National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   416                                        
?                                            
A   38                                        
C   39                                        
D   21                                        
E   12                                        
F   15                                        
G   39                                        
H   9                                        
I   12                                        
K   24                                        
L   24                                        
M   12                                        
N   21                                        
P   24                                        
Q   18                                        
R   6                                        
S   18                                        
T   39               1                        
V   27                                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Panama 13026 C 314 314
1 Panama 13027 T 314 314
2 Panama 13028 G 314 314
3 Panama 13029 G 314 314
4 Panama 13030 T 314 314
5 Panama 13031 A 314 314
6 Panama 13032 A 314 314
7 Panama 13033 T 314 314
8 Panama 13034 G 314 314
9 Panama 13035 C 314 314
10 Panama 13036 A 314 314
11 Panama 13037 A 314 314
12 Panama 13038 C 314 314
13 Panama 13039 A 314 314
14 Panama 13040 G 314 314
15 Panama 13041 A 314 314
16 Panama 13042 A 314 314
17 Panama 13043 G 314 314
18 Panama 13044 T 314 314
19 Panama 13045 G 314 314
20 Panama 13046 C 314 314
21 Panama 13047 C 314 314
22 Panama 13048 T 314 314
23 Panama 13049 G 314 314
24 Panama 13050 C 314 314
25 Panama 13051 C 314 314
26 Panama 13052 A 314 314
27 Panama 13053 A 314 314
28 Panama 13054 T 314 314
29 Panama 13055 T 314 314
30 Panama 13056 C 314 314
31 Panama 13057 A 314 314
32 Panama 13058 A 314 314
33 Panama 13059 C 314 314
34 Panama 13060 T 314 314
35 Panama 13061 G 314 314
36 Panama 13062 T 314 314
37 Panama 13063 A 314 313
38 Panama 13064 T 314 314
39 Panama 13065 T 314 314
40 Panama 13066 A 314 314
41 Panama 13067 T 314 314
42 Panama 13068 C 314 314
43 Panama 13069 T 314 314
44 Panama 13070 T 314 314
45 Panama 13071 T 314 314
46 Panama 13072 C 314 314
47 Panama 13073 T 314 314
48 Panama 13074 G 314 314
49 Panama 13075 T 314 314
50 Panama 13076 G 314 314
51 Panama 13077 C 314 314
52 Panama 13078 T 314 314
53 Panama 13079 T 314 314
54 Panama 13080 T 314 314
55 Panama 13081 T 314 314
56 Panama 13082 G 314 314
57 Panama 13083 C 314 314
58 Panama 13084 T 314 314
59 Panama 13085 G 314 314
60 Panama 13086 T 314 314
61 Panama 13087 A 314 314
62 Panama 13088 G 314 314
63 Panama 13089 A 314 314
64 Panama 13090 T 314 314
65 Panama 13091 G 314 314
66 Panama 13092 C 314 314
67 Panama 13093 T 314 314
68 Panama 13094 G 314 314
69 Panama 13095 C 314 314
70 Panama 13096 T 314 314
71 Panama 13097 A 314 314
72 Panama 13098 A 314 314
73 Panama 13099 A 314 314
74 Panama 13100 G 314 314
75 Panama 13101 C 314 314
76 Panama 13102 T 314 314
77 Panama 13103 T 314 314
78 Panama 13104 A 314 314
79 Panama 13105 C 314 314
80 Panama 13106 A 314 314
81 Panama 13107 A 314 314
82 Panama 13108 A 314 314
83 Panama 13109 G 314 314
84 Panama 13110 A 314 314
85 Panama 13111 T 314 314
86 Panama 13112 T 314 314
87 Panama 13113 A 314 314
88 Panama 13114 T 314 314
89 Panama 13115 C 314 314
90 Panama 13116 T 314 314
91 Panama 13117 A 314 314
92 Panama 13118 G 314 314
93 Panama 13119 C 314 314
94 Panama 13120 T 314 314
95 Panama 13121 A 314 314
96 Panama 13122 G 314 314
97 Panama 13123 T 314 314
98 Panama 13124 G 314 314
99 Panama 13125 G 314 314
100 Panama 13126 G 314 314
101 Panama 13127 G 314 314
102 Panama 13128 G 314 314
103 Panama 13129 A 314 314
104 Panama 13130 C 314 314
105 Panama 13131 A 314 314
106 Panama 13132 A 314 314
107 Panama 13133 C 314 314
108 Panama 13134 C 314 314
109 Panama 13135 A 314 314
110 Panama 13136 A 314 314
111 Panama 13137 T 314 314
112 Panama 13138 C 314 314
113 Panama 13139 A 314 314
114 Panama 13140 C 314 314
115 Panama 13141 T 314 314
116 Panama 13142 A 314 314
117 Panama 13143 A 314 314
118 Panama 13144 T 314 314
119 Panama 13145 T 314 314
120 Panama 13146 G 314 314
121 Panama 13147 T 314 314
122 Panama 13148 G 314 314
123 Panama 13149 T 314 314
124 Panama 13150 T 314 314
125 Panama 13151 A 314 314
126 Panama 13152 A 314 314
127 Panama 13153 G 314 314
128 Panama 13154 A 314 314
129 Panama 13155 T 314 314
130 Panama 13156 G 314 314
131 Panama 13157 T 314 314
132 Panama 13158 T 314 314
133 Panama 13159 G 314 314
134 Panama 13160 T 314 314
135 Panama 13161 G 314 314
136 Panama 13162 T 314 314
137 Panama 13163 A 314 314
138 Panama 13164 C T 314 313 Thr4300Ile
139 Panama 13165 A 314 314
140 Panama 13166 C 314 314
141 Panama 13167 A 314 314
142 Panama 13168 C 314 314
143 Panama 13169 A 314 314
144 Panama 13170 C 314 314
145 Panama 13171 T 314 314
146 Panama 13172 G 314 314
147 Panama 13173 G 314 314
148 Panama 13174 T 314 314
149 Panama 13175 A 314 314
150 Panama 13176 C 314 314
151 Panama 13177 T 314 314
152 Panama 13178 G 314 314
153 Panama 13179 G 314 314
154 Panama 13180 T 314 314
155 Panama 13181 C 314 314
156 Panama 13182 A 314 314
157 Panama 13183 G 314 314
158 Panama 13184 G 314 314
159 Panama 13185 C 314 314
160 Panama 13186 A 314 314
161 Panama 13187 A 314 314
162 Panama 13188 T 314 314
163 Panama 13189 A 314 314
164 Panama 13190 A 314 314
165 Panama 13191 C 314 314
166 Panama 13192 A 314 314
167 Panama 13193 G 314 314
168 Panama 13194 T 314 314
169 Panama 13195 T 314 314
170 Panama 13196 A 314 314
171 Panama 13197 C 314 314
172 Panama 13198 A 314 314
173 Panama 13199 C 314 314
174 Panama 13200 C 314 314
175 Panama 13201 G 314 314
176 Panama 13202 G 314 314
177 Panama 13203 A 314 314
178 Panama 13204 A 314 314
179 Panama 13205 G 314 314
180 Panama 13206 C 314 314
181 Panama 13207 C 314 314
182 Panama 13208 A 314 314
183 Panama 13209 A 314 314
184 Panama 13210 T 314 314
185 Panama 13211 A 314 314
186 Panama 13212 T 314 314
187 Panama 13213 G 314 314
188 Panama 13214 G 314 314
189 Panama 13215 A 314 314
190 Panama 13216 T 314 314
191 Panama 13217 C 314 314
192 Panama 13218 A 314 314
193 Panama 13219 A 314 314
194 Panama 13220 G 314 314
195 Panama 13221 A 314 314
196 Panama 13222 A 314 314
197 Panama 13223 T 314 314
198 Panama 13224 C 314 314
199 Panama 13225 C 314 314
200 Panama 13226 T 314 314
201 Panama 13227 T 314 314
202 Panama 13228 T 314 314
203 Panama 13229 G 314 314
204 Panama 13230 G 314 314
205 Panama 13231 T 314 314
206 Panama 13232 G 314 314
207 Panama 13233 G 314 314
208 Panama 13234 T 314 314
209 Panama 13235 G 314 314
210 Panama 13236 C 314 314
211 Panama 13237 A 314 314
212 Panama 13238 T 314 314
213 Panama 13239 C 314 314
214 Panama 13240 G 314 314
215 Panama 13241 T 314 314
216 Panama 13242 G 314 314
217 Panama 13243 T 314 314
218 Panama 13244 T 314 314
219 Panama 13245 G 314 314
220 Panama 13246 T 314 314
221 Panama 13247 C 314 314
222 Panama 13248 T 314 314
223 Panama 13249 G 314 314
224 Panama 13250 T 314 314
225 Panama 13251 A 314 314
226 Panama 13252 C 314 314
227 Panama 13253 T 314 314
228 Panama 13254 G 314 314
229 Panama 13255 C 314 314
230 Panama 13256 C 314 314
231 Panama 13257 G 314 314
232 Panama 13258 T 314 314
233 Panama 13259 T 314 314
234 Panama 13260 G 314 314
235 Panama 13261 C 314 314
236 Panama 13262 C 314 314
237 Panama 13263 A 314 314
238 Panama 13264 C 314 314
239 Panama 13265 A 314 314
240 Panama 13266 T 314 314
241 Panama 13267 A 314 314
242 Panama 13268 G 314 314
243 Panama 13269 A 314 314
244 Panama 13270 T 314 314
245 Panama 13271 C 314 314
246 Panama 13272 A 314 314
247 Panama 13273 T 314 314
248 Panama 13274 C 314 314
249 Panama 13275 C 314 314
250 Panama 13276 A 314 314
251 Panama 13277 A 314 314
252 Panama 13278 A 314 314
253 Panama 13279 T 314 314
254 Panama 13280 C 314 314
255 Panama 13281 C 314 314
256 Panama 13282 T 314 314
257 Panama 13283 A 314 314
258 Panama 13284 A 314 314
259 Panama 13285 A 314 314
260 Panama 13286 G 314 314
261 Panama 13287 G 314 314
262 Panama 13288 A 314 314
263 Panama 13289 T 314 314
264 Panama 13290 T 314 314
265 Panama 13291 T 314 314
266 Panama 13292 T 314 314
267 Panama 13293 G 314 314
268 Panama 13294 T 314 314
269 Panama 13295 G 314 314
270 Panama 13296 A 314 314
271 Panama 13297 C 314 314
272 Panama 13298 T 314 314
273 Panama 13299 T 314 314
274 Panama 13300 A 314 314
275 Panama 13301 A 314 314
276 Panama 13302 A 314 314
277 Panama 13303 A 314 314
278 Panama 13304 G 314 314
279 Panama 13305 G 314 314
280 Panama 13306 T 314 314
281 Panama 13307 A 314 314
282 Panama 13308 A 314 314
283 Panama 13309 G 314 314
284 Panama 13310 T 314 314
285 Panama 13311 A 314 314
286 Panama 13312 T 314 314
287 Panama 13313 G 314 314
288 Panama 13314 T 314 314
289 Panama 13315 A 314 314
290 Panama 13316 C 314 314
291 Panama 13317 A 314 314
292 Panama 13318 A 314 314
293 Panama 13319 A 314 314
294 Panama 13320 T 314 314
295 Panama 13321 A 314 314
296 Panama 13322 C 314 314
297 Panama 13323 C 314 314
298 Panama 13324 T 314 314
299 Panama 13325 A 314 314
300 Panama 13326 C 314 314
301 Panama 13327 A 314 314
302 Panama 13328 A 314 314
303 Panama 13329 C 314 314
304 Panama 13330 T 314 313
305 Panama 13331 T 314 314
306 Panama 13332 G 314 314
307 Panama 13333 T 314 314
308 Panama 13334 G 314 314
309 Panama 13335 C 314 314
310 Panama 13336 T 314 314
311 Panama 13337 A 314 314
312 Panama 13338 A 314 314
313 Panama 13339 T 314 314
314 Panama 13340 G 314 314
315 Panama 13341 A 314 314
316 Panama 13342 C 314 314
317 Panama 13343 C 314 314
318 Panama 13344 C 314 314
319 Panama 13345 T 314 314
320 Panama 13346 G 314 314
321 Panama 13347 T 314 314
322 Panama 13348 G 314 314
323 Panama 13349 G 314 314
324 Panama 13350 G 314 314
325 Panama 13351 T 314 314
326 Panama 13352 T 314 314
327 Panama 13353 T 314 314
328 Panama 13354 T 314 314
329 Panama 13355 A 314 314
330 Panama 13356 C 314 314
331 Panama 13357 A 314 314
332 Panama 13358 C 314 314
333 Panama 13359 T 314 314
334 Panama 13360 T 314 314
335 Panama 13361 A 314 314
336 Panama 13362 A 314 314
337 Panama 13363 A 314 314
338 Panama 13364 A 314 314
339 Panama 13365 A 314 314
340 Panama 13366 C 313 313
341 Panama 13367 A 313 313
342 Panama 13368 C 313 313
343 Panama 13369 A 313 313
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345 Panama 13371 T 313 313
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354 Panama 13380 T 311 311
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