National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   416                                        
?                                            
A   38                                        
C   39                                        
D   21                                        
E   12                                        
F   15                                        
G   39                                        
H   9                                        
I   12                                        
K   24                                        
L   24                                        
M   12                                        
N   21                                        
P   24                                        
Q   18                                        
R   6                                        
S   18                                        
T   39                                        
V   27                                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Rwanda 13026 C 33 33
1 Rwanda 13027 T 33 33
2 Rwanda 13028 G 33 33
3 Rwanda 13029 G 33 33
4 Rwanda 13030 T 33 33
5 Rwanda 13031 A 33 33
6 Rwanda 13032 A 33 33
7 Rwanda 13033 T 33 33
8 Rwanda 13034 G 33 33
9 Rwanda 13035 C 33 33
10 Rwanda 13036 A 33 33
11 Rwanda 13037 A 33 33
12 Rwanda 13038 C 33 33
13 Rwanda 13039 A 33 33
14 Rwanda 13040 G 33 33
15 Rwanda 13041 A 33 33
16 Rwanda 13042 A 33 33
17 Rwanda 13043 G 33 33
18 Rwanda 13044 T 33 33
19 Rwanda 13045 G 33 33
20 Rwanda 13046 C 33 33
21 Rwanda 13047 C 33 33
22 Rwanda 13048 T 33 33
23 Rwanda 13049 G 33 33
24 Rwanda 13050 C 33 33
25 Rwanda 13051 C 33 33
26 Rwanda 13052 A 33 33
27 Rwanda 13053 A 33 33
28 Rwanda 13054 T 33 33
29 Rwanda 13055 T 33 33
30 Rwanda 13056 C 33 33
31 Rwanda 13057 A 33 33
32 Rwanda 13058 A 33 33
33 Rwanda 13059 C 33 33
34 Rwanda 13060 T 33 33
35 Rwanda 13061 G 33 33
36 Rwanda 13062 T 33 33
37 Rwanda 13063 A 33 33
38 Rwanda 13064 T 33 33
39 Rwanda 13065 T 33 33
40 Rwanda 13066 A 33 33
41 Rwanda 13067 T 33 33
42 Rwanda 13068 C 33 33
43 Rwanda 13069 T 33 33
44 Rwanda 13070 T 33 33
45 Rwanda 13071 T 33 33
46 Rwanda 13072 C 33 33
47 Rwanda 13073 T 33 33
48 Rwanda 13074 G 33 33
49 Rwanda 13075 T 33 33
50 Rwanda 13076 G 33 33
51 Rwanda 13077 C 33 33
52 Rwanda 13078 T 33 33
53 Rwanda 13079 T 33 33
54 Rwanda 13080 T 33 33
55 Rwanda 13081 T 33 33
56 Rwanda 13082 G 33 33
57 Rwanda 13083 C 33 33
58 Rwanda 13084 T 33 33
59 Rwanda 13085 G 33 33
60 Rwanda 13086 T 33 33
61 Rwanda 13087 A 33 33
62 Rwanda 13088 G 33 33
63 Rwanda 13089 A 33 33
64 Rwanda 13090 T 33 33
65 Rwanda 13091 G 33 33
66 Rwanda 13092 C 33 33
67 Rwanda 13093 T 33 33
68 Rwanda 13094 G 33 33
69 Rwanda 13095 C 33 33
70 Rwanda 13096 T 33 33
71 Rwanda 13097 A 33 33
72 Rwanda 13098 A 33 33
73 Rwanda 13099 A 33 33
74 Rwanda 13100 G 33 33
75 Rwanda 13101 C 33 33
76 Rwanda 13102 T 33 33
77 Rwanda 13103 T 33 33
78 Rwanda 13104 A 33 33
79 Rwanda 13105 C 33 33
80 Rwanda 13106 A 33 33
81 Rwanda 13107 A 33 33
82 Rwanda 13108 A 33 33
83 Rwanda 13109 G 33 33
84 Rwanda 13110 A 33 33
85 Rwanda 13111 T 33 33
86 Rwanda 13112 T 33 33
87 Rwanda 13113 A 33 33
88 Rwanda 13114 T 33 33
89 Rwanda 13115 C 33 33
90 Rwanda 13116 T 33 33
91 Rwanda 13117 A 33 33
92 Rwanda 13118 G 33 33
93 Rwanda 13119 C 33 33
94 Rwanda 13120 T 33 33
95 Rwanda 13121 A 33 33
96 Rwanda 13122 G 33 33
97 Rwanda 13123 T 33 33
98 Rwanda 13124 G 33 33
99 Rwanda 13125 G 33 33
100 Rwanda 13126 G 33 33
101 Rwanda 13127 G 33 33
102 Rwanda 13128 G 33 33
103 Rwanda 13129 A 33 33
104 Rwanda 13130 C 33 33
105 Rwanda 13131 A 33 33
106 Rwanda 13132 A 33 33
107 Rwanda 13133 C 33 33
108 Rwanda 13134 C 33 33
109 Rwanda 13135 A 33 33
110 Rwanda 13136 A 33 33
111 Rwanda 13137 T 33 33
112 Rwanda 13138 C 33 33
113 Rwanda 13139 A 33 33
114 Rwanda 13140 C 33 33
115 Rwanda 13141 T 33 33
116 Rwanda 13142 A 33 33
117 Rwanda 13143 A 33 33
118 Rwanda 13144 T 33 33
119 Rwanda 13145 T 33 33
120 Rwanda 13146 G 33 33
121 Rwanda 13147 T 33 33
122 Rwanda 13148 G 33 33
123 Rwanda 13149 T 33 33
124 Rwanda 13150 T 33 33
125 Rwanda 13151 A 33 33
126 Rwanda 13152 A 33 33
127 Rwanda 13153 G 33 33
128 Rwanda 13154 A 33 33
129 Rwanda 13155 T 33 33
130 Rwanda 13156 G 33 33
131 Rwanda 13157 T 33 33
132 Rwanda 13158 T 33 33
133 Rwanda 13159 G 33 33
134 Rwanda 13160 T 33 33
135 Rwanda 13161 G 33 33
136 Rwanda 13162 T 33 33
137 Rwanda 13163 A 33 33
138 Rwanda 13164 C 33 33
139 Rwanda 13165 A 33 33
140 Rwanda 13166 C 33 33
141 Rwanda 13167 A 33 33
142 Rwanda 13168 C 33 33
143 Rwanda 13169 A 33 33
144 Rwanda 13170 C 33 33
145 Rwanda 13171 T 33 33
146 Rwanda 13172 G 33 33
147 Rwanda 13173 G 33 33
148 Rwanda 13174 T 33 33
149 Rwanda 13175 A 33 33
150 Rwanda 13176 C 33 33
151 Rwanda 13177 T 33 33
152 Rwanda 13178 G 33 33
153 Rwanda 13179 G 33 33
154 Rwanda 13180 T 33 33
155 Rwanda 13181 C 33 33
156 Rwanda 13182 A 33 33
157 Rwanda 13183 G 33 33
158 Rwanda 13184 G 33 33
159 Rwanda 13185 C 33 33
160 Rwanda 13186 A 33 33
161 Rwanda 13187 A 33 33
162 Rwanda 13188 T 33 33
163 Rwanda 13189 A 33 33
164 Rwanda 13190 A 33 33
165 Rwanda 13191 C 33 33
166 Rwanda 13192 A 33 33
167 Rwanda 13193 G 33 33
168 Rwanda 13194 T 33 33
169 Rwanda 13195 T 33 33
170 Rwanda 13196 A 33 33
171 Rwanda 13197 C 33 33
172 Rwanda 13198 A 33 33
173 Rwanda 13199 C 33 33
174 Rwanda 13200 C 33 33
175 Rwanda 13201 G 33 33
176 Rwanda 13202 G 33 33
177 Rwanda 13203 A 33 33
178 Rwanda 13204 A 33 33
179 Rwanda 13205 G 33 33
180 Rwanda 13206 C 33 33
181 Rwanda 13207 C 33 33
182 Rwanda 13208 A 33 33
183 Rwanda 13209 A 33 33
184 Rwanda 13210 T 33 33
185 Rwanda 13211 A 33 33
186 Rwanda 13212 T 33 33
187 Rwanda 13213 G 33 33
188 Rwanda 13214 G 33 33
189 Rwanda 13215 A 33 33
190 Rwanda 13216 T 33 33
191 Rwanda 13217 C 33 33
192 Rwanda 13218 A 33 33
193 Rwanda 13219 A 33 33
194 Rwanda 13220 G 33 33
195 Rwanda 13221 A 33 33
196 Rwanda 13222 A 33 33
197 Rwanda 13223 T 33 33
198 Rwanda 13224 C 33 33
199 Rwanda 13225 C 33 33
200 Rwanda 13226 T 33 33
201 Rwanda 13227 T 33 33
202 Rwanda 13228 T 33 33
203 Rwanda 13229 G 33 33
204 Rwanda 13230 G 33 33
205 Rwanda 13231 T 33 33
206 Rwanda 13232 G 33 33
207 Rwanda 13233 G 33 33
208 Rwanda 13234 T 33 33
209 Rwanda 13235 G 33 33
210 Rwanda 13236 C 33 33
211 Rwanda 13237 A 33 33
212 Rwanda 13238 T 33 33
213 Rwanda 13239 C 33 33
214 Rwanda 13240 G 33 33
215 Rwanda 13241 T 33 33
216 Rwanda 13242 G 33 33
217 Rwanda 13243 T 33 33
218 Rwanda 13244 T 33 33
219 Rwanda 13245 G 33 33
220 Rwanda 13246 T 33 33
221 Rwanda 13247 C 33 33
222 Rwanda 13248 T 33 33
223 Rwanda 13249 G 33 33
224 Rwanda 13250 T 33 33
225 Rwanda 13251 A 33 33
226 Rwanda 13252 C 33 33
227 Rwanda 13253 T 33 33
228 Rwanda 13254 G 33 33
229 Rwanda 13255 C 33 33
230 Rwanda 13256 C 33 33
231 Rwanda 13257 G 33 33
232 Rwanda 13258 T 33 33
233 Rwanda 13259 T 33 33
234 Rwanda 13260 G 33 33
235 Rwanda 13261 C 33 33
236 Rwanda 13262 C 33 33
237 Rwanda 13263 A 33 33
238 Rwanda 13264 C 33 33
239 Rwanda 13265 A 33 33
240 Rwanda 13266 T 33 33
241 Rwanda 13267 A 33 33
242 Rwanda 13268 G 33 33
243 Rwanda 13269 A 33 33
244 Rwanda 13270 T 33 33
245 Rwanda 13271 C 33 33
246 Rwanda 13272 A 33 33
247 Rwanda 13273 T 33 33
248 Rwanda 13274 C 33 33
249 Rwanda 13275 C 33 33
250 Rwanda 13276 A 33 33
251 Rwanda 13277 A 33 33
252 Rwanda 13278 A 33 33
253 Rwanda 13279 T 33 33
254 Rwanda 13280 C 33 33
255 Rwanda 13281 C 33 33
256 Rwanda 13282 T 33 33
257 Rwanda 13283 A 33 33
258 Rwanda 13284 A 33 33
259 Rwanda 13285 A 33 33
260 Rwanda 13286 G 33 33
261 Rwanda 13287 G 33 33
262 Rwanda 13288 A 33 33
263 Rwanda 13289 T 33 33
264 Rwanda 13290 T 33 33
265 Rwanda 13291 T 33 33
266 Rwanda 13292 T 33 33
267 Rwanda 13293 G 33 33
268 Rwanda 13294 T 33 33
269 Rwanda 13295 G 33 33
270 Rwanda 13296 A 33 33
271 Rwanda 13297 C 33 33
272 Rwanda 13298 T 33 33
273 Rwanda 13299 T 33 33
274 Rwanda 13300 A 33 33
275 Rwanda 13301 A 33 33
276 Rwanda 13302 A 33 33
277 Rwanda 13303 A 33 33
278 Rwanda 13304 G 33 33
279 Rwanda 13305 G 33 33
280 Rwanda 13306 T 33 33
281 Rwanda 13307 A 33 33
282 Rwanda 13308 A 33 33
283 Rwanda 13309 G 33 33
284 Rwanda 13310 T 33 33
285 Rwanda 13311 A 33 33
286 Rwanda 13312 T 33 33
287 Rwanda 13313 G 33 33
288 Rwanda 13314 T 33 33
289 Rwanda 13315 A 33 33
290 Rwanda 13316 C 33 33
291 Rwanda 13317 A 33 33
292 Rwanda 13318 A 33 33
293 Rwanda 13319 A 33 33
294 Rwanda 13320 T 33 33
295 Rwanda 13321 A 33 33
296 Rwanda 13322 C 33 33
297 Rwanda 13323 C 33 33
298 Rwanda 13324 T 33 33
299 Rwanda 13325 A 33 33
300 Rwanda 13326 C 33 33
301 Rwanda 13327 A 33 33
302 Rwanda 13328 A 33 33
303 Rwanda 13329 C 33 33
304 Rwanda 13330 T 33 33
305 Rwanda 13331 T 33 33
306 Rwanda 13332 G 33 33
307 Rwanda 13333 T 33 33
308 Rwanda 13334 G 33 33
309 Rwanda 13335 C 33 33
310 Rwanda 13336 T 33 33
311 Rwanda 13337 A 33 33
312 Rwanda 13338 A 33 33
313 Rwanda 13339 T 33 33
314 Rwanda 13340 G 33 33
315 Rwanda 13341 A 33 33
316 Rwanda 13342 C 33 33
317 Rwanda 13343 C 33 33
318 Rwanda 13344 C 33 33
319 Rwanda 13345 T 33 33
320 Rwanda 13346 G 33 33
321 Rwanda 13347 T 33 33
322 Rwanda 13348 G 33 33
323 Rwanda 13349 G 33 33
324 Rwanda 13350 G 33 33
325 Rwanda 13351 T 33 33
326 Rwanda 13352 T 33 33
327 Rwanda 13353 T 33 33
328 Rwanda 13354 T 33 33
329 Rwanda 13355 A 33 33
330 Rwanda 13356 C 33 33
331 Rwanda 13357 A 33 33
332 Rwanda 13358 C 33 33
333 Rwanda 13359 T 33 33
334 Rwanda 13360 T 33 33
335 Rwanda 13361 A 33 33
336 Rwanda 13362 A 33 33
337 Rwanda 13363 A 33 33
338 Rwanda 13364 A 32 32
339 Rwanda 13365 A 32 32
340 Rwanda 13366 C 32 32
341 Rwanda 13367 A 32 32
342 Rwanda 13368 C 32 32
343 Rwanda 13369 A 32 32
344 Rwanda 13370 G 32 32
345 Rwanda 13371 T 32 32
346 Rwanda 13372 C 32 32
347 Rwanda 13373 T 32 32
348 Rwanda 13374 G 32 32
349 Rwanda 13375 T 32 32
350 Rwanda 13376 A 32 32
351 Rwanda 13377 C 32 32
352 Rwanda 13378 C 32 32
353 Rwanda 13379 G 32 32
354 Rwanda 13380 T 32 32
355 Rwanda 13381 C 32 32
356 Rwanda 13382 T 32 32
357 Rwanda 13383 G 32 32
358 Rwanda 13384 C 32 32
359 Rwanda 13385 G 32 32
360 Rwanda 13386 G 32 32
361 Rwanda 13387 T 32 32
362 Rwanda 13388 A 32 32
363 Rwanda 13389 T 32 32
364 Rwanda 13390 G 32 32
365 Rwanda 13391 T 32 32
366 Rwanda 13392 G 32 32
367 Rwanda 13393 G 32 32
368 Rwanda 13394 A 32 32
369 Rwanda 13395 A 32 32
370 Rwanda 13396 A 32 32
371 Rwanda 13397 G 32 32
372 Rwanda 13398 G 32 32
373 Rwanda 13399 T 32 32
374 Rwanda 13400 T 32 32
375 Rwanda 13401 A 32 32
376 Rwanda 13402 T 32 32
377 Rwanda 13403 G 32 32
378 Rwanda 13404 G 32 32
379 Rwanda 13405 C 32 32
380 Rwanda 13406 T 32 32
381 Rwanda 13407 G 32 32
382 Rwanda 13408 T 32 32
383 Rwanda 13409 A 32 32
384 Rwanda 13410 G 32 32
385 Rwanda 13411 T 32 32
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414 Rwanda 13440 A 32 32
415 Rwanda 13441 G 32 32