National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   416                                        
?                                            
A   38                                        
C   39                                        
D   21                                        
E   12                                        
F   15                                        
G   39                                        
H   9                                        
I   12                                        
K   24                                        
L   24                                        
M   12                                        
N   21                                        
P   24                                        
Q   18                                        
R   6                                        
S   18                                        
T   39                                        
V   27                                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Sierra_Leone 13026 C 11 11
1 Sierra_Leone 13027 T 11 11
2 Sierra_Leone 13028 G 11 11
3 Sierra_Leone 13029 G 11 11
4 Sierra_Leone 13030 T 11 11
5 Sierra_Leone 13031 A 11 11
6 Sierra_Leone 13032 A 11 11
7 Sierra_Leone 13033 T 11 11
8 Sierra_Leone 13034 G 11 11
9 Sierra_Leone 13035 C 11 11
10 Sierra_Leone 13036 A 11 11
11 Sierra_Leone 13037 A 11 11
12 Sierra_Leone 13038 C 11 11
13 Sierra_Leone 13039 A 11 11
14 Sierra_Leone 13040 G 11 11
15 Sierra_Leone 13041 A 11 11
16 Sierra_Leone 13042 A 11 11
17 Sierra_Leone 13043 G 11 11
18 Sierra_Leone 13044 T 11 11
19 Sierra_Leone 13045 G 11 11
20 Sierra_Leone 13046 C 11 11
21 Sierra_Leone 13047 C 11 11
22 Sierra_Leone 13048 T 11 11
23 Sierra_Leone 13049 G 11 11
24 Sierra_Leone 13050 C 11 11
25 Sierra_Leone 13051 C 11 11
26 Sierra_Leone 13052 A 11 11
27 Sierra_Leone 13053 A 11 11
28 Sierra_Leone 13054 T 11 11
29 Sierra_Leone 13055 T 11 11
30 Sierra_Leone 13056 C 11 11
31 Sierra_Leone 13057 A 11 11
32 Sierra_Leone 13058 A 11 11
33 Sierra_Leone 13059 C 11 11
34 Sierra_Leone 13060 T 11 11
35 Sierra_Leone 13061 G 11 11
36 Sierra_Leone 13062 T 11 11
37 Sierra_Leone 13063 A 11 11
38 Sierra_Leone 13064 T 11 11
39 Sierra_Leone 13065 T 11 11
40 Sierra_Leone 13066 A 11 11
41 Sierra_Leone 13067 T 11 11
42 Sierra_Leone 13068 C 11 11
43 Sierra_Leone 13069 T 11 11
44 Sierra_Leone 13070 T 11 11
45 Sierra_Leone 13071 T 11 11
46 Sierra_Leone 13072 C 11 11
47 Sierra_Leone 13073 T 11 11
48 Sierra_Leone 13074 G 11 11
49 Sierra_Leone 13075 T 11 11
50 Sierra_Leone 13076 G 11 11
51 Sierra_Leone 13077 C 11 11
52 Sierra_Leone 13078 T 11 11
53 Sierra_Leone 13079 T 11 11
54 Sierra_Leone 13080 T 11 11
55 Sierra_Leone 13081 T 11 11
56 Sierra_Leone 13082 G 11 11
57 Sierra_Leone 13083 C 11 11
58 Sierra_Leone 13084 T 11 11
59 Sierra_Leone 13085 G 11 11
60 Sierra_Leone 13086 T 11 11
61 Sierra_Leone 13087 A 11 11
62 Sierra_Leone 13088 G 11 11
63 Sierra_Leone 13089 A 11 11
64 Sierra_Leone 13090 T 11 11
65 Sierra_Leone 13091 G 11 11
66 Sierra_Leone 13092 C 11 11
67 Sierra_Leone 13093 T 11 11
68 Sierra_Leone 13094 G 11 11
69 Sierra_Leone 13095 C 11 11
70 Sierra_Leone 13096 T 11 11
71 Sierra_Leone 13097 A 11 11
72 Sierra_Leone 13098 A 11 11
73 Sierra_Leone 13099 A 11 11
74 Sierra_Leone 13100 G 11 11
75 Sierra_Leone 13101 C 11 11
76 Sierra_Leone 13102 T 11 11
77 Sierra_Leone 13103 T 11 11
78 Sierra_Leone 13104 A 11 11
79 Sierra_Leone 13105 C 11 11
80 Sierra_Leone 13106 A 11 11
81 Sierra_Leone 13107 A 11 11
82 Sierra_Leone 13108 A 11 11
83 Sierra_Leone 13109 G 11 11
84 Sierra_Leone 13110 A 11 11
85 Sierra_Leone 13111 T 11 11
86 Sierra_Leone 13112 T 11 11
87 Sierra_Leone 13113 A 11 11
88 Sierra_Leone 13114 T 11 11
89 Sierra_Leone 13115 C 11 11
90 Sierra_Leone 13116 T 11 11
91 Sierra_Leone 13117 A 11 11
92 Sierra_Leone 13118 G 11 11
93 Sierra_Leone 13119 C 11 11
94 Sierra_Leone 13120 T 11 11
95 Sierra_Leone 13121 A 11 11
96 Sierra_Leone 13122 G 11 11
97 Sierra_Leone 13123 T 11 11
98 Sierra_Leone 13124 G 11 11
99 Sierra_Leone 13125 G 11 11
100 Sierra_Leone 13126 G 11 11
101 Sierra_Leone 13127 G 11 11
102 Sierra_Leone 13128 G 11 11
103 Sierra_Leone 13129 A 11 11
104 Sierra_Leone 13130 C 11 11
105 Sierra_Leone 13131 A 11 11
106 Sierra_Leone 13132 A 11 11
107 Sierra_Leone 13133 C 11 11
108 Sierra_Leone 13134 C 11 11
109 Sierra_Leone 13135 A 11 11
110 Sierra_Leone 13136 A 11 11
111 Sierra_Leone 13137 T 11 11
112 Sierra_Leone 13138 C 11 11
113 Sierra_Leone 13139 A 11 11
114 Sierra_Leone 13140 C 11 11
115 Sierra_Leone 13141 T 11 11
116 Sierra_Leone 13142 A 11 11
117 Sierra_Leone 13143 A 11 11
118 Sierra_Leone 13144 T 11 11
119 Sierra_Leone 13145 T 11 11
120 Sierra_Leone 13146 G 11 11
121 Sierra_Leone 13147 T 11 11
122 Sierra_Leone 13148 G 11 11
123 Sierra_Leone 13149 T 11 11
124 Sierra_Leone 13150 T 11 11
125 Sierra_Leone 13151 A 11 11
126 Sierra_Leone 13152 A 11 11
127 Sierra_Leone 13153 G 11 11
128 Sierra_Leone 13154 A 11 11
129 Sierra_Leone 13155 T 11 11
130 Sierra_Leone 13156 G 11 11
131 Sierra_Leone 13157 T 11 11
132 Sierra_Leone 13158 T 11 11
133 Sierra_Leone 13159 G 11 11
134 Sierra_Leone 13160 T 11 11
135 Sierra_Leone 13161 G 11 11
136 Sierra_Leone 13162 T 11 11
137 Sierra_Leone 13163 A 11 11
138 Sierra_Leone 13164 C 11 11
139 Sierra_Leone 13165 A 11 11
140 Sierra_Leone 13166 C 11 11
141 Sierra_Leone 13167 A 11 11
142 Sierra_Leone 13168 C 11 11
143 Sierra_Leone 13169 A 11 11
144 Sierra_Leone 13170 C 11 11
145 Sierra_Leone 13171 T 11 11
146 Sierra_Leone 13172 G 11 11
147 Sierra_Leone 13173 G 11 11
148 Sierra_Leone 13174 T 11 11
149 Sierra_Leone 13175 A 11 11
150 Sierra_Leone 13176 C 11 11
151 Sierra_Leone 13177 T 11 11
152 Sierra_Leone 13178 G 11 11
153 Sierra_Leone 13179 G 11 11
154 Sierra_Leone 13180 T 11 11
155 Sierra_Leone 13181 C 11 11
156 Sierra_Leone 13182 A 11 11
157 Sierra_Leone 13183 G 11 11
158 Sierra_Leone 13184 G 11 11
159 Sierra_Leone 13185 C 11 11
160 Sierra_Leone 13186 A 11 11
161 Sierra_Leone 13187 A 11 11
162 Sierra_Leone 13188 T 11 11
163 Sierra_Leone 13189 A 11 11
164 Sierra_Leone 13190 A 11 11
165 Sierra_Leone 13191 C 11 11
166 Sierra_Leone 13192 A 11 11
167 Sierra_Leone 13193 G 11 11
168 Sierra_Leone 13194 T 11 11
169 Sierra_Leone 13195 T 11 11
170 Sierra_Leone 13196 A 11 11
171 Sierra_Leone 13197 C 11 11
172 Sierra_Leone 13198 A 11 11
173 Sierra_Leone 13199 C 11 11
174 Sierra_Leone 13200 C 11 11
175 Sierra_Leone 13201 G 11 11
176 Sierra_Leone 13202 G 11 11
177 Sierra_Leone 13203 A 11 11
178 Sierra_Leone 13204 A 11 11
179 Sierra_Leone 13205 G 11 11
180 Sierra_Leone 13206 C 11 11
181 Sierra_Leone 13207 C 11 11
182 Sierra_Leone 13208 A 11 11
183 Sierra_Leone 13209 A 11 11
184 Sierra_Leone 13210 T 11 11
185 Sierra_Leone 13211 A 11 11
186 Sierra_Leone 13212 T 11 11
187 Sierra_Leone 13213 G 11 11
188 Sierra_Leone 13214 G 11 11
189 Sierra_Leone 13215 A 11 11
190 Sierra_Leone 13216 T 11 11
191 Sierra_Leone 13217 C 11 11
192 Sierra_Leone 13218 A 11 11
193 Sierra_Leone 13219 A 11 11
194 Sierra_Leone 13220 G 11 11
195 Sierra_Leone 13221 A 11 11
196 Sierra_Leone 13222 A 11 11
197 Sierra_Leone 13223 T 11 11
198 Sierra_Leone 13224 C 11 11
199 Sierra_Leone 13225 C 11 11
200 Sierra_Leone 13226 T 11 11
201 Sierra_Leone 13227 T 11 11
202 Sierra_Leone 13228 T 11 11
203 Sierra_Leone 13229 G 11 11
204 Sierra_Leone 13230 G 11 11
205 Sierra_Leone 13231 T 11 11
206 Sierra_Leone 13232 G 11 11
207 Sierra_Leone 13233 G 11 11
208 Sierra_Leone 13234 T 11 11
209 Sierra_Leone 13235 G 11 11
210 Sierra_Leone 13236 C 11 11
211 Sierra_Leone 13237 A 11 11
212 Sierra_Leone 13238 T 11 11
213 Sierra_Leone 13239 C 11 11
214 Sierra_Leone 13240 G 11 11
215 Sierra_Leone 13241 T 11 11
216 Sierra_Leone 13242 G 11 11
217 Sierra_Leone 13243 T 11 11
218 Sierra_Leone 13244 T 11 11
219 Sierra_Leone 13245 G 11 11
220 Sierra_Leone 13246 T 11 11
221 Sierra_Leone 13247 C 11 11
222 Sierra_Leone 13248 T 11 11
223 Sierra_Leone 13249 G 11 11
224 Sierra_Leone 13250 T 11 11
225 Sierra_Leone 13251 A 11 11
226 Sierra_Leone 13252 C 11 11
227 Sierra_Leone 13253 T 11 11
228 Sierra_Leone 13254 G 11 11
229 Sierra_Leone 13255 C 11 11
230 Sierra_Leone 13256 C 11 11
231 Sierra_Leone 13257 G 11 11
232 Sierra_Leone 13258 T 11 11
233 Sierra_Leone 13259 T 11 11
234 Sierra_Leone 13260 G 11 11
235 Sierra_Leone 13261 C 11 11
236 Sierra_Leone 13262 C 11 11
237 Sierra_Leone 13263 A 11 11
238 Sierra_Leone 13264 C 11 11
239 Sierra_Leone 13265 A 11 11
240 Sierra_Leone 13266 T 11 11
241 Sierra_Leone 13267 A 11 11
242 Sierra_Leone 13268 G 11 11
243 Sierra_Leone 13269 A 11 11
244 Sierra_Leone 13270 T 11 11
245 Sierra_Leone 13271 C 11 11
246 Sierra_Leone 13272 A 11 11
247 Sierra_Leone 13273 T 11 11
248 Sierra_Leone 13274 C 11 11
249 Sierra_Leone 13275 C 11 11
250 Sierra_Leone 13276 A 11 11
251 Sierra_Leone 13277 A 11 11
252 Sierra_Leone 13278 A 11 11
253 Sierra_Leone 13279 T 11 11
254 Sierra_Leone 13280 C 11 11
255 Sierra_Leone 13281 C 11 11
256 Sierra_Leone 13282 T 11 11
257 Sierra_Leone 13283 A 11 11
258 Sierra_Leone 13284 A 11 11
259 Sierra_Leone 13285 A 11 11
260 Sierra_Leone 13286 G 11 11
261 Sierra_Leone 13287 G 11 11
262 Sierra_Leone 13288 A 11 11
263 Sierra_Leone 13289 T 11 11
264 Sierra_Leone 13290 T 11 11
265 Sierra_Leone 13291 T 11 11
266 Sierra_Leone 13292 T 11 11
267 Sierra_Leone 13293 G 11 11
268 Sierra_Leone 13294 T 11 11
269 Sierra_Leone 13295 G 11 11
270 Sierra_Leone 13296 A 11 11
271 Sierra_Leone 13297 C 11 11
272 Sierra_Leone 13298 T 11 11
273 Sierra_Leone 13299 T 11 11
274 Sierra_Leone 13300 A 11 11
275 Sierra_Leone 13301 A 11 11
276 Sierra_Leone 13302 A 11 11
277 Sierra_Leone 13303 A 11 11
278 Sierra_Leone 13304 G 11 11
279 Sierra_Leone 13305 G 11 11
280 Sierra_Leone 13306 T 11 11
281 Sierra_Leone 13307 A 11 11
282 Sierra_Leone 13308 A 11 11
283 Sierra_Leone 13309 G 11 11
284 Sierra_Leone 13310 T 11 11
285 Sierra_Leone 13311 A 11 11
286 Sierra_Leone 13312 T 11 11
287 Sierra_Leone 13313 G 11 11
288 Sierra_Leone 13314 T 11 11
289 Sierra_Leone 13315 A 11 11
290 Sierra_Leone 13316 C 11 11
291 Sierra_Leone 13317 A 11 11
292 Sierra_Leone 13318 A 11 11
293 Sierra_Leone 13319 A 11 11
294 Sierra_Leone 13320 T 11 11
295 Sierra_Leone 13321 A 11 11
296 Sierra_Leone 13322 C 11 11
297 Sierra_Leone 13323 C 11 11
298 Sierra_Leone 13324 T 11 11
299 Sierra_Leone 13325 A 11 11
300 Sierra_Leone 13326 C 11 11
301 Sierra_Leone 13327 A 11 11
302 Sierra_Leone 13328 A 11 11
303 Sierra_Leone 13329 C 11 11
304 Sierra_Leone 13330 T 11 11
305 Sierra_Leone 13331 T 11 11
306 Sierra_Leone 13332 G 11 11
307 Sierra_Leone 13333 T 11 11
308 Sierra_Leone 13334 G 11 11
309 Sierra_Leone 13335 C 11 11
310 Sierra_Leone 13336 T 11 11
311 Sierra_Leone 13337 A 11 11
312 Sierra_Leone 13338 A 11 11
313 Sierra_Leone 13339 T 11 11
314 Sierra_Leone 13340 G 11 11
315 Sierra_Leone 13341 A 11 11
316 Sierra_Leone 13342 C 11 11
317 Sierra_Leone 13343 C 11 11
318 Sierra_Leone 13344 C 11 11
319 Sierra_Leone 13345 T 11 11
320 Sierra_Leone 13346 G 11 11
321 Sierra_Leone 13347 T 11 11
322 Sierra_Leone 13348 G 11 11
323 Sierra_Leone 13349 G 11 11
324 Sierra_Leone 13350 G 11 11
325 Sierra_Leone 13351 T 11 11
326 Sierra_Leone 13352 T 11 11
327 Sierra_Leone 13353 T 11 11
328 Sierra_Leone 13354 T 11 11
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331 Sierra_Leone 13357 A 11 11
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