National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*                                              
-     416                                        
?                                              
A     38                                   1    
C     39         1                              
D     21                                        
E     12                                        
F     15                                        
G 1   39           1                       1    
H     9                                        
I     12                                        
K     24                                        
L     24                                        
M     12                                        
N     21                                        
P     24                   1     2              
Q     18                                        
R     6                             1          
S     18                               1        
T     39                                        
V     27                                        
W     3                                        
Y     15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Saudi_Arabia 13026 C 944 944
1 Saudi_Arabia 13027 T 944 944
2 Saudi_Arabia 13028 G 944 944
3 Saudi_Arabia 13029 G 944 944
4 Saudi_Arabia 13030 T 944 944
5 Saudi_Arabia 13031 A 944 944
6 Saudi_Arabia 13032 A 944 944
7 Saudi_Arabia 13033 T 944 944
8 Saudi_Arabia 13034 G 944 944
9 Saudi_Arabia 13035 C 944 944
10 Saudi_Arabia 13036 A 944 944
11 Saudi_Arabia 13037 A 944 944
12 Saudi_Arabia 13038 C 944 944
13 Saudi_Arabia 13039 A 944 944
14 Saudi_Arabia 13040 G 944 944
15 Saudi_Arabia 13041 A 944 944
16 Saudi_Arabia 13042 A 944 944
17 Saudi_Arabia 13043 G 944 944
18 Saudi_Arabia 13044 T 944 944
19 Saudi_Arabia 13045 G 944 944
20 Saudi_Arabia 13046 C 944 944
21 Saudi_Arabia 13047 C 944 944
22 Saudi_Arabia 13048 T 944 944
23 Saudi_Arabia 13049 G 944 944
24 Saudi_Arabia 13050 C 944 944
25 Saudi_Arabia 13051 C 944 944
26 Saudi_Arabia 13052 A 944 944
27 Saudi_Arabia 13053 A 944 944
28 Saudi_Arabia 13054 T 944 944
29 Saudi_Arabia 13055 T 944 944
30 Saudi_Arabia 13056 C 944 944
31 Saudi_Arabia 13057 A 944 944
32 Saudi_Arabia 13058 A 944 944
33 Saudi_Arabia 13059 C 944 944
34 Saudi_Arabia 13060 T 944 944
35 Saudi_Arabia 13061 G 944 944
36 Saudi_Arabia 13062 T 944 944
37 Saudi_Arabia 13063 A 944 944
38 Saudi_Arabia 13064 T 944 944
39 Saudi_Arabia 13065 T 944 944
40 Saudi_Arabia 13066 A 944 944
41 Saudi_Arabia 13067 T 944 944
42 Saudi_Arabia 13068 C 944 944
43 Saudi_Arabia 13069 T C 944 942 Ser4268Ser
44 Saudi_Arabia 13070 T 944 944
45 Saudi_Arabia 13071 T 944 944
46 Saudi_Arabia 13072 C 944 944
47 Saudi_Arabia 13073 T 944 944
48 Saudi_Arabia 13074 G 944 944
49 Saudi_Arabia 13075 T 944 944
50 Saudi_Arabia 13076 G 944 944
51 Saudi_Arabia 13077 C 944 944
52 Saudi_Arabia 13078 T 944 944
53 Saudi_Arabia 13079 T 944 944
54 Saudi_Arabia 13080 T 944 944
55 Saudi_Arabia 13081 T 944 944
56 Saudi_Arabia 13082 G 944 944
57 Saudi_Arabia 13083 C 944 944
58 Saudi_Arabia 13084 T 944 944
59 Saudi_Arabia 13085 G 944 944
60 Saudi_Arabia 13086 T 944 944
61 Saudi_Arabia 13087 A 944 944
62 Saudi_Arabia 13088 G 944 944
63 Saudi_Arabia 13089 A 944 944
64 Saudi_Arabia 13090 T 944 944
65 Saudi_Arabia 13091 G 944 944
66 Saudi_Arabia 13092 C 944 944
67 Saudi_Arabia 13093 T 944 944
68 Saudi_Arabia 13094 G 944 944
69 Saudi_Arabia 13095 C 944 944
70 Saudi_Arabia 13096 T 944 944
71 Saudi_Arabia 13097 A 944 944
72 Saudi_Arabia 13098 A 944 944
73 Saudi_Arabia 13099 A 944 944
74 Saudi_Arabia 13100 G 944 944
75 Saudi_Arabia 13101 C 944 944
76 Saudi_Arabia 13102 T 944 944
77 Saudi_Arabia 13103 T 944 944
78 Saudi_Arabia 13104 A 944 944
79 Saudi_Arabia 13105 C 944 944
80 Saudi_Arabia 13106 A 944 944
81 Saudi_Arabia 13107 A 944 944
82 Saudi_Arabia 13108 A 944 944
83 Saudi_Arabia 13109 G 944 944
84 Saudi_Arabia 13110 A 944 944
85 Saudi_Arabia 13111 T 944 944
86 Saudi_Arabia 13112 T 944 944
87 Saudi_Arabia 13113 A 944 944
88 Saudi_Arabia 13114 T 944 944
89 Saudi_Arabia 13115 C 944 944
90 Saudi_Arabia 13116 T 944 944
91 Saudi_Arabia 13117 A 944 944
92 Saudi_Arabia 13118 G 944 944
93 Saudi_Arabia 13119 C T 944 943 Ala4285Val
94 Saudi_Arabia 13120 T 944 944
95 Saudi_Arabia 13121 A 944 944
96 Saudi_Arabia 13122 G 944 944
97 Saudi_Arabia 13123 T 944 944
98 Saudi_Arabia 13124 G 944 944
99 Saudi_Arabia 13125 G T 944 943 Gly4287Val
100 Saudi_Arabia 13126 G T 944 943 Gly4287Gly
101 Saudi_Arabia 13127 G 944 944
102 Saudi_Arabia 13128 G 944 944
103 Saudi_Arabia 13129 A 944 944
104 Saudi_Arabia 13130 C 944 944
105 Saudi_Arabia 13131 A 944 944
106 Saudi_Arabia 13132 A 944 944
107 Saudi_Arabia 13133 C 944 944
108 Saudi_Arabia 13134 C T 944 943 Pro4290Leu
109 Saudi_Arabia 13135 A 944 944
110 Saudi_Arabia 13136 A 944 944
111 Saudi_Arabia 13137 T 944 944
112 Saudi_Arabia 13138 C 944 944
113 Saudi_Arabia 13139 A 944 944
114 Saudi_Arabia 13140 C 944 944
115 Saudi_Arabia 13141 T 944 944
116 Saudi_Arabia 13142 A 944 944
117 Saudi_Arabia 13143 A 944 944
118 Saudi_Arabia 13144 T 944 944
119 Saudi_Arabia 13145 T 944 944
120 Saudi_Arabia 13146 G 944 944
121 Saudi_Arabia 13147 T 944 944
122 Saudi_Arabia 13148 G 944 944
123 Saudi_Arabia 13149 T 944 944
124 Saudi_Arabia 13150 T 944 944
125 Saudi_Arabia 13151 A 944 944
126 Saudi_Arabia 13152 A 944 944
127 Saudi_Arabia 13153 G 944 944
128 Saudi_Arabia 13154 A 944 944
129 Saudi_Arabia 13155 T 944 944
130 Saudi_Arabia 13156 G 944 944
131 Saudi_Arabia 13157 T 944 944
132 Saudi_Arabia 13158 T 944 944
133 Saudi_Arabia 13159 G 944 944
134 Saudi_Arabia 13160 T 944 944
135 Saudi_Arabia 13161 G 944 944
136 Saudi_Arabia 13162 T 944 944
137 Saudi_Arabia 13163 A 944 944
138 Saudi_Arabia 13164 C 944 944
139 Saudi_Arabia 13165 A 944 944
140 Saudi_Arabia 13166 C 944 944
141 Saudi_Arabia 13167 A 944 944
142 Saudi_Arabia 13168 C 944 944
143 Saudi_Arabia 13169 A 944 944
144 Saudi_Arabia 13170 C 944 944
145 Saudi_Arabia 13171 T 944 944
146 Saudi_Arabia 13172 G 944 944
147 Saudi_Arabia 13173 G 944 944
148 Saudi_Arabia 13174 T 944 944
149 Saudi_Arabia 13175 A 944 944
150 Saudi_Arabia 13176 C 944 944
151 Saudi_Arabia 13177 T 944 944
152 Saudi_Arabia 13178 G 944 944
153 Saudi_Arabia 13179 G 944 944
154 Saudi_Arabia 13180 T 944 944
155 Saudi_Arabia 13181 C 944 944
156 Saudi_Arabia 13182 A 944 944
157 Saudi_Arabia 13183 G 944 944
158 Saudi_Arabia 13184 G 944 944
159 Saudi_Arabia 13185 C 944 944
160 Saudi_Arabia 13186 A 944 944
161 Saudi_Arabia 13187 A 944 944
162 Saudi_Arabia 13188 T 944 944
163 Saudi_Arabia 13189 A 944 944
164 Saudi_Arabia 13190 A 944 944
165 Saudi_Arabia 13191 C 944 944
166 Saudi_Arabia 13192 A 944 944
167 Saudi_Arabia 13193 G 944 944
168 Saudi_Arabia 13194 T 944 944
169 Saudi_Arabia 13195 T 944 944
170 Saudi_Arabia 13196 A 944 944
171 Saudi_Arabia 13197 C 944 944
172 Saudi_Arabia 13198 A 944 944
173 Saudi_Arabia 13199 C 944 944
174 Saudi_Arabia 13200 C 944 944
175 Saudi_Arabia 13201 G T 944 942 Pro4312Pro
176 Saudi_Arabia 13202 G 944 944
177 Saudi_Arabia 13203 A 944 944
178 Saudi_Arabia 13204 A 944 944
179 Saudi_Arabia 13205 G 944 944
180 Saudi_Arabia 13206 C 944 944
181 Saudi_Arabia 13207 C 944 944
182 Saudi_Arabia 13208 A 944 944
183 Saudi_Arabia 13209 A 944 944
184 Saudi_Arabia 13210 T 944 944
185 Saudi_Arabia 13211 A 944 944
186 Saudi_Arabia 13212 T 944 944
187 Saudi_Arabia 13213 G 944 944
188 Saudi_Arabia 13214 G 944 944
189 Saudi_Arabia 13215 A 944 944
190 Saudi_Arabia 13216 T 944 944
191 Saudi_Arabia 13217 C 944 944
192 Saudi_Arabia 13218 A 944 944
193 Saudi_Arabia 13219 A 944 944
194 Saudi_Arabia 13220 G 944 944
195 Saudi_Arabia 13221 A 944 944
196 Saudi_Arabia 13222 A 944 944
197 Saudi_Arabia 13223 T 944 944
198 Saudi_Arabia 13224 C 944 944
199 Saudi_Arabia 13225 C 944 944
200 Saudi_Arabia 13226 T 944 944
201 Saudi_Arabia 13227 T 944 944
202 Saudi_Arabia 13228 T 944 944
203 Saudi_Arabia 13229 G 944 944
204 Saudi_Arabia 13230 G 944 944
205 Saudi_Arabia 13231 T 944 944
206 Saudi_Arabia 13232 G 944 944
207 Saudi_Arabia 13233 G 944 944
208 Saudi_Arabia 13234 T 944 944
209 Saudi_Arabia 13235 G 944 944
210 Saudi_Arabia 13236 C 944 944
211 Saudi_Arabia 13237 A 944 944
212 Saudi_Arabia 13238 T 944 944
213 Saudi_Arabia 13239 C 944 944
214 Saudi_Arabia 13240 G 944 944
215 Saudi_Arabia 13241 T 944 944
216 Saudi_Arabia 13242 G 944 944
217 Saudi_Arabia 13243 T 944 944
218 Saudi_Arabia 13244 T 944 944
219 Saudi_Arabia 13245 G 944 944
220 Saudi_Arabia 13246 T 944 944
221 Saudi_Arabia 13247 C 944 944
222 Saudi_Arabia 13248 T 944 944
223 Saudi_Arabia 13249 G 944 944
224 Saudi_Arabia 13250 T 944 944
225 Saudi_Arabia 13251 A 944 944
226 Saudi_Arabia 13252 C 944 944
227 Saudi_Arabia 13253 T 944 944
228 Saudi_Arabia 13254 G 944 944
229 Saudi_Arabia 13255 C 944 944
230 Saudi_Arabia 13256 C 944 944
231 Saudi_Arabia 13257 G 944 944
232 Saudi_Arabia 13258 T 944 944
233 Saudi_Arabia 13259 T 944 944
234 Saudi_Arabia 13260 G 944 944
235 Saudi_Arabia 13261 C 944 944
236 Saudi_Arabia 13262 C 944 944
237 Saudi_Arabia 13263 A 944 944
238 Saudi_Arabia 13264 C 944 944
239 Saudi_Arabia 13265 A 944 944
240 Saudi_Arabia 13266 T 944 944
241 Saudi_Arabia 13267 A 944 944
242 Saudi_Arabia 13268 G 944 944
243 Saudi_Arabia 13269 A 944 944
244 Saudi_Arabia 13270 T 944 944
245 Saudi_Arabia 13271 C 944 944
246 Saudi_Arabia 13272 A 944 944
247 Saudi_Arabia 13273 T 944 944
248 Saudi_Arabia 13274 C 944 944
249 Saudi_Arabia 13275 C 944 944
250 Saudi_Arabia 13276 A 944 944
251 Saudi_Arabia 13277 A 944 944
252 Saudi_Arabia 13278 A 944 944
253 Saudi_Arabia 13279 T 944 944
254 Saudi_Arabia 13280 C 944 944
255 Saudi_Arabia 13281 C 944 944
256 Saudi_Arabia 13282 T 944 944
257 Saudi_Arabia 13283 A 944 944
258 Saudi_Arabia 13284 A 944 944
259 Saudi_Arabia 13285 A 944 944
260 Saudi_Arabia 13286 G T 944 943 Gly4341*
261 Saudi_Arabia 13287 G 944 944
262 Saudi_Arabia 13288 A 944 944
263 Saudi_Arabia 13289 T 944 944
264 Saudi_Arabia 13290 T 944 944
265 Saudi_Arabia 13291 T 944 944
266 Saudi_Arabia 13292 T 944 944
267 Saudi_Arabia 13293 G 944 944
268 Saudi_Arabia 13294 T 944 944
269 Saudi_Arabia 13295 G 944 944
270 Saudi_Arabia 13296 A 944 944
271 Saudi_Arabia 13297 C 944 944
272 Saudi_Arabia 13298 T 944 944
273 Saudi_Arabia 13299 T 944 944
274 Saudi_Arabia 13300 A 944 944
275 Saudi_Arabia 13301 A 944 944
276 Saudi_Arabia 13302 A 944 944
277 Saudi_Arabia 13303 A 944 944
278 Saudi_Arabia 13304 G 944 944
279 Saudi_Arabia 13305 G 944 944
280 Saudi_Arabia 13306 T 944 944
281 Saudi_Arabia 13307 A 944 944
282 Saudi_Arabia 13308 A 944 944
283 Saudi_Arabia 13309 G 944 944
284 Saudi_Arabia 13310 T 944 944
285 Saudi_Arabia 13311 A 944 944
286 Saudi_Arabia 13312 T 944 944
287 Saudi_Arabia 13313 G 944 944
288 Saudi_Arabia 13314 T 944 944
289 Saudi_Arabia 13315 A 944 944
290 Saudi_Arabia 13316 C 944 944
291 Saudi_Arabia 13317 A 944 944
292 Saudi_Arabia 13318 A 944 944
293 Saudi_Arabia 13319 A 944 944
294 Saudi_Arabia 13320 T 944 944
295 Saudi_Arabia 13321 A 944 944
296 Saudi_Arabia 13322 C 944 944
297 Saudi_Arabia 13323 C 944 944
298 Saudi_Arabia 13324 T 944 944
299 Saudi_Arabia 13325 A 944 944
300 Saudi_Arabia 13326 C 944 944
301 Saudi_Arabia 13327 A 944 944
302 Saudi_Arabia 13328 A 944 944
303 Saudi_Arabia 13329 C 944 944
304 Saudi_Arabia 13330 T 944 944
305 Saudi_Arabia 13331 T 944 944
306 Saudi_Arabia 13332 G 944 944
307 Saudi_Arabia 13333 T 944 944
308 Saudi_Arabia 13334 G 944 944
309 Saudi_Arabia 13335 C 944 944
310 Saudi_Arabia 13336 T 944 944
311 Saudi_Arabia 13337 A 944 944
312 Saudi_Arabia 13338 A 944 944
313 Saudi_Arabia 13339 T 944 944
314 Saudi_Arabia 13340 G 944 944
315 Saudi_Arabia 13341 A 944 944
316 Saudi_Arabia 13342 C 944 944
317 Saudi_Arabia 13343 C 944 944
318 Saudi_Arabia 13344 C 944 944
319 Saudi_Arabia 13345 T G 944 943 Pro4360Pro
320 Saudi_Arabia 13346 G 944 944
321 Saudi_Arabia 13347 T 944 944
322 Saudi_Arabia 13348 G 944 944
323 Saudi_Arabia 13349 G 944 944
324 Saudi_Arabia 13350 G 944 944
325 Saudi_Arabia 13351 T 944 944
326 Saudi_Arabia 13352 T 944 944
327 Saudi_Arabia 13353 T 944 944
328 Saudi_Arabia 13354 T 944 944
329 Saudi_Arabia 13355 A 944 944
330 Saudi_Arabia 13356 C 944 944
331 Saudi_Arabia 13357 A 944 944
332 Saudi_Arabia 13358 C 944 944
333 Saudi_Arabia 13359 T 944 944
334 Saudi_Arabia 13360 T 944 944
335 Saudi_Arabia 13361 A 944 944
336 Saudi_Arabia 13362 A 944 944
337 Saudi_Arabia 13363 A 944 944
338 Saudi_Arabia 13364 A 944 944
339 Saudi_Arabia 13365 A 944 944
340 Saudi_Arabia 13366 C 944 944
341 Saudi_Arabia 13367 A 944 944
342 Saudi_Arabia 13368 C 944 944
343 Saudi_Arabia 13369 A 944 944
344 Saudi_Arabia 13370 G 944 944
345 Saudi_Arabia 13371 T 944 944
346 Saudi_Arabia 13372 C 944 944
347 Saudi_Arabia 13373 T 944 944
348 Saudi_Arabia 13374 G 944 944
349 Saudi_Arabia 13375 T 944 944
350 Saudi_Arabia 13376 A 944 944
351 Saudi_Arabia 13377 C 944 944
352 Saudi_Arabia 13378 C 944 944
353 Saudi_Arabia 13379 G 944 944
354 Saudi_Arabia 13380 T 944 944
355 Saudi_Arabia 13381 C 944 944
356 Saudi_Arabia 13382 T 944 944
357 Saudi_Arabia 13383 G 944 944
358 Saudi_Arabia 13384 C 944 944
359 Saudi_Arabia 13385 G 944 944
360 Saudi_Arabia 13386 G 944 944
361 Saudi_Arabia 13387 T 944 943
362 Saudi_Arabia 13388 A 944 943
363 Saudi_Arabia 13389 T 944 943
364 Saudi_Arabia 13390 G 944 943
365 Saudi_Arabia 13391 T 944 943
366 Saudi_Arabia 13392 G 944 943
367 Saudi_Arabia 13393 G 944 943
368 Saudi_Arabia 13394 A 944 943
369 Saudi_Arabia 13395 A 944 943
370 Saudi_Arabia 13396 A 944 943
371 Saudi_Arabia 13397 G 944 943
372 Saudi_Arabia 13398 G 944 943
373 Saudi_Arabia 13399 T 944 943
374 Saudi_Arabia 13400 T 944 943
375 Saudi_Arabia 13401 A 906 903
376 Saudi_Arabia 13402 T 905 900
377 Saudi_Arabia 13403 G 904 899
378 Saudi_Arabia 13404 G 902 899
379 Saudi_Arabia 13405 C 902 899
380 Saudi_Arabia 13406 T 902 899
381 Saudi_Arabia 13407 G 902 899
382 Saudi_Arabia 13408 T 902 901
383 Saudi_Arabia 13409 A 902 901
384 Saudi_Arabia 13410 G 902 901
385 Saudi_Arabia 13411 T 902 901
386 Saudi_Arabia 13412 T 902 902
387 Saudi_Arabia 13413 G T 902 901 Cys4383Phe
388 Saudi_Arabia 13414 T 902 902
389 Saudi_Arabia 13415 G 901 901
390 Saudi_Arabia 13416 A 901 901
391 Saudi_Arabia 13417 T 901 901
392 Saudi_Arabia 13418 C 901 901
393 Saudi_Arabia 13419 A 901 901
394 Saudi_Arabia 13420 A 901 901
395 Saudi_Arabia 13421 C 901 901
396 Saudi_Arabia 13422 T 901 901
397 Saudi_Arabia 13423 C 901 901
398 Saudi_Arabia 13424 C 901 901
399 Saudi_Arabia 13425 G 901 901
400 Saudi_Arabia 13426 C T 901 899 Arg4387Arg
401 Saudi_Arabia 13427 G 901 901
402 Saudi_Arabia 13428 A 901 901
403 Saudi_Arabia 13429 A 901 901
404 Saudi_Arabia 13430 C 901 901
405 Saudi_Arabia 13431 C 901 901
406 Saudi_Arabia 13432 C 901 901
407 Saudi_Arabia 13433 A 901 901
408 Saudi_Arabia 13434 T 901 901
409 Saudi_Arabia 13435 G 901 901
410 Saudi_Arabia 13436 C 901 901
411 Saudi_Arabia 13437 T 901 901
412 Saudi_Arabia 13438 T 901 901
413 Saudi_Arabia 13439 C 901 901
414 Saudi_Arabia 13440 A 901 901
415 Saudi_Arabia 13441 G 901 901