146 146
411 Slovenia 13437 T 146 146
412 Slovenia 13438 T 146 146
413 Slovenia 13439 C 146 146
414 Slovenia 13440 A 146 146
415 Slovenia 13441 G 146 146