National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   416                                        
?                                            
A   38                                        
C   39                                        
D   21                                        
E   12                                        
F   15                                        
G   39                                        
H   9                                        
I   12                                        
K   24                                        
L   24                                        
M   12                                        
N   21                               1        
P   24                                 1      
Q   18                                        
R   6                                        
S   18                                        
T   39               2                        
V   27                                   1    
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Romania 13026 C 382 382
1 Romania 13027 T 382 382
2 Romania 13028 G 382 382
3 Romania 13029 G 382 382
4 Romania 13030 T 382 382
5 Romania 13031 A 382 382
6 Romania 13032 A 382 382
7 Romania 13033 T 382 382
8 Romania 13034 G 382 382
9 Romania 13035 C 382 382
10 Romania 13036 A 382 382
11 Romania 13037 A 382 382
12 Romania 13038 C 382 382
13 Romania 13039 A 382 382
14 Romania 13040 G 382 382
15 Romania 13041 A 382 382
16 Romania 13042 A 382 382
17 Romania 13043 G 382 382
18 Romania 13044 T 382 382
19 Romania 13045 G 382 382
20 Romania 13046 C A 382 380 Pro4261Thr
21 Romania 13047 C 382 382
22 Romania 13048 T 382 382
23 Romania 13049 G 382 382
24 Romania 13050 C 382 382
25 Romania 13051 C 382 382
26 Romania 13052 A 382 382
27 Romania 13053 A 382 382
28 Romania 13054 T 382 382
29 Romania 13055 T 382 382
30 Romania 13056 C 382 382
31 Romania 13057 A 382 382
32 Romania 13058 A 382 382
33 Romania 13059 C T 382 380 Thr4265Ile
34 Romania 13060 T 382 382
35 Romania 13061 G 382 382
36 Romania 13062 T 382 382
37 Romania 13063 A 382 382
38 Romania 13064 T 382 382
39 Romania 13065 T 382 382
40 Romania 13066 A 382 382
41 Romania 13067 T 382 382
42 Romania 13068 C 382 382
43 Romania 13069 T 382 382
44 Romania 13070 T 382 382
45 Romania 13071 T 382 382
46 Romania 13072 C 382 382
47 Romania 13073 T 382 382
48 Romania 13074 G 382 382
49 Romania 13075 T 382 382
50 Romania 13076 G 382 382
51 Romania 13077 C 382 382
52 Romania 13078 T 382 382
53 Romania 13079 T 382 382
54 Romania 13080 T 382 382
55 Romania 13081 T 382 382
56 Romania 13082 G 382 382
57 Romania 13083 C 382 382
58 Romania 13084 T 382 382
59 Romania 13085 G 382 382
60 Romania 13086 T 382 382
61 Romania 13087 A 382 382
62 Romania 13088 G 382 382
63 Romania 13089 A 382 382
64 Romania 13090 T 382 382
65 Romania 13091 G 382 382
66 Romania 13092 C 382 382
67 Romania 13093 T 382 382
68 Romania 13094 G 382 382
69 Romania 13095 C 382 382
70 Romania 13096 T 382 382
71 Romania 13097 A 382 382
72 Romania 13098 A 382 382
73 Romania 13099 A 382 382
74 Romania 13100 G 382 382
75 Romania 13101 C 382 382
76 Romania 13102 T 382 382
77 Romania 13103 T 382 382
78 Romania 13104 A 382 382
79 Romania 13105 C 382 382
80 Romania 13106 A 382 382
81 Romania 13107 A 382 382
82 Romania 13108 A 382 382
83 Romania 13109 G 382 382
84 Romania 13110 A 382 382
85 Romania 13111 T 382 382
86 Romania 13112 T 382 382
87 Romania 13113 A 382 382
88 Romania 13114 T 382 382
89 Romania 13115 C 382 382
90 Romania 13116 T 382 382
91 Romania 13117 A 382 382
92 Romania 13118 G 382 382
93 Romania 13119 C 382 382
94 Romania 13120 T 382 382
95 Romania 13121 A 382 382
96 Romania 13122 G 382 382
97 Romania 13123 T 382 382
98 Romania 13124 G 382 382
99 Romania 13125 G 382 382
100 Romania 13126 G 382 382
101 Romania 13127 G 382 382
102 Romania 13128 G 382 382
103 Romania 13129 A 382 382
104 Romania 13130 C 382 382
105 Romania 13131 A 382 382
106 Romania 13132 A 382 382
107 Romania 13133 C 382 382
108 Romania 13134 C 382 382
109 Romania 13135 A 382 382
110 Romania 13136 A 382 382
111 Romania 13137 T 382 382
112 Romania 13138 C 382 382
113 Romania 13139 A 382 382
114 Romania 13140 C 382 382
115 Romania 13141 T 382 382
116 Romania 13142 A 382 382
117 Romania 13143 A 382 382
118 Romania 13144 T 382 382
119 Romania 13145 T 382 382
120 Romania 13146 G 382 382
121 Romania 13147 T 382 382
122 Romania 13148 G 382 382
123 Romania 13149 T 382 382
124 Romania 13150 T 382 382
125 Romania 13151 A 382 382
126 Romania 13152 A 382 382
127 Romania 13153 G 382 382
128 Romania 13154 A 382 382
129 Romania 13155 T 382 382
130 Romania 13156 G 382 382
131 Romania 13157 T 382 382
132 Romania 13158 T 382 382
133 Romania 13159 G 382 382
134 Romania 13160 T 382 382
135 Romania 13161 G 382 382
136 Romania 13162 T 382 382
137 Romania 13163 A 382 382
138 Romania 13164 C 382 382
139 Romania 13165 A 382 382
140 Romania 13166 C 382 382
141 Romania 13167 A 382 382
142 Romania 13168 C 382 382
143 Romania 13169 A 382 382
144 Romania 13170 C T 382 380 Thr4302Ile
145 Romania 13171 T 382 382
146 Romania 13172 G 382 382
147 Romania 13173 G 382 382
148 Romania 13174 T 382 382
149 Romania 13175 A 382 382
150 Romania 13176 C 382 382
151 Romania 13177 T 382 382
152 Romania 13178 G 382 382
153 Romania 13179 G 382 382
154 Romania 13180 T 382 382
155 Romania 13181 C 382 382
156 Romania 13182 A 382 382
157 Romania 13183 G 382 382
158 Romania 13184 G 382 382
159 Romania 13185 C 382 382
160 Romania 13186 A 382 382
161 Romania 13187 A 382 382
162 Romania 13188 T 382 382
163 Romania 13189 A 382 382
164 Romania 13190 A 382 382
165 Romania 13191 C 382 382
166 Romania 13192 A 382 382
167 Romania 13193 G 382 382
168 Romania 13194 T 382 382
169 Romania 13195 T 382 382
170 Romania 13196 A 382 382
171 Romania 13197 C 382 382
172 Romania 13198 A 382 382
173 Romania 13199 C 382 382
174 Romania 13200 C 382 382
175 Romania 13201 G 382 382
176 Romania 13202 G 382 382
177 Romania 13203 A 382 382
178 Romania 13204 A 382 382
179 Romania 13205 G 382 382
180 Romania 13206 C 382 382
181 Romania 13207 C 382 382
182 Romania 13208 A 382 382
183 Romania 13209 A 382 382
184 Romania 13210 T 382 382
185 Romania 13211 A 382 382
186 Romania 13212 T 382 382
187 Romania 13213 G 382 382
188 Romania 13214 G 382 382
189 Romania 13215 A 382 382
190 Romania 13216 T 382 382
191 Romania 13217 C 382 382
192 Romania 13218 A 382 382
193 Romania 13219 A 382 382
194 Romania 13220 G 382 382
195 Romania 13221 A 382 382
196 Romania 13222 A 382 382
197 Romania 13223 T 382 382
198 Romania 13224 C 382 382
199 Romania 13225 C 382 382
200 Romania 13226 T 382 382
201 Romania 13227 T 382 382
202 Romania 13228 T 382 382
203 Romania 13229 G 382 382
204 Romania 13230 G 382 382
205 Romania 13231 T 382 382
206 Romania 13232 G 382 382
207 Romania 13233 G 382 382
208 Romania 13234 T 382 382
209 Romania 13235 G 382 382
210 Romania 13236 C 382 382
211 Romania 13237 A 382 382
212 Romania 13238 T 382 382
213 Romania 13239 C 382 382
214 Romania 13240 G 382 382
215 Romania 13241 T 382 382
216 Romania 13242 G 382 382
217 Romania 13243 T 382 382
218 Romania 13244 T 382 382
219 Romania 13245 G 382 382
220 Romania 13246 T 382 382
221 Romania 13247 C 382 382
222 Romania 13248 T 382 382
223 Romania 13249 G 382 382
224 Romania 13250 T 382 382
225 Romania 13251 A 382 382
226 Romania 13252 C 382 382
227 Romania 13253 T 382 382
228 Romania 13254 G 382 382
229 Romania 13255 C 382 382
230 Romania 13256 C 382 382
231 Romania 13257 G 382 382
232 Romania 13258 T 382 382
233 Romania 13259 T 382 382
234 Romania 13260 G 382 382
235 Romania 13261 C 382 382
236 Romania 13262 C 382 382
237 Romania 13263 A 382 382
238 Romania 13264 C 382 382
239 Romania 13265 A 382 382
240 Romania 13266 T 382 382
241 Romania 13267 A 382 382
242 Romania 13268 G 382 382
243 Romania 13269 A 382 382
244 Romania 13270 T 382 382
245 Romania 13271 C 382 382
246 Romania 13272 A 382 382
247 Romania 13273 T 382 382
248 Romania 13274 C 382 382
249 Romania 13275 C 382 382
250 Romania 13276 A 382 382
251 Romania 13277 A 382 382
252 Romania 13278 A 382 382
253 Romania 13279 T 382 382
254 Romania 13280 C 382 382
255 Romania 13281 C 382 382
256 Romania 13282 T 382 382
257 Romania 13283 A 382 382
258 Romania 13284 A 382 382
259 Romania 13285 A 382 382
260 Romania 13286 G 382 382
261 Romania 13287 G 382 382
262 Romania 13288 A 382 382
263 Romania 13289 T 382 382
264 Romania 13290 T 382 382
265 Romania 13291 T 382 382
266 Romania 13292 T 382 382
267 Romania 13293 G 382 382
268 Romania 13294 T 382 382
269 Romania 13295 G 382 382
270 Romania 13296 A 382 382
271 Romania 13297 C 382 382
272 Romania 13298 T 382 382
273 Romania 13299 T 382 382
274 Romania 13300 A 382 382
275 Romania 13301 A 382 382
276 Romania 13302 A 382 382
277 Romania 13303 A 382 382
278 Romania 13304 G 382 382
279 Romania 13305 G 382 382
280 Romania 13306 T 382 382
281 Romania 13307 A 382 382
282 Romania 13308 A 382 382
283 Romania 13309 G 382 382
284 Romania 13310 T 382 382
285 Romania 13311 A 382 382
286 Romania 13312 T 382 382
287 Romania 13313 G 382 382
288 Romania 13314 T 382 382
289 Romania 13315 A 382 382
290 Romania 13316 C 382 382
291 Romania 13317 A 382 382
292 Romania 13318 A 382 382
293 Romania 13319 A 382 382
294 Romania 13320 T 382 382
295 Romania 13321 A 382 382
296 Romania 13322 C 382 382
297 Romania 13323 C 382 382
298 Romania 13324 T 382 382
299 Romania 13325 A 382 382
300 Romania 13326 C 382 382
301 Romania 13327 A 382 382
302 Romania 13328 A 382 382
303 Romania 13329 C 382 382
304 Romania 13330 T 382 382
305 Romania 13331 T 382 382
306 Romania 13332 G 382 382
307 Romania 13333 T 382 382
308 Romania 13334 G 382 382
309 Romania 13335 C 382 382
310 Romania 13336 T 382 382
311 Romania 13337 A 382 382
312 Romania 13338 A G 382 380 Asn4358Ser
313 Romania 13339 T 382 382
314 Romania 13340 G 382 382
315 Romania 13341 A 382 382
316 Romania 13342 C 382 382
317 Romania 13343 C 382 382
318 Romania 13344 C 382 382
319 Romania 13345 T 382 382
320 Romania 13346 G 382 382
321 Romania 13347 T 382 382
322 Romania 13348 G 382 382
323 Romania 13349 G 382 382
324 Romania 13350 G 382 382
325 Romania 13351 T 382 382
326 Romania 13352 T 382 382
327 Romania 13353 T 382 382
328 Romania 13354 T 382 382
329 Romania 13355 A 382 382
330 Romania 13356 C 382 382
331 Romania 13357 A 382 382
332 Romania 13358 C 382 382
333 Romania 13359 T 382 382
334 Romania 13360 T 382 382
335 Romania 13361 A 382 382
336 Romania 13362 A 382 382
337 Romania 13363 A 382 382
338 Romania 13364 A 382 382
339 Romania 13365 A 382 382
340 Romania 13366 C 382 382
341 Romania 13367 A 382 382
342 Romania 13368 C 382 382
343 Romania 13369 A 382 382
344 Romania 13370 G 382 382
345 Romania 13371 T 382 382
346 Romania 13372 C T 382 368 Val4369Val
347 Romania 13373 T 382 382
348 Romania 13374 G 382 382
349 Romania 13375 T 382 382
350 Romania 13376 A 382 382
351 Romania 13377 C 382 382
352 Romania 13378 C 382 382
353 Romania 13379 G 382 382
354 Romania 13380 T 382 382
355 Romania 13381 C 382 382
356 Romania 13382 T 382 382
357 Romania 13383 G 382 382
358 Romania 13384 C 382 382
359 Romania 13385 G 382 382
360 Romania 13386 G 382 382
361 Romania 13387 T 382 382
362 Romania 13388 A 382 382
363 Romania 13389 T 382 382
364 Romania 13390 G 382 382
365 Romania 13391 T 382 382
366 Romania 13392 G 382 382
367 Romania 13393 G 382 382
368 Romania 13394 A 382 382
369 Romania 13395 A 382 382
370 Romania 13396 A 382 382
371 Romania 13397 G 382 382
372 Romania 13398 G 382 382
373 Romania 13399 T 382 382
374 Romania 13400 T 382 382
375 Romania 13401 A 382 382
376 Romania 13402 T 382 382
377 Romania 13403 G 382 382
378 Romania 13404 G 382 382
379 Romania 13405 C 382 382
380 Romania 13406 T 382 382
381 Romania 13407 G 382 382
382 Romania 13408 T 382 382
383 Romania 13409 A 382 382
384 Romania 13410 G 382 382
385 Romania 13411 T 382 382
386 Romania 13412 T 382 382
387 Romania 13413 G 382 382
388 Romania 13414 T 382 382
389 Romania 13415 G 382 382
390 Romania 13416 A 382 382
391 Romania 13417 T 382 382
392 Romania 13418 C 382 382
393 Romania 13419 A 382 382
394 Romania 13420 A 382 382
395 Romania 13421 C 382 382
396 Romania 13422 T 382 382
397 Romania 13423 C 382 382
398 Romania 13424 C 382 382
399 Romania 13425 G 382 382
400 Romania 13426 C 382 382
401 Romania 13427 G 382 382
402 Romania 13428 A 382 382
403 Romania 13429 A 382 382
404 Romania 13430 C 382 382
405 Romania 13431 C 382 382
406 Romania 13432 C 382 382
407 Romania 13433 A 382 382
408 Romania 13434 T 382 382
409 Romania 13435 G 382 382
410 Romania 13436 C 382 382
411 Romania 13437 T 382 382
412 Romania 13438 T 382 382
413 Romania 13439 C 382 382
414 Romania 13440 A 382 382
415 Romania 13441 G 382 382